부산지방법원-2013-구합-4591(2014.05.22)

국고보조금을 재원으로 연구개발비에 지출하는 경우 연구 및 인력개발비세액공제를 배제함은 정당함

국고보조금을 재원으로 연구개발비에 지출하는 경우 연구 및 인력개발비세액공제를 배제하도록 하는 세액공제 배제규정이 2010. 2. 18. 신설되었고, 그 시행시기에 대하여 부칙 제2조에서 2010. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용하는 것으로 규정하고 있으므로 원고의 연구 및 인력개발비세액공제를 배제함은 타당함

조세특례제한법 시행령 제9조

부산고등법원 2014누21158 법인세경정거부처분취소

AAA

○○세무서장

부산지방법원 2014. 5. 22. 선고 2013구합4591 판결

2015. 3. 25.

2015. 5. 13.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2013. 3. 13. 원고에게 한 2013. 3. 6.자 000,000,000원의 세액환급 감액경정청구에 대한 거부처분 중 000,000,000원의 세액환급 감액경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 쓸 판결 이유는, 제1심 판결 3쪽 아래에서 셋째 줄의 "제9조 제8항"을 "제9조 제7항"으로, 6쪽 아래에서 셋째 줄의 "시점(2012. 1.경)"을 "시점(2010. 1.경)"으로 각 고치고, 제1심 판결의 별지 "관계 법령"을 이 판결의 별지 "관계 법령"으로 교체하며, 제1심 판결의 이유 중 일부를 아래와 같이 고쳐 쓰는 이외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

고쳐 쓰는 부분

○ 제1심 판결 8쪽부터 9쪽까지의 "3) 원고의 세 번째 주장에 대한 판단" 부분을 다음과 같이 고쳐 쓴다.

『3) 원고의 세 번째 주장에 대한 판단

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

위와 같은 법리에 비추어 이 사건을 살펴보면, ① 이 사건 신설규정인 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제7항은 '법 제10조의2에 따른 연구개발출연금 등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은 법 제10조 제1항에 따른 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비를 산정할 때 제외한다'고 규정하고 있고 부칙 제2조 제1항은 '2010. 1. 1. 이후 개시되는 과세연도부터 적용한다'고 정하고 있으며, 구 조세특례제한법 제10조 제1항은 원칙적으로 연구개발비 지출 시점을 그 연구개발비 세액공제의 과세연도로 정하고 있는 점, ② 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제7항은 '구 조세특례제한법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아'라고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 제10조의2는 '2012. 12. 31.까지 연구개발 등을 목적으로 연구개발출연금 등을 받은 경우'라고 규정하고 있어, 연구개발출연금 등에 대한 지급의 종기는 2012. 12. 31.로 규정되어 있는 반면 지급의 시기는 별도로 정하여져 있지 아니한 점, ③ 2010년 이전에 지급받은 국고보조금을 2010. 1. 1. 이후에 연구개발비로 지출한 경우 이를 세액공제대상으로 한다는 별도의 규정이 없는 점, ④ 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제7항의 규정은 법인이 구 조세특례제한법 제10조의2에 정한 혜택을 받는 것을 전제로 이러한 경우에 동법 제10조 제1항의 혜택을 중복적으로 받는 것을 배제하려는 조항이라고 할 것인데, 구 조세특례제한법 제10조는 연구・인력개발비가 지출된 과세연도의 과세표준에서 해당 연구・인력개발비의 세액을 공제하는 혜택을 규정하고 있고, 제10조의2는 연구개발출연금 등을 지급받은 과세연도의 과세표준 산정을 위한 익금총액에 해당 연구개발출연금을 불산입하는 혜택을 규정하고 있어, 법인이 연구개발출연금을 지급받은 과세연도와 이를 연구・인력개발비로 지출한 과세연도가 서로 다르더라도 위 각각의 특례조항이 각 과세연도에 별도로 적용되어 조세감면 혜택을 받을 수 있게 되어 있으므로, 동법 시행령 제9조 제7항이 반드시 연구개발출연금이 지급된 과세연도와 연구・인력개발비가 지출된 과세연도가 같을 것을 요건으로 할 필요성이 있다고도 보기 어려운 점, ⑤ 앞서 본 바와 같이 이 사건 신설규정의 취지가 국고보조금으로 연구개발비에 지출한 경우 세액공제의 대상에서 제외시켜 조세재원을 확보하려는 조세정책의 효율성을 기하기 위한 공익적 성격이 짙은 점 등을 종합해 볼 때, 조세법률주의 원칙에 따른 조세법규의 해석상 원고와 같이 2009년도에 지급받은 국고보조금을 2010년도에 지출한 경우에도 이 사건 신설규정 등의 법문대로 세액공제의 대상으로 볼 수 없다고 해석함이 상당하고, 이와 달리 해석할 합리적 이유나 특별한 사정을 찾아 볼 수 없다.

따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.』

○ 제1심 판결 9쪽부터 10쪽까지의 "4) 원고의 네 번째 주장에 대한 판단" 부분을 다음과 같이 고쳐 쓴다.

『4) 원고의 네 번째 주장에 대한 판단

헌법 제38조와 제59조가 규정하고 있는 조세법률주의는 과세요건 법정주의와 과세요건 명확주의를 핵심내용으로 하는 것으로 과세요건을 법률로 명확하게 규정함으로써 국민의 재산권을 보장하고 동시에 국민의 경제생활에 법적 안정성과 예측 가능성을 보장하는 것을 그 이념으로 하고 있다. 그러나 조세법률주의를 지키면서도 경제현실의 변화나 전문적 기술의 발달 등에 즉응하여야 하는 세부적인 사항에 관하여는 국회가 제정한 형식적 법률보다 탄력성이 있는 행정입법에 이를 위임할 필요가 있다.

이 사건으로 돌아와 보건대, ① 구 조세특례제한법 제10조 제1항은 기업에서 연구ㆍ인력개발에 투자하는 것을 장려하기 위하여 이 부분에 관하여 일정 부분 세액공제의 혜택을 부여하고 있는데, 모든 연구ㆍ인력개발비에 대해서 일률적으로 세액공제를 하기보다는 연구ㆍ인력개발비의 종류를 분류하고, 경제상황의 변천, 조세정책의 방향, 관련 법규 등에 대응하여 그 공제 대상이 되는 범위를 탄력적ㆍ유동적으로 규율할 필요가 있는 점, ② 국회가 제정하는 법률에서 위와 같은 사항을 열거하여 망라하기는 부적절할 뿐만 아니라 그 세액공제의 대상이 되는 연구ㆍ인력개발비의 구체적인 범위를 선정하는 작업 역시 전문적ㆍ기술적ㆍ가변적이므로 하위법령에 위임할 필요성이 있는 점, ③ 법에 규정된 연구・인력개발비에 대한 세액 공제는 수익적 행정행위의 범주에 해당하므로, 입법자는 세액 공제의 내용이나 범위를 정함에 있어 입법의 목적, 수혜자의 상황, 국가예산 등 제반 상황을 고려하여 구체적 내용을 형성할 수 있는 폭 넓은 재량이 헌법상 허용되고(헌법재판소 2009. 6. 25. 선고 2008헌마393 전원재판부 결정 참조), 침익적 행정행위에 비하여 하위 법령에 위임할 수 있는 범위가 확대될 수 있는 점, ④ 입법자가 연구개발출연금 등으로 지출한 연구개발비에 대하여 모든 조세특례를 일시에 배제하는 것이 아니라 지급받은 연구개발출연금에 대하여는 익금불산입 할 수 있도록 하면서 세액 공제 혜택만을 배제하도록 한 것은, 법인의 연구개발비에 대하여 실질적으로 중복적인 조세특례가 적용되는 것을 방지하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행하기 위한 것으로서 구 조세특례제한법의 입법 취지에도 부합하여 입법 재량을 일탈한 것으로 보기 어려운 점, ⑤ 원칙적으로 각 사업연도의 소득에 대하여는 법인세가 부과되고(법인세법 제3조), 내국법인의 각 사업연도의 소득은 원칙적으로 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액인바(법인세법 제14조), 이와 같이 법인의 소득세에 관한 기본법에 해당하는 법인세법이 내국법인의 소득은 그 수입과 지출의 명목을 불문하고 원칙적으로 과세대상으로 규정하고 있으므로, 연구・인력 개발비도 원칙적으로 법인세법상 과세대상에 해당하여 세액 공제의 대상에서 배제되는 연구ㆍ인력 개발비가 존재할 수 있음은 충분히 예측가능하다고 보이는 점, ⑥ 구 조세특례제한법 제10조 제1항 역시 위와 같은 점을 고려하여 연구ㆍ인력개발비 중 세액 공제의 대상이 되는 범위를 대통령령에 일정 부분 위임한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 신설규정이 조세법률주의 및 위임입법의 한계(혹은 포괄위임금지의 원칙)에 위배된다고 볼 수 없다.

따라서 원고의 위 주장 또한 이유 없다.』

2. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각한다.