2. 피고가 2008. 4. 15. 원고에 대하여 한 2005 사업연도 법인세 13,292,420원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

가. 원고의 2004년도 주식보유 현황

원고의 발행주식 총수 198,000주 중 소외 1이 65,340주(33%), 소외 1의 배우자 소외 2가 50,760주(25.64%), 소외 1의 아들 소외 3이 41,400주(20.91%), 소외 1의 딸 소외 4가 40,500주(20.45%)를 보유하고 있었다.

나. 프라임산업 주식회사(2007. 1. 3. 상호를 프라임개발 주식회사로 변경하였다. 이하 ‘소외 회사’라고 한다)의 2004년도 주식보유 현황

소외 회사의 발행주식 총수 1,602,000주 중 소외 1이 1,476,000주(93%, 위 주식 중 846,000주는 명의신탁하여 보유하고 있었다), 소외 2가 72,000주(4%), 소외 1의 동생 소외 5가 54,000주(3%)를 보유하고 있었다.

다. 소외 회사의 유상증자 및 원고 회사의 주식인수

소외 회사의 주주들은 2005. 6. 24. 개최된 주주총회에서 보통주 및 상환우선주를 1,700,000주 범위 내에서 1주당 발행가액을 41,000원 내외로 발행하여 원고에게 전부 배정하기로 결의하였고, 소외 회사 이사회는 같은 해 6. 29. 보통주 382,000주와 상환우선주 660,000주(발행 후 1년~5년 사이에 보통주로 1:1 전환가능, 최저배당률은 액면가액 기준 연 8%), 합계 1,042,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라고 한다)를 1주당 발행가액 41,300원으로 발행하여 원고에게 전부 배정하기로 결의하였다. 이에 따라 소외 회사는 같은 날 이 사건 주식을 발행하여 원고에게 배정하였고, 원고는 같은 날 이 사건 주식을 총 43,034,600,000원에 인수하였다.

라. 피고의 원고에 대한 법인세 부과처분

피고는, 소외 회사의 유상증자에 있어서 소외 1 등이 신주를 배정받을 수 있는 권리를 포기하고 원고가 시가보다 낮은 가액으로 이 사건 주식을 인수함으로써 원고가 소외 1 등으로부터 이익을 분여받았다고 보고 위 이익을 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항 , 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제9호 , 제88조 제1항 제8호 나목 에 따라 원고의 2005 사업연도 익금에 산입하여야 한다고 판단하였다. 이에 따라 피고는 구 법인세법 시행령 제89조 제6항 , 구 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제1호 , 상속세 및 증여세법 시행령 제29조 제3항 제1호 에 따라 이 사건 주식의 1주당 가액을 50,665원으로 산정한 후 위 금액과 원고가 인수한 1주당 가액 41,300원과의 차액 합계 9,758,330,000원{= 1,042,000주 × (50,665원 － 41,300원)}을 원고가 특수관계자인 소외 1 등으로부터 분여받은 이익으로 보아 이를 2005 사업연도 익금에 산입하여 2008. 4. 15. 원고에게 2005 사업연도 법인세 13,292,420원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 갑 제8, 9, 11, 12호증, 을 제1호증의 1 내지 14, 을 제2, 3호증, 을 제4호증의 1, 2, 을 제5, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 구 법인세법 시행령 제11조 제9호 에 따라 특수관계자로부터 분여받은 이익을 법인의 수익에 산입하기 위해서는 위 시행령 제88조 제1항 제8호 의 요건을 충족시켜야 한다. 그런데 위 시행령 제88조 제1항 제8호 는 이익을 분여하는 주체를 법인주주로 한정하고 있는바, 이 사건의 이익분여자는 개인주주인 소외 1 등이므로 위 시행령 제11조 제9호 가 적용될 여지가 없다.

(2) 소외 회사는 기존 주주들에게 신주를 배정하였다가 인수되지 않은 실권주를 원고에게 배정한 것이 아니라 재무구조를 개선하기 위하여 직접 원고에게 이 사건 주식을 배정하였는바, 이는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목 에서 예정하고 있는 자본거래 유형이 아니므로 위 시행령 제11조 제9호 가 적용될 수 없다.

(3) 법인세법상 자산을 저가로 매입한 경우 당해 자산을 양도하는 때에 양도가액과 취득가액과의 차익에 대하여 법인세를 과세하여야 하므로, 이 사건 주식의 시가와 발행가액과의 차익은 원고가 이 사건 주식을 인수(매입)할 당시인 2005 사업연도에 귀속된다고 볼 수 없다.

(4) 이 사건 주식 중 상환우선주의 발행가액은 원고의 이자비용, 우선배당금 및 상환이자 등을 고려하여 조정된 가액으로서 향후 보통주로 상환될 경우 원고가 얻게 되는 이익은 사실상 없고, 또한 상환우선주는 보통주와 달리 우선배당이나 상환이자만 배당될 뿐 의결권이 없고 강제상환될 가능성이 있는 등 보통주와 차이가 있음에도 이를 보통주와 동일한 가치를 가진 것으로 평가하는 것은 부당하다. 나아가 상환우선주는 보통주로 전환될 것인지 여부 자체가 불분명하므로 보통주로 전환되는 시점에 그 전환이익 등에 대하여 과세하여야 한다. 위와 같이 상환우선주와 보통주는 실질적 차이가 있음에도 상환우선주를 보통주와 동일한 가치를 가진 것으로 취급하는 것은 실질과세의 원칙에 어긋난다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 원고의 첫 번째 주장에 관한 판단

구 법인세법 시행령 제11조 제9호 는 익금에 산입할 이익에 관하여 ‘ 제88조 제1항 제8호 각목 의 규정에 의한 자본거래로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익’이라고 규정하고 있다. 그리고 위 시행령 제88조 제1항 제8호 는 부당행위계산부인의 유형으로서 ‘다음 각 목에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우’라고 규정하면서 각 목에서 부당행위계산부인의 대상이 되는 3가지 유형의 자본거래를 규정하고 있는데, 그 하나로 ‘법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우’를 들고 있다.

위 각 규정의 내용을 종합하면, 구 법인세법 시행령 제11조 제9호 에서 인용하고 있는 ‘ 제88조 제1항 제8호 각 목 ’은 그 행위주체를 주주등인 법인으로 규정한 위 시행령 제88조 제1항 제8호 의 본문 부분, 즉 ‘주주등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우’를 포함하는 것이 아니라 위 시행령 제88조 제1항 제8호 각 목 에 규정한 3가지 자본거래의 유형만을 인용한 것으로 보인다. 또한 위 시행령 제11조 제9호 에서 규정하고 있는 특수관계자인 이익분여자를 법인주주로 한정하여야 할 특별한 이유도 없다.

따라서 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 각 목 에 규정된 자본거래의 유형 중 하나인 ‘법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우’에 그 이익분여자가 법인주주든 개인주주든 불문하고 위 시행령 제11조 제9호 에 따라 법인이 분여받은 이익은 익금에 산입된다고 보아야 한다.

그러므로 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

라. 원고의 두 번째 주장에 관한 판단

(1) 관계 법령의 해석 및 쟁점의 정리

상법 제418조 제1항 은 “주주는 그가 가진 주식 수에 따라서 신주의 배정을 받을 권리가 있다.”라고 규정하여 원칙적으로 주주에게 신주를 배정하도록 하면서도, 같은 조 제2항 은 “회사는 제1항 의 규정에 불구하고 정관에 정하는 바에 따라 주주 외의 자에게 신주를 배정할 수 있다. 다만, 이 경우에는 신기술의 도입, 재무구조의 개선 등 회사의 경영상 목적을 달성하기 위하여 필요한 경우에 한한다.”라고 규정하여 예외적으로 주주의 신주인수권을 제한하고 직접 제3자에게 신주를 배정할 수 있도록 하고 있다( 위 상법 제418조 제2항 은 2001. 7. 24. 법률 제6488호로 상법이 개정될 때 신설된 조항이다).

상법의 규정에 따라 구 상속세 및 증여세법 제39조 제1항 제1호 는 신주의 저가발행에 따른 이익의 증여에 관하여 규정하면서 가목 에서는 “ 당해 법인의 주주가 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기한 경우 로서 그 포기한 신주를 배정하는 경우에는 그 실권주를 배정받은 자가 실권주를 배정받음으로써 얻은 이익”, 나목 에서는 “ 당해 법인의 주주가 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기한 경우 로서 실권주를 배정하지 아니하는 경우에는 당해 신주 인수를 포기한 자와 특수관계에 있는 자가 신주를 인수함으로써 얻은 이익”을 규정하고 있고, 다목 에서는 “ 당해 법인의 주주가 아닌 자가 당해 법인으로부터 신주를 직접 배정 받거나, 당해 법인의 주주가 그 소유주식수에 비례하여 균등한 조건에 의하여 배정받을 수 있는 수를 초과하여 신주를 직접 배정받음으로써 얻은 이익”을 규정하고 있다.

그런데 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목 은 “법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수”하는 경우만을 규정하고 있을 뿐 “ 당해 법인의 주주가 아닌 자가 당해 법인으로부터 신주를 직접 배정 받는 경우 ”에 관하여는 규정하고 있지 않다.

따라서 주주가 아닌 제3자가 실권주를 인수하지 않고 회사로부터 신주를 직접 배정받은 경우에도 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목 에서 예정하고 있는 자본거래 유형에 해당하여 위 시행령 제11조 제9호 가 적용될 수 있는지 여부가 이 사건의 쟁점인바, 아래에서는 이에 관하여 살핀다.

(2) 주주의 신주인수권의 포기에 따른 실권주 처리와 제3자 배정

신주를 발행하는 경우에 신주인수권을 갖는 자는 청약기일까지 청약을 하고 또 납입기일까지 발행가액의 전액을 납입하면 신주의 인수인은 납입기일의 다음 날로부터 주주의 권리의무가 있다( 상법 제423조 제1항 ). 그러나 신주인수권을 갖는 자가 청약기일까지 청약을 하지 않거나( 상법 제419조 제4항 ), 또는 청약기일까지 주식인수의 청약을 하였더라도 납입기일에 납입을 하지 않으면( 상법 제423조 제2항 ) 신주를 배정받을 수 있는 권리를 잃게 되어 실권주가 발생하고, 회사는 실권주에 관하여 새로이 주주를 모집할 수 있다.

이와 같이 주식회사가 신주를 발행하는 경우에는 주주가 신주인수권을 갖는 것이 원칙이나, 상법 제418조 제2항 은 앞서 본 바와 같이 예외적으로 주주의 신주인수권을 제한하고 직접 제3자에게 신주를 배정할 수 있도록 규정하고 있다.

제3자가 직접 신주를 배정받는 경우에는 정관의 근거 규정에 따라 회사와 제3자가 신주인수에 관한 계약을 체결하고, 주주의 신주인수권 포기 및 실권주 처리와 같은 절차를 거치지 않으나, 다만 신기술의 도입, 재무구조의 개선 등 회사의 경영상 목적을 달성하기 위한 필요성이 인정되어야 하고( 상법 제418조 제2항 ), 그 외에도 목적의 적합성, 목적과 수단의 비례성이 인정되어야 한다.

(3) 인정되는 사실

앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래의 사실을 인정할 수 있다.

① 소외 회사의 정관 제12조 제1항은 “당회사의 주주는 신주발행에 있어서 그가 소유한 주식수에 비례하여 신주의 배정을 받을 권리를 가진다.”라고 하여 신주의 주주 배정의 원칙을 규정하고 있고, 같은 조 제5항은 “주주가 신주인수권을 포기 또는 상실하거나 신주배정에서 단주가 발생하는 경우에 그 처리방법은 이사회의 결의로 정한다.”라고 하여 신주의 주주배정시 주주가 신주인수권을 포기할 경우의 실권주 처리방법을 규정하고 있다.

② 한편 소외 회사 정관 제12조 제2항은 “전항의 규정에 불구하고 다음 각호의 경우에는 주주외의 자에게 이사회 결의로 신주를 배정할 수 있다(각호 생략).”, 같은 조 제3항은 “제2항에서 규정하는 범위를 초과하여 주주 이외의 자에게 신주를 배정하고자 하는 경우 주주총회의 특별결의로 정한다.”라고 하여 이사회 결의 또는 주주총회의 특별결의로 주주 이외의 제3자에게 직접 신주를 배정할 수 있음을 규정하고 있어 소외 회사의 정관은 상법의 규정에 따라 신주의 주주배정과 제3자 직접 배정의 요건과 절차를 명확하게 구분하여 규정하고 있다.

③ 소외 회사의 주주들은 2005. 6. 24. 개최된 주주총회에서 보통주 및 상환우선주를 1,700,000주 범위 내에서 1주당 발행가액을 41,000원 내외로 발행하여 원고에게 전부 배정하기로 결의하였고, 소외 회사 이사회는 같은 해 6. 29. 보통주 382,000주와 상환우선주 660,000주(발행 후 1년~5년 사이에 보통주로 1:1 전환가능, 최저배당률은 액면가액 기준 연 8%), 합계 1,042,000주(이하 ‘이 사건 주식’)를 1주당 발행가액 41,300원으로 발행하여 원고에게 전부 배정하기로 결의하였다. 이에 따라 소외 회사는 같은 날 이 사건 주식을 발행하여 원고에게 배정하였고, 원고는 같은 날 이 사건 주식을 총 43,034,600,000원에 전부 인수하였다.

④ 소외 회사의 2005. 6. 24.자 임시주주총회 의사록에는 “의장은 당 회사의 사업 형편상 현재의 자본금으로는 거대한 사업을 경위할 수 없으므로, 금일 임시주주총회에서 신주식의 발행절차 및 그 세부사항을 정하여야 한다고 말하고, 이에 대한 가부를 물은 즉 주주 등은 심사숙고 아래 다음과 같이 신주식을 발행하기로 승인 가결하다.”라고 기재되어 있고, 소외 회사의 2005. 6. 29.자 이사회 의사록 제4항은 “정관 제12조 제3항에 의해 2005년 6월 24일 임시주주총회의 특별결의로 동년 6월 29일 (주)아바타엔터프라이즈에게 신주식 100%을 배정하고 인수하기로 한다.”라고 기재되어 있다.

(4) 판단

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다고 할 것이다( 대법원 2002. 7. 26. 선고 2000두4378 판결 등 참조).

먼저 위 인정사실에 의하면, 이 사건 주식의 발행은 상법상 신주인수권의 포기 및 실권주 처리의 절차에 따라 이루어진 것이 아니라 회사의 경영상 목적을 달성하기 위하여 제3자가 직접 신주를 배정받는 절차에 따라 이루어진 것인 사실이 인정된다.

나아가 주주가 아닌 제3자가 실권주를 인수하지 않고 회사로부터 신주를 직접 배정받은 경우에도 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목 , 위 시행령 제11조 제9호 에 해당하는지 여부에 관하여 살피건대, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건과 같이 주주가 아닌 제3자가 실권주를 인수하지 않고 회사로부터 신주를 직접 배정받은 경우에는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목 에서 예정하고 있는 자본거래 유형에 해당하지 않아 위 시행령 제11조 제9호 가 적용될 수 없다고 할 것이다.

① 무엇보다도 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목 은 “법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수”하는 경우만을 규정하고 있을 뿐 “ 당해 법인의 주주가 아닌 자가 당해 법인으로부터 신주를 직접 배정 받는 경우 ”에 관하여는 규정하고 있지 않다.

② 상법 제418조 의 규정에 따른 주주의 신주인수권은 추상적 신주인수권과 구체적 신주인수권으로 구분할 수 있는데, 추상적 신주인수권은 회사가 신주를 발행한다면 소정 수량의 주식을 인수할 수 있는 권리이고, 주주권의 일부로서 주식과 분리하여 양도·포기할 수 없는 권리인데 반하여 구체적 신주인수권은 회사가 실제 신주를 발행할 때 그 신주를 청약하고 배정받을 수 있는 권리로서 이사회에서 정한 신주배정 기준일에 발생하고, 회사에 대한 채권적 권리로서 양도 및 포기가 가능하다.

따라서 신주인수권을 포기한다는 의미는 구체적 신주인수권을 포기한다는 의미이므로, 주주에게 구체적 신주인수권이 발생하여야 할 것인바[구체적 신주인수권은 이사회의 결의에 의해 정하여진 신주배정 기준일 현재 주주명부에 기재된 주주에게 발생하는 권리로서, 회사는 신주배정 기준일 2주간 전에 이를 공고하여야 한다( 상법 제418조 제3항 )], 앞서 본 바와 같이 소외 회사는 그 정관에서 정한 바에 따라 주주총회의 특별 결의 및 이사회 결의에 의하여 제3자가 직접 신주를 배정받는 절차로 이 사건 주식을 발행하였으므로, 주주에게 구체적 신주인수권이 발생할 여지가 없고, 주주가 신주를 배정받을 권리를 포기하였다고도 볼 수 없다.

③ 1996. 12. 30. 법률 제5193호로 전문개정된 구 상속세 및 증여세법은 제39조 제1항 제1호 에서 『법인의 자본 또는 출자액을 증가시키기 위하여 새로운 주식 또는 지분(이하 이 항에서 "신주"라 한다)을 배정함에 있어서 당해 법인의 주주가 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기한 경우 로서 다음 각목에서 규정하는 이익 가. 그 포기한 신주(이하 이 항에서 "실권주"라 한다)를 다시 배정하는 경우에는 그 실권주를 배정받은 자가 실권주를 배정받음으로써 얻은 이익중 대통령령이 정하는 이익, 나. 실권주를 다시 배정하지 아니하는 경우에는 당해 신주의 인수를 포기한 주주와 특수관계에 있는 자인 대주주가 신주를 인수함에 따라 얻은 이익 중 대통령령이 정하는 이익』을 증여의제의 대상으로 규정하고 있었으나, 그 이후 2000. 12. 29. 법률 제6301호로 개정된 구 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것)은 제39조 제1항 제1호 다목 으로 『 당해 법인의 주주가 아닌 자가 당해 법인으로부터 신주를 직접 배정 받거나, 당해 법인의 주주가 그 소유주식수에 비례하여 균등한 조건에 의하여 배정받을 수 있는 수를 초과하여 신주를 직접 배정받음으로써 얻은 이익』에 관하여 추가하여 신주를 직접 배정받음으로써 얻은 이익도 증자에 따른 이익의 증여 대상에 포함시켰다.

이와 같은 상속세 및 증여세법의 규정의 변천 과정에 비추어 볼 때, 증여의제의 대상이 확대되어 왔음을 알 수 있고, 이는 종전의 규정만으로는 실질적인 재산의 무상이전임에도 불구하고 과세대상으로 삼을 수 없는 경우를 새로이 과세대상으로 포함시키기 위한 것으로 보인다. 이러한 상속세 및 증여세법의 규정에 의하면 ‘주주의 신주인수권 포기에 의한 실권주의 배정’과 ‘제3자 배정’은 세법상 구별되는 개념으로 봄이 상당하다.

④ 대법원 2002. 7. 26. 선고 2000두4378 판결 은 『기존의 주주들이 신주인수권을 포기함에 따라 발생한 실권주를 재배정 받은 자들은 주식의 실제가액과 인수가액 사이의 차액 상당을 증여받은 것으로 보아 구 상속세법(1996. 12. 30. 법률 제5193호로 전문 개정되기 전의 것) 제34조의5 제1항 제1호 , 같은 법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14862호로 개정되기 전의 것) 제41조의4 제1항 의 각 규정 및 같은 법 시행령 제5조 제6항 제1호 (나)목 (2) 의 산식을 적용하여 증여의제되는 가액을 산출하여야 하고, 실권주를 다시 배정하지 아니하는 경우에 관한 같은 법 시행령 제41조의4 제2항 소정의 산식을 적용할 수 없다』고 판시하였는바, 위 대법원 판결은 주주들이 신주인수권을 포기한 경우에도 실권주를 재배정한 경우와 재배정하지 않은 경우를 엄격히 구별하여 법률을 적용하고 상호간에 유추적용을 허용하고 있지 않다.

결론적으로, 주주배정 후 신주인수권 포기에 따라 발생한 실권주의 배정과 제3자 배정은 명백히 구별되는 요건에 해당하고, 주주배정 후 신주인수권 포기에 따라 발생하는 실권주 배정의 경우에 적용되는 규정은 제3자 배정의 경우에 관한 과세처분의 근거규정으로 삼을 수 없다고 판단된다. 결국 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

마. 소결론

따라서 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 나아가 살펴 볼 필요 없이 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계 법령 생략]