2. 항소비용은 피고가 부담한다,

항소취지 : 제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

가. 원고는 '과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립・운영 및 육성에 관한 법률에 따라 방송・통신, 미디어분야 연구개발, SW・콘텐츠, IT분야 등 과학기술분야의 연구를 주된 목적으로 설립된 정부출연연구기관이다.

나. 원고는 2006년부터 2010년까지 소속 연구원이 위 각 사업에 따른 직무를 수행하는 과정에서 특허권 등의 연구개발결과물을 발명한 경우 이를 승계한 후 그 연구개발 결과물을 사용, 생산 등의 방법으로 실시하고자 하는 기업체 등과 실시계약을 체결하고 그 대가로 지급받은 기술료 중 일부를 그 출원서나 특허공보에 발명자로 등록된 연구자인 직원 또는 퇴직자에게 원고의 내부규정인 지적재산권관리요령 제16조 및 제17조 제1호에 따라 실시보상금(이하 '이 사건 보상금'이라 한다) 명목으로 지급하면서 이 사건 보상금이 소득세법 제12조 제5호 라목 1) 소정의 비과세소득인 발명진흥법상의 직무발명보상금에 해당하는 것으로 보고 그에 대하여는 소득세를 원천징수하지 아니하였다.

다. 그런데 감사원은 2011. 8.경 국세청장에게 원고와 같은 비영리기관이 연구개발과 제의 결과물을 기업체 등에게 실시하는 대가로 기술료를 징수하여 참여연구원 등에게 지급한 기술료 성과급 등은 발명진흥법상의 직무발명보상금과 성격이 다른 과세대상소득인 근로소득에 해당한다는 사유로 이 사건 보상금에 대한 소득세 등을 징수하도록 통보하였다.

라. 이에 피고는 2011, 9. 27. 및 같은 해 10. 1. 원고에 대하여 별지1 목록 기재와 같이 재직자에 대한 근로소득세 합계 OOOO원과 퇴직자에 대한 기타소득세 합계 OOOO원 및 법인세(지급명세서 미제출에 따른 가산세) 합계 OOOO원을 경정 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2011. 11. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2012. 6. 28. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 54, 갑 제2호증, 을 제1호증의 1 내지 5, 을 제2호증의 1 내지 44, 을 제 3호증의 1 내지 5의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

이 사건 보상금은 원고 소속 연구원이 원시취득한 직무발명에 대한 특허권 등을 원고의 내부규정에 따라 사용자인 원고에게 양도하고, 그에 대한 대가로서 받은 것이므로 소득세법 제12조 제5호 라목 1)에서 정하고 있는 비과세대상 기타소득인 발명진흥법 제15조에 따른 직무발명보상금에 해당한다.

따라서 이 사건 보상금이 과세대상소득에 해당한다는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2) 피고의 주장

이 사건 보상금은 다음과 같은 이유에서 발명진흥법 제15조에 따른 직무발명보상금에 해당하지 아니하고 과세대상인 근로소득에 해당하므로 이 사건 처분은 적법하다.

가) 발명진흥법 제15조에 따른 직무발명보상금은 종업원이 직무발명을 한 경우 그 직무발명에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 권리를 종업원이 원시취득하는 것을 전제로 사용자가 종업원으로부터 그 직무발명에 대한 권리나 관련 특허권 등을 이전받거나 전용실시권을 설정받는 등 종업원이 원시취득한 직무발명에 대한 권리 등을 승계취득하는 경우에 인정된다 할 것인데, 원고와 같이 비영리연구기관이 정부출연금을 재원으로 수행한 결과 얻어지는 국가연구개발결과물의 소유권은 '국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정'(이하 '국가연구개발사업관리규정'이라 한다) 제20조 제2항에 따라 주관 연구기관인 원고에게 처음부터 귀속되는 것이므로 원고 소속 종업원이 직무발명을 하였다 하더라도 그 직무발명에 대한 권리 내지 관련된 지식재산권은 원고가 이를 원시 취득하는 것으로 보아야 한다. 따라서 이 사건 보상금은 직무발명에 대한 권리를 종업원이 원시취득하는 것을 전제로 하는 발명진흥법상의 직무발명보상금에 해당하지 않는다.

나) 원고가 기업체 등과 실시계약을 체결하고 그 대가로 지급받은 기술료 중 일부는 출원서나 특허공보에 발명자로 기재되어 있지 않은 참여연구원과 해당 연구에 참여하지 않은 지원인력 및 퇴직자에게도 지급되었으므로 이 사건 보상금은 특허권 등의 권리 이전에 대한 대가로 지급된 실시보상금이 아니라 연구장려금(인센티브)에 해당하는 점, 원고가 기술료 수입이라는 재원을 가지고 같은 근거규정에 따라 자신의 소속종업원에게 금원을 지급하면서 비창작자에게 지급한 금원에 대하여는 소득세를 원천징수하고, 창작자에게 지급한 금원에 대하여만 비과세로 처리한 것은 논리적으로 모순되는 점, 소득세법 제12조 제5호에 열거하는 기타소득은 그 속성상 일시적 ・ 우발적인 소득을 의미하는 것으로서 소득의 형식적 명칭이 위 제5호에 열거된 것과 일치하더라도 그 소득이 일시적 ・ 우발적으로 발생한 것이 아니라 일정한 수익을 목적으로 계속적 ・ 반복적으로 행하는 사업수행 과정에서 발생한 것이라면 그것은 그 명칭에도 불구하고 사업소득으로 보아야 할 것인 점, 비과세대상이 되는 기타소득은 발명진흥법 제15조에 따라 사용자로부터 지급받는 보상금이어야 하고 발명진흥법 제15조 제1항은 실시권 중 전용실시권만을 설정한 경우에 사용자로부터 지급받는 보상금을 직무발명보상금에 포함시키고 있을 뿐 비독점적 통상실시권을 설정하고 사용자로부터 지급받는 금원은 직무발명보상금에 포함시키고 있지 아니한 점 등에 비추어 보면, 원고가 소속 연구원에게 지급한 이 사건 보상금은 소득세법상 비과세대상이 되는 직무발명보상금이 아니라 연구장려금(인센티브) 성격의 금원으로서 소득세법 제20조 제1항 제1호의 근로소득에 해당한다.

나. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 보상금과 관련한 원고의 내부규정

이 사건 보상금과 관련한 원고의 내부 규정은 '지적재산권관리요령', '인사규정', '인사관리요령', '기술실시보상금지급요령' 등이고, 해당 규정의 구체적인 내용은 별지3 기재와 같다.

2) 이 사건 보상금의 지급 근거

가) 지적재산권관리요령은 직무창작을 '창작자의 창작이 원고의 업무 범위 내에 속하고 그 창작을 하게 된 행위가 재직 중의 임무에 속한 것을 말하며, 직무발명과 직무저작을 포함한다'고 정의하고 있고(제2조 제7호), 직무발명을 '직원이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 원고의 업무에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 재직 중의 임무에 속하는 것을 말한다'고 정의하고 있다(제2조 제9호).

나) 또한 지적재산권관리요령은 원고가 창작자의 직무창작에 의하여 발생한 권리를 승계한 때 창작자에게 실시보상금, 특별보상금, 등록보상금을 지급한다고 규정하고 있는데(제16조),이 중 실시보상금은 지적재산권의 양도 또는 실시로 인하여 연구원에 수입이 발생하였을 경우 인사규정에서 정하는 연구장려금 지급기준에 따라 지급된다고 규정하고 있고(제17조 제1호), 원고의 내부규정인 인사규정(갑 제8호증의 1, 2)은 기술료에 의한 연구장려금의 지급대상에 퇴직자 및 기여자를 포함하는 것으로 정하고 있다(제75조, 제76조).

3) 이 사건 보상금의 산정 방법

가) 2009. 1. 1. 개정되기 전 지적재산권관리요령(이하 '구 지적재산권관리요령'이라 한다) 제17조 제1호에 따라 지급되는 실시보상금의 지급기준은 인사규정에서 정하는 연구장려금 지급기준에 따르되, 개인별지급기준의 지급율 계산은 창작지분으로 하도록 되어 있는데,2009, 1. 1. 개정되기 전 인사규정 제75조 제1항 제2호는 지적재산권의 양도 또는 실시에 의한 수입액 중 원고가 사용가능한 기술료의 50% 이상을 기술료에 의한 연구장려금의 재원으로 규정하고 있으며, 한편 종업원의 개인별 창작지분은 아이디어창출이나 연구참여율 등을 고려한 당해 창작연구에 대한 원고 내부의 합리적인 기여도 평가에 따라 인정되었다.

이 사건 보상금 = 기술료 수입금 × 인사규정 제75조 제1항 제2호가 정하는 비율 (50% 이상) × 발명신고서에 기재된 개인별 창작 지분

나) 기술실시보상금지급요령이 2009. 1. 1. 제정됨에 따라 기술실시보상금의 산정에 관한 규정들이 기술실시보상금지급요령으로 통합되어 규정되었고, 이에 따라 종전에 기술실시보상금에 관하여 규정하고 있던 인사규정 및 인사관리요령, 지적재산권 관리요령 등이 개정되었으나, 규정의 위치 및 구조만 달라졌을 뿐, 2009년을 전후한 이 사건 보상금의 구체적인 산정방법은 동일하다.

4) 이 사건 보상금 외 연구장려금의 지급

한편 인사규정 제72조 및 제76조는 연구수행에 직・간접으로 참여하여 공헌이 있는 정규직원, 계약직원 및 임원에 대하여 연구장려금을 지급한다고 규정하고 있는바, 이에 근거하여 원고는 창작자에는 해당하지 아니하나 연구수행에 기여한 자에 대하여도 연구장려금을 지급하고 있는데, 이에 대하여는 소득세 원천징수를 하고 있다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 4호증, 갑 제6호증의 1, 2, 갑 제7호증의 1 내지 3, 갑 제8, 9호증의 각 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 직무발명에 대한 권리의 원시취득자

가) 발명진흥법 제2조 제1호 및 제2호,제10조 제1항 등의 규정에 의하면, 직무발명에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 권리는 특허법・실용신안법・디자인보호법상의 특허・실용신안등록・디자인등록을 받을 수 있는 권리로 구성되는데, 특허법 제33조 제1항, 실용신안법 제11조, 디자인보호법 제3조 및 발명진흥법 제10조, 제15조 등의 관련 규정에 의하면, 종업원이나 법인의 임원 또는 공무원(이하 '종업원등'이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명・고안・디자인 등의 창작 활동을 함으로써 사용자나 법인 또는 국가나 지방자치 단체(이하 '사용자등'이라 한다)의 업무 범위에 속하는 직무발명을 한 경우에 그에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 직무발명에 대한 권리는 이를 종업원등이 원시취득하는 것으로 정하는 한편, 사용자등이 종업원등으로부터 그 직무발명에 대한 권리나 관련 특허권 등을 이전받거나 전용실시권을 설정받는 방법으로 종업원등이 원시취득한 직무발명에 대한 권리 등을 승계취득한 때에는 정당한 보상을 하도록 규정하고 있다.

따라서 원고 소속 종업원이 직무발명을 한 경우에도 그에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 직무발명에 대한 권리는 특별한 사정이 없는 한 사용자인 원고가 아닌 직무 발명을 한 종업원이 이를 원시취득하는 것으로 보아야 할 것이다,

나) 한편 국가연구개발사업관리규정 제20조 제2항이 "국가연구개발사업의 수행 결과 얻어지는 지식재산권 등 무형적 결과물은 협약으로 정하는 바에 따라 주관연구기관의 소유로 한다"라고 규정하고 있기는 하나, ① 위 관리규정은 과학기술기본법 제11조 및 제11조의 2부터 제11조의 5까지의 규정에 따른 국가연구개발사업의 기획・관리・평가 및 활용 등에 필요한 사항을 규정하기 위한 목적에서 과학기술기본법의 위임에 따라 제정된 대통령령으로서(관리규정 제1조 참조), 위 관리규정의 모법이 되는 과학기술기본법의 관련 규정 어디에도 종업원의 직무발명과 관련하여 그에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 직무발명에 대한 권리의 귀속에 관하여 발명진흥법이나 특허법 등과 별 도로 규율할 수 있도록 허용하는 내용의 명시적인 근거규정을 찾아볼 수 없을 뿐만 아니라, 직무발명에 대한 권리의 귀속과 관련하여 사설연구기관 기타 사기업체나 국가 및 공공단체 일반과 달리 특별히 정부출연연구기관에 대해서만 정반대의 취급을 해야만 할 별다른 합리적인 근거가 있다고 보기 어려운 점, ② 국가연구개발사업관리규정의 적용범위는 원칙적으로 국가연구개발사업(중앙행정기관이 법령에 근거하여 연구개발과제를 특정하여 그 연구개발비의 전부 또는 일부를 출연하거나 공공기금 등으로 지원하는 과학기술분야의 연구개발사업)에 국한되고, 정부출연연구기관이나 특정연구기관의 기본사업(정관에 따라 그 설립목적을 달성할 수 있도록 정부가 직접 출연한 예산으로 수행하는 사업) 등에는 위 관리규정의 적용이 없는 점(관리규정 제3조 참조), ③ 위 임의 범위나 관련 규정의 전체적인 취지 등에 비추어, 위 관리규정 제20조 제2항은, 연구기관과 그 소속 종업원 간의 법률관계를 규율하기 위한 것이라기보다는 오히려 연구개발비를 출연하는 중앙행정기관이나 참여기업, 주관연구기관, 협동연구기관, 공동연구기관, 위탁연구기관 등 다수의 참여주체가 관여하는 국가연구개발사업에 있어 그 사업의 수행 결과물을 어느 참여주체가 소유할 것인지를 정하기 위한 국가나 참여기업 기타 다수의 연구기관들 상호간의 법률관계에 관한 규율이라고 봄이 상당한 점 등을 종합하면, 원고와 같은 정부출연연구기관의 기본사업은 물론이고 국가연구개발사업에 따른 수행결과물에 대하여도 그 직무발명에 대한 권리는 소속 종업원이 이를 원시취득 하는 것으로 봄이 상당하다. 따라서 원고와 같이 비영리연구기관이 정부출연금을 재원으로 수행한 결과 얻어지는 국가연구개발결과물의 소유권 은 주관 연구기관인 원고에게 있다는 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 보상금이 직무발명보상금인지 여부

가) 관련규정

종업원등은 직무발명에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 발명진흥법 제15조 제1항에 따라 직무발명보상금을 받을 권리를 가진다.

한편 직무발명보상의 정당한 범위에 관하여 발명진흥법 제15조 제2항은 "직무 발명보상에 대하여 계약이나 근무규정에서 정하고 있는 경우 그에 따른 보상이 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준을 정할 때 사용자등과 종업원등 사이에 행하여진 협의의 상황, 책정된 보상기준의 공표・게시 등 종업원등에 대한 보상기준의 제시 상황, 보상형태와 보상액을 결정할 때 종업원등으로부터의 의견 청취 상황 등을 고려하여 합리적인 것으로 인정되면 정당한 보상으로 본다"라고 규정하고 있고, 제3항은 "직무발명 보상에 대하여 계약이나 근무규정에서 정하고 있지 아니하거나 제2항에 따른 정당한 보상으로 볼 수 없는 경우 그 보상액을 결정할 때에는 그 발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자등과 종업원등이 공헌한 정도를 고려하여야 한다"라고 규정하고 있다. 또한 공무원 직무발명의 처분・관리 및 보상 등에 관한 규정 제17조 제1항은 "특허청장은 국유특허권 또는 특허출원 중인 직무발명에 대하여 특허를 받을 수 있는 권리를 유상으로 처분한 경우에는 그 처분수입금의 100분의 50에 해당하는 처분보상금을 발명자에게 지급하여야 한다."라고 규정하고 있다.

나) 위 관련규정에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 보상금은 원고 소속 종업원이 지적재산권관리요령 제3조에 따라 원고에게 직무발명에 대한 권리 등을 승계하여 주고, 이를 원인으로 하여 지적재산권관리요령 제16조 및 제17조 등에 따라 지급받은 실시보상금으로서, 그 성격이 발명진흥법 제15조에 의한 직무발명보상금이라 봄이 상당하고, 퇴직자에게 지급한 이 사건 보상금 또한 위와 마찬가지로 보아야 할 것인 바, 이 사건 보상금은 그것이 재직자에게 지급된 것인지 아니면 퇴직자에게 지급된 것 인지 여부를 불문하고 이를 모두 소득세법 제12조 제5호 라목 1) 소정의 비과세대상인 기타소득에 해당한다고 봄이 상당하다.

그리고 이 사건 보상금은 "기술료 수입금 × 인사규정 제75조 제1항 제2호 또는 기술실시보상금지급요령 제4조 제1항에 의한 비율(50% 이상) × 발명신고서에 기재된 개인별 창작 지분"으로 산정된 것인바, ① 공무원 직무발명의 처분・관리 및 보상 등에 관한 규정 제17조 제1항은 발명에 대하여 특허를 받을 수 있는 권리에 관한 처분보상금 중 100분의 50 부분을 발명자에게 지급하도록 규정하고 있는 점, ② 인사규정 제75조 제1항 제2호나 기술실시보상금지급요령 제4조 제1항은 기술료 수입 총액의 100분의 50 이상을 기술료에 의한 연구장려금의 재원으로 규정하고 있는데, 기술료에 의한 연구장려금은 이 사건 보상금뿐만 아니라 발명자 이외 해당 연구개발에 기여한 자에 대한 연구장려금을 포함하는 것이므로, 결과적으로 기술료 수입 중 이 사건 보상금이 차지하는 비율은 100분의 50 이하로 인정될 여지도 있는 점, ③ 원고는 출원서나 특허공보에 발명자로 등록된 연구자인 직원 또는 퇴직자에게 지급한 보상금에 대하여만 비과세 처리하고, 나머지 사람들에 대하여는 소득세를 원천징수해서 처리한 점, ④ 원고가 종업원의 직무발명에 대하여 그 발명관련자들에게 개인별로 창작지분을 인정하는 과정에 특별히 어떤 중대한 오류가 있다고 볼만한 사정도 없어 보이는 점, ⑤ 발명진흥법 제15조 제2항에 의하면 직무발명보상에 대하여 계약이나 근무규정에서 정하고 있는 경우 그에 따른 보상이 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준을 정할 때 사용자등과 종업원등 사이에 행하여진 협의의 상황, 책정된 보상기준의 공표・게시 등 종업원등에 대한 보상기준의 제시 상황, 보상형태와 보상액을 결정할 때 종업원등으로부터의 의견 청취 상황 등을 고려하여 합리적인 것으로 인정되면 정당한 보상으로 본다는 것인데, 원고는 원고의 내부규정인 지적재산권관리요령과 인사규정 등에 따라 합리적으로 보상금을 산정한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 보상금이 직무발명보상금으로서 정당한 보상의 범위를 넘는 것이라고 보기도 어렵다.

다) 피고의 주장에 대한 판단

(1) 피고는, 이 사건 보상금이 일회적이 아닌 계속・반복적 성격의 금원이므로 직무발명보상금에 해당하지 않는다는 취지로 주장하나, 원고가 종업원으로부터 그 권리를 승계받아 제3자에게 직무발명을 사용・생산에 실시하도록 하고 제3자로부터 기술료 내지 실시료를 지급받음에 있어서는 그 계약의 내용여하에 따라 이를 일회적 일시금으로 지급받거나 정기적 또는 부정기적으로 분할된 일정액 또는 제품의 매출 등에 비례한 변동액으로 지급받을 수도 있다고 할 것인바, 이러한 기술료 내지 실시료를 재원으로 그 수입이 발생한 때에 즈음하여 지급되는 이 사건 보상금을 두고 그것이 반드시 일회성으로 지급되는 금원이 아니라는 이유만으로 이를 발명진흥법 제15조에 의한 직무발명보상금에 해당하지 않는다고 보아야 하는 것은 아니므로 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 피고는, 원고가 기업체 등과 실시계약을 체결하고 그 대가로 지급받은 기술료 중 일부는 출원서나 특허공보에 발명자로 기재되어 있지 않은 참여연구원 및 해당 연구에 참여하지 않은 지원인력에게도 지급되었으므로 이 사건 보상금도 연구장려금에 해당할 뿐 직무발명보상금에 해당하지 않는다는 취지로 주장하나, 인사규정 제72조에 근거하여 지급되는 연구장려금은 창작자에 해당하는지 여부와 상관없이 연구수행에 직・간접적인 공헌이 있는 연구자를 지급대상으로 하고 있는 반면 지적재산권관리요령 제16조 및 제17조 등에 근거하여 지급되는 이 사건 보상금은 직무발명에 대한 권리를 원고에게 승계한 창작자에 한하여 지급되는 점, 소득세 원천징수의 대상이 되는 연구장려금과 그렇지 아니한 이 사건 보상금은 비록 그 산정방법을 일부 공유하고 있다 하더라도 그 지급근거와 지급대상, 지급취지 등이 전혀 달라서 그 성격상 양자는 서로 구별하여 취급해야만 할 것인 점, 원고가 연구장려금에 대하여 소득세 원천징수를 하였다고 해서 그 때문에 이 사건 보상금을 과세대상소득으로 보아야 할 것은 아닌 점 등에 비추어 보면, 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 피고는, 비과세대상이 되는 기타소득에는 발명진흥법 제15조 제1항에 따라 실시권 중 전용실시권을 설정하고 사용자로부터 지급받는 보상금은 포함되나 비독점적 통상실시권을 설정하고 사용자로부터 지급받는 보상금은 이에 해당하지 않는다는 취지로 주장하나, 원고 소속 종업원등이 발명진흥법 제15조 제1항에 따라 원고에게 직무발명에 대한 권리를 승계하거나 전용실시권을 설정한 이상 사용자인 원고가 제3자에게 해당 발명에 대한 통상실시권을 설정하여 기술료를 지급받을지, 전용실시권을 설정하여 기술료를 지급받을지 여부는 발명진흥법 제15조 제1항의 전용실시권 설정과는 관련이 없다 할 것이므로 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.

라) 소결론

따라서 이 사건 보상금은 발명진흥법상 직무발명보상금으로서 비과세대상의 하나인 기타소득에 해당하여 소득세 등이 과세되어서는 아니됨에도 이를 과세대상인 근로소득으로 보아 근로소득세를 과세한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.