원심판결 이유에 의하면 원심은 원고가 배출시설허가를 얻은 종이 및 종이제품생산업체로서 원고의 제1, 2공장에서 배출되는 오염물질 공동처리시설을 설치하기 위하여 1990.1.17.부터 같은 달 31.까지 15일간 배출시설의 비정상운영에 관한 자진신고를 하고 부상조와 침전조의 수리 및 개조공사를 한 사실, 피고는 위 공사기간 중인 1990.1.19. 및 같은 달 22.에 원고의 공사장 방류조의 폐수를 채취분석한 결과 COD농도(화학적 산소요구량)와 SS농도(부유물질농도)가 배출허용기준을 초과하였다 하여 환경보전법(1990.8.1. 환경정책기본법의 공포시행에 따라 폐지됨) 제19조의2 , 같은법시행령 제17조의7 , 8 , 9 등의 규정에 의하여 원고에게 배출부과금 33,863,980원을 부과하는 이 사건 처분을 한 사실을 인정한 다음, 그 거시증거에 의하면 원고가 위 공사를 진행하고 있던 1990.1.30.자의 폐수분석결과 COD농도는 그 허용기준인 150을 약간 초과한 155.1이고 SS농도는 크게 개선된 67.2이며 같은 해 2.5.자의 COD농도는 162.9이고 SS농도는 70인 사실, 원고는 원래 승인받은 개선기간을 초과하여 기간연장을 승인받아 같은 해 2. 9.에 공사를 완료하였는데 그 후 피고가 검사한 바에 의하여도 1990.2.13.의 수치가 COD농도 89.8, SS농도 20이고 같은 달 28.의 수치도 당초의 검사결과에 비하여 크게 개선된 사실을 인정할 수 있으므로, 이와 같이 위 개선작업으로 말미암아 그 배출시설이 정상으로 가동되었고 또 당초의 측정시에 비하여 그 기준 이하로 크게 개선된 경우에는 환경보전법시행령 제17조의13 제1항 제1호 의 조정사유에 해당되는 것으로서 당초의 측정결과에만 의존하여 한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.

그러나 환경보전법시행령 제17조의13 제1항 제1호 의 규정에 의하면 제17조의9 제1항 제1호 또는 제2호 의 규정에 의한 개선기간만료일 또는 명령이행완료예정일까지 개선 또는 명령의 이행이 완료되지 아니하거나 동 기간 이내에 개선 또는 명령의 이행이 완료되어 부과금산정의 기초가 되는 오염물질 또는 배출물질의 배출기간이 달라지게 된 경우에는 부과금을 다시 산정하여 부과금을 조정하되 이미 납부한 금액과 조정된 금액에 차이가 있을 때에는 그 차액을 다시 부과하거나 환급하도록 되어 있는바, 이는 개선기간만료일 등까지 개선 등이 완료되지 않음으로써 그 기간만료 후의 연장된 배출기간에 대하여 부과금을 추가부과할 경우와 이와 반대로 개선기간만료 전에 개선 등이 완료됨으로써 단축된 배출기간에 대하여 이미 부과한 부과금을 감액할 경우에 관한 조정규정이므로, 원고가 위 공사기간 내에 공사를 완료하지 않았음이 원심확정사실 자체에 의하여 명백한 이 사건에서 원심이 위 공사가 완료된 후 오염물질의 배출상태가 개선되었다거나 방지시설이 정상으로 가동되었다는 사유를 들어 위 제1호 소정의 조정사유에 해당한다고 판단하였음은 위 시행령 규정의 해석을 그르친 것 이라고 하지 않을 수 없어 이 점에 관한 논지는 이유 있다.

다만 위 시행령 제17조의13 제1항 제2호 는 배출부과금 조정사유의 하나로 배출부과금의 부과 후 오염물질 등의 배출상태가 당초의 측정시와 달라졌다고 인정하여 다시 점검한 결과 오염물질 또는 배출물질의 배출량이 당초에 측정한 배출량과 다른 경우를 들고 있는바, 원심이 확정한 사실과 그 채용증거에 의하면 개선공사기간 중인 1990.1.30.자(시료채취일은 1.24.이다) 폐수분석결과 COD농도는 허용기준치인 150을 약간 초과한 155.1이고 SS농도는 크게 개선된 67.2이며 또 같은 해 2.5.자(시료채취일은 1.30이다)의 폐수분석결과 COD농도는 162.9이고 SS농도는 70으로서 피고가 당초에 측정한 배출량보다 감소되었다는 것이므로, 이에 터잡아 원고가 피고에게 재점검요구를 하였음에도 불구하고 피고가 정당한 사유없이 이에 불응함으로써 재점검이 이루어지지 않았다면 이 사건 배출부과금부과처분은 위 시행령 제17조의13 제1항 제2호 소정의 부과금조정을 거치지 아니한 위법한 처분이라고 볼 여지가 있다(소론은 원심판시의 1.30.자 폐수분석결과는 공인기관이 아닌 자가 측정대행자가 측정한 것이어서 공신력이 없으므로 이를 기준으로 부과금을 조정할 수 없다고 주장하나, 자가측정대행자가 측정한 것이라고 하여 원고의 재점검요구의 정당성을 뒷받침할 증명력이 없는 것은 아니다).

원심으로서는 위와 같은 점에 관하여 심리해 보아야 할 것이다.

2. 같은 상고이유 둘째점을 본다.

원심판결을 기록과 대조하여 살펴보면 원심은 그 이유설시에 다소 미흡한 점이 있기는 하나 피고가 이 사건 배출부과금을 산정함에 있어 부상조 수리기간인 1990.1.17.부터 같은 달 21.까지의 기간에 대하여는 같은 달 19.자 수질검사결과를 기준으로 하여, 침전조 개수증설공사기간인 같은 달 22.부터 같은 달 31.까지의 기간에 대하여는 같은 달 22.자 수질검사결과를 기준으로 하였다고 인정하였음이 명백하므로 결국 논지는 원심판결의 취지를 오해한 데 기인한 것으로서 이유 없다.

3. 그러므로 원심판결을 파기환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.