2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 12. 1. 원고에게 한 2009년 귀속 양도소득세 000원과 농어촌특별세 000원의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 2000. 7. 21.경 서울 OO구 OO동 00 과수원 1,051㎡(이하 '이 사건 제1토지'라 한다), 같은 동 00 창고용지 426㎡(취득 당시 지목은 과수원이었다가 2006. 4. 17. 창고용지로 지목이 변경되었다, 이하 '이 사건 제2토지'라 한다), 같은 동 00 과수원 1,028㎡(이하 '이 사건 제3토지'라 한다) 및 이 사건 제2토지 지상 건물 합계 128.7㎡(이하 '이 사건 건물'이라 한다)에 관한 소유권을 취득한 후, 2005. 12. 12. 000에게 이 사건 제3토지에 관하여 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었고, 2009. 9. 1. 00에게 이 사건 제1, 2토지 및 이 사건 건물에 관하여 810,138,900원에 수용을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

나. 원고는 2009. 10. 31.경 피고에게 양도소득 과세표준 예정신고를 함에 있어 이

사건 제1토지에 관하여는 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하고, 이 사건 제2토지 및 건물에 관하여는 주택 및 주택 부수 토지 감면 규정을 적용하여 산출한 양도소득세 59,488,040원으로 신고.납부하였다.

다. 이후 원고는 2009. 11. 16.경 중앙토지수용위원회로부터 이 사건 제1, 2토지에

대한 이의재결증액보상금 46,041,900원을 수령하였으나 이에 대한 양도소득 과세표준 예정신고는 하지 아니하였다.

라. 이에 피고는 2013. 12. 1.경 원고에게 이 사건 제1, 2토지 및 건물의 양도가액에 위 증액보상금을 추가하여 2009년 귀속 양도소득세 10,692,240원과 농어촌특별세 477,580원을 결정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 2. 5.경 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 위 청구는 2014. 6. 30.경 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 5호증, 을 1, 10호증(각 가지번호 포함)의 각기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 제2토지 중 이 사건 건물 면적을 제외한 부분을 사실상 과수원으로 사용하였음에도 불구하고, 주택의 부수 토지로 신고하여야만 하는 줄 알고 양도소득세 신고 당시 주택 부수 토지로 신고하였다. 하지만 이 사건 건물 중 창고 부분(99㎡)은 농업용 생산시설이고, 이 사건 제2토지 중 이 사건 건물 면적을 제외한 부분은 배나무가 심어져 있어 농지이다. 이 사건 건물 중 관리사 부분(29.7㎡)과 추가된 48.3㎡만을 2006. 6. 20.경부터 주거용으로 사용하였을 뿐이다.

이 사건 제2토지는 전소유자인 000이 1974년경부터 과수원으로 사용하다가 1996년경 이 사건 건물 부분에 있던 배나무만 뽑아내고 이 사건 건물을 지은 것이고, 원고는 이 사건 건물 중 창고 부분을 지속적으로 농업용 생산시설로 사용하였다. 따라서 이 사건 제2토지에 관한 양도소득세는 8년 자경 농지 감면이 이루어져야 한다. 가사 이 사건 제2토지를 원고가 8년 자경하지 않았다고 하더라도 이 사건 건물 중 창고 부분 및 그 부수 토지는 장기보유 특별공제 대상이 되어야 한다.

나. 판단

1) 8년 이상 자경농지 감면 조항의 적용 여부

가) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2011. 12. 13. 선고 2011두20116 판결).

구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항은 '농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세・감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다'라고 규정하고 있고, 이러한 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제66조는 "농지가 소재하는 시.군.구 또는 그에 연접한 시.군.구 안의 지역 또는 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역에 거주하면서(재촌 요건), 당해 농지를 취득한 때로부터 양도할 때까지 8년 이상 직접 경작(자경 요건)한 경우 양도소득세가 감면되고, 여기서 '직접 경작'이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년 생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다"라고 규정하고 있다.

여기서 직접 경작에는 손수 경작하는 경우 뿐 아니라 자기의 책임과 계산 하에 다른 사람을 고용하여 경작하는 경우도 포함되고(대법원 1994. 10. 21. 선고 94누996 판결 등 참조), 직접 영농에 종사하는 이상 다른 직업을 겸업하더라도 자경농민에 해당하나, 다른 직업에 전념하면서 농업을 간접적으로 경영하는 것에 불과한 경우에는 자경농민에 해당한다고 할 수 없으며(대법원 1998. 9. 22. 선고 98두9271 판결 등 참조), 양도한 토지의 자경사실은 이를 주장하는 양도자가 적극적으로 입증하여야 하고, 양도한 토지가 8년 이상 농지로서 이용된 사실이 인정된다 하여 이로써 양도자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니다(대법원 1994. 10. 21. 선고 94누996 판결 등 참조).

나) 살피건대, 갑 3, 7, 14, 15, 16, 25, 26호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 제

1, 2토지가 국민임대주택단지조성사업에 포함됨에 따라 작성된 재결 손실보상액 명세서에 이 사건 제1, 2토지 지상에 배나무 등이 식재되어 있었던 것으로 기재되어 있는 사실, 2008. 9. 17.자 농지원부(농업인 원고, 최초 작성일 2001. 9. 3.)의 세대원 사항란에 '본인 000, 처 000, 자 이수정, 사위 000'가, 소유농지현황의 농지의 표시란에 '이 사건 제1토지와 제2토지 중 297.3㎡', 경작구분란에 '자경', 소유자성명란에 '원고'가 각 기재되어 있는 사실, 000은 '남양주시에서 농업 관련 농약 등을 판매하였다. 원고가 2000년 8월 초에 000과 같이 와서 농약을 구입해 간 적이 있다. 영수증은 보관되어 있지 않다. 원고가 2004년 배 수확하기 전까지 구입해 간 농약의 구입금액은 알 수 없지만, 매년 농약을 구입해 간 사실은 틀림없다'는 내용의 확인서를 작성한 사실, 000은 '서울 OO구 OO동에서 약 40년 과수원을 하고 있다. 배농사를 짓던 000이 이 사건 제1, 2, 3토지 배밭을 원고에게 팔았다. 원고는 000에 있는 국방부 공무원이라고 하였고, 아버지, 어머니도 배밭에 왔다갔다 했다. 원고는 자신에게 배농사의 방법, 농약 구입 등을 물으면서 노트에 기재하였고, 토요일, 일요일, 공휴일, 휴가 때 배밭에서 열심히 일을 하였다. 원고가 농약구입처를 물어 원고, 원고의 아버지와 함께 농약집에 방문하여 사장을 소개시켜 줬다. 원고 또는 원고의 아버지가 부탁하면 농약을 사다 준 적이 있다'는 내용의 확인서를 작성한 사실, 원고는 2005년부터 2007년까지 000 마트에서 농약 등을 구입하였던 사실 등이 인정된다.

그러나 갑 11, 20, 23호증, 을 3, 6, 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 앞서 본 사실들 및 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 그 주장과 같이 이 사건 제2토지에서 8년 이상 농작물의 경작에 상시 종사하였다거나 농작업의 1/2 이상을 자신의 노동력에 의하여 경작함으로써 직접 경작하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

① 이 사건 제2토지를 양도하기 전 촬영한 각 항공사진에는 이 사건 제2토지에서 과수원으로 이용되는 부분이 거의 눈에 띄지 않는다. 또한 이 사건 제2토지 중 297.3㎡은 2008. 9. 17.에야 농지원부에 과수원으로 이용되고 있다고 기재되었다. 한편 이 사건 제1, 2토지가 국민임대주택단지조성사업에 포함됨에 따라 작성된 재결 손실보상액 명세서, 물건기본조사서(2008. 4. 29.자)에는 이 사건 제2토지 지상에 주택 177㎡, 큰크리트 계단 2.4㎡, 콘크리트 마당 28㎡ 등이 있는 것으로 기재되어 있는바, 이 사건 제2토지 지상에서 위 주택 등이 위치한 면적을 제외한 면적은 218.6㎡에 불과하여 위 농지원부에서의 과수원 면적 기재와 그 넓이가 일치하지 않는다.

② 원고는 이 사건 각 토지를 취득하기 전인 1997년경부터 현재까지 000 공무원으로 000에서 근무하였고, 1999. 4. 3.경에는 서울 노원구 공릉동 000아파트 0동 000호에, 2003. 10. 17.에는 서울 강북구 번동 000아파트 00동 000호에, 2004. 7. 12.에는 서울 성북구 정릉동 000빌라 00호에, 2005. 10. 24.에는 서울 성북구 정릉동 000빌라 00호에 각 전입하였다가 2006. 6. 20.에 이 사건 제2토지에 전입하였는바, 원고의 직업, 근무지.거주지.이 사건 각 토지의 위치와 거리에 비추어 원고가 경작에 투입할 수 있는 시간은 제한적일 것으로 보인다.

③ 원고는 휴무일과 휴가를 이용하여 이 사건 제1, 2토지에서 직접 경작을 하였다고 주장한다. 그러나 2005. 12.경까지 원고는 제3토지도 소유하고 있어 전체 과수원 면적(이 사건 제2토지의 과수원 면적을 원고의 주장과 같이 297.3㎡로 볼 때)은

2,376.3㎡로 상당히 넓어 여기에서 배농사를 짓기 위한 작업시간과 노동력은 상당할 것으로 보이는 점, 배나무 등의 묘목을 식재하고 관리하며 비료를 주고 과실에 종이봉지 등을 씌우고, 농약을 살포하는 작업 등을 적기에 수시로 하여야 하는 배농사의 특성상 이 사건 각 토지에서 상당한 거리에 위치한 주거지에 거주하면서 공무원으로 근무하였던 원고가 휴무일과 휴가를 전적으로 농업에 종사하였다고 하더라도 위 작업을 적기에 하기는 어려울 것으로 보이는 점 등에 비추어, 원고가 이 사건 제1, 2토지를 주도적으로 경작하였다고 보기는 어렵다.

④ 2008. 4. 29.자 농지원부(농업인 000, 최초 작성일 2001. 9. 3.)의 세대원 사항란에는 '처 000, 자 원고, 자 000, 사위 000'가 기재되어 있고, 소유농지현황의 농지의 표시란에는 '이 사건 제1토지와 제3토지', 경작 구분란에는 '자경', 소유자성명란에는 '000'이 각 기재되어 있었다. 한편, 000(1946. 11. 5.생)은 원고의 아버지로서 2001. 8. 27. 이 사건 제2토지에 전입하였고, 2001. 9. 13.경부터 2005. 11. 7.경까지는 서울 노원구 공릉동, 서울 강북구 번동 등에 전입하였다가 2005. 11. 7.경에는 서울 OO구 OO동 000아파트 00동 000호에, 2006. 6. 20.경에는 서울 OO구 OO동 000에, 2008. 3. 21.경에는 이 사건 제2토지에 각 전입하였다.

⑤ 원고는, 000은 고혈압으로, 000은 손가락 관절염으로 과수원 경작에 필요한 노동력을 제공할 수 없는 상태였다고 주장하나, 특별히 농사를 짓는데 어려움이 있었다고 볼 만한 진료기록 등은 제출되고 있지 않다{000의 확인서에 의하더라도 000과 000도 과수원에서 일하였고, 원고 또는 000의 부탁에 의하여 농약을 구입해 줬다는 것이고, 000, 000의 확인서(을 7호증의 3)에 의하면 원고 및 원고의 부모와 동생이 이 사건 제2토지에 이사 와서 온 식구가 배농사를 하였다는 것이다}.

⑥ 이 사건 각 토지에서 수확한 농작물 등의 양은 상당할 것으로 보이는데, 원고는 그 수확한 농작물의 사용처 및 보관 장소 등에 대하여 객관적인 자료를 전혀 제출하지 아니하고, 오히려 이 사건 건물은 아래에서 보는 바와 같이 전체가 주택으로

사용되어 수확한 농작물 등을 보관할 만한 장소가 없어 보인다.

⑦ 000, 000 작성의 각 확인서 및 갑 16호증의 기재에 의하더라도 원고 또는 원고의 아버지가 농약을 샀다는 것에 불과할 뿐 원고가 그 농약을 이용하여 주도적으로 배농사를 경작하였다고 보기 어렵다. 뿐만 아니라 원고가 증거로 제출한 확인서들은 그 작성방법과 경위, 기재내용, 작성자와 원고의 관계 등에 비추어 원고의 자경여부와 관련한 객관적인 증거자료가 되기에 부족하다.

2) 이 사건 건물 및 제2토지가 주택 및 주택에 딸린 토지인지 여부

가) 건물이 소득세법에서 정한 '주택'에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구 분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 한다(대법원 1987. 9. 8. 선고 87누584 판결, 대법원 2010. 7. 22. 선고 2008두21768 판결 등 참조).

나) 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 건물의 건축물대장상 용도가 관리사(29.7

㎡) 및 창고(99㎡)인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 그러나 갑 2, 13호증, 을 4, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 건물은 방, 거실 및 부엌, 욕실 등으로 구분되어 있고, 기름보일러와 가정용 전기 설비를 갖추고 있어 독립된 주거가 가능한 형태인 사실, 이 사건 건물에는 2005. 10. 18.에 000(기재가 분명하지는 않다)가, 2006. 6. 20.에 원고가, 2008. 3. 21.에 원고의 부인 000과 모인 000, 동생 000, 매제000가 각 주민등록 전입신고를 한 사실, 국민임대주택사업과 관련하여 이 사건 건물에 관한 조사 당시 000이 2008. 4. 29.경 작성하여 제출한 지장물 기본조사서에는 거주자란에 '가옥주 원고(전입일 2006. 6. 20. 거주면적 79.8㎡), 세입자로 000(전입일 2005. 10. 18, 거주면적 97.2㎡)로, 물건내역 및 구조란에 '계단, 자가수도, 기름보일러, 가정용 전기 및 별지 도면'이 각 기재되어 있었던 사실(원고는, 원고의 외삼촌 000가 원고도 모르게 이 사건 건물에 주민등록 전입신고만을 하였다고 주장하나, 앞서 본 사실 등에 비추어 위 주장은 믿기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다)이 인정된다. 위 인정사실에 원고 스스로도 이 사건 건물 및 제2토지를 주택 및 주택에 딸린 토지로 보아 양도소득세를 신고하였던 사실 및 원고가 수용재결신청 당시 이 사건 건물을 실제 주택으로 사용하고 있다면서 이 사건 제2토지를 대지로 보상하여 줄 것을 요청하였던 사실을 종합하면, 이 사건 건물은 공부상 면적이나 용도에도 불구하고 실제 면적 177㎡ 전체가 사실상 주거에 공하는 건물로서 소득세법 소정의 주택에 해당한다고 봄 이 상당하고, 이 사건 제2토지 역시 주택에 딸린 토지로 보아야 할 것이다.

3) 장기보유 특별공제 조항의 적용 여부

구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 '소득세법' 이라고만 한다) 제95조 제2항에 의하면, 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 장기보유 특별공제 대상 자산에서 제외된다. 그런데 이 사건 건물 및 제2토지는 소득세법 제104조 제1항 제2호의5(대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택)에 해당하는 자산이므로, 이 사건 건물 및 제2토지는 장기보유 특별공제 대상 자산에서 제외되어야 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 변지영

심급 사건

참조조문

참조판례