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부산고등법원 2014.3.26.선고 2013누20325 판결
취득세등과세처분취소
사건

2013누20325 취득세등과세처분취소

원고,항소인

주식회사지사환경

소송대리인법무 법인 A

피고,피항소인

부산광역시 강서구청장

소송대리인 법무 법인 B

제1심판결

부산지방법원2013.8.23. 선고2013구합452 판결

변론종결

2014. 2. 26.

판결선고

2014.3. 26.

주문

1. 원고의 항소를 기각한다 .

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지및항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2011. 4. 11. 원고에 대하여 한 취득세 103,530,710원 , 농어촌특별세 10,353,050원, 등록세 77,648,020원, 지방교육세 14,423,260원(각 가산세 포함) 의 각 부과처분을 취소한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 3. 31. 주식회사 화원의 사업부문 중 폐기물최종처리사업부문 등을 분할하여 설립된 법인이다.

나 . 2009. 4. 30. 주식회사 화원의 소유인 부산 강서구 지사동 **** 잡종지 *** m ( 이 하 '이 사건 토지'라고 한다 )에 관하여 2009. 3. 31. 회사분할을 원인으로 한 원고 명의 의 소유권이전등기가 마쳐졌다.

다. 원고는 2009. 4. 28. 피고에 대하여 법인세법 제46조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 분할로 인하여 이 사건 토지를 취득하였다는 이유로 이 사건 토지에 대한 취득세 및 등록세 전액에 관하여 지방세 감면신청을 하였고, 이에 피고는 이 사건 토지에 대한 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 등을 부과하지 아니하였다.

라. 그런데 피고는 2010. 10. 20. 세무조사를 실시하여 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 분할등기일에 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인으로부터 승계받은 사업을 계 속하지 않았다는 이유로, 2011. 4. 11. 이 사건 토지의 취득가액 3,687,779,905원을 과 세표준으로 하여 취득세 103,530,710원, 농어촌특별세 10,353,050원, 등록세 77,648,020원, 지방교육세 14,423,260원 합계 205,955,040원을 부과하였다( 이하 '이 사 건 처분'이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1호증(이하 특별히 가지번호를

기재하는 것 이외에는가지번호 포함) 각 기재, 변론전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 분할등기일이 속한 사업연도의 종료일까지 주식회사 화원으로부터 승계 받은 폐기물처리사업을 계속하여 영위함으로써 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제 19921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다 ) 제119조 제1항 제10호 , 제120조 제1항 제9호 에서 정한 취득세, 등록세 감면 요건을 충족하였으므로, 이와 달리 본 이 사건 처분은 위법하다(이하 '① 주장'이라고 한다).

2 ) 이 사건 처분은 이 사건 토지의 취득 당시 이미 감면된 취득세, 등록세에 대하 여 사후에 추징하는 추징처분이므로, 해당 법령에 별도의 추징근거가 있어야 하는데, 구 조세제한특례법이 2010. 1. 1. 법률 제9221호로 개정되면서 비로소 추징규정이 생 겼을 뿐, 원고가 취득세, 등록세를 감면받을 당시 적용되던 구 조세제한특례법에는 추 징규정이 없었음에도 피고가 위와 같이 개정된 법률을 소급 적용하여 추징한 이 사건 처분은 위법하다( 이하 '② 주장'이라고 한다).

나 . 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다 .

다. 판단

1) 원고의 ① 주장에 관한 판단

가 ) 구 조세특례제한법 제119조 제1항 제10호, 제120조 제1항 제9호'법인세법 제46조 제1항 각 호(물적분할의 경우에는 동법 제47조 제1항) 의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기의 경우 취득세와 등록세를 면제한다' 고 되어 있고, 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제1 항은 '분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하 는 바에 따라 분할하는 것일 것(제1호), 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인 의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 받은 분할대가의 전액이 주식이고 그 주식이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정될 것( 제2호), 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분 할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법 인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것( 제3호)'을 분할의 요건으로 규정하면서, 같은 법 제46조 제4항에서 위 제1항의 규정을 적용함에 있어서 승계받은 사업의 계속 또는 폐지에 관한 판정기준에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하고 있 다 . 이에 따라 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것 ) 제80조 제3항, 제83조 제4항은 분할신설법인이 승계한 사업용 고정자산가액의 2분 의 1 이상을 처분하거나 승계한 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 승계한 사 업을 계속하지 아니하는 것으로 본다고 규정하고 있다.

한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조).

나 ) 위 관련규정 및 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거 , 갑 제 6 내지 18호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 분할회사인 주식회사 화 원은 이 사건 토지를 취득한 후인 2006. 12. 29. 이 사건 토지에 폐기물처리장을 설치 하기 위하여 주식회사 한가람과 사이에 매립시설 설계, 측량 및 지질조사, 협의내용 변 경 , 인허가에 관한 용역계약을 체결한 사실, ② 2009. 3. 31. 주식회사 화원의 사업부문 중 폐기물최종처리사업부문 등을 분할하여 원고가 설립되었고, 2009. 4. 30. 이 사건 토지에 관하여 2009. 3. 31. 회사분할을 원인으로 한 원고 명의의 소유권이전등기가 마 쳐진 사실, ③ 주식회사 화원은 위 회사분할 이후인 2009. 11. 20. 주식회사 한가람과 사이에 위 용역계약을 합의해지 한 사실, ④ 그 후 원고는 2009. 12.경 주식회사 삼영 기술과 사이에 이 사건 토지에 관한 토목설계 및 실시계획인가에 관한 용역계약을 체 결하고 2010. 3. 10. 계약금 2,750만 원을 지급한 사실, ⑤ 원고는 2009. 11.경 부산광 역시장에게 이 사건 토지에 폐기물매립장을 조성하는 내용의 도시계획시설사업(폐기물 처리시설) 사업시행자지정 및 실시계획인가신청서를 제출하였는데, 그 신청서에 첨부된 사업계획서에는 사업 착수 예정일이 2010. 3.로 , 처리업 허가신청 예정일이 2010. 4.로 기재되어 있는 사실, ⑥ 부산진해경제자유구역청장은 2010. 4. 8. 원고를 도시계획시설 사업(폐기물처리시설)의 사업시행자로 정하되, 인가고시일로부터 14일 이내에 공사이행 보증금을 현금 또는 이행보증서로 제출할 것을 내용으로 하는 도시계획시설사업(폐기 물처리시설) 사업시행자지정 및 실시계획 인가를 원고에게 통보한 사실, ⑦ 이에 따라 원고는 2010. 4. 27.경 부산진해경제자유구역청장에게 서울보증보험주식회사가 발행한 인허가보증보험증권을 제출한 후, 폐기물처리사업계획서가 적합하다는 내용의 통보를 받은 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 분할신설법인인 원고는 분할법인인 주식회사 화원으로 부터 폐기물처리사업 등을 승계한 이후 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일인 2009. 12. 31. 에 이르기까지 주식회사 삼영기술과 사이에 이 사건 토지에 관한 토목설 계 및 실시계획인가에 관한 용역계약을 체결하고, 해당 관청에 도시계획시설사업(폐기 물처리시설) 사업시행자지정 및 실시계획인가신청서만을 제출하였을 뿐, 그때까지 이 사건 토지에 폐기물매립장을 설치하기 위한 공사에 착수하지 아니하였음은 물론이고 해당 관청으로부터 사업시행자지정 및 실시계획인가도 받지 못하였다는 것인바, 이러 한 사정이라면 원고가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일인 2009. 12. 31.까지 이 사건 토지를 폐기물처리사업에 직접 사용하였다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만 한 증거가 없다.

따라서 이 사건 토지의 취득은 구 조세특례제한법 제119조 제1항 제10호, 제 120조 제1항 제9호가 정한 취득세 및 등록세의 감면요건에 해당하지 않는다고 할 것 이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다 .

2 ) 원고의 ② 주장에 관한 판단

가) 추징처분은 일단 감면요건에 해당하면 그 세액을 감면한 후에 당초의 감면취 지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로서 본래의 부과 처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분이라 할 것이므로, 추징처분이 해당 법에서 규정한 추징요건을 갖추지 못하였다면 그 추징처분은 위법한 처분이 되는 것이고, 감 면요건을 갖추지 못하여 본래의 부과처분을 할 사유가 있다고 하더라도 그와 같은 사 정이 위법한 추징처분을 적법한 것으로 보아야 할 사유가 될 수는 없다(대법원 1998. 8. 21. 선고 97누1846 판결 등 참조).

위와 같은 법리에 비추어 볼 때 이 사건의 선결적 쟁점은, 이 사건 처분이 이미 감면된 세액을 사후에 추징하는 추징처분인지 아니면 본래의 부과처분인지 여부에 있 다고 할 것이고, 이는 결국 구 조세특례제한법 제119조 제1항 제10호, 제120조 제1항 제9호 등의 해석문제인바, 그 판단을 위해서는 취득세 등의 감면 및 추징, 세액의 신고 납부에 관한 법령상의 여러 규정의 전체 내용과 그 규정형식, 입법목적 및 취지 등을 종합적으로 고려하여야 할 것이다.

나 ) 구 조세특례제한법 제119조 제1항 제10호, 제120조 제1항 제9호'법인세법 제46조 제1항 각 호(물적분할의 경우에는 동법 제47조 제1항 )의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 대하여'는 취득세, 등록세를 면제하고 있고, 구 법인세법 제46 조 제1항 제3호는 '분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받 은 사업을 계속 영위할 것' 을 그 요건으로 하고 있음은 앞서 본 바와 같다.

위와 같은 법령 규정의 내용과 그 형식을 종합해 보면, 문리해석상 구 조세특 례제한법 제119조 제1항 제10호 , 제120조 제1항 제9호에 의하여 취득세, 등록세가 감 면되는 것은 어디까지나 분할신설법인이 회사분할로 취득하는 재산으로서, 분할신설법 인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인으로부터 승계받은 사업을 계속하여 영위하여야만 비로소 해당 재산이 감면대상에 해당하게 되고, 그 기간이 경 과할 때까지는 과세가 유예되며, 반면 그 기간이 경과할 때까지 사업을 계속 영위하지 아니하는 경우에는 감면대상에서 제외되어 그 시점부터 취득세 등의 부과대상이 된다 고 해석하는 것이 조세법률 엄격해석의 원칙에 부합한다. 즉, '분할신설법인이 분할등 기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위하 였는지 여부'는 해당 토지의 취득세 등의 감면 여부를 판단하기 위한 감면요건에 해당 하는 것으로서 , 구 조세특례제한법 제119조 제1항 제10호, 제120조 제1항 제9호는 토 지 취득일로부터 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 취득세 등의 부과 또는 면제 결정을 일시 유예하는 것으로 보아야 하고, 이와 달리 토지의 취득과 동시에 취 득세 등이 감면되었다가 사후에 이미 감면된 세액을 추징하는 추징요건으로 보기는 어 렵다.

따라서 분할신설법인이 회사분할로 취득한 토지에 대하여 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할 전 회사로부터 승계받은 사업을 계속 영위하지 아니하면, 당해 토지는 구 조세특례제한법 제119조 제1항 제10호, 제120조 제1항 제9호에 의하 여 처음부터 취득세 등 감면대상에서 배제되는 것으로서, 이 경우에 과세관청이 하는 취득세 등 부과처분은 추징처분이 아닌 본래의 부과처분이라고 할 것이다.

다 ) 결국, 이 사건 처분은 분할신설법인인 원고가 분할등기일이 속하는 사업연도 의 종료일인 2009. 12. 31.까지 분할법인 주식회사 화원으로부터 승계한 폐기물처리사 업을 계속 영위하지 못함에 따라 구 조세특례제한법 제119조 제1항 제10호 , 제120조 제1항 제9호 등의 규정에 따라 취득세, 등록세 등의 부과대상이 된 이 사건 토지에 대 하여 취득세, 등록세를 부과 · 고지한 본래의 처분에 해당한다고 할 것이므로, 이 사건 처분이 이미 감면된 조세에 대한 별도의 추징처분임을 전제로 한 원고의 이 부분 주장 은 나머지 점에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다 .

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판 결한다.

판사

구남수 (재판장)

문상배

김현석

별지

관련 법령

제119조(등록세의 면제 등 )

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제(제13호· 제

28호 및 제29호의 경우에는 100분의 50을 감면 )한다. 이 경우 「지방세법」 제138조 제1

항의 세율을 적용하지 아니한다.

10. 법인세법 제46조 제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조제1항) 의 요건을 갖춘 분

할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기

제120조(취득세의 면제 등 )

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산의 취득에 대하여는 취득세를 면제(제12호·제24호

및 제25호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다.

9 . 법인세법 제46조 제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조 제1항) 의 요건을 갖춘 분

할로 인하여 취득하는 재산

제46조 (분할평가차익 상당액의 손금산입)

① 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할(물적분할을 제외한다) 의 경우로서 분할신설법인 또는 분할

합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 자산을 평가하여 승

계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다) 의 가액 중 당해 자산에 대한

분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업

연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다 .

1. 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에

따라 분할하는 것일 것

분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상

대방법인으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조제1항 제2호의 비율

이상) 이 주식이고 그 주식이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 소유

하던 주식의 비율에 따라 배정될 것

3. 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지

분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것

④ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 승계받은 사업의 계속 또는 폐지에 관한 판정기

준, 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령

으로 정한다.

제80조 (합병평가차익상당액의 손금산입)

③ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 사

업용 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계한 해당 사업에 직접 사용하지 아니

하는 경우에는 법 제44조 제1항 제3호에 해당하지 아니하는 것으로 한다 . 이 경우 승계받

은 사업(한국표준산업분류에 의한 세분류를 기준으로 하며, 이하 이 조에서 "사업" 이라 한

다) 이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정하며, 같은 호에 해당하는 사업부문의 자산에 한

정하여 제2항을 적용한다.

⑥ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 다음

각 호의 어느 하나에 해당하게 되는 경우에는 제5항에도 불구하고 법 제44조 제2항에 따

라 해당 사유가 발생한 사업연도에 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 잔액전액을 약익

금에 산입한다. 이 경우 승계한 사업이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정한다.

1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 사업용 고정자산가액의 3분의 2 이상을 처분하게

나 승계한 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 승계받은 사업을 6월 이상 계속하여 휴업하거나 폐업하는 경우

제83조(물적분할로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입)

④ 제80조 제3항 및 제6항의 규정은 분할신설법인이 승계한 사업의 계속 또는 폐지의 판정 및

적용에 관하여 이를 준용한다. 끝.

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