2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2011. 8. 2. 원고에 대하여 한 2011년 귀속분 부가가치세 초과환급가산세 12,104,200원의 부과처분 및 2011년 제1기분 부가가치세 82,230,000원의 환급거부처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

가. 발전차액지원제도와 원고의 발전사업 추진경과

(1) 발전차액지원제도의 내용

2001. 10.부터 ‘신·재생에너지 개발·이용·보급 촉진법’에 근거하여 운영되는 ‘발전차액지원제도’는 지식경제부 장관이 신·재생에너지 발전(발전)에 의하여 공급한 전기의 전력거래가격이 고시한 기준가격보다 낮은 경우에 당해 전기를 공급한 신·재생에너지 발전사업자에 대하여 발전차액(발전차액), 곧 기준가격과 전력거래가격의 차액을 우선적으로 지원하는 제도이다.

발전차액을 지원받고자 하는 발전사업자는 에너지관리공단 신재생에너지센터소장(이하 ‘신재생에너지센터소장’이라 한다)에게 연간 기준가격 적용설비 선정 신청을 하여 선정 확인서를 발급받고, 그로부터 3개월 이내에 발전설비의 건설을 완료하여 한국전기안전공사로부터 발급받은 사용전검사필증을 첨부하여 발전차액설치확인 신청(1차 신청)을 해야 한다(설치기간 내에 발전차액설치확인신청을 하지 못하였을 경우 연간기준가격 적용설비 선정은 취소된다). 이후 발전사업자는 기준가격 지원을 받기로 예정된 해에 발전차액설치확인 최종신청을 하여 적합여부를 심사받은 후 자금지원을 받게 된다.

(2) 원고의 발전차액지원제도를 활용한 발전사업 추진경과

원고는 태양광발전소 및 이와 관련된 부대사업 일체를 목적으로 하여 설립된 회사로서, 2007. 11. 16. 충청남도지사로부터 발전사업허가를 받았다.

원고는 발전차액지원제도에 따라 자금지원을 받기 위해 신재생에너지센터소장에게 2011년도 기준가격 적용설비 선정신청을 하였고, 신재생에너지센터소장은 2009. 10. 5. 원고에 대하여 설치기간을 2009. 10. 5.부터 2010. 1. 4.까지로 정하여 태양광발전설비에 대한 2011년도 연간 기준가격 적용설비 선정확인을 하였다(신재생에너지센터소장은 원고에게 교부한 연간 기준가격 적용설비 선정확인서에 ‘설치기간 내에 발전차액지원 설치확인신청을 하지 못할 경우 연간 기준가격 적용설비 선정은 취소된다’는 취지를 명시하였다).

나. 원고와 주식회사 포스코플랜텍의 발전설비공급 계약 및 이행경과

(1) 원고는 2009. 10. 22. 주식회사 포스코플랜텍(변경 전 상호 포철산기 주식회사, 이하 ‘포스코플랜텍’이라 한다)과 사이에 다음과 같은 내용의 태양광발전설비 건설 공급계약(이하 ‘이 사건 최초계약’이라 한다. 한편 아래의 공사를 ‘이 사건 공사’라 한다.)을 체결하였다.

○ 계약당사자 : 도급인 - 원고, 수급인 - 포스코플랜텍

○ 공사기간 : 2009. 11. 11. ~ 2010. 10. 30.

○ 공사대금 : 43억 원(부가가치세 미포함)

○ 공사현장 : 충남 금산군 금성면 (주소 생략)

○ 공사대상 : 919.6 ㎾급 태양광발전설비(이하 ‘이 사건 발전설비’라 한다)

(2) 한국전기안전공사는 2009. 12. 29.부터 2009. 12. 31.까지 이 사건 발전설비에 대해 사용 전 검사를 한 다음, 2010. 1. 4. 원고에게 사용 전 검사필증과 전기설비검사서를 교부하였고, 원고는 이 무렵 신재생에너지센터소장에게 사용 전 검사필증을 첨부하여 발전설비 설치확인 신청(1차)을 하였다.

(3) 충청남도지사는 2010. 1. 6. 원고의 설비용량 919.6 ㎾의 전기사업(태양광발전) 사업개시신고를 수리하였다.

(4) 원고는 2010. 3. 16. 포스코플랜텍에 전체 공사대금의 80%인 34억4천만 원을 지급하였다.

(5) 원고는 2010년 제1기분 부가가치세 예정·확정신고를 하면서, 매출액 449,239,000원에서 매입액 39억 7,500만 원(포스코플랜텍에 대한 매입액 34억 4,000만 원을 포함)을 공제하고 부가가치세 환급신청을 하여 3억 3,500만 원을 환급받았다.

다. 원고와 포스코플랜텍의 수정계약서 작성 및 이후 경과

(1) 원고와 포스코플랜텍은 2010. 12. 30. 이 사건 최초계약의 공사기간을 2009. 11. 11.부터 2011. 3. 31.까지로 변경하기로 하는 수정계약(이하 ‘이 사건 수정계약’이라 하고, 이 사건 최초계약과 이 사건 수정계약을 통칭하여 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.

(2) 원고는 2011. 1. 21. 신재생에너지센터소장에게 발전차액설치확인 최종신청을 하였고, 2011. 3. 14. 발전차액보조금 351,588,070원을 지원받았다.

(3) 원고는 2011. 3. 16. 포스코플랜텍에 나머지 공사대금 8억 6,000만 원을 지급하고, 2011. 3. 17. 포스코플랜텍으로부터 공급가액 8억 6,000만 원의 매입세금계산서(세금계산서상 작성일자는 2011. 3. 15.이다. 이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다.)를 수취하였다.

라. 원고의 부가가치세 예정신고 및 피고의 2011년 제1기 부가가치세 경정처분

(1) 원고는 2011. 4. 22. 피고에게 2011년 제1기분 부가가치세 예정신고를 하면서 이 사건 세금계산서에 따른 공급가액 860,000,000원을 매출액에서 공제하여 그에 대한 부가가치세 82,230,000원의 환급을 신청하였다.

(2) 피고는 이 사건 공사현장에 대한 현지 확인조사를 한 다음, 이 사건 세금계산서는 이 사건 계약에 따른 용역공급이 완료된 2010년 제1기 이후에 교부된 것으로 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보고, 원고의 위 부가가치세 환급신청을 거부하는 한편 원고에게 초과환급신고가산세를 포함하여 2011년 제1기 부가가치세 12,104,200원을 경정·고지하였다(이하 위 거부처분과 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

(3) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2011. 10. 7. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 2012. 2. 20. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 6, 8 내지 11호증, 을 1 내지 3호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 제1심 증인 소외 1의 일부 증언, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 계약은 공사대금을 여러 차례 나누어 지급하기로 약정하였으므로 완성도기준지급 내지 중간지급 조건부 계약에 해당하고, 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기에 해당한다. 따라서 원고가 포스코플랜텍의 준공확인 요청에 따라 준공확인을 한 다음 잔여 공사대금을 지급한 2011. 3. 15.이 이 사건 세금계산서 상 용역의 공급시기이다.

원고가 2010. 1. 1.자로 한국전기안전공사의 사용 전 검사필증을 교부받기는 하였으나, 이는 발전시설에 대한 검사이지 발전소 건설공사 전반에 대한 검사가 아닐뿐더러, 실제로 사용 전 검사 이후에도 발전소 기초공사의 부실로 인한 추가적인 공사 등이 필요한 상황이었다. 이에 원고와 포스코플랜텍은 위와 같은 보완작업을 2011. 3. 31.까지 완료하기로 하는 이 사건 수정계약을 체결하였고, 포스코플랜텍이 2011. 3. 15. 위 작업을 완료함에 따라 이 사건 계약에 따른 용역의 제공이 완전히 종료되었다.

이처럼 2011. 3. 15.자로 발행된 이 사건 세금계산서는 용역의 공급시기에 발급된 것으로서, 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다. 이와 달리 이 사건 세금계산서가 용역의 공급시기를 다르게 기재하여 사실과 다른 계산서라는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

다. 이 사건 계약이 완성도기준지급 내지 중간지급 조건부 계약인지 여부

(1) 완성도기준지급 내지 중간지급 조건부 계약의 의의

완성도기준지급 조건부 계약은 공급자가 전체 공정 대비 용역의 완성도에 따라 기성고를 청구하며, 공급받는 자는 기성고를 확인하고 대가를 확정하는 지급방식을 의미한다. 또한 중간지급 조건부 계약은 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우를 의미한다( 부가가치세법 시행규칙 제20조 ).

(2) 인정사실

㈎ 이 사건 계약서는 본문에 해당하는 표준 공사계약서의 뒤에 계약일반조건과 계약특수조건이 첨부되어 있는데, 대금지급 관련 약정내용은 다음과 같다.

○ 표준공사계약서 5. 대금지급

가) 선급금(30%) : PF약정일로부터 3일 이내 지급

나) 기성금(0%) : 기성 진행률에 따라 지급

다) 준공기성(70%) : 발전차액설비신청 후 7일 이내 지급

라) 대금지급은 공급가액+부가세액으로 하며, 세금계산서 발행일은 신청일로 한다.

마) 단, 준공기성시 대금 지급은 특약사항(계약특수조건을 의미하는 것으로 보인다) 9조 13항에 의해 지급하기로 한다.

○ 계약특수조건 제9조[설치도 조건에 따른 특약]

⑩ 토목공사업체는 시공한 절개지 및 법면부 붕괴 및 유실사고시(태양광 부지 침하포함) 즉시 보수해야 하고 원고의 책임 하에 하자처리 하며 그 기간은 준공 후 3년으로 한다.

⑬ 대금지급관련: 원고의 PF에 대한 이자 경감을 위해 실대금 지급은 아래와 같이 수행한다.

선급금 : PF약정시 30% 준공시 : 20%(2010. 1.)

중간납부 : 40%(2010. 4.) 최종납부 : 10%(2010. 9.)

㈏ 제1심 증인 소외 2는 포스코플랜텍의 과장으로 이 사건 발전설비공사의 프로젝트매니저였는데, 이 사건 발전설비공사의 내용과 진행방식에 대하여 다음과 같이 증언하였다.

○ 이 사건 공사는 토목공사, 건축공사, 태양광발전설비 등의 공사로 나누어져 있는데, 토목공사 부분에서 사업주가 하는 부지정지 작업이 있다. 그 부분은 사업주가 선시행을 해서 작업을 해놓은 상태였고, 포스코플랜텍이 설비를 앉히기 위한 토목공사, 전기실 설치를 위한 건축공사, 발전설비를 설치하는 설치 공사를 모두 수행하였다. 전체 공정에서 차지하는 비중은, 발전설비 설치 공사가 약 70%, 토목공사와 건축공사가 약 30%이다.

○ 이 사건 공사는 복합공정으로 진행된다. 태양광발전설비 공사라는 것은 토목공사가 끝나면 바로 건축공사가 시작되는 것이 아니라 토목공사 하면서 바로 발전설비 설치도 들어가고 건축 공사도 들어간다. 그래서 세 공사의 공기가 거의 유사하게 끝난다. 공사기간도 구별할 수 없다. 계약도 일괄공사 계약이다.

㈐ 피고가 이 사건 세금계산서에 관하여 현지조사를 할 때 원고 대표자는 이 사건 발전설비 공사과정에 대하여 다음과 같이 진술하였다.

○ 이 사건 발전설비공사는 지반 평탄작업, 트랙카(기둥)작업, 태양전지모듈판 조립 작업, 기계실작업 등으로 이루어지는데, 공사 과정은 전부 조립하는 것이고 특별히 긴 공사기간이 요구되지는 않는다. 다만 겨울에 공사하는 관계로 지반침하위험도가 높은 편이다.

○ 포스코플랜텍에 공사기성고를 승인해주거나 준공확인서에 날인한 시기는 2010년 12월이나 2011년 1월로 기억한다.

[인정근거] 갑 5, 8, 13 내지 15호증, 을 3호증의 각 기재, 제1심 증인 소외 2의 일부 증언, 변론 전체의 취지

(3) 판단

위 인정사실에 앞서 든 각 증거와 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 계약은 완성도기준지급 조건부 계약이나 중간지급 조건부 계약이 아닌 통상의 용역공급계약에 해당한다고 봄이 상당하다.

① 이 사건 계약서의 본문에는 선급금이 30%, 준공금(‘준공기성’이라는 표현은 준공금을 의미하는 것으로 보인다)이 70%일 뿐 기성고에 따라 대금을 지급하는 기성금은 약정하지 않고 있다. 또한 준공금 70%의 지급에 있어서는 계약특수조건에서 원고의 주1) PF 이자부담을 경감해 주기 위해 지급일정을 준공시(2010. 1.) 20%, 중간납부(2010. 4.) 40%, 최종납부(2010. 9.) 10%로 정하여 공사대금의 완납을 유예해 주고 있다. 즉 계약특수조건상 준공금의 지급이 분할되어 있는 것은 준공, 즉 공사 완료 이후에 대금의 분할 납부를 허용하는 의미로 해석될 뿐, 완성도기준지급 조건부 계약과 같이 기성고의 비율에 따라 대금을 지급하는 조건이나, 중간지급 조건부 계약과 같이 공사완료 이전에 대금을 분할납부하는 조건으로는 해석되지 않는다.

② 포스코플랜텍의 소외 2 과장과 원고 대표자의 진술에서 드러나는 바와 같이 이 사건 계약의 당사자들은 이 사건 발전설비 공사과정을 공정단계별로 분리하여 단계별 진행일정이나 완성도를 정해 두지는 않았고, 토목·건축·발전설비 공사 부분은 일괄적으로 진행되었다.

③ 원고가 2010. 3. 16. 포스코플랜텍에 1차로 대금지급을 하기 전에 기성고를 확인하는 절차는 없었다. 한편 원고가 2011. 3. 16. 포스코플랜텍에 나머지 대금을 지급하기 전에 발급해주었다는 2011. 3. 15.자 준공확인서가 존재하나, 원고 대표자는 위 준공확인서의 날인 시기를 2010년 12월 내지 2011년 1월로 기억한다고 진술한 것으로 보아 실제로 준공확인 절차가 있었는지는 의심스럽다.

라. 이 사건 발전설비 공사 용역의 공급시기

(1) 관련 법리

구 부가가치세법 제9조 제2항 , 제4항 , 같은 법 시행령 제22조 에 의하면, 용역제공의 완료시 공급가액이 확정되는 통상적인 용역공급의 경우에는 역무제공의 완료시가 일반적인 공급시기가 되고, 여기에서 ‘역무제공의 완료시’는 거래사업자 사이의 계약에 따른 역무제공의 범위와 계약조건 등을 고려하여 역무제공 사실을 가장 확실하게 확인할 수 있는 시점, 즉 역무가 현실적으로 제공됨으로써 역무를 제공받는 자가 역무제공의 산출물을 사용할 수 있는 상태에 놓이게 된 시점을 말한다( 대법원 2008. 8. 21. 선고 2008두5117 판결 참고).

한편 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행·교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이다( 대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 참고).

(2) 인정사실

㈎ 원고가 2009. 10. 5. 신재생에너지센터소장으로부터 교부받은 연간 기준가격 적용설비 선정확인서에는 다음과 같은 주의사항이 기재되어 있었다.

○ 지식경제부 고시 “신재생에너지이용 발전전력의 기준가격 지침”에 따라 위의 설비를 2011년도 연간 기준가격 적용대상 설비로 선정하였음을 확인하며, 상기 설치기간 내에 발전차액지원 설치확인신청을 하지 못하였을 경우에는 연간 기준가격 적용설비 신청은 취소됩니다.

○ 태양광발전 설치기간 3개월은 ‘연간기준가격 적용설비 선정확인서 발급일’로부터 ‘발전차액 설치확인 신청일’까지를 말합니다.

○ 2011년 기준가격 적용설비도 ‘연간기준가격 적용설비 선정확인서 발급일’로부터 3개월 이내 공사를 완료하여 발전차액 설치확인 신청( 전기사업법 제63조 에 의한 ‘사용전검사필증’ 첨부)을 하여야 하며, 신재생에너지센터의 설치확인은 해당연도 초에 실시할 계획입니다. 이 경우에 신재생에너지센터의 ‘발전차액지원설비 기준가격 설치확인서’가 없어도 한국전력공사 또는 전력거래소와 계약하여 발전차액 지급 전까지 계통한계가격(SMP)으로 판매할 수 있습니다.

㈏ 원고의 발전차액 지원신청 관련 경과

원고와 포스코플랜텍이 이 사건 계약을 할 시점에는 이미 2010년도 발전차액지원금에 대한 신청기간이 경과한 상황이었으므로, 원고와 포스코플랜텍은 2011년도 발전차액 지원신청을 목표로 공사계획을 수립하였다.

원고는 2010. 1. 1. 한국전기안전공사로부터 이 사건 발전설비의 사용전검사에서 합격판정을 받아 사용전검사필증을 취득한 후, 곧바로 2011년도 발전차액 설치확인을 신청하였다.

이후 원고는 2011. 1. 21. 신재생에너지센터소장에게 발전차액설치확인 최종신청을 하였고, 2011. 1. 23. 설치확인서를 발급받았다.

㈐ 한편, 이 사건 계약서의 일반조건 제21조는 공사의 준공에 관하여 다음과 같이 규정하고 있다.

○ 제21조 [준공]

① 포스코플랜텍은 공사의 준공(2011년 발전차액설치확인 신청일)시 원고에게 통지하여야 하며 설치확인신청일을 준공일로 한다.

② 원고는 제1항의 규정에 의하여 발전차액설치확인 신청 완료일에 발전소를 인수하여야 한다.

③ 원고는 인수를 거부할 수 없으며, 인수 후 포스코플랜텍은 마무리공사(웹모니터링, CCTV)를 조속히 완료하고, 원고는 포스코플랜텍의 잔여 업무 추진에 적극 협조하여야 한다.

㈑ 원고의 발전소 가동으로 인한 매출

2010년 제1기부터 원고의 이 사건 발전설비를 이용한 태양광 발전 매출액이 거의 일정하게 발생하고 있다(2010년 제1기 1월~3월 부가가치세 신고서에는 매출액이 406,468,000원이나 이 가운데 388,182,000원은 전기공급 관련 매출이 아니므로 아래 표에서는 이를 제외하였다).

㈒ 피고가 이 사건 세금계산서에 관하여 현지조사를 할 때 원고 대표자는 2011년에 진행한 공사내용에 관하여 다음과 같이 진술하였다.

○ 2011년에는 트랙커 침하보수와 모듈 교체작업이 있었다. 전체 모듈 4,800장 중 1장을 교체하고 2~3일간의 트랙커 침하보수작업을 하였다. 8명 정도가 투입되었고, 어느 정도 비용이 투입되었는지는 (포스코플랜텍이 지출한 내용이기 때문에) 알지 못한다. 앞으로도 계속적으로 보수공사가 필요할 것이다.

[인정근거] 을 3호증의 5, 17호증의 각 기재, 제1심 증인 소외 2, 소외 1의 각 일부 증언, 변론 전체의 취지

(3) 판단

위 인정사실과 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 발전설비 공사의 용역공급시기는 이 사건 발전설비가 가동되어 매출이 발생하기 시작한 2010년 1월 무렵이라고 봄이 상당하다.

① 이 사건 계약서 본문에는 ‘준공기성(70%): 발전차액설비신청 후 7일 이내 지급’이라고 기재되어 있고, 이 사건 계약서의 계약일반조건 제21조에는 ‘발전차액설치확인일을 준공일로 한다’고 기재되어 있으며, 이 사건 계약의 특수조건에는 제9조 제13항에서 ‘준공시기(2010년 1월)’로 기재되어 있는 바, 위와 같은 계약서 기재내용을 종합적으로 살펴보면 원고와 포스코플랜텍은 2010년 1월에 이 사건 발전설비의 공사를 완료하고, 원고는 이 사건 발전설비를 인수하는 것으로 약정하였다고 봄이 상당하다[공사 완료 직후 발전차액설치확인신청(1차)을 함으로써 상호간에 준공을 공식적으로 확인하기로 약정한 것으로 보인다].

② 실제로 이 사건 발전설비 공사는 이 사건 계약상 일정대로 진행되어 원고는 2010. 1. 1. 한국전기안전공사로부터 이 사건 발전설비에 대한 사용 전 검사필증을 발급받았고, 원고는 이 사건 발전설비를 인수하여 2010. 1. 6. 사업개시신고를 한 후, 이 사건 발전설비를 가동하기 시작하였다. 이에 따라 원고는 2010년 제1기부터 현재까지 꾸준히 발전으로 인한 매출액을 기록하고 있으므로, 2010년 1월 무렵에는 이 사건 계약상 이 사건 발전설비 공사 용역이 현실적으로 제공됨으로써 원고가 용역공급의 산출물인 이 사건 발전설비를 사용할 수 있는 상태에 놓이게 된 것으로 보인다.

③ 원고는 2011년에 토목공사와 기초공사의 마무리 작업이 진행되었으므로 이러한 마무리 작업이 완료되었을 때 비로소 용역공급이 완료된 것이라고 주장하나, 원고가 주장하는 공사내용은 2~3일 간 8명이 모듈 1개를 교체하고 침하된 지반을 고르게 하였다는 것으로서, 준공 이후 통상적으로 이루어지는 유지보수공사의 일종으로 보일 뿐이고, 8억 6천만 원의 공급가액에 상응하는 용역공급이라고는 보이지 않는다.

마. 소결

따라서 이 사건 세금계산서는 용역공급 시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 봄이 상당하므로, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고, 원고의 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

주1) Project Financing. 이 사건 발전설비 공사와 관련하여 원고가 NH은행 주식회사로부터 받은 대출금을 의미하는 것으로 보인다.