가. 청구법인은 ’92.1.1-12.31 사업년도에 청구외 통신개발연구원에 80억원을 출연하고 이를 법인세법 제18조 제3항 제1호의 기부금으로 보아 전액 손금산입한 반면, 처분청은 이를 법인세법 제18조 제1항의 지정기부금으로 보아 지정기부금의 한도초과액 2,615,222,OO2원을 손금불산입하였다.

나. 청구법인은 청구법인의 부산지사사옥 신축부지로 사용하기 위하여 부산광역시 부산진구 OO동 OO 소재 토지 및 동 지상 건물을 취득한 후 동 건물을 수리·개축하여 약 1년간(91.1.1-12.23) 부산지사의 임시사옥으로 사용하다가 92년도에 동 건물을 철거하고, 동 수리·개축비용의 장부가액 205,122,446원을 고정자산처분손실로 손금산입한 반면, 처분청은 이를 신축되는 사옥의 취득원가로 산입하여야 할 금액으로 보아 손금불산입 하였다.

다. 처분청은 위와 같이 손금불산입하여 93.6.1 청구법인에게 ’92.1.1-12.31 사업년도분 법인세 1,218,540,830원을 경정고지 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.7.29 심사청구를 거쳐 94.11.14 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 체신부장관이 청구법인에게 배정한 통신개발연구원에 대한 출연금 80억원을 통신개발연구원에 지급하고 이를 손금에 산입하였다. 전기통신기본법 제10조에서 “체신부장관은 전기통신의 진흥을 위하여 전기통신을 연구하는 기관 및 단체를 지도·육성하여야 하며, 이를 위하여 정부가 재정지원을 하거나 체신부장관은 기간통신사업자로 하여금 재정적 지원을 하게 할 수 있다”고 규정하고 있다. 따라서, 청구법인이 기간통신사업자로서 체신부장관으로부터 출연권고 금액을 통보받아 통신개발연구원에 출연한 금액은 사실상 국가(체신부장관)에 기부한 것과 같다고 보아야한다.

또한, 기간통신사업자가 통신개발연구원에 출연한 출연금은 정부가 직접 출연한 출연금과는 달리 정부예산에 편성되지는 아니하나, 통신개발연구원이 출연금을 사용하기 위해서는 기금의 운용·관리에 관한 규정을 정하여 체신부장관의 승인을 얻도록 되어 있으므로, 정부가 직접 출연한 기금과 기간통신사업자가 출연한 기금은 일단 출연된 후에는 하나의 기금으로서 그 성격이 동일하게 취급되는 바 이는 법인세법 기본통칙 2-12-1···18에서 규정하고 있는 “국가 또는 지방자치단체의 기관의 장이 세입·세출 예산에 준하여 직접 관리하는 경우”에 해당한다.

아울러 특정연구기관육성법의 적용을 받는 특정연구기관(한국전자통신연구소, 한국표준연구소, 한국기계연구소, 한국과학재단 등), 한국과학기술원, 한국원자력연구소 등에 지급한 출연금은 조세감면규제법 제49조에 의하여 전액손금에 산입되는 바, 통신개발연구원은 여기에 열거되지는 아니하였으나 그 설립주체 및 설립취지는 동일하므로 통신개발연구원에 지급한 출연금도 전액 손금산입되어야 한다.

(2) 청구법인은 부산지사사옥을 신축하기 위하여 90.9.10 청구외 정리회사 주식회사 OO으로부터 부산광역시 부산진구 OO동 OO 소재 대지 4,148㎡ 및 동 지상의 공장건물 2동을 6,258,000,000원에 취득하였으며, 향후 동 공장건물을 철거하고 사옥을 신축할 목적이었으므로 매매계약시부터 건물의 가액은 없는 것으로 하여 동 매매금액 전액을 토지가액으로 하였다.

당시 청구법인의 부산지사는 OO전화국의 건물을 일부 임차하여 사용하던 중 동 전화국이 이전을 요구함에 따라 위 철거예정인 공장건물을 수리·개축하여 약 1년간(91.1.1-12.23) 사용하다가 91.12.24 부산광역시 동래구 OO동 OOOOOO 소재 건물을 임차하여 이전하였다.

92.12 청구법인 부산지사의 신사옥 건설공사가 착공되어 위 공장건물이 철거됨에 따라 수리·개축비의 장부가액 205,122,446원을 ’92.1.1-12.31 사업년도에 고정자산처분손실로 계상하였다.

이와 같이 임시사용 목적으로 공장건물을 수리·개축하는데 사용되었던 금액은 동 공장건물의 철거시 손금으로 계상할 것이지 신사옥의 취득원가에 산입할 이유가 없는 것이다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구법인이 통신개발연구원에 출연한 80억원은 지급처가 통신개발연구원이고, 체신부는 출연금액을 배정하여 권고하였을 뿐이므로 국가(체신부)에 지급한 기부금으로 볼 수 없다. 즉, 청구법인이 지급한 출연금을 국가등에 대한 기부금으로 보기 위해서는 지급처가 체신부이어야 하고 또한 체신부의 예산에 편입·사용된 경우이어야 하는 것이다. 또한 통신개발연구원은 조세감면규제법 제49조에 규정된 법인이 아니다.

(2) 법인세법 기본통칙 2-15-1···21에서 자기소유 토지상에 있는 기존건물을 용도변경·개량·확장 및 증설을 목적으로 철거하는 경우 기존 건축물의 장부가액과 철거비용은 용도변경·개량·확장 및 증설된 건축물에 대한 자본적지출로 한다고 규정하고 있으며, 청구법인의 가건물이 내용연수가 경과되지 아니하였고 건물을 처분한 것이 아니라 사옥을 신축하기 위하여 철거한 것이므로 당기의 비용으로 처리할 수 없으며 이와 같이 하는 것이 기업회계기준상의 수익-비용 대응의 원칙에도 합치되는 것이므로 당초 처분이 정당하다.

3. 쟁 점

① 청구법인이 통신개발연구원에 지급한 출연금이 법인세법 제18조 제3항 또는 조세감면규제법 제49조 제1항의 규정에 의하여 전액 손금에 산입되는 기부금에 해당하는지 여부와

② 사옥신축용 토지 취득시 토지와 함께 동지상의 공장건물을 취득하고, 동 공장건물을 수리·개축하여 약 1년간 임시사옥으로 사용한 후에 동 건물을 철거한 경우 동 수리·개축비의 장부가액을 당해년도의 손금으로 할 것인지, 새로 신축하는 사옥의 취득원가에 산입할 것인지 여부를 가리는데 있다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점 ①에 관하여

(1) 먼저 사실관계를 살펴보면, 청구법인은 기간통신사업자로서 체신부장관이 전기통신기본법 제10조에 근거하여 청구법인에게 통신개발연구원에 출연하도록 배정·권고한 80억원을 ’92.1.1-12.31 사업년도에 통신개발연구원에 지급하였고, 청구법인은 동 금액을 법인세법 제18조 제3항 제1호의 규정에 해당하는 기부금으로 보아 전액 손금에 산입한 반면에 처분청은 이를 동조 제1항의 규정에 해당하는 지정기부금으로 보아 청구법인의 지정기부금 한도초과액 2,615,222,OO2원을 손금불산입 하였다.

(2) 법인세법 제18조의 규정을 보면, 그 제1항에서 일정한 한도금액이내의 지정기부금은 손금에 산입하나, 그 한도를 초과하는 지정기부금과 지정기부금외의 기부금은 손금불산입 하도록 규정되어 있고, 그 제3항에서 동항 각 호에 열거하는 기부금에는 그 제1항의 규정을 적용하지 아니한다고 규정하면서 그 제3항 제1호에 “국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액”을 규정하고 있다. 이와 관련하여 법인세법 기본통칙 2-12-1···18에서 “법 제18조 제3항 제1호에 규정하는 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액은 당해 금품의 가액이 국가 또는 지방자치단체의 예산에 편입(국가 또는 지방자치단체의 기관의 장이 이를 세입, 세출예산에 준하여 직접 관리하는 경우를 포함한다)되거나 국유재산법 또는 지방재정법에 규정하는 기부채납에 의하여 당해 물품등이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 것으로 한다”고 규정하고 있다.

(3) 통신개발연구원은 통신개발연구원법에 의하여 설립된 특별법인으로서 국가기관이 아님이 명백하고, 따라서 통신개발연구원에의 출연금은 법인세법 제18조 제3항에 규정하는 기부금에 해당되지 아니한다.

또한 통신개발연구원이 출연금을 사용하기 위하여 기금의 운용·관리에 관한 규정을 정하여 체신부장관의 승인을 받아야 하는 등 체신부장관의 감독을 받는다하여 통신개발연구원이 받은 출연금을 체신부장관이 세입, 세출예산에 준하여 직접관리 하는 것이라고 인정되지 아니한다.

그리고 조세감면규제법 제49조에는 통신개발연구원에 지급하는 출연금을 손금에 산입하도록 규정한 바 없고, 조세감면규제법의 관련 규정은 이를 엄격히 해석·적용하여야 할 것이므로 통신개발연구원의 설립주체나 설립취지가 조세감면규제법 제49조 제1항에서 열거한 법인들과 유사한 면이 있다 하여 통신개발연구원에 지급한 출연금에 대하여도 동 규정을 적용하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없는 것으로 판단된다.

나. 쟁점 ②에 관하여

(1) 먼저 사실관계를 살펴보면, 청구법인은 부산지사 사옥의 신축용지로 사용하기 위하여 부산광역시 부산진구 OO동 OO 소재 대지 4,148㎡ 및 동 지상의 공장건물 454.22㎡를 청구외 정리회사 주식회사 OO으로부터 토지가액은 6,258,000,000원으로 하고 건물가액은 없는 것으로 하여 90.9.10 매수하였다.

당시 청구법인의 부산지사는 OO전화국의 건물을 일부 임차하여 사용하고 있던 중 동 전화국에서 이전을 요구하자 위 공장건물을 임시사옥으로 사용하기 위하여 90.11.20부터 91.1.25에 걸쳐 수리·개축하여 약 1년간(91.1.1-12.23) 사용하다가 91.12.24 부산광역시 동래구 OO동 OOOOOO 소재 건물을 임차하여 이전하였고, 92.12.30 부산지사 신사옥 건설을 위하여 위 수리·개축한 공장건물을 철거하였다.

청구법인은 위 수리·개축비를 기타유형고정자산으로 계상하였다가 91.1.1-12.31 사업년도에 5,767,555원, 92.1.1.-12.31 사업년도에 8,825,389원을 각각 감가상각비로서 손금산입하였고, 나머지 장부가액 205,122,446원을 92.1.1 -12.31 사업년도에 고정자산처분손실로 손금산입하였다.

(2) 법인세법시행규칙 제33조(수익적 지출과 자본적 지출의 예시) 제2호 가목 및 마목에서 본래의 용도를 변경하기 위한 개조, 기타 개량·확장·증설 등에 대한 지출은 자본적 지출로 규정하고 있으므로 공장건물을 사무실로 용도변경하기 위한 위 수리·개축비는 자본적 지출에 해당하는 것으로 판단된다(청구법인도 이를 자본적 지출로 보아 동 수리·개축비를 자산으로 계상한 후 감가상각하였다).

법인세법 기본통칙 2-15-1···21 제4호에서 “자기소유의 토지상에 있는 기존건물을 용도변경, 개량, 확장 및 증설을 목적으로 철거하는 경우 기존 건축물의 장부가액과 철거비용은 용도변경, 개량, 확장 및 증설된 건축물에 대한 자본적지출로 한다”고 규정하고 있는 바, 이는 기존 건축물의 장부가액을 철거년도의 손금으로 처리할 경우 당해년도의 수익과 대응되지 아니하는 비용이 일시에 계상되어 기간손익을 왜곡시키게 되므로, 이를 완화하기 위하여 철거된 건물의 장부가액을 용도변경, 개량, 확장 및 증설된 건물에 대한 자본적 지출로 하여 동 건물의 사용기간에 걸쳐 감가상각을 통하여 점차로 손금에 산입하도록 하기 위한 것이다.

그러므로 위 수리·개축비의 장부가액은 철거년도의 손금으로 산입할 것이 아니라 새로 신축하는 사옥에 대한 자본적 지출로 함이 타당한 것으로 판단된다.

다. 따라서 이 건 심판청구는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.