1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지...

1. 처분의 경위

가. 원고는 방사성폐기물 관리법에서 정한 ‘원자력발전사업자’로서 합계 25기의 원자력발전시설을 운영하고 있다.

나. 원고가 2009. 1. 1.부터 시행된 방사성폐기물 관리법에 따라, 매분기 다음달 15일까지 산업통상자원부장관에게 분기별 사용후핵연료의 종류와 발생량을 제출하면, 산업통상자원부장관으로부터 부담금 부과징수 업무를 위탁받은 한국원자력환경공단은 매분기 말일부터 25일 이내에 원고에게 사용후핵연료관리부담금(이하 ‘관리부담금’이라 한다)을 고지하고, 원고는 그 고지에 따른 납부기한 내에 관리부담금을 납부하여 왔다.

다. 원고는 2009년 사업연도 이후의 법인세를 신고납부하면서 별지1 '관리부담금 내역표' 중 ‘신고내역’란 기재와 같이 위 관리부담금을 손금에 산입하였는데, 그 손금 귀속시기를 한국원자력환경공단의 관리부담금 고지일 이후가 아니라, 사용후핵연료가 원자로에서 인출된 해당 분기말이 속하는 사업연도로 하여 소득금액을 계산하였다. 라.

이에 피고는, 관리부담금으로 인한 손금은 사용후핵연료가 인출된 해당 분기말이 속한 사업연도가 아니라 관리부담금 고지일이 속한 사업연도에 귀속되어야 한다는 이유로(이 경우 각 사업연도의 4분기에 인출된 사용후핵연료 부분의 관리부담금에 관한 손금귀속시기는 고지일이 속하는 사업연도인 그 다음해가 된다), 별지1 '관리부담금 내역표' 중 ‘경정내역‘ 기재와 같이 2009년부터 2013년까지의 각 4분기 관리부담금에 관하여 해당 사업연도에서 손금부인하고 그 다음 사업연도에 손금산입하는 방법으로 법인세를 재산정한 다음, 2015. 7. 6. 원고에 대하여 2011년 사업연도 법인세 23,807,620,000원 및 2012년 사업연도 법인세 3,675,423...