2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 ○○시 ○○구 ○○동 19-4에서 '△△주유소'라는 상호로 주유업을 운영 하는 개인사업자로서, (1) 2007년 1기 및 2기의 과세기간 동안 ○○지방국세청에 의하여 자료상으로 확정되어 고발된 주식회사 제5에너지(이하 '제5에너지'라고 한다)로부터 공급가액 합계 339,636,000원의 매입세금계산서를 교부받아 각 과세기간별로 매출세액에서 공제받는 매입세액으로 부가가치세 신고를 하였고, (2) 2007년 2기 및 2008년 1기의 과세기간 동안 유사휘발유 제조 ・ 판매업자인 □□칼로부터 유사휘발유 공급 가액 합계 132,872,000원의 매입세금계산서를 교부받아 2007년 2기분에 대하여는 수정 신고를, 2008년 1기분에 대하여는 확정신고를 통하여 매출세액에서 공제받는 매입세액 으로 부가가치세 신고를 하였다.

나. 피고는 2009. 5. 11. ~ 2009. 5. 29. 동안 원고의 사업장에 대한 세무조사 결과, (1) 원고가 제5에너지로부터 수취한 세금계산서 중 공급가액 합계 318,881,000원(이하 '이 사건 1세금계산서'라고 한다)에 대하여는 실제 공급자와 세금계산서의 발행자가 다른 가공의 세금계산서이고, (2) □□칼로부터 수취한 공급가액 합계 132,872,000원의 세금계산서에 대하여는 □□칼의 폐업일 이후에 발행된 사실과 다른 세금계산서라고 보아, 위 각 세금계산서 공급가액 상당액을 매입세액에서 차감하여 2009. 8. 3. 원고에 대하여 2007년 1기분 부가가치세 22,396,500원, 2007년 2기분 부가가치세 30,494,560원, 2008년 1기분 부가가치세 13,260,980원을 경정 ・ 고지하고, 2007년의 거래금액 합계 369,499,000원(= 이 사건 1세금계산서 318,881,000원 + 아래 이 사건 2 세금계산서 50,618,000원)에 대하여는 소득세법(2008. 12. 26. 법률 9270호로 개정되기 전의 것) 제81조 제4항에 따라 증빙불비가산세율 2%를 적용하여 2007년 귀속 종합소득세 7,389,980원(= 369,499,000원 x 2/100)을 경정 ・ 고지하였다.

다. 한편, 피고는 이 사건 소송 계속 중인 2010. 7. 16. 원고가 2008년 1기에 □□칼로부터 교부받은 합계 82,254,000원의 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 2008년 1기분 부가가치세 13,260,980원의 처분을 직권으로 취소하였다(당초 □□칼로부터 수취한 공급가액 합계 132,872,000원의 세금계산서 중 위 82,254,000원의 세금계산서를 제외한 나머지 50,618,000원의 세금계산서를 이하 '이 사건 2세금계산서'라고 한다. 그리고 직권으로 취소되고 남은 위 나.항 기재 2007년 1, 2 기분 부가가치세 및 2007년 귀속 종합소득세 부과처분을 이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1, 2, 3호증, 을제1, 8호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 제5에너지로부터 유류를 매입하면서 제5에너지가 발행한 유류출하전표를 수취하였고, 그 공급내용을 장부에 기재하여 배달기사에게 확인하도록 하였으며, 유류 대금은 은행을 통하여 제5에너지에 송금하였다. 따라서 이 사건 1세금계산서를 가공거 래 내지 위장거래에 기한 것이라고 할 수 없고, 적어도 원고는 상대방을 정상사업자로 알고 거래한 선의의 거래당사자에 해당하므로, 이 사건 1세금계산서에 관한 매입세액 을 불공제한 것은 위법하다.

(2) 원고가 □□칼의 폐업일 이후 이 사건 2세금계산서를 수취한 사실은 인정하나, 폐업일 이후 세금계산서만을 실제거래일로 소급하여 작성하였을 뿐 당초 □□칼로부터 유사휘발유를 매입한 것은 사실이고, 공급시기나 과세기간이 경과된 후에 작 성된 세금계산서라 하더라도 그 거래사실이 확인되면 그 매입세액은 공제되어야 하므로, 이 사건 2세금계산서에 대한 매입세액을 불공제한 것은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) ○○지방국세청의 세무조사 결과, 제5에너지는 2007년 과세기간 동안 총매출액 6,833,000,000원 중 가공매출이 5,733,000,000원에 이르고, 총매입액 6,750,000,000원 중 가공매입이 5,978,000,000원에 이르러 자료상으로 확정되어 관련 관청에 고발되었다. 제5에너지는 유류를 판매하기 위한 석유저장시설을 갖추고 있지 않고, 본점 또는 지점 소재지로 등록된 곳에 사무실이 존재하지도 않으며, 그 명의상 대표자로 김BB가 등재되어 있으나 실제 자료상으로 행위한자는 정AA으로서 2~3명의 직원을 두고 전화 등으로 영업을 하여 왔다.

(2) 제5에너지는 원고의 사업장인 △△주유소 외에 ●●주유소, ▽▽주유소, ▲▲주유소에 17억 원 상당의 세금계산서를 발행하였는데, 위 주유소 운영자들이 제5에너지에 입금한 유류대금의 대부분은 제5에너지의 가공매입처인 ■■에너지 등에 송금되었고, 2007. 8. 24. 이후의 거래분은 정AA이 이를 현금으로 인출하였다. 원고는 2007. 5. 3.부터 2007. 9. 30.까지 제5에너지로부터 경유 340,000ℓ를 공급받아 그 대금 373,600,000원을 제5에너지의 계좌로 입금하였는데, 대부분의 금액이 ■■에너지로 이체되었다.

(3) 원고가 세무조사 당시 실거래를 입증하기 위하여 제시한 ◇◇뱅크 발행의 출하전표 4매 중 2매(2007. 5. 17., 2007. 5. 22. 작성)는 ◇◇뱅크에서 제출한 일일출고현황에 없는 것으로 나타나고, 2007. 5. 4. 작성된 출하전표 2매는 원고가 아닌 현대용인주유소에서 ◇◇뱅크로 대금을 송금하였다.

(4) 원고가 제5에너지로부터 매입한 유류를 원고의 사업장으로 운반한 기사인 심CC 등은 대한송유관공사 △△저유소에서 유류를 적재하여 △△주유소로 운송하였고, 운송 도중에 제5에너지의 직원을 통하여 정유사에서 발행한 전표를 제5에너지 발행의 전표로 교체한 후 원고에게 전달하였다. 원고가 정상거래 자료로 추가 제출한 일부 출하전표의 구체적 내역은 다음과 같다.

(5) 한편, □□칼을 운영하였던 김DD는 충북 ▽▽군 ▽▽면 ▽▽리 789-2에 저장탱크 471(1기당 50,000ℓ)의 시설을 갖추고 유사휘발유를 제조하여 원고 등에게 판매하여 오다가 2008. 2. 22. 석유 및 석유대체연료사업법위반 혐의로 기소되어 유죄 의 확정판결을 받았다.

(6) □□칼에 대한 세무조사에서 김DD는 원고를 포함한 매출처에 매출세금계산서를 발행한 사실이 없다고 진술하여 동청주세무서장은 원고가 □□칼로부터 수취한 매입세금계산서 합계 132,872,000원을 사실과 다른 세금계산서로 보아 피고에게 과세자료를 통보하였다.

(7) 위와 같이 김DD(□□칼)는 당초 유사휘발유 제조 ・ 판매시에는 매출세금계산서를 발행하지 않았다가 폐업일(2008. 2. 28.) 이후 조세범칙조사를 받게 되자 2008. 4. 14. 검찰의 공소내용과 동일한 규모로 2007년 2기부터 2008년 1기까지의 유사휘발유 판매분에 대하여 부가가치세 수정신고를 하였고, 매입처인 원고도 위 □□칼의 수정신고 내용에 맞추어 2007년 2기 매입분 50,618,000원은 2008. 5. 30.에 수정신고를 통하여, 2008년 1기 매입분 82,254,000원은 부가가치세 확정신고시에 매입처별 세금계산서 합계표에 기재하여 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 신고하였다.

인정근거 다툼 없는 사실, 갑제2, 3, 4, 7, 8, 9호증, 을제2 내지 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 이 사건 1세금계산서와 관련하여

(가) 위 인정사실에 의하면, 제5에너지는 유류를 제대로 공급할 수는 있는 인적 ・ 물 적 시설을 갖추지 못한 자료상에 불과하여 원고와는 명목상의 법률관계를 형성하고 있을 뿐이어서 원고에게 실제 경유를 공급한 업체로 볼 수 없으므로, 이 사건 1세금계산서는 세금계산서의 발행자와 공급자가 사실과 다르게 기재된 경우에 해당한다 할 것이 다

(나) 나아가 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별 한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급 을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277판결 등 참조).

살피건대, 앞서 본 사실들 및 위 각 증거들에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 1세금계산서상의 공급자가 실제 공급자와 서로 다른 사업자로서 위장사업자인지에 관하여 의심할 만한 충분한 사정이 있었다고 보여지므로, 원고가 제5에너지가 위장사업자라는 사실을 알지 못한 데 과실이 없었다고 보기는 어렵다.

① 원고가 제출한 출하전표 중 제5에너지가 발행한 것으로 기재되어 있는 출하전표에는 제5에너지의 본사 소재지에서 유류가 출고된 것으로 기재되어 있으나, 제5에너지 는 유류판매를 위한 별도의 저장시설이나 사무실을 갖추고 있지 아니하다.

② 원고가 추가로 제출한 ▼▼ 주식회사 등이 발행한 출하전표에는 제5에너지 와 원고가 출하지, 거래처 및 도착지로 기재되어 있지 않고 실제로는 다른 사업자의 유류매입전표로 확인된다.

③ 원고는 출하지가 제5에너지로 기재되어 있는 출하전표를 교부받고도 실제로는 △△저유소에서 출고된 유류를 공급받았고, 정상거래에 대한 증빙으로 가공의 출하전표 내지 다른 사업자의 출하전표를 제출하기도 하였다.

④ 출하전표에 기재된 출하지 및 실제 출하지가 다르다거나 일부 출하전표에 거래처 가 다른 사업자로 기재된 경우 원고로서는 원고의 계속적 거래처도 아닌 제5에너지에 대하여 당연히 의심을 품고 이를 조사할 필요성이 있었고, 원고가 조금만 주의를 기울 여 조사하였더라면 제5에너지가 실제 공급업체가 아니라는 사실을 쉽게 알 수 있었을 것으로 보인다.

⑤ 원고와 제5에너지 사이의 유류 거래기간과 횟수, 그 거래량 및 거래대금 등에 비추어 볼 때, 원고로서는 무자료 유류나 유사석유 등의 매입으로 인한 손해를 방지하기 위해서라도 경유의 실제 공급자가 누구인지를 조사 또는 확인하여 알게 되는 것이 보통인데다 실지 현장을 방문하는 등의 방법으로 그와 같은 확인에 그다지 큰 어려움이 있다고 볼 수도 없다.

(2) 이 사건 2세금계산서와 관련하여

부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 9268호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제1호의 2는, 교부받은 세금계산서에 법 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하되, 다만 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외하는 것으로 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21304호로 개정되기 전의 것) 제60조 제2항은 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우의 하나로, 제3호에서 '재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우'를 규정하고 있는바, 여기서 시행령 제 60조 제2항 제3호에 의하여 매입세액을 공제받을 수 있는 것은, 그 세금계산서의 기재 사항에 의하여 그 거래사실이 확인되고 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우(이러한 경우이면 세금계산서상의 '작성연월일'이 실제작성일로 기재되든, 사실상의 거래 시기 또는 어느 특정시기로 소급하여 기재되든 묻지 아니한다)에 한하는 것이고, 이는 당해 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 그 공급일 이후에 폐업한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니다(대법원 2008. 9. 11. 선고 2006두9900 판결 등 참조)

이러한 법리에 비추어 살피건대, 앞서 본 바와 같이 □□칼은 2008. 2. 28. 폐업한 이후인 2008. 4. 14. 검찰의 공소내용과 동일한 규모로 매출세금계산서를 발행한 것처럼 수정신고를 하였고, 원고는 □□칼의 수정신고에 맞춰 2007년 2기 매입 분 50,618,000원은 2008. 5. 30.에 수정 신고를 통하여 , 2008년 1기 매입 분 82,254,000원은 부가가치세 확정신고시에 매입처별 세금계산서 합계표에 기재하여 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 선고하였는데, 위 2007년 2기 매입분에 대하여는 실제 거래시기가 속하는 과세기간이 경과한 이후에 세금계산서가 발행되었음이 명백하므로 그 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니 된다(세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 통일한 위 2008년 1기분에 관한 세금계산서는 피고가 이를 매입세액으로 인정하여 그 처분을 직권으로 취소하였음은 앞서 본 바와 같다).

따라서, 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.