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사건
2006헌마1261 법인세법 제29조 제1항 제4호 등 위헌확인
청구인
의료법인 ○○의료재단 외 37(별지 1 기재와 같다)
대리인 법무법인 정세
담당변호사 이승문, 이호섭, 정춘식, 방정환, 진현종
주문
이 사건 심판청구를 모두 각하한다.
이유
1. 사건의 개요와 심판의 대상
가. 사건의 개요
(1) 청구인들은 모두 의료법 소정(의료법 제33조 제2항 제3호)의 의료법인들로서, 청구인 의료법인 □□의료재단은 2006. 8. 31. 인천세무서에 2006년도 귀속 법인세 중간예납분 5,188,670원을 신고․납부하였고, 의료법인 △△의료재단 ○○병원은 같은 날 2006년도 귀속 법인세 중간예납분 303,470원을 위 세무서에 신고․납부하였으며, 청구인 의료법인 ▽▽의료재단은 2006. 10. 9. 서울 서대문구 ○○동 427-1 2층 제1호 부동산을 취득하고 2006. 11. 7. 서대문구청에 취득세를 신고․납부하였다.
(2) 청구인들은 기부금에 대한 과세 특례의 적용대상을 정한 구 조세특례제한법 제73조 제1항 제2호, 제13호, 고유목적사업준비금의 손금산입 특례의 적용대상을 정한 구 조세특례제한법 제74조 제1항, 용도구분에 의한 취득세와 사업소세의 각 비과세 대상을 정한 지방세법 제107조, 제245조의2 제1항 제1호, 구 지방세법 시행령 제79조 제1항, 지방세법 시행령 제207조 등이 대학병원 등 특별법에 의하여 설립된 법인에 대한 조세특례의 혜택을 부여하면서, 그와 성격이 다르지 않은 청구인들과 같은 의료법상 일반 의료법인을 그 적용대상에서 제외하고 있는 것이 자신들의 평등권과 재산권을 침해하여 위헌이라고 주장하면서 2006. 11. 8. 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.
나. 심판의 대상
청구인들은 법인세법 제24조 제1항, 법인세법 제29조 제1항 제4호도 헌법소원심판 청구대상으로 들고 있으나, 청구이유를 살펴보면 위 법인세법 규정들에 대한 조세특례 규정인 구 조세특례제한법 규정들의 위헌 확인을 구하고 있는 것이 분명하므로, 위 법인세법 규정들은 심판대상에서 제외함이 상당하다.
따라서 이 사건 심판대상은 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제73조 제1항 제2호, 제13호, 제74조 제1항 제1호 내지 제3호, 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 것, 이하 ‘지방세법’이라 한다) 제107조 제1호, 제245조의2 제1항 제1호, 구 지방세법 시행령(2006. 12. 30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법 시행령’ 이라 한다) 제79조 제1항 제2호, 지방세법 시행령(1988. 5. 7. 대통령령 제12447호로 개정된 것, 이하 ‘지방세법 시행령’이라
한다) 제207조(이하 위 조항들 모두를 가리켜 ‘이 사건 법률조항들’이라 한다)가 청구인들의 기본권을 침해하는지 여부이며, 그 구체적인 내용은 다음과 같고, 관련 조항은 〔별지 2〕기재와 같다.
〔심판대상 조항〕
제73조 (기부금의 과세특례) ① 내국인이 2006년 12월 31일 이전에 다음 각호의 1에 해당하는 기부금을 지출한 경우에는 당해 과세연도의 종합소득금액에서 기부금으로 지출한 금액을 공제하거나, 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이월결손금을 차감한 후의 소득금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액의 범위 안에서 이를 손금에 산입한다. 이 경우 종합소득금액에서 기부금으로 지출한 금액을 공제함에 있어 그 공제금액은 종합소득금액에서 「소득세법」 제34조 제2항의 규정에 의한 기부금을 공제한 금액에 100분의 50(제1호의 경우에는 100분의 100)을 곱하여 계산한 금액을 한도로 하고, 기부금 손금산입 한도액을 계산함에 있어서 제1호의 기부금은 「소득세법」 제34조 제2항의 기부금으로 본다.
2. 법인이 다음 각 목의 병원에 시설비·교육비 또는 연구비로 지출하는 기부금
가. 「사립학교법」에 의한 사립학교가 운영하는 병원
나. 「국립대학병원 설치법」에 의한 국립대학병원
다. 「서울대학교병원 설치법」에 의한 서울대학교병원
라. 「서울대학교치과병원 설치법」에 의한 서울대학교치과병원
마. 「대한적십자사 조직법」에 의하여 설립된 대한적십자사가 운영하는 병원
13. 국립암센터법에 의한 국립암센터에 지출하는 기부금
제74조 (고유목적사업준비금의 손금산입특례) ① 다음 각호의 1에 해당하는 법인에 대하여는 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법 제29조의 규정을 적용함에 있어서 동법 동조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 법인의 수익사업(제5호 및 제6호의 경우에는 당해 사업과 당해 사업 시설 안에서 동 시설을 이용하는 자를 대상으로 영위하는 수익사업에 한한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.
1. 사립학교법에 의한 학교법인, 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률에 의한 산학협력단 및 평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 민법 제32조에 의한 비영리법인
2. 사회복지사업법에 의한 사회복지법인
3. 국립대학병원설치법에 의한 국립대학병원, 서울대학교병원설치법에 의한 서울대학교병원, 서울대학교치과병원설치법에 의한 서울대학교치과병원 및 국립암센터법에 의한 국립암센터
제107조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를
부과한다.
1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득
제245조의2 (용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 사업소세를 부과하지 아니한다.
1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 관계되는 재산할 및 종업원할은 그러하지 아니하다.
제79조 (비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다.
1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체
3. 「사회복지사업법」의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인
제207조 (비영리사업자의 범위) 법 제245조의2 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조 제1항 제1호 내지 제7호의 규정에 의한 사업자를 말한다.
2. 청구인들의 주장 및 이해관계기관의 의견
가. 청구인들의 주장 요지
(1) 이 사건 법률조항들은 모두 신고납세 방식의 조세에 관한 규정인바, 청구인들은 스스로 과세표준을 확인하여 세율을 적용, 세액을 산출하여 신고, 납부할 의무를 부담하고, 이를 게을리하면 가산세를 부담하게 되며, 행정청이 신고납부세액을 수령하는 것은 행정처분이 아니어서 이를 행정소송으로 다툴 수 없다. 따라서 이 사건 법률조항들은 과세법령 그 자체가 납세의무자에게 직접적인 법적 부담을 가하고 있으므로 기본권 침해의 직접성이 인정된다.
(2) 청구인들과 같이 매년 법인세를 신고․납부하여야 할 의무가 부과되어 있어 계속적․반복적인 기본권 침해의 우려가 존재하는 경우에는 법적 안정성보다 기본권 침해에 대한 구제가 우선되어야 할 것인바, 침해가 발생하는 각 별로 청구기간을 기산하여야 할 것이므로 청구기간 도과의 위법이 없다.
(3) 의료법상 일반 의료법인과 이 사건 법률조항 소정의 대학병원 등 대형병원들은 서로 본질적인 차이가 없고, 오히려 중소규모의 의료법인들은 저소득층에 해당하는 기초수급대상자에 대한 의료급여 진료실적이 대부분을 차지하여 공공성이 더욱 크다. 그럼에도 불구하고 이 사건 법률조항들은 기부자에 대한 법인세의 손금산입의 범위, 고유목적사업준비금에 대한 손금산입의 범위, 지방세법상 취득세 및 사업소세의 비과세 요건 등 조세에 대한 감면 및 지원 정책을 대학병원 등과 같은 대형병원들에 집중하고 있는바, 이는 합리적 이유가 없는 차별로서 의료법상 일반 의료법인인 청구인들의 평등권을 침해하고, 청구인들에 대한 조세 부과에 있어서 과잉금지원칙에 위배되어 재산권을 침해한다.
나. 이해관계인 국세청장, 재정경제부, 행정자치부 장관의 의견 요지
(1) 이 사건 법률조항들은 모두 신고납세 방식에 의한 조세들로서 부과징수 방식에 의한 조세의 경우와 마찬가지로 종국적인 과세처분이라는 공권력의 행사를 통하여 비로소 기본권 침해가 현실화되는 것이므로, 기본권 침해의 직접성이 인정되지 않는다.
또한, 청구인들 중 가장 최근에 의료법인을 설립한 청구인 의료법인 ××의료재단의 경우를 보더라도 그 법인 성립일은 2002. 12. 17.이고, 이 사건 법률조항들은 모두 위 법인의 성립일 이전부터 시행되어 왔으며, 청구인들의 헌법소원심판청구일은 2006. 11. 8.이므로, 이 사건 심판청구는 모두 이 사건 법률조항의 시행일로부터, 또는 청구인들이 주장하는 사유 발생일로부터 1년의 청구기간이 도과한 후에 제기된 것으로서 부적법하다.
(2) 대학병원 등은 의료법상의 일반 의료법인과는 달리, 환자에게 의료용역을 제공하는 외에 각 법인의 설립 근거 법률에서 규정하는 의학 발전의 도모, 국민보건의 향상, 사립학교의 건전한 발달, 사회복지의 증진 등 특별한 목적을 지니고 있어 강한 공익적 성격이 인정되고, 그 설립목적, 경영원칙, 목적사업, 운영형태, 재정지원 및 감독 등의 면에서 일반 의료법인보다 더 엄격한 법률적 규제를 받고 있어 조세의 지원 및 경감을 해 줄 필요성도 일반 의료법인에 비하여 훨씬 크다. 따라서 이 사건 법률조항들이 일반 의료법인과 대학병원 또는 특별 의료법인 등을 달리 취급하고 있는 것은 각 법인의 성격의 본질적 차이에 따른 것으로서 합리적 이유가 있다고 할 것이므로 청구인들의 평등권을 침해하지 아니한다. 나아가 청구인들은 조세혜택의 기회 및 기부금을 더 받을 수 있는 기회를 재산권의 내용으로 주장하고 있으나, 이는 단순한 기대
3. 판단
가. 구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호
헌법소원은 원칙적으로 자기의 기본권을 침해당하고 있는 자만이 제기할 수 있고, 공권력 작용에 단지 간접적, 사실적 또는 경제적인 이해관계로만 관련이 있는 제3자에게는 자기관련성이 인정되지 않는다(헌재 2006. 10. 26. 2004헌마13 , 판례집 18-2, 393, 401 참조).
구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호는 내국법인의 법인세 과세표준 산출시 각 사업연도의 소득금액의 계산에 있어서 기부금에 대한 손금산입의 범위를 정한 규정이다. 기부금이란 법인이 특수관계가 없는 자에게 당해 법인의 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 재산적 증여의 가액을 말하는바(법인세법 시행령 제35조 제1호), 법인의 순자산감소의 원인이기는 하지만 기업활동과는 무관한 지출로서 본래 수익에 대응하는 비용으로 인정되기는 어렵고, 다만 사회적으로 유익한 경우가 있으므로 법인세법은 그 공익성의 정도에 따라 특정한 목적의 기부금에 대해서만 그 범위를 달리하여 손금에 산입하도록 하고 있다.
이 사건 법률조항들 중 구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호는 내국법인이 위 각 호 소정의 병원에 대하여 시설비·교육비 또는 연구비로 지출하는 기
부금에 대해서는 당해 사업연도의 소득금액에서 이월결손금, 법정기부금, 정치자금기부금을 차감한 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액의 한도 내에서 손금에 산입하도록 함으로써, 청구인들과 같은 일반 의료법인에 대하여 지출하는 기부금에 적용되는 법인세법 제24조 제1항의 기부금의 손금산입 범위(법인세법 시행령 제24조 제1항, 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 바. 목, 제38조 제1항 제3호)에 비하여 더 넓은 범위에서 손금에 산입할 수 있도록 하는 조세특례 조항이다.
청구인들은 이와 같이 기부주체의 법인세액 계산시 기부대상에 따라서 손금산입의 범위를 달리하고 있는 구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호가 청구인들의 평등권을 침해한다고 주장한다.
그러나, 구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호에 의하여 기부금의 손금산입을 받을 수 있는 자, 즉 위 조항의 수범자는 기부의 주체인 내국법인이며, 기부의 상대방이 되는 청구인들과 같은 의료법상 의료법인은 위 조항의 직접적인 수범자가 아니라고 할 것이다. 설사 기부의 주체가 구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호 소정의 의료법인에 대하여 기부를 하는 경우, 당해 사업연도의 법인세 산출을 위한 소득금액 계산에 있어서 일반 의료법인에 대하여 기부하는 경우에 비하여 넓은 범위에서 손금산입을 받을 수 있게 됨에 따라 구 조특법 조항 소정의 의료법인에 대한 기부를 더 선호하도록 하는 유인으로 작용하게 되고, 그로 인하여 청구인들이 상대적으로 기부를 덜 받게 되는 결과가 야기된다 하더라도 이는 간접적, 사실적 또는 경제적인 불이익에 불과하다고 할 것이고, 법적인 불이익이라고 할 수 없다.
따라서 청구인들의 이 사건 헌법소원심판 중 구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호에 대한 청구 부분은 자기관련성을 흠결하여 부적법하다.
나. 구 조특법 제74조 제1항 제1호 내지 제3호, 지방세법 제107조 제1호, 제245조의2 제1항 제1호 등
기본권침해의 직접성이란 집행행위에 의하지 아니하고 법령 그 자체에 의하여 자유의 제한, 의무의 부과, 법적 지위의 박탈이 발생하는 경우를 말하므로, 당해 법령에 근거한 구체적인 집행행위를 통하여 비로소 기본권침해의 법률효과가 발생하는 경우에는 직접성의 요건이 인정되지 않는다(헌재 1994. 4. 28. 92헌마280 , 판례집 6-1, 443, 446 참조).
조세법령의 경우에는 과세관청의 부과처분에 의하여 조세채무가 확정되는 부과과세 방식(국세기본법 시행령 제10조의2 제3호)이나 납세의무자가 스스로 조세채무 성립요건의 충족을 확인하고 이에 관계 세법을 적용하여 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무를 확정시키는 신고납세 방식(국세기본법 시행령 제10조의2 제1호)을 불문하고 과세처분이라는 구체적인 집행행위를 매개로 하여 기본권을 침해하는 것이고, 그 자체로 직접 기본권을 침해하는 것이 아니므로 직접성이 인정되지 않는다고 할 것이다(헌재 2001. 1. 18. 2000헌마80 , 판례집 13-1, 163 참조).
법인세는 신고납세 방식의 조세인바(국세기본법 시행령 제10조의2 제1호), 구 조특법 제74조 제1항 제1호 내지 제3호는 위 조항 각호에 게기된 법인에 대하여는 2006년 12월 31일 이전에 수익사업에서 발생한 소득의 전부를 손금에 산입할 수 있도록 하여, 법인세법 제29조 제1항 제3호의 고유목적사업준비
금의 손금산입 범위에 비하여 넓은 범위 내에서 손금산입이 가능하도록 한 조세특례 조항이다.
취득세 및 사업소세 또한 신고납세 방식의 조세로서(지방세법 제115조, 제250조 제1항), 지방세법 제107조 제1호, 구 지방세법 시행령 제79조 제1항 제2호는 취득세의 비과세 요건을 정한 규정이고, 지방세법 제245조의2 제1항 제1호, 지방세법 시행령 제207조는 사업소세의 비과세 요건을 정한 규정인바, 위 조항들은 공공성과 공익성이 특히 강하여 각 조항 소정의 비영리사업자의 조세부담을 경감시킬 필요성이 있다고 인정되는 경우에는 용도 구분에 따라 취득세와 사업소세를 부과하지 아니하도록 하는 조세특례 조항이다.
결국 구 조특법 제74조 제1항 제1호 내지 제3호, 지방세법 제107조 제1호, 제245조의2 제1항 제1호, 구 지방세법 시행령 제79조 제1항 제2호, 지방세법 시행령 제207조는 모두 신고납세 방식의 조세법령에 대한 특례조항으로서, 그에 의거한 구체적 집행행위를 매개로 하여 기본권 침해 여부의 문제가 발생할 수 있을 뿐이므로 기본권 침해의 직접성이 인정되지 않는다고 할 것이고, 따라서 이 부분 헌법소원심판 청구는 부적법하다.
4. 결론
그렇다면 이 사건 헌법소원심판청구는 모두 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.
2009. 4. 30.
재판관
재판장 재판관 이강국
재판관 이공현
재판관 조대현
재판관 김희옥
재판관 김종대
재판관 민형기
재판관 이동흡
재판관 목영준
재판관 송두환
〔별지 1〕
청구인목록생략
〔별지 2〕
관 련 조항
제24조(기부금의손금불산입)①내국법인이각사업연도에지출한기부금중사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술등공익성을감안하여대통령령이정하는기부금(이하"지정기부금"이라한다)중제1호의금액에서제2호의금액을차감한금액에100분의5를곱하여산출한금액(이하이조에서"손금산입한도액"이라한다)을초과하는금액과지정기부금외의기부금은당해사업연도의소득금액계산에있어서이를손금에산입하지아니한다.
1.당해사업연도의소득금액(제2항의규정에의한기부금과지정기부금을손금에산입하기전의소득금액을말한다.이하이조에서같다)
2.제2항의규정에의하여손금에산입되는기부금과제13조제1호의규정에의한결손금의합계액
제29조(고유목적사업준비금의손금산입)①비영리내국법인(법인으로보는단체의경우에는대통령령이정하는단체에한한다)이각사업연도에그법인의고유목적사업또는지정기부금(이하이조에서"고유목적사업등"이라한다)에지출하기위하여고유목적사업준비금을손금으로계상한경우에는다음각호의금액을합한금액의범위안에서당해사업연도의소득금액계산에있어서이를손금에산입한다.
1.「소득세법」제16조제1항제1호내지제11호의규정에의한이자소득
금액및같은법제17조제1항제5호의규정에의한투자신탁수익의분배금
2.「소득세법」제17조제1항제1호·제2호및제6호의규정에의한배당소득금액.다만,「상속세및증여세법」제16조또는같은법제48조의규정에의하여상속세또는증여세과세가액에산입되거나증여세가부과되는주식등으로부터발생한배당소득금액을제외한다.
3.특별법에의하여설립된비영리내국법인이당해법률에의한복지사업으로서그회원또는조합원에게대출한융자금에서발생한이자금액
4.제1호내지제3호외의수익사업에서발생한소득에100분의50(공익법인의설립·운영에관 한법률에의하여설립된법인으로서고유목적사업등에대한지출액중100분의50이상의금액을장학금으로지출하는법인의경우에는100분의80)을곱하여산출한금액
제72조(청구대상)①이법에의한처분(신고납부또는수정신고납부를한경우에는그신고납부를한때에처분이있었던것으로본다.이하이절에서같다)으로서위법또는부당한처분을받았거나필요한처분을받지못함으로써권리또는이익의침해를당한자는이절의규정에의한이의신청,심사청구및심판청구를할수있다.
②다음각호의처분은제1항의처분에포함되지아니한다.
1.이절의규정에의한이의신청,심사청구또는심판청구에대한처분.다만,이의신청에대한처분에대하여심사청구또는심판청구를하는경우를제외한다.
2.「조세범처벌절차법」에의한통고처분
3.「감사원법」에의하여심사청구를한처분이나그심사청구에대한처분
4.제70조의규정에의한과세전적부심사의청구에대한처분
제36조(지정기부금의범위)①법제24조제1항에서“대통령령이정하는기부금”이라함은다음각호의1에해당하는것을말한다.
1.다음각목의비영리법인(단체를포함하며,이하이조에서“지정기부금단체등”이라한다)에대하여당해지정기부금단체등의고유목적사업비로지출하는기부금
바.「의료법」에의한일반의료법인
제38조(기부금의손금산입범위등)①법인이「조세특례제한법」제73조또는법제24조의규정에의한기부금을지출한경우다음각호의구분에의한금액의범위안에서당해기부금을순차적으로손금에산입한다.
1.법제24조제2항각호의규정에따른기부금(이하이항에서"법정기부금"이라한다)과「조세특례제한법」제73조제1항의규정에따른기부금의경우다음산식에의하여계산한금액
[당해사업연도소득금액(기부금을손금산입하기전의소득금액을말한다.이하이항에서같다)－이월결손금(법제13조제1호의규정에따른결손금의합계액을말한다.이하이항에서같다)]×100분의50
2. 생략
3.법제24조제1항의규정에의한지정기부금의경우다음산식에의하여
계산한 금액
(당해사업연도소득금액－이월결손금－법정기부금－「조세특례제한법」제73조의규정에의한기부금)×100분의5
④법제24조제3항의규정을적용함에있어서동조제1항및제2항의규정에의한지정기부금의손금산입한도액초과금액및법정기부금의손금산입한도액초과금액은이월된각사업연도에있어서지정기부금및법정기부금이각각동조제1항및제2항의규정에의한손금산입한도액에미달하는경우에한하여그미달하는금액의범위안에서이를손금에산입한다.
⑤법인이법제24조및「조세특례제한법」제73조제1항의규정에의한기부금을지출한때에는법제24조제1항의규정에의한지정기부금과동조제2항의규정에의한기부금및「조세특례제한법」제73조제1항의규정에의한기부금을구분하여작성한재정경제부령이정하는기부금명세서를법제60조의규정에의한신고와함께납세지관 할세무서장에게제출하여야한다.