2. 피고가 2015. 5. 18. 원고에 대하여 한 2015년도 1기분 부가가치세 540,373,680원의 환급거부처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결문 제1항의 이유 기재와 동일하므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 회사의 주장 요지

1) 주위적 청구

원고 회사는 S-E너지와 이 사건 각 발전설비 전체에 관한 공사대금을 정하였을 뿐 각 발전설비별로 공사대금을 정하지 않았다. 구 부가가치세법 시행령(2016. 2.17. 대통령령 제26983호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 부가가치세법 시행령'이라 한다) 제29조 제2항 제1호는 '역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 때에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때'를 용역의 공급시기로 정하고 있다. 이에 따라 이 사건 계약의 경우 역무의 제공이 완료되고 공급가액이 확정되는 때를 용역의 공급시기로 보아야 하는데, 이 사건 각 발전설비에 관한 공급가액이 확정되지 않았음에도 자의적으로 '총공급가액을 이 사건 각 발전설비별 발전용량으로 안분한 금액'을 '이 사건 각 발전설비에 대한 공급가액'으로 확정해서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

2) 예비적 청구

태양광발전설비의 경우, 전기사업법에 의한 사용전검사 뿐만 아니라, 신재생에너지법, 이 사건 지침, 공급인증서규칙에 따라 공급인증서 발급대상에 해당한다는 설비확인을 받아야만 역무의 제공이 완료되는 것으로 보아야 한다. 따라서 이 사건 각 발전설비에 관하여 설비확인서를 발급받은 때 역무의 제공이 완료된 것임에도, 사용전검사를 받은 때에 역무의 제공이 완료되었음을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 '관계법령' 기재와 같다.

다. 판단(주위적 청구 관련)

1) 부가가치세법 제16조는 제1항에서 '용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 하나에 해당하는 때로 한다.'라고 하면서 각 호로 '1. 역무의 제공이 완료되는 때', '2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때'를, 제2항에서 '제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 제공하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.(이하 위 제2항을 '이 사건 위임규정'이라 한다)'라고 각 규정하고 있다. 한편, 구 부가가치세법 시행령 제29조(이하 '이 사건 수임규정'이라 한다)는 이 사건 위임규정의 위임을 받아 제1항에서는 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우에 관한 공급시기를 규정하고, 제2항에서는 '법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.'라고 하면서 각 호로 '1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때(이하 '이사건 쟁점조항'이라 한다)' 등 1호부터 4호까지를 규정하고 있다.

이러한 이 사건 위임규정과 수임규정의 체계, 문언, 내용 등에 비추어, 이 사건위임규정이 반드시 '할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우'만의 공급시기를 하위법령에 위임한 것으로 보기 어렵고(이 사건 위임규정 그 자체에 '할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우' 외에 이와 등가관계에 있는 용역이 더 있음을 뜻하는 '등'이라는 의존명사가 별도로 존재한다.), 이 사건 위임규정은 부가가치세법 제16조 제1항의 규정만으로는 용역의 공급시기를 정하기 어려운 용역에 대하여 하위법령에 그 공급시기를 정할 것을 위임한 것으로 봄이 상당하다. 그에 따라 이 사건 수임규정은 제1항에서 '할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우'를, 제2항에서 '그 외의 용역을 공급하는 경우'를 구분하여 각 공급시기를 규정하고 있다.

"그렇다면 이 사건 쟁점조항은 부가가치세법 제16조 제1항 및 구 부가가치세법시행령 제29조 제1항의 규정이 적용될 수 없는 용역에 관련된 것으로, 용역이 어떠한 사정에 기하여 '역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때'를 해당 용역의 공급시기로 정한 것으로 봄이 상당하다이는 이 사건 위임규정 및 수임규정의 전신이 라고 볼 수 있는 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제7조 제1항, 제5항, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 24638호로 전부개정되기 전의 것) 제22조 제1 내지 3호 각 규정의 내용, 체계 등을 살펴보면 더욱 분명해진다.",2) 앞서 본 인정사실 및 증거들, 을 제3, 4, 6, 7호증(가지번호 있는 경우 가지번호포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합해보면, 이 사건 계약은 역무의 제공이 완료되는 때를 공급시기로 볼 수 없는 특별한 경우에 해당하므로, 이 사건 계약에 따른 용역의 공급시기는 이 사건 쟁점조항에 따라 '역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정된 때'에 해당하는 2015. 2.경이 속하는 2015년 제1기라고 봄이 상당하다. 따라서 원고 회사가 2015. 2. 17. S-E로부터 수취한 공급가액 5,674,482,000원의 매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수 없다. 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

가) 부가가치세법 제32조 제1항은 '사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.'라고 규정하고 있고, 그에 따라 부가가치세법상 용역의 공급시기는 세금계산서의 발급 시기를 결정하는 중요한 기준이 된다. 아울러 위 세금계산서에는 공급가액과 부가가치세액(위 제1항 제3호)도 함께 기재하도록 되어 있다.

나) 원고 회사는 S-E와 사이에, 이 사건 각 발전설비별 공사대금이 아닌 발전설비 전체에 관한 공사대금(5,674,482,000원, 부가가치세 별도)으로, 각 발전설비별 공사기간이 아닌 발전설비 전체에 관한 공사기간(2014. 8. 1. ~ 2015. 2. 28.까지)으로 정하여 이 사건 계약을 체결하였다. 또한, 이 사건 계약서(갑 제2호증)에는 비록 공사대금(계약금액)이 5,674,482,000원으로 기재되어 있으나, '제2장 계약특수조건'에 의하면 '제2조(대금지급조건)'에서 '금융약정 및 금융기관 대금지급 일정에 따라 추후 변동가능'이라고 되어 있어 이 사건 계약 당시 공급가액이 확정되어 있었다고 보기도 어렵

다.

다) 역무가 현실적으로 제공됨으로써 역무를 제공받는 자가 역무제공의 산출물을 사용할 수 있는 상태에 이르게 되면 '역무의 제공이 완료되는 때'에 해당하는바(대법원 2015. 6. 11. 선고 2013두22291 판결 참조), 원고 회사는 포항발전설비에 대하여 2014. 12. 12., 평택발전설비에 대하여 2014. 11. 27., 당진발전설비에 대하여 2014. 11.27. 각 전기사업법 제63조에 따른 사용전검사를 받았다. 나아가 원고 회사는 한국전력공사와 사이에, 2014. 12. 4. 당진발전설비에서 생산되는 전력을, 2014. 12. 10. 평택발전설비에서 생산되는 전력을, 2014. 12. 12. 포항발전설비에서 생산되는 전력을 각 공급하는 계약을 체결하였고, 2014. 12.경 이미 위 각 발전설비에서 전력을 생산하여 한국전력공사 앞으로 매출세금계산서를 발행하였다. 그렇다면 각 발전설비별로 사용전검사가 이루어졌을 무렵 원고 회사는 발전설비를 가동하여 전력을 생산할 수 있는 상태가 되었다고 할 것이므로 각 발전설비별로 그 무렵 역무의 제공이 완료된 것으로 볼 수도 있다(대법원 2016. 4. 12. 선고 2014두35553 판결 참조).

라) 그런데 그와 같이 이 사건 각 발전설비별로 사용전검사가 각 이루어질 무렵에도 원고 회사와 S-E 사이에는 각 발전설비별 공사대금에 관해 별도의 합의가 존재하지 아니하였다. 따라서 2014. 12.경 인천발전설비를 제외한 나머지 발전설비들에 대한 공사가 이미 완료되어 있었다고 하더라도, 원고 회사와 S-E는 세금계산서 에 기재할 공급가액과 부가가치세액을 특정할 수 없었다.

마) 한편, 원고 회사는 마지막으로 이 사건 각 발전설비 중 인천발전설비에 대하 여 2015. 1. 30. 사용전검사를 받았고, 그로부터 얼마 지나지 않아 2015. 2. 17. S-E로부터 이 사건 각 발전설비에 관하여 공급가액 5,674,482,000원으로 된 매입세금계산서를 발급받았다. 그렇다면 이 사건 계약은 앞서 본 바와 같이 계약 체결 당시 이 사건 각 발전설비 전체에 관한 공급가액조차 확정되어 있었다고 보기 어려운 상태였으나, 위와 같이 매입세금계산서가 발급될 무렵에는 원고 회사와 S-E 사이에 이 사건 계약의 공급가액에 대한 확정이 있었던 것으로 볼 수 있고, 그 가액이 위 매입세금계산서에 그대로 기재된 것으로 봄이 상당하다.

3. 결론

그렇다면 원고 회사의 이 사건 주위적 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바(따라서 원고 회사의 예비적 청구에 대하여는 나아가 판단하지 아니한다.), 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고 회사의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

관계법령

▣ 부가가치세법

제6조(납세지)

① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

제8조(사업자등록)

① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

제9조(재화의 공급)

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제16조(용역의 공급시기)

① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

제32조(세금계산서 등)

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 세금계산서 라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제38조(공제하는 매입세액)

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조(가산세)

⑦ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 사업자가 수령한 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 거래사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 경우에는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 공급가액에 1퍼센트를 곱한 금액

▣ 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것)

제7조(용역의 공급)

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화・시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업을 위하여 직접 용역을 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다.

③ 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 고용관계에 따라 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.

⑤ 제1항에 따른 용역의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

▣ 구 부가가치세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26983호로 개정되기 전의 것)

제29조(할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우

② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

2. 사업자가 부동산 임대용역을 공급하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

가. 법 제29조 제10항 제1호에 따른 경우

나. 법 제29조 제10항 제3호에 따른 경우

다. 사업자가 부동산을 임차하여 다시 임대용역을 제공하는 경우로서 제65조 제2항에 따라 과세표준을 계산하는 경우

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 용역을 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 제공하고 그 대가를 선불로 받는 경우: 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

가. 헬스클럽장 등 스포츠센터를 운영하는 사업자가 연회비를 미리 받고 회원들에게 시설을 이용하게 하는 것

나. 사업자가 다른 사업자와 상표권 사용계약을 할 때 사용대가 전액을 일시불로 받고 상표권을 사용하게 하는 것

다. 「노인복지법」에 따른 노인복지시설(유료인 경우에만 해당한다)을 설치・운영하는 사업자가 그 시설을 분양받은 자로부터 입주 후 수영장・헬스클럽장 등을 이용하는 대가를 입주전에 미리 받고 시설 내 수영장・헬스클럽장 등을 이용하게 하는 것

라. 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정과 유사한 용역

4. 사업자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호의 방식을 준용하여 설치한 시설에 대하여 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 시설을 이용하게 하고 그 대가를 받는 경우: 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

③ 제1항과 제2항에도 불구하고 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 폐업일을 공급시기로 본다.