1. 피고가 2012. 5. 7. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 경청청구 거부처분을 취소한다.

2...

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 7. 9. 서울 강남구 B(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다) 및 그 지상 지하1층, 지상3층의 다가구 주택(이하 ‘이 사건 신축주택’이라고 한다)을 대한주택공사에 양도하였는데, 이 사건 신축주택은 원고가 1985. 1. 1. 전에 취득하여 보유하고 있던 이 사건 토지 지상 C주택 8단지 68호 스라브 연와조 세멘철골조 주택, 1층 66.12㎡, 2층 66.12㎡ (이하 이 사건 종전주택이라고 한다)를 1996. 3. 27. 철거한 뒤 1996. 9. 30. 신축한 것이다.

나. 원고는 2009. 5. 6. 구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항 [표1](이하 ‘쟁점표 1’ 이라고 한다)에서 규정하고 있는 장기보유특별공제율 30/100(10년 이상)을 적용하여 양도소득세 278,514,070원을 신고, 납부하였다가, 2012. 3. 5. 비거주자에게도 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제 조항이 적용된다는 대법원 판례(대법원 2011. 7. 14. 선고 2009두21147 판결)에 따라 구 소득세법 제2항 [표2](이하 ‘쟁점표 2’라고 한다)에서 규정하는 장기보유특별공제율 중에서 이 사건 신축 주택의 보유기간을「11년 이상, 12년 미만」으로 공제율 44/100, 이 사건 토지의 보유기간은「20년 이상」으로 공제율 80/100을 각 적용하여 이미 납부한 양도소득세 중 203,717,750원을 공제하여야 한다며 양도소득세 경정청구를 하였다.

다. 이에 대하여 피고는 비거주자의 경우 1세대 1주택에 대한 장기보유 특별공제 조항을 적용할 수 없다는 이유로 2012. 5. 7. 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였고, 이에 대하여 원고가 2012. 7. 30. 감사원에 심사청구를 하였으며, 감사원이 비거주자의 경우도 거주자와 동일한 방법으로 과세하도록 규정되어 있으므로 이 사건 신축주택이 1세대...