연구, 인력개발비 세액공제 규정의 조세법률주의 위반 여부

구 조세제한특례법에서 일정한 범위의 연구, 인력개발비의 성격을 구체적으로 규정하면서 더 세부적인 내용을 시행규칙 규정에 위임한 것이 조세법률주의의 원칙에 위반되는 것으로 보이지 아니함

조세특례제한법 제10조 기술 및 인력개발비 세액 공제

조세특례제한법시행령 제9조기술 및 인력개발비에 대한 세액공제

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2003. 7. 1.자로 원고에 대하여 한 1999 사업연도분 23,425,939원, 2000 사업연도분 20,613,801원, 2001 사업연도분 141,385,923원의 각 법인세부과처분을 취소한다.

1. 제1심 판결 이유의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결문 제2면 제11행의 "2003. 7. 21."을 "2003. 7. 1."로 고쳐 쓰고, 원고가 당심에서 추가한 주장에 대하여 아래와 같은 판단을 보태는 외에는 제1심 판결의 이유와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 법원이 추가하는 판단

원고는, 국민에 대한 세금부과를 법률의 근거에 따르도록 한 조세법률주의의 취지에 비추어 국민의 세금납부 의무에 직접적으로 관련되는 세액공제의 요건도 법률 내지 최소한 대통령령에서는 이를 명확하게 규정하여야 하는 것인데, 이 사건 세액공제의 실질적 요건인 전담부서나 대상직원의 범위에 관하여 구 조세특례제한법이나 동 시행령에서 구체적으로 규정하지 않았을 뿐만 아니라, 이 사건 세액공제의 절차적 요건인 과학기술부장관에 대한 신고요건은 이 사건 시행규칙 규정에서 법령의 위임 없이 독자적으로 규정한 것이므로, 이 사건 세액공제에 관한 법령과 이 사건 시행규칙 규정 및 그에 기한 이 사건 부과처분은 조세법률주의에 위반하여 무효라는 취지로 주장한다.

살피건대, 구 조세특례제한법 제10조 제1항은 세액공제의 대상이 되는 연구,인력개발비의 요건을 대통령령이 정하도록 위임하고, 동 시행령 제9조 제2항, 제8조 제3항은 위 연구,인력개발비는 재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발 전담부서에서 근무하는 직원 중 재정경제부령이 정하는 자의 인건비로서, 재료, 제품, 기계장치 또는 공정의 개선이나 새로운 생산방법 탐구에 대한 자체기술개발에 관련된 것이어야 한다고 규정하며, 이 사건 시행규칙 규정은 구 기술개발촉진법시행규칙 제5조에 따라 과학기술부 장관에게 신고한 기업의 연구개발 전담부서에서 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자의 인건비를 세액공제의 대상으로 규정하는바, 세액공제의 대상이 되는 연구,인력개발비에 관하여 구체적인 공제대상이나 범위를 국가의 재정사정이나 기술개발 장려정책의 시행에 맞추어 탄력적으로 조정할 필요성이 있는 점, 이 사건 시행규칙 규정에서 과학기술부장관에 대한 신고라는 형식적 요건을 추가한 것은 주무부처인 과학기술부에서 세액공제의 실질적 요건을 심사하도록 하는 것으로서 합리성이 있다고 인정되는 점 등을 고려하면, 위와 같이 구 조세제한특례법에서 일정한 범위의 연구,인력개발비가 세액공제의 대상이 됨을 선언하되 그 구체적 범위를 동 시행령에 위임하고, 동 시행령에서 해당 연구,인력개발비의 성격을 구체적으로 규정하면서 더 세부적인 내용을 이 사건 시행규칙 규정에 위임한 것이 조세법률주의의 원칙에 위반되는 것이라고는 보이지 아니하므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 제1심 판결은 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.