가. 청구법인은 2011.11.22. OOO 외 3필지 토지에 건물을 신축(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)하고 취득세 신고시 이 사건 부동산을 「지방세특례제한법」 제41조 제2항에 의한 교육목적사업에 사용하는 것으로 하여 취득세를 면제받았다.

나. 처분청은 이 사건 부동산 중 2, 3층의 경우 청구법인의 산학협력단에서 이를 외부입주기업이 사용토록 하고 있어 재산세 감면 배제 사유에 해당하는 것으로 보아, 이 사건 부동산 2, 3층(공용면적 포함) 및 그 부속토지에 대하여 2018.3.13. 청구법인에게 2013년부터 2017년까지의 재산세 합계 OOO을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.6.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO 산학협력단에서 운영중인 연구마을 지원사업은 「고등교육법」 제22조 제1항에 따라 청구법인의 인적자원(교수, 학생)을 활용하여 입주기업과 공동으로 기술협력체계를 통한 연구개발 및 기술혁신 역량강화, 현장실습수업 등 현장 연구개발 과정을 진행하고 있는 것이므로 이 사건 부동산은 교육 목적사업에 직접 사용하는 부동산에 해당하고, 입주기업으로부터 받은 임대료는 산·학·연 연구마을 유지관리에 들어가는 최소비용 수준에 불과하여 청구법인이 수익목적으로 임대사업을 영위한 사실이 없으므로 이 건 재산세 부과는 부당하다.

(2) 산학협력단의 연구마을 지원사업이 사단법인 OOO로부터 ‘OOO’ 참여기관으로 선정되어 해당기업이 최초로 입주한 날이 2013.7.1.이므로 최소한 2013.6.1. 과세기준일 현재는 강의실 등 교육목적 사업에 직접 사용한 자산에 해당하여 2013년도 재산세는 취소되어야 하며, 또한 이 사건 부동산은 청구법인과 입주기업이 공동으로 사용하는 공간이므로 교수, 학생이 현장 기술 연구개발로 사용하는 면적비율만큼은 교육목적사업대로 사용되는 공간에 해당하는 이상 당해 부분은 재산세가 감면되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 산학협력단은 청구법인과는 별도의 법인으로 대학 산하의 하나의 조직으로 관리되기는 하나 법률상으로는 대학과 분리된 독립적인 법인격을 가지는 기관인 이상 학교법인이 교육사업이 아닌 산학협력 사업을 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등 지방세를 비과세 할 수 없다고 봄이 상당하고(대법원 2017.06.15. 선고 2017두36861 판결 참고), 또한 월 임대료를 징수하는 등 교육목적 사업과 무관한 수익사업을 위하여 이 사건 부동산을 사용하고 있는 것으로 보이므로 결국 이 사건 부동산에 대한 재산세 부과는 정당하다.

(2) 청구법인은 2013년 5월부터 입주기업을 위해 공간을 배정하고 준비단계에 들어간 것으로 보여 2013.6.1. 과세기준일 당시 이 사건 부동산을 청구법인이 주장하는 것처럼 강의실 등 학교 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없으므로 재산세 부과는 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 사건 부동산이 「지방세특례제한법」 제41조 제2항에 규정된 학교 등이 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 해당하는 지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하여 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2004.7.27. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따라 OOO 산학협력단 법인을 설립하였고, 산학협력 기술개발사업을 위하여 2013.7.1. 사단법인 OOO로부터 “OOO” 참여기관으로 선정되어 기업부설연구소를 학교 교지내에 설치하여 이를 교수·학생·입주기업이 공동으로 사용한 사실이 산학연협력 과제협약서와 사업계획서의 인건비 소요명세에 나타난다.

(나) 청구법인은 OOO 유지 관리에 소요되는 전기료 등 실제 비용 상당액을 입주기업으로부터 받았으나, 수익사업 목적의 임대료를 받은 사실은 없고, 실제 소비성 경비로 지출한 비용의 비율이 수입의 121%(감가상각 포함시 224%)로 수입보다 지출이 과다하게 발생하고 있으며, 임대료 역시 주변 시세의 약 15%에 불과하여 사무실 유지관리에 필요한 최소한의 경비만을 징수한 것이므로 이 사건 부동산을 수익목적의 임대사업에 사용한 것으로 볼 수는 없다고 주장한다.

(다) 또한, 청구법인은 OOO 참여기관으로 선정된 2013.7.1. 이전에는 학생들의 수업공간인 강의실 등으로 이를 사용하였고, 그 이후에도 OOO 전체면적(1,607.18㎡) 중 청구법인의 교수·학생들의 연도별 참여비율에 해당하는 면적은 청구법인의 교육 목적사업에 직접 사용하였으므로 당해 부분에 대한 재산세는 취소되어야 한다고 주장한다.

(라) 처분청이 감사원의 기관운영 감사결과에 따라 2018.5.9. 통보받은 처분요구서에는 ‘산학협력단이 전담하는 산학협력사업은 학교법인의 교육사업과는 사업목적이 명확히 구분되며, 조세법률주의의 원칙상 감면요건과 관련된 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고 확장해석하거나 유추해석하지 않는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다는 점에서 산학협력단이 산학협력을 위해 사용하는 부동산은 무료로 사용되는 경우에도 학교법인의 재산세 감면대상이 되지 아니하므로 OOO 등 비영리법인에 대하여 추가 조사를 통해 과세대상 면적을 확정하여 미부과된 재산세를 부과·징수하는 방안을 마련할 것’이라고 기재되어 있다.

(2) 「지방세특례제한법」 제41조 제2항은 ‘학교 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세 및 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다’고 규정하고 있고, 같은 법(2016.1.6. 법률 제13729호로 개정되기 전의 것) 제60조 제3항 제1의2호는 ‘법 제41조 제1항에 따른 학교 등이 창업보육센터사업자의 지정을 받고 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 및 재산세를 감면한다’고 규정하고 있으며, 동 조항의 개정 이전에는 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 운영하는 경우의 부동산에 대하여는 별도로 규정하지 않고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인의 산학협력단이 OOO 지원사업을 하면서 정부출연금을 지급받고 입주기업으로부터 OOO 유지관리에 소요되는 전기료 및 월 임대료를 징수하는 이상 교육목적 사업과 무관한 일종의 수익사업을 위하여 이 사건 부동산을 사용하고 있는 것으로 보이는 점, 이 사건 부동산은 「중소기업창업지원법」상 창업보육센터와는 달리 「중소기업기술혁신촉진법」의 적용을 받는 산학협력단이 사용하는 부동산으로, 산학협력단이 사용하는 경우 학교의 교육사업 자체에 사용된다고 볼 수 없는 점(대법원 2017.6.15. 선고 2017두36861 판결 참고) 등에 비추어, 청구법인이 이 사건 부동산을 학교의 목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 재산세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2016.1.6. 법률 제13729호로 개정되기 전의 것)

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ② 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세( 「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.

제60조(중소기업협동조합 등에 대한 과세특례) ③ 「중소기업창업 지원법」에 따른 창업보육센터에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를, 재산세의 100분의 50을 각각 2017년 12월 31일까지 경감한다.

1의2. 제41조제1항에 따른 학교등이 창업보육센터사업자의 지정을 받고 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를, 재산세( 「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 100을 각각 2017년 12월 31일까지 감면한다.

(2) 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률

제25조(산학협력단의 설립·운영) ① 대학은 학교규칙으로 정하는 바에 따라 대학에 산학연협력에 관한 업무를 관장하는 조직(이하 "산학협력단"이라 한다)을 둘 수 있다.

② 산학협력단은 법인으로 한다.

③ 산학협력단은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

④ 산학협력단의 명칭에는 해당 학교명이 표시되어야 한다.

⑤ 산학협력단이 해산하는 경우 남은 재산은 해당 학교의 설립·경영자에게 귀속한다. 이 경우 학교법인에 귀속하는 남은 재산은 「사립학교법」 제29조 제2항에 따른 교비회계에 편입한다.

⑥ 산학협력단의 능력, 주소, 등기, 재산목록, 이사, 해산 및 청산에 관하여는 「민법」 제34조부터 제36조까지, 제50조부터 제52조까지, 제53조, 제54조, 제55조 제1항, 제59조 제2항, 제61조, 제65조 및 제81조부터 제95조까지를 준용하며, 산학협력단의 청산인에 관하여는 같은 법 제59조 제2항, 제61조 및 제65조를 준용한다.

(3) 중소기업 기술혁신 촉진법

제9조(중소기업의 기술혁신 촉진 지원사업) ① 중소벤처기업부장관은 중소기업의 기술혁신을 촉진하기 위하여 다음 각 호의 지원사업(이하 "기술혁신 촉진 지원사업"이라 한다)을 추진하여야 한다.

1. 기술혁신에 필요한 자금지원

2. 기술혁신 과제의 사업타당성 조사

3. 수요와 연계된 기술혁신의 지원

4. 기술혁신 성과의 사업화

5. 기술혁신을 위한 경영 및 기술 지도

6. 기술혁신형 중소기업 육성

7. 산업·안전 등에 관한 해외규격 획득 및 품질향상에 대한 지원

8. 중소기업 정보화 지원사업

9. 산·학·연 공동기술개발사업 등 산학협력 지원사업

10. 기술융합 촉진을 위한 지원사업

11. 그 밖에 기술혁신을 촉진하기 위하여 필요한 사항

제11조(산·학·연 공동기술혁신 수행기관 등에 대한 출연) ① 중소벤처기업부장관은 중소기업의 기술혁신 등을 촉진하기 위하여 다음 각 호의 학교·기관 또는 단체가 중소기업자와 공동으로 수행하는 산학협력 지원사업과 중소기업에 대하여 실시하는 기술지도사업에 출연할 수 있다.

1. 「고등교육법」에 따른 대학·산업대학·전문대학 또는 기술대학

2. 「근로자직업능력 개발법」에 따른 기능대학

3. 「특정연구기관 육성법」의 적용을 받는 특정연구기관

4. 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」 제8조에 따른 연구기관

5. 국립 및 공립 연구기관

6. 「중소기업진흥에 관한 법률」 제68조에 따른 중소기업진흥공단

7. 그 밖에 기술혁신 등을 촉진하기 위하여 필요하다고 인정하여 중소벤처기업부장관이 지정하는 법인 또는 단체

② 제1항에 따른 출연금의 지급·사용·관리 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.