1. 피고가 2013. 10. 15. 원고에 대하여 한 2012년도 법인세 824,367,060원의 부과처분을 취소한다.

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1. 처분의 경위

가. 원고는 자동차부품 제조업을 영위하는 자본금 48억 원의 법인으로서, 2009 사업연도에 860억 원(반올림하였다. 이하 같다)의 매출액을 달성하고, 2010 사업연도에 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구법 시행령’이라 한다) 제2조 제1항 단서에 따라 중소기업에서 제외되는 매출액 기준인 1,000억 원 이상을 초과하여 1,018억 원의 매출액을 달성하였으며, 2011 사업연도에는 1,218억 원, 2012 사업연도에는 1,235억 원의 매출액을 달성하였다.

나. 원고는 2013. 3. 31. 2012년 귀속 법인세를 신고하면서 그 과세표준액을 6,277,928,702원, 그 산출세액을 1,235,585,740원으로 각 산출하고, 구 조세특례제한법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 24271호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정법 시행령’이라 한다) 제2조 제2항 본문에 따라 “원고가 2010 사업연도에 그 규모의 확대 등으로 매출액이 1,000억 원 이상이 되어 중소기업에 해당하지 않게 되었으므로 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 2010 사업연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보는 중소기업 유예기간(이하 ‘유예기간’이라고만 한다)을 적용받는다”는 이유로, 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제10조, 개정법 시행령 제9조 등 중소기업관련 세액공제를 적용하여, 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제로 1,028,706,434원, 외국 납부세액에 대한 세액공제로 16,105,526원, 합계 1,044,811,960원을 공제하고, 총 납부세액을 190,773,780원(= 산출세액 1,235,585,740원 - 세액공제 1,044,811,960원)으로 신고납부하였다.

다. 대전지방국세청장은 2013. 7.경 "원고가 2008년경부터 주식회사 우리기업(이하 ‘우리기업’이라 한다)의...