구 조세특례제한법(2008. 8. 8. 양도소득세 과세표준신고를 하면서 양도소득세 자진신고, 납부할 당시 취득시부터 5년간의 양도소득에 대한 세액을 전체 양도소득세액에서 공제하는 방식으로 산출한 금액을 납부하였으나, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 은 ‘당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감’하도록 명시하고 있고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항 에 의하여 준용되는 같은 법 시행령 제40조 제1항 도 5년간 양도소득세액의 공제가 아닌 양도소득금액의 차감에 의한 양도소득세 산출방식을 정하고 있다.

원고 (소송대리인 변호사 장응수)

역삼세무서장

2009. 11. 26.

서울행정법원 2009. 7. 1. 선고 2008구단16530 판결

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분을 취소한다.

피고가 2008. 11. 6. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 14,208,370원 및 주민세 1,420,830원의 반환경정청구 거부처분 중 양도소득세 9,179,232원 및 주민세 917,923원을 초과하는 부분에 관한 거부처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용은 5분하여 3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2008. 11. 6. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 14,208,370원 및 주민세 1,420,830원의 반환경정청구 거부처분을 취소한다.

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래의 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결 이유란의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 추가판단

원고는 설령 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항 규정이 실질과세의 원칙에 위반되지 않는다고 하더라도 같은 법 제99조의 3 제1항 에 따라 이 사건 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하면 정당한 양도소득세액은 9,632,511원이고 여기에 예정납부신고에 의한 10% 세액공제를 하면 원고가 납부하여야 할 양도소득세는 8,669,260원, 주민세는 866,926원이므로 이를 초과하여 원고가 납부한 세액은 피고가 반환하여야 한다고 주장한다.

살피건대 원고가 2008. 8. 8. 양도소득세 과세표준신고를 하면서 양도소득세 자진신고, 납부할 당시 취득시부터 5년간의 양도소득에 대한 세액을 전체 양도소득세액에서 공제하는 방식으로 산출한 금액을 납부하였으나, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 은 ‘당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감’하도록 명시하고 있고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항 에 의하여 준용되는 같은 법 시행령 제40조 제1항 도 5년간 양도소득세액의 공제가 아닌 양도소득금액의 차감에 의한 양도소득세 산출방식을 정하고 있으므로, 이 사건 주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액인 112,662,714원을 양도소득세 과세대상 소득금액인 169,604,000원에서 차감하여 계산하면 원고가 부담하여야 할 정당한 양도소득세는 9,179,232원이고, 주민세는 917,923원이 된다(원고는 소득세법 시행령 제164조 제7항 에 의하여 이 사건 주택의 취득당시의 기준시가를 계산함에 있어 국토해양부장관이 최초로 이 사건 주택의 가격을 공시할 당시의 개별공시지가로서 2,420,000원의 적용을 주장하나, 위 금액은 최초 공시일 이후인 2002. 6. 29.자 개별공시지가이므로 최초 공시일인 2002. 4. 4. 당시에는 원고가 당초 자진신고·납부할 때 적용하였던 2001. 12. 28.자 개별공시지가인 2,210,000원을 적용하여야 한다).

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분 중 위 양도소득세 9,179,232원 및 주민세 917,923원을 초과하는 부분은 위법하여 취소할 것인바, 제1심 판결 중 위 취소부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 취소하고, 원고의 나머지 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 이인복(재판장) 이영한 김용한