2.소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1999. 12. 30. 특수관계자인 □□□□트 주식회사(이하 '□□□□트'라고 한다)로부터 당시 비상장법인이던 ◇◇생명보험 주식회사(이하 '◇◇생명보험'이라고 한다)의 주식 15,374,749주(이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 1주당 액면가인 5,000원으로 하여 76,873,745,000원에 매수하였고, 2002. 12. 23. 그 중 5,000,000주를 ◇◇파이낸셜 주식회사(이하 '◇◇파이낸셜'이라 한다)에 매도하였다

"나. ○○지방국세청장은 원고에 대한 세무조사결과, 이 사건 주식의 1주당시가를 보충적 평가방법을 적용하여 '0'으로 평가한 후, 원고가 이 사건 주식을 고가로 매입하여 특수관계자인 □□□□트에 이익을 분여하였다는 이유로, 이를 법인세법 제52조 규정에 의한 부당행위계산부인 대상으로 판단하여 2004. 3. 4 피고에게 관련 과세자료를 통보하였다.",다. 피고는 2005. 1. 27. 원고에 대하여, 이 사건 주식의 매입연도인 2000사업연도에 이 사건 주식의 시가를 초과하는 금액인 그 매수대금 전액을 익금에 산입(기타사외유출로 소득처분)함과 동시에 같은 금액을 손금에 산입{사내유보(△유보)로 소득처분}하고, 위 주식 중 5,000,000주를 양도한 때인 2003사업연도에 그 시가의 초과액인 양도대금 전액 9,965,000,000원을 손금에 불산입(사내유보로 소득처분)하여 2003사업연도 법인세 과세표준 및 세액이 경정되었다는 내용을 통지하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2006. 8. 30. 이 법원 2006구합31457호로 피고를 상대로 위 소득처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다가 2006. 11. 14 그 소를 취하하였다(원고는 당시 위와 같은 소득처분이 항고소송의 대상이 되는 처분인지 여부에 관하여 논란이 있어 소를 취하하게 된 것이라고 한다)

마. 한편, 앞서 본 피고의 처분 취지에 따라 원고는 아래 표와 같이 이 사건 주식을 비롯한 ◇◇생명보험의 주식을 처분한 사업연도에 그 대금을 익금에 산입하여 법인세의 과세표준과 세액을 신고하였으나(2004사업연도 법인세는 앞서 본 세무조사결과에 따라 익금산입하여 신고한 것이다). 2008. 1. 10 피고에게 2005사업연도에 매각한 21,000,000주와 관련하여 익금에 산입하여 신고한 30,832,409,000원에 대하여 당초 이 사건 주식의 거래행위는 부당행위계산부인 요건에 해당하지 않는다고 주장하면서 2005사업연도 법인세에 대한 경정을 청구(이하 '이 사건 경정청구'라 한다)하였다.

바. 이에 대하여 피고는 2008. 9. 29. 원고에 대하여 당초 신고내용은 정당하므로 경 정청구가 이유 없다는 이유로 경정청구 거부통지(이하 '이 사건 거부처분'이라고 한다)를 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2.피고의 본안 전 항변에 대한 판단

가. 피고의 본안 전 항변

① 피고의 2005. 1. 27.자 법인세 과세표준의 경정결정은 법인세 부과처분에 앞선 결정으로서 그로 인하여 구체적인 납세의무를 부담하게 된다거나 현실적으로 어떤 권리침해 내지 불이익을 받는다고 할 수 없기 때문에, 2004사업연도부터 계속하여 결손금이 발생하여 납부할 법인세가 없는 원고로서는 위 과세표준의 경정결정에 따라 법인세 과세표준을 신고하였다가, 후일 법인세 부과처분이 있어 이를 다툴 때 이미 신고한 법인세의 과세표준과 세액의 위법을 다툴 방법이 있고,② 원고가 이 사건 경정청구의 이유로 들고 있는 내용은 이미 원고가 2005. 1. 27.자 법인세 과세표준의 경정결정 등에 대하여 다투면서 행정소송을 제기하였다가 이를 취하하여 확정된 것이므로 이를 다시 다투고자 하는 것은 일사부재리원칙에 반하는 것이므로, 원고의 이 사건 경정청구는 부적법한 경정청구이다.

따라서, 부적법한 이 사건 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 항고소송의 대상이 되는 거부처분이라고 볼 수 없으므로 이 사건 소는 각하되어야 한다.

나. 판단

국세기본법 제45조의2 제1항 제2호, 제3항의 규정에 의하면, 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하였으나 그 과세표준선고서에 기재된 결손금액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액에 미달하는 때에는 관할세무서장에게 결손금액의 증액을 내용으로 하는 경정청구를 할 수 있고, 이 경우 경정청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 결손금액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 할 의무가 있으므로, 만약 세무서장이 납세자의 결손금액증액경정청구에 대하여 그 전부나 일부를 거부한 경우에는 납세자로서는 그 거부처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기할 수 있고(대법원 2009. 7. 23. 선고 2007두21297 판결 참조), 나아가 결손금의 경정에 의하여 당해 사업연도의 세액에는 아무런 영향이 없다고 하더라도 그 이후의 사업연도의 세액에 영향을 미치므로 과세대상이 될 소득이 발생할 사업연도까지 기다릴 필요 없이 납세자로 하여금 미리 자신의 납세의무의 범위를 가늠하게 하고, 특히 이월결손금은 법정 공제기간 내에 먼저 발생한 것부터 순차로 공제해야 하므로 각 사업연도에 객관적으로 존재하는 이월결손금의 액수를 정확하게 계산하기 위해 결손금이 발생한 사업연도의 결손금의 액수를 확정해 둘 필요가 있으므로, 이 사건 처분은 항고소송의 대상이 된다고 할 것이다.

또한, 을 제1호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 2005. 1. 27. 자 법인세 과세표준의 경정결정 등의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였다가 이를 취하한 사실은 인정되나, 위와 같은 소의 제기 및 취하가 있었다고 하여 다시 같은 쟁점의 이 사건 소를 제기하지 못하게 되는 것은 아니므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

3.본안에 대한 판단

가. 당사자의 주장

1)원고의 주장

원고가 이 사건 주식을 매입하게 된 것은 당시 □□□□트의 구조조정노력, IMF 외환위기하의 주식거래상황, ◇◇생명보험의 미래 수익가치 등을 종합적으로 고려하여 이루어진 것인데다가, 그 매입가격 또한 공인된 평가기관에 의뢰하여 평가한 1주 당 평가액을 기초로 한 것이고, 이후의 ◇◇생명보험의 유상증자 및 상장과정, 현재의 주가 등을 종합하여 보면, 위와 같은 주식 매수행위가 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위에 해당한다고 볼 수 없다.

나) 피고의주장

원고가 ◇◇생명보험의 주식을 매입할 당시 ◇◇생명보험은 수년간 누적된 결손으로 완전자본잠식상태에 있어 전혀 가치가 없었음에도, ◇◇그룹의 모회사인 □□□□트가 비교적 재정상태가 양호한 원고를 하여금 이를 액면가인 주당 5,000원에 매입하게 한 것이므로, 이는 원고의 자금을 □□□□트의 재무구조개선에 동원한 것으로 볼 수밖에 없는 것이고, 원고와 □□□□트가 특수관계자이기 때문에 가능한 거래이므로, 합리성을 결여한 비정상적인 거래로 볼 수밖에 없다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고의이사건주식의매수경위등

가) ◇◇그룹의 모회사인 □□□□트는 IMF 외환위기로 인하여 자산 및 수익상태가 악화되어 부도 위기에 처하게 되자 재무구조를 개선하기 위해 1999. 12. ◇◇그룹의 계열사인 ◇◇생명보험(□□□□트의 지분 59.61%)의 주식을 매도하는 과정에서, 같은 계열사인 원고(□□□□트의 지분 88%)와 사이에 공인된 평가기관에 의뢰하여 평가한 ◇◇생명보험의 주식 1주당 적정가격에 따라 정한 1주당 가액에 따라 위 주식을 매매하기로 하여, 원고가 ☆☆회계법인에, □□□□트가 ♤♤회계법인에 위 주식의 평가를 의뢰하였다.

나) ♤♤회계법인은 1999. 12. 17. ◇◇생명보험 주식의 1999. 9. 30 당사를 기준으로 한 주식가치를 현금흐름할인방법 중 전체기업가치접근법에 따라 평가하여 5,495원으로 그 1주당 주식가치를 산정하였고, 안건회계법인도 1999. 12. 27. 같은 방법에 따라 평가하여 4,491원으로 그 1주당 주식가치를 산정하였다.

다) 이에 원고는 1999. 12. 30. □□□□트로부터 이 사건 주식을 1주당 5,000원에 매수하였다.

2) 이 사건 주식 매수 전 ・ 후의 ◇◇생명보험의 자산 및 수익상태 등

가) ◇◇생명보험은 1999. 12. 금융감독위원회와 사이에 ◇◇생명보험의 지급여력을 강화하기 위하여 2000. 3 경에 950억 원 상당의 유상증자를 하는 한편, 생명보험산 업의 구조조정의 일환으로 ●●●생명보험 주식회사를 합병하기로 하는 내용의 양해각서를 체결한 바 있다.

나) ◇◇생명보험은 위와 같은 지급여력 강화 및 생명산업의 구조조정을 위하여 1999. 10. 5 부터 2003. 8. 4.까지 5차례에 걸쳐 유상증자를 하였는데(구체적인 내역은 아래 표와 같다), 1999. 10. 5.자 유상증자 때에는 원고가 8,000,000주(40억 원 상당)를 인수하였고, 2000. 4. 8.자 유상증자 때에는 특수관계자가 아닌 외국계 투자회사인 ▽▽F가 4,700,000주(235억 원 상당)를 인수하였다.

다) ◇◇생명보험은 1994사업연도를 제외한 1992사업연도부터 1999사업연도 사이에 계속된 결손으로 인하여 완전자본잠식상태에 있었지만, 위와 같은 유상증자 등이 이루 어진 2000사업연도에는 276억 원 상당의 영업이익이 발생하였고, 그 이후에도 영업이 익이 계속 증가하였으며(2000. 7.경에는 ●●●생명보험 주식회사를 합병하였다), 2009. 10. 8.에는 유가증권시장에 상장되기에 이르렀다(한편, 2009. 3. 23 기준으로 소외 회사의 주식가액은 주당 13,800원에 이른다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6 내지 17호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

법인세법 제52조에서 규정하는 부당행위계산의 부인이란 법인이 특수관계에 있는 사람과 거래를 하면서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 인정되는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다.

이 경우에 경제적 합리성의 유무에 관한 판단은 그 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어내어 단순히 특수관계자가 아닌 사람과의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 이에 해당하는 것으로 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2001. 11. 27. 선고 99두10131 판결, 대법원 2006. 5. 11 선고 2004두7993 판결 등 참조).

그러므로 이 사건에 관하여 보건대, 당시는 IMF 외환위기사태가 얼마 지나지 않은 시점이어서 특히 위와 같은 금융주가 낮게 평가되는 상황이었고, ☆☆회계법인과 ♤♤회계법인의 주식평가결과에 따라 이 사건 주식을 매수한 가격인 1주당 5.000원이 당시 ◇◇생명보험의 실제 주식가치를 정확하게 반영한 것인지는 의심스러운 것은 사실이 나(특히 1999. 10. 6.자 유상증자시 원고가 인수한 ◇◇생명보험의 주식 800.000주와 관련한 익금처분을 다투는 과세전적부심사청구에서 원고가 위 유상증자 전 ・ 후의 ◇◇생명보험의 주식가치가 모두 0원 이하로 평가된다고 주장한 바 있고, 2003. 11. 19 세무공무원이 조사한 바에 따르면, ◇◇생명보험의 1주당 가액이 9,435원으로 평가된 점 등에 비추어 보면 위와 같은 의심이 든다), 한편으로 앞서 본 여러 사실관계에 비추어 보면, ① ◇◇생명보험은 금융감독위원회와 사이의 양해각서에 근거하여 그 지급여력 강화 및 구조조정을 위하여 1999. 10 경부터 2003. 8.경 까지 5차례 유상증자를 설시하였고, 2000. 7.경에는 동종 생명보험회사를 합병한 바도 있는 점,② 안건회계법인과 ♤♤회계법인의 주식평가결과에 따르면, 위와 같은 유상증자 전인 1999. 9. 30.을 기준으로 하여 평가한 1주당 주식가치가 5,000원에 근접하는 것으로 나타난 점,③ 실제로 ◇◇생명 보험은 위와 같은 유상증자를 한 사업연도부터 영업수익이 발생하였고 그 후 영업수익이 계속 증가하는 등 자산 및 수익상태가 빠르게 호전되었으며, 이후에도 여러 차례 유상증자를 하는 등 재무구조개선을 위한 노력을 계속하여 2009년경에는 유가증권시장에 상장되었으며, 그 주가도 크게 오른 점,④ 이 사건 주식의 매수일로부터 불과 3개월이 지난 2000. 4. 8.자 유상증자 당시 특수관계자 아닌 외국계 투자회사가 ◇◇생명보험의 신주(235억 원 상당)를 원고가 인수한 가격과 같은 가격으로 인수한 점,⑤ 원고는 2003년 내지 2005년 사이에 이 사건 주식을 비롯하여 자신이 인수한 ◇◇생명보험의 주식 일부를 처분하였는데, 그 가격 또한 주당 5,000원 내지 9,500원에 이르는 점 등의 사정을 알 수 있는바, 위와 같이 ◇◇생명보험에 대규모 유상증자가 예정되어 있었고, 실제 그 유상증자를 거친 후 전개된 여러 사정에 비추어 보면, 앞서 본 여러 의심스러운 정황을 감안하더라도 이 사건 주식을 실제 매수할 당시의 주식가치가 그 매수가격보다 현저히 높은 것이라고 단정하기 어렵고, 또한, 원고가 위 주식을 매수한 것은 원고의 목적사업과 직접성이 관련성이 있는 ◇◇생명보험의 주식을 보유함으로써 원고의 금융업에 대한 시너지 효과를 제고하고 향후 ◇◇생명보험의 재무구조가 개선된 이후에는 매수 가격보다 높은 금액으로 양도할 수 있다는 판단에 따라 이루어진 것으로 볼 수도 있으므로, 피고가 주장하는 바와 같이 원고가 이 사건 주식을 매수한 것이 특수관계자인 □□□□트의 재무구조개선을 도와주기 위한 측면이 있었다고 하더라도, 이를 두고 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래로서 경제적 합리성이 없는 것이라고 보기 어렵다고 할 것이다.

따라서이사건경정청구를거부한피고의이사건처분은위법하다고볼수밖에없다.

3.결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다.