원심판결 이유에 의하면 원심은, 그 내세운 증거에 의하여 원고는 석유제품 판매업 등을 목적으로 설립된 법인으로서 1989. 2. 15.경 이 사건 토지를 매수하여 그 지상에 이 사건 건물을 신축한 후 이 사건 건물에 대하여는 1990. 3. 14. 원고 명의의 소유권보존등기를, 이 사건 토지에 관하여는 1991. 2. 28. 원고 명의의 소유권이전등기를 각 경료한 사실, 한편 원고는 1989. 12. 20.부터 이 사건 토지 및 건물에서 주식회사 오륜에너지 중계주유소라는 이름으로 그 지점을 설치하고 사업자 등록을 한 후, 1990. 3. 14.과 1991. 2. 28.에 위 건물 및 토지에 대하여 각 소유권 보존 및 이전 등기를 경료하면서 등록세 등(건물에 대한 등록세 등으로 금 2,177,180원, 토지에 대한 등록세 등으로 금 35,452,650원)을 각 납부하였는데, 피고 시장의 위임을 받은 노원구청장은 1991. 12.경 위 각 부동산취득등기가 지방세법(1993. 6. 11. 법률 제4561호로 개정되기 전의 법률) 제138조 제1항 제3호 에 정하는 대도시 내 지점의 설치에 따른 부동산등기에 해당한다 하여 중과세율을 적용하여 산출된 등록세액(토지에 대한 등록세로 금 147,719,440원, 건물에 대한 등록세로 금 9,704,600원)과 교육세액(토지에 대한 교육세로 금 29,543,880원, 건물에 대한 교육세로 금 1,181,320원)에서 앞서 납부된 각 세액을 공제한 나머지 금액을 추가로 부과함과 아울러 같은 법 제151조 에 의해 등록세 중과에 대한 원고의 자진납부의무 불이행을 이유로 위 중과되는 등록세 등에 대한 가산세로 금 27,595,210원(위 각 등록세에 대한 가산세로 금 25,107,430원, 교육세에 대한 가산세로 금 2,487,780원)을 부과하여, 원고가 1991. 12. 31. 이를 납부하였다가 과세표준 산출의 착오가 정정됨에 따라 토지분에 대하여는 1992. 3. 2. 가산세 금 506,870원을 포함한 금 3,275,670원을 환급받고, 건물분에 대하여는 같은 달 31. 가산세 금 277,290원을 포함한 금 1,789,840원을 추가 납부한 사실을 각 인정한 다음, 원래 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재이므로 같은 법 제138조 제1항 제3호 에 의하여 중과되는 등록세에 대한 가산세를 부과하기 위하여는 납세의무자에게 자진신고납부의무가 있음을 전제로 한다 할 것인데, 1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정된 지방세법 제150조의2 에 의하여 등록세 중과에 관하여 자진신고납부의무를 규정한 위 법 제120조 단서와 같은 규정이 있을 뿐 등록세 중과에 대한 자진신고납부의무를 인정한 규정이 없어 위 법 규정만으로는 지점 등 설치 후의 부동산취득등기의 등록세 중과세 요건이 충족되어 등록세가 중과되는 경우에 있어서 납세의무자에게 중과되는 등록세를 자진신고납부할 의무를 부과하였다고 볼 수 없으므로, 결국 원고에게 위 등록세 중과에 대한 자진신고납부의무가 있음을 전제로 한 피고의 위 가산세 부과처분은 법령의 근거 없이 이루어진 것으로서 그 하자가 중대하고 명백하여 무효라 할 것이고, 이와 같이 무효인 가산세 부과처분에 기하여 피고가 원고로부터 위 가산세 금 27,365,630원을 납부받음으로써 피고는 법률상 원인없이 위 금원 상당의 이익을 얻고 이로 인하여 원고에게 위 금원 상당의 손해를 입혔으므로 원고에게 이를 반환할 의무가 있다고 판단하였다.

그러나 지방세법(1993. 6. 11. 법률 제4561호로 개정되기 전의 법률, 이하 같다.) 제124조 , 같은법시행령 제90조 , 제91조 , 같은 법 제130조 , 제151조 의 규정 취지를 종합하여 보면 등록세는 신고에 의하여 일단 과세표준 및 세액이 확정되는 신고납세방식의 조세이고, 신고납부시기는 등기 또는 등록시까지라 할 것이니 납세의무자가 등기 또는 등록시에 등록세 과세표준 및 세액을 자진신고납부하지 아니하였다면 과세관청으로서는 같은 법 제151조 의 규정에 따라 등록세의 가산세를 보통징수의 방법에 의하여 징수할 수 있다 할 것인바 ( 대법원 1995. 6. 16. 선고 94누11019 판결 , 1993. 5. 25. 선고 92누14816 판결 등 참조), 같은 법 제138조 제1항 제3호 , 같은법시행령 제102조 제2항 후단 에 의하여 '대도시 내에서의 법인의 설립·설치·전입 이후의 부동산등기'의 경우에는 그 부동산등기시에 이미 중과세 요건이 충족되어 있어 납세의무자가 등기시에 등록세 과세표준 및 세액을 위 같은 조의 규정에 따라 자진신고납부하지 아니하였다면 과세관청으로서는 같은 법 제151조 의 규정에 따라 등록세의 가산세를 보통징수의 방법에 의하여 징수할 수 있다 할 것이다 {다만, 부동산 취득등기 이후에 지점 설치를 함으로써 비로소 등록세의 중과세 요건이 충족되어 중과하는 경우에 있어서는 취득세 중과에 대한 자진신고납부의무를 규정한 지방세법 제120조 단서와 같은 규정을 결하고 있어 등록세의 납세의무자에게 그 등록세를 자진신고납부할 의무를 부과하였다고 볼 수 없어( 대법원 1992. 5. 12. 선고 91누10619 판결 참조) 이에 대한 가산세를 부과할 수 없을 뿐이다.}.

원심이 확정한 사실에 의하면, 원고가 1989. 12. 20. 이 사건 토지 및 건물에서 주식회사 오륜에너지 중계주유소라는 이름으로 그 지점을 설치하고 사업자 등록을 한 다음, 이 사건 건물에 대하여는 1990. 3. 14. 원고 명의의 소유권보존등기를, 이 사건 토지에 관하여는 1991. 2. 28. 원고 명의의 소유권이전등기를 각 경료하였음을 알 수 있는바, 사정이 이와 같다면 원고는 위 각 부동산을 취득할 당시에 이미 같은 법 제138조 제1항 제3호 의 중과세 요건을 충족하고 있어서 위 각 부동산 등기시에 등록세 과세표준 및 세액을 위 같은 조의 규정에 따라 자진신고납부하였어야 하고, 위와 같은 자진신고납부를 하지 아니할 경우에는 과세관청은 원고에 대하여 같은 법 제151조 에 의하여 가산세를 부과할 수 있다 할 것이다.

그러함에도 불구하고 원심이 피고의 가산세 부과처분이 부당하다고 판단한 것은 등록세의 가산세에 관한 법리를 오해함으로써 판결에 중대한 영향을 미친 위법이 있다고 보지 아니할 수 없다.

그러므로 나머지 상고이유의 주장에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여 법관들의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.