2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 강원관광대학교(변경 전 명칭: 태성전문대학) 및 분진중학교를 설치·경영하는 학교법인으로서 인천 서구 불로동에 전문대학인 서인천대학(변경 전 명칭: 유통정보전문대학)을 설치·경영하기 위해 피고에게 정관변경인가를 신청하였고, 피고는 1998. 6. 30. 원고에 대하여 교사, 교지, 교원 및 수익용 기본재산 확보 등의 조건을 붙여 원고가 설치·경영하는 학교에 서인천대학을 추가하는 내용의 정관변경을 인가하였다.

나. 이후 원고는 2013. 2. 27. 피고에게 개교예정일을 2014. 3. 1.로 하여 서인천대학 설립인가를 신청하였고, 피고는 2013. 12. 6. ‘① 학과·교육과정 운영의 특성화 부족, ② 학령인구 감소에 따른 구조조정 필요성 대두, ③ 동일 학교법인 내 추가로 대학 신설 시 학교법인의 학교운영 역량 분산으로 인해 질 높은 교육 실시 어려움 예상’을 이유로 원고의 위 인가신청을 거부하였다. 이에 원고는 피고를 상대로 중앙행정심판위원회에 위 거부처분의 취소를 구하는 행정심판을 청구하였고, 중앙행정심판위원회는 2014. 7. 1. ‘대학설립·운영 규정 부칙(2005. 10. 25.) 제3조에 의해 원고에 대하여는 설립인가기준에 관하여 종전 규정인 구 대학설립·운영 규정(2005. 10. 25. 대통령령 제19095호로 개정되기 전의 것)이 적용됨에도 피고가 위 부칙 규정을 위반하여 개정 규정인 구 대학설립·운영 규정(2005. 10. 25. 대통령령 제19095호로 개정된 것)을 적용하여 위 거부처분을 한 것은 위법하고, 원고가 제출한 대학설립인가신청서에 원고가 수익용 기본재산 확보 조건을 충족한 것으로 기재되어 있는 점 등을 감안하면, 피고가 제시한 위 처분사유는 추상적이고 막연한 예측에 근거한 것에 불과하여 원고의 인가신청을 거부할 합리적인 이유라고 보기 어렵고, 위 거부처분을 통해 달성하고자 하는 공익상의 요구가 서인천대학의 교지, 교사 등 시설·설비를 확보한 원고가 입게 되는 불이익보다 크다고 단정할 수 없으므로, 위 거부처분은 재량권을 일탈, 남용한 것으로 위법하다.’라는 이유로 위 거부처분을 취소하는 재결을 하였다.

다. 이에 원고는 2014. 8. 13. 피고에게 개교예정일을 2015. 3. 1.로 하여 서인천대학 설립인가를 다시 신청하였으나, 피고는 2014. 10. 6. 원고에 대하여 ‘구 대학설립·운영규정 시행규칙(2014. 2. 24. 교육부령 제26호로 개정된 것)에 따라 대학설립 인가 여부를 개교예정일(2015. 3. 1.) 5개월 전(2014. 9. 30.)까지 통보해야 하므로, 현장조사 등 절차를 대학설립심사위원회에서 이행하여야 하는 점을 감안하여 현실적으로 개교예정일을 2015. 3. 1.로 하여서는 대학설립심사위원회에서 심의가 불가능하다.'라는 이유로 원고의 위 인가신청을 재차 거부하였다.

라. 원고는 2015. 2. 26. 피고에게 개교예정일을 2016. 3. 1.로 하여 서인천대학 설립인가를 다시 신청하였다. 피고는 서인천대학 설립예정지 현지조사를 실시한 후 2015. 8. 13. 원고에게 ‘전산서버(학사정보시스템 등) 및 보안장비 구축계획, 실습실(컴퓨터 등) 및 학생체력단련실 기자재 구매계획, 학생 통학여건 개선, 대운동장 진입로 설치계획, 장애인 편의시설(엘리베이터 등) 설치계획’을 보완할 것을 요구하였고, 원고는 피고에게 2015. 8. 18. ‘서인천대학 개교를 위한 시설설비 보완 계획’을 제출하고, 2015. 9. 14. 현지실사를 다시 신청하였다. 그러나 피고는 2015. 10. 1. 원고에 대하여 ‘① 학사관리시스템, 장애인 편의시설(엘리베이터 2대 이상 등), 정보화교육시설(컴퓨터 등) 등이 완비되지 않았고, 개교 준비에 필요한 자금 7억 원 중 3억 7,700만 원을 확보하지 못하는 등으로 2016. 3.에 개교할 준비가 미흡하고, ② 구 대학설립·운영 규정(2015. 7. 24. 대통령령 제26430호로 개정되기 전의 것) 제7조 제3항 에 의하면 학교법인의 수익용 기본재산의 연간 수익률이 3.5% 이상이어야 하나, 원고의 경우 그 수익률이 2.7%이므로 위 기준을 충족하지 못하고 있어 2010. 7. 27.자 대학설립계획 변경인가 조건이 이행되지 못하였다.’라는 이유로 원고의 위 인가신청을 재차 거부하였다.

마. 원고는 2016. 2. 26. 피고에게 개교예정일을 2017. 3. 1.로 하여 서인천대학 설립인가를 다시 신청하였으나, 피고는 2016. 6. 13. 원고에 대하여 아래와 같은 이유로 위 인가신청을 재차 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 피고는 특별한 사정이 없는 한 2014. 7. 1.자 재결의 기속력에 따라 원고의 서인천대학 설립을 인가하여야 한다. 그럼에도 피고는 2015. 7. 24. 대학설립·운영 규정을 개정하여 수익용 기본재산 확보기준을 상향 조정하고 이를 이유로 이 사건 거부처분을 하였는바, 이는 위 재결의 기속력에 반한다(이하 ‘이 사건 ①주장’이라 한다).

2) 피고는 원고가 서인천대학의 설립을 위해 확보해야 하는 수익용 기본재산의 최저기준에 관하여 구 대학설립·운영 규정(2015. 7. 24. 대통령령 제26430호로 개정된 것, 이하 ‘개정 규정’이라 한다) 제7조 제1항 제2호 에서 정한 ‘200억 원’을 적용한 결과 원고가 수익용 기본재산의 최저기준을 충족하지 못하였다는 이유로 이 사건 거부처분을 하였다. 그러나 위 개정 규정은 입법예고절차에 하자가 있어 위법한 규정이므로, 이를 근거로 하여 이루어진 이 사건 거부처분은 위법하다(이하 ‘이 사건 ②주장’이라 한다).

3) 원고가 2013. 2. 27.부터 2016. 2. 26.까지 피고에게 한 일련의 서인천대학 설립인가신청은 서인천대학의 설립을 위한 목적에서 이루어진 하나의 인가신청으로 보아야 한다. 피고가 정당한 이유 없이 원고의 위 인가신청에 대한 처리를 지연시키던 중에 개정 규정으로 개정이 이루어졌으므로, 개정 규정이 적법·유효하다고 하더라도 원고에 대하여는 개정 규정 제7조 제1항 제2호 를 적용할 수 없다. 따라서 개정 규정 제7조 제1항 제2호 를 근거로 하여 이루어진 이 사건 거부처분은 위법하다(이하 ‘이 사건 ③주장’이라 한다).

4) 이 사건 거부처분으로 인해 약 380억 원 이상의 막대한 금원과 시간을 투입하여 서인천대학의 설립을 준비한 원고가 침해받는 사익은 막대한 것인데 비하여 이 사건 거부처분으로 달성하고자 하는 공익은 불분명하므로, 이 사건 거부처분은 재량권을 일탈, 남용한 것으로 위법하다(이하 ‘이 사건 ④주장’이라 한다).

5) 피고는 2014. 7. 1.자 재결이 있은 후 원고에게 공적 견해표명으로서 서인천대학 설립인가신청서의 재접수 지시 및 개교를 전제로 한 구체적이고 상세한 지시를 하였다. 원고는 2014. 7. 1.자 재결을 통해 피고의 대학설립인가 거부처분이 위법하다는 점을 확인하였기 때문에 피고의 위 견해표명이 정당하다고 신뢰한 것이므로, 이에 대한 원고의 귀책사유가 없다. 원고는 피고의 지도에 따라 막대한 비용을 지출하여 교지, 교사, 수익용 기본재산 등을 확보하고 세부 시설까지 갖추었다. 그럼에도 피고는 위 견해표명에 반하는 이 사건 거부처분을 함으로써 위 견해표명을 신뢰한 원고의 이익을 침해하였으므로, 이 사건 거부처분은 신뢰보호원칙에 위배되는 것으로 위법하다(이하 ‘이 사건 ⑤주장’이라 한다).

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 ①주장에 관하여

피고의 2013. 12. 6.자 거부처분의 처분사유와 이 사건 거부처분의 처분사유는 그 기본적 사실관계에 있어 동일성이 인정되지 아니하므로, 피고의 2013. 12. 6.자 거부처분이 재결에 의해 취소되었다고 하더라도 그와 다른 사유를 들어 한 이 사건 거부처분이 재결의 기속력에 저촉된다고 할 수는 없다( 대법원 2005. 12. 9. 선고 2003두7705 판결 참조). 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 ②주장에 관하여

가) 개정 규정의 위법·무효 여부

(1) 행정상 입법예고에 관한 법령 및 법리

행정절차법 제3조 제1항 은, 행정상 입법예고의 절차에 관하여 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 행정절차법에서 정하는 바에 따르도록 규정하고 있고, 제41조 제1항 은, 법령 등을 제정·개정 또는 폐지(이하 “입법”이라 한다)하려는 경우에는 해당 입법안을 마련한 행정청은 이를 예고하여야 하고, 다만 신속한 국민의 권리 보호 또는 예측 곤란한 특별한 사정의 발생 등으로 입법이 긴급을 요하는 경우( 제1호 ), 상위 법령 등의 단순한 집행을 위한 경우( 제2호 ), 입법내용이 국민의 권리·의무 또는 일상생활과 관련이 없는 경우( 제3호 ), 단순한 표현·자구를 변경하는 경우 등 입법내용의 성질상 예고의 필요가 없거나 곤란하다고 판단되는 경우( 제4호 ), 예고함이 공공의 안전 또는 복리를 현저히 해칠 우려가 있는 경우( 제5호 )에는 예고를 하지 아니할 수 있다고 규정하고 있으며, 제41조 제4항 은, 입법안을 마련한 행정청은 입법예고 후 예고내용에 국민생활과 직접 관련된 내용이 추가되는 등 대통령령으로 정하는 중요한 변경이 발생하는 경우에는 해당 부분에 대한 입법예고를 다시 하여야 하고, 다만, 제41조 제1항 각호 의 어느 하나에 해당하는 경우에는 예고를 하지 않을 수 있다고 규정하고 있다. 또한, 행정절차법 제44조 제1항 은, 누구든지 예고된 입법안에 대하여 의견을 제출할 수 있다고 규정하고 있고, 제2 내지 4항 은, 행정청은 의견접수기관, 의견제출 기간, 그 밖에 필요한 사항을 해당 입법안을 예고할 때 함께 공고하여야 하고, 해당 입법안에 대한 의견이 제출된 경우 특별한 사유가 없으면 이를 존중하여 처리하여야 하며, 의견을 제출한 자에게 그 제출된 의견의 처리결과를 통지하여야 한다고 각 규정하고 있으며, 제45조 제1항 은, 행정청은 입법안에 관하여 공청회를 개최할 수 있다고 규정하고 있다. 한편 행정절차법 시행령 제23조 는 행정상 입법예고에 관하여는 법제업무 운영규정이 정하는 바에 따르도록 규정하고 있는데, 구 법제업무 운영규정(2018. 8. 28. 대통령령 제29127호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항 은, 법령안 주관기관의 장은 법령을 제정·개정 또는 폐지하려면 입법예고를 하여야 하며, 부처에 소속된 기관의 장은 그 소속 부처의 장의 승인을 받아 입법예고를 하여야 한다고 규정하고 있고, 제3항 은, 행정절차법 제41조 제4항 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 중요한 변경이 발생하는 경우’란 국민의 권리·의무 또는 국민생활과 직접 관련되는 내용이 추가되는 경우( 제1호 ), 그 밖에 법령안의 취지 또는 주요 내용 등이 변경되어 다시 의견을 수렴할 필요가 있는 경우( 제2호 )의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다고 규정하고 있다. 또한 제18조 제1항 은, 법령안 주관기관의 장은 입법예고 결과 제출된 의견을 검토하여 법령안에의 반영 여부를 결정하고, 그 처리 결과 및 처리 이유 등을 지체 없이 의견제출자에게 통지하여야 한다고 규정하고 있고, 제2항 은, 입법예고 결과 제출된 의견 중 중요한 사항에 대해서는 그 처리 결과를 법률안 또는 대통령령안의 경우에는 국무회의 상정안에 첨부하고, 총리령안 또는 부령안의 경우에는 법제처장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있으며, 제19조 제2항 은, 법제처장은 법령안 심사 시 입법예고 결과 제출된 의견을 검토하고, 법령안 주관기관의 장이 법령안에 반영하지 아니한 의견 중 법리적인 사항 또는 입법체계적인 사항으로서 입법에 반영하는 것이 바람직하다고 판단되는 의견에 대해서는 이를 반영하도록 권고할 수 있다고 규정하고 있다.

위와 같이 행정절차법 및 그 하위법령이 행정입법안을 마련한 행정청으로 하여금 입법예고를 하도록 하고, 국민으로부터 의견을 제출받은 경우 특별한 사유가 없으면 이를 존중하여 처리하고 그 처리결과를 통지하도록 하고, 법제처장으로 하여금 법령안에 반영되지 아니한 의견 중 중요 의견이 있는 경우 이를 법령안에 반영하도록 권고할 수 있도록 규정한 취지는, 다수 이해관계자의 이익을 합리적으로 조정하여 국민의 권리에 대한 부당한 침해를 방지하고 행정의 민주화와 신뢰를 확보하기 위하여 국민의 의사를 그 과정에 반영시키는 데에 있다고 할 것이다. 따라서 행정절차법 및 그 하위법령에서 정한 행정상 입법예고절차에 위반하여 입법이 이루어진 경우에 당해 법령 등은 위법하여 무효라고 할 것이다.

(2) 인정 사실

(가) 피고는 2014. 2. 6. 교육부 공고 제2014-37호로 대학설립·운영 규정 일부개정령(안)에 대한 입법예고를 하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다(이하 아래 부칙을 ‘개정안 부칙’이라 한다).

(나) 그 후 대학설립·운영 규정은 2015. 7. 24. 아래와 같은 내용의 개정 규정으로 개정되었다. 그런데 수익용 기본재산의 기준 변경에 관한 경과규정인 아래 부칙(이하 ‘개정 규정 부칙’이라 한다) 제2조가 입법예고된 개정안 부칙 제3조와 다른 내용으로 변경되었음에도 피고는 입법예고절차를 다시 거치지 않았다.

(다) 피고는 개정 규정 부칙 제2조에 의해 개정 규정 시행 이후에 이루어진 원고의 2016. 2. 26.자 대학설립 인가신청에 대하여 개정 규정 제7조 제1항 제2호를 적용하여 원고가 그 요건을 충족하지 못하였다는 이유로 이 사건 거부처분을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제16호증의 기재, 변론 전체의 취지

(3) 판단

개정 규정 제7조 제1항 의 적용 범위와 관련하여, 개정안 부칙 제3조는 개정 규정 시행 당시 이미 설립되어 있는 학교법인의 수익용 기본재산에 대하여는 종전 규정(2015. 7. 24. 대통령령 제26430호로 개정되기 전의 대학설립·운영 규정, 이하 같다)을 적용하도록 하고 있는 반면, 개정 규정 부칙 제2조는 개정 규정 시행 전에 설립되어 있는 대학의 경우 및 개정 규정 시행 전에 대학설립의 인가를 신청한 경우의 수익용 기본재산에 대하여만 종전 규정을 적용하도록 하고 있는바, 개정안 부칙 제3조는 입법예고 이후 단순한 표현·자구를 변경하는 수준을 넘어 그 내용이 실질적으로 변경되었다고 할 것이다. 그리고 개정 규정 제7조 제1항 의 적용 범위의 문제는 학교법인의 수익용 기본재산 확보의무와 대학설립인가 여부 등에 직접적인 영향을 미치는 것으로서 학교법인으로서는 이와 관련하여 매우 중대한 이해관계를 가진다(실제로 개정안 부칙 제3조에 의하면 원고에 대하여 종전 규정이 적용되는 반면, 개정 규정 부칙 제2조에 의하면 원고에 대하여 종전 규정에 비하여 수익용 기본재산의 최저기준이 상향 조정된 개정 규정 제7조 제1항 이 적용된다).

그렇다면 개정안 부칙 제3조에 대한 피고의 입법예고 후 예고내용에 국민의 권리·의무에 직접 관련되는 내용이 추가되거나 법령안의 주요 내용이 변경되어 다시 의견을 수렴할 필요가 있는 등으로 중요한 변경이 발생하였다고 할 것이므로, 피고는 행정절차법 제41조 제4항 본문, 구 법제업무 운영규정 제14조 제3항 에 따라 개정 규정 부칙 제2조에 대한 입법예고를 다시 하였어야 한다. 그런데 피고는 이러한 입법예고를 다시 하지 않았으므로, 개정 규정 부칙 제2조는 위 행정절차법 규정에 위반되어 무효라고 할 것이다. 나아가 개정 규정 부칙 제2조는 개정 규정 제7조 제1항 의 적용 범위를 정한 경과규정으로서 양자는 서로 일체를 이루어 불가분적인 관계에 있으므로(개정 규정 부칙 제2조가 무효인 경우 수익용 기본재산의 최저기준을 상향 조정한 개정 규정 제7조 제1항 은 그 시행과 동시에 기존에 설립인가를 받은 모든 학교법인과 대학에 대하여 포괄적으로 적용되므로, 개정 규정 제7조 제1항 역시 헌법상 신뢰보호원칙에 위반되어 무효가 될 처지에 놓이게 되고, 그와 반대로 개정 규정 제7조 제1항 이 무효인 경우에도 그 적용 범위를 정한 개정 규정 부칙 제2조 역시 무효가 되는 관계에 있다), 개정 규정 부칙 제2조가 무효인 경우 개정 규정 제7조 제1항 도 함께 무효가 된다고 할 것이다.

나) 이 사건 거부처분의 위법 여부

피고는 앞서 살펴본 바와 같이 무효인 개정 규정 제7조 제1항 제2호 와 개정 규정 부칙 제2조에 근거하여 원고에 대하여 이 사건 거부처분을 하였으므로, 이 사건 거부처분 역시 위법하여 취소되어야 하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

3) 이 사건 ③주장에 관하여

원고가 서인천대학 설립을 위해 피고에게 2013. 2. 27. 개교예정일을 2014. 3. 1.로 한 대학설립인가를, 2014. 8. 13. 개교예정일을 2015. 3. 1.로 한 대학설립인가를, 2015. 2. 26. 개교예정일을 2016. 3. 1.로 한 대학설립인가를, 2016. 2. 26. 개교예정일을 2017. 3. 1.로 한 대학설립인가를 각 신청한 사실, 피고가 위 각 인가신청마다 인가요건 충족 여부를 심사한 끝에 각 다른 사유를 들어 각 거부처분을 한 사실은 앞서 처분의 경위에서 본 바와 같다. 그렇다면 원고가 피고에게 한 위 각 인가신청은 피고의 각 거부처분이 있은 때에 각 종결처리 되었다고 할 것이다. 따라서 원고의 위 각 인가신청을 전체적으로 하나의 인가신청으로 보아 개정 규정 시행 전에 인가신청이 있었음을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

4) 이 사건 ④주장에 관하여

원고의 이 부분 주장은 개정 규정 제7조 제1항 제2호 가 유효한 규범임을 전제로 한 것인바, 위 해당 규정이 무효임은 앞서 2)항에서 살펴본 바와 같으므로, 원고의 이 부분 주장에 대하여는 별도로 살피지 아니한다.

5) 이 사건 ⑤주장에 관하여

갑 제1, 6, 7, 10 내지 20호증의 각 기재 및 증인 소외인의 증언만으로는 피고가 원고에게 서인천대학 설립인가를 신청하면 인가를 해주겠다는 내용의 공적 견해표명을 하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 주장대로 피고가 원고에게 서인천대학 설립인가신청서의 재접수 지시 및 개교를 전제로 한 구체적이고 상세한 지시를 하였다고 하더라도, 이는 원고로 하여금 대학설립인가 요건을 갖추도록 하기 위해 이루어진 행정지도에 불과한 것으로 보일 뿐이다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[[별 지] 관계 법령: 생략]