소송대리인 법무법인 법여울

담당변호사 이철우, 태은정

소송대리인 정부법무공단

담당변호사 박지용

2. 과학기술정보통신부장관

소송대리인 법무법인 화현

담당변호사 김성훈, 김태영

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 이 사건 각 과제의 내용 및 감사 경위 등

1) 교육과학기술부장관은 과학기술기본법에 따른 전문기관인 재단법인 E(이하 'E'이라 한다)에 국가연구개발사업에 관한 업무를 대행하게 하였고, F대학교 산학협력단은 아래 [표] 기재와 같이 국가연구개발사업에 지원하여 각 E과 사이에 연구개발과제 표준협약을 체결하고 연구개발과제(이하 '이 사건 각 과제'라 한다)를 수행하였다(교육과학기술부는 2013. 3. 23. 정부조직법 개정으로 교육부와 미래창조과학부로 변경되었고, 국가연구개발과제에 관한 업무는 교육부 또는 미래창조과학부로 이관되었다).

【원고의 E참여과제 현황)

(단위: 천 원)

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2) 원고는 F대학교 공과대학 융합전자공학부 교수로서 이 사건 각 과제의 주관연구책임자로 참여하였다.

3) E 감사실은 2016. 6.경 특정감사를 실시하였는데, 감사결과 원고가 2011. 2.경부터 2015. 11.경까지 주관연구책임자로 이 사건 각 과제를 수행함에 있어서 과제 수행에 참여하는 대학원생들에게 지급된 인건비 중 일부(총 435,030,970원 중 157,981,900원)를 연구실 랩장과 총무 등으로 하여금 공동관리하게 하면서 연구실 공동경비 등으로 집행하고, 매월 인건비 공동관리 내용을 보고받은 사실이 적발되었다.

4) E은 2016. 9. 29. 제재조치 평가단 회의를 개최하여 원고에 대한 제재조치를 1차로 심의한 결과 이 사건 1과제에 대하여 9,732,478원(용도 외 사용비율 9.5%), 이 사건 2과제에 대하여 30,677,744원(용도 외 사용비율 16.9%), 이 사건 3과제에 대하여 47,173,631원(용도 외 사용비율 15.7%, 제재부가금 2,532,780원 별도 부과)의 사업비환수조치와2) 이 사건 1, 2과제에 대하여 5년, 이 사건 3과제에 대하여 3년의 각 국가연구개발사업에 대한 참여제한조치를 산정하였고, 최종적으로 구 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」(2015. 8. 24. 대통령령 제26500호로 개정되기 전의 것, 이하 '이 사건 규정'이라 한다) 제27조 제3항에 따라 과제별 참여제한 기간을 합산하고 제27조 제2항을 준용하여 동시에 발생한 이 사건 각 과제에 대한 각 참여제한 기간을 상한인 5년으로 정하였다.

나. 당초 처분의 내용 및 취소 경위 등

1) E은 2016. 10. 31. 피고 교육부장관으로부터 위 제재조치평가단 심의결과에 대한 승인 통보를 받아 2016. 11. 7. F대학교 총장을 수신자로 하여 아래와 같은 내용의 통보를 하였다.

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다. 처분사유

○ 연구비 용도 외 사용(인건비 공동관리)에 따라 관련 규정에 의거 연구비 환수 조치 및

국가연구개발사업 참여제한

※ 관련 규정

2) 피고 과학기술정보통신부장관은 2016. 11. 15. 이 사건 3과제에 대한 연구비 용도 외 사용에 대한 제재조치 처분사항으로 원고에 대하여 5년의 국가연구개발사업의 참여제한처분을, F대학교 산학협력단에 49,706,411원(= 용도 외 사용금액 47,173,631원 + 제재부가금 2,532,780원)의 사업비 환수처분을 사전 통지하였다(제재조치 평가단의 1차 심의결과인 이 사건 1, 2과제에 대한 참여제한 기간 5년, 이 사건 3과제에 대한 참여제한 기간 3년을 종합적으로 고려하여 참여제한 기간을 5년으로 결정하였다).

3) 원고는 2016. 11. 23. 이 사건 각 과제에 관하여 이의신청을 하였으나, 2017. 1. 7. 제재조치 평가단은 이의신청을 기각하였다.

4) 피고 과학기술정보통신부장관은 2017. 3. 15. 이 사건 3과제와 관련하여 '원고가 연구개발에 참여한 연구원들에게 지급된 인건비를 원고 및 연구실의 대표학생, 총무가 관리하면서 매월 인건비 공동관리 내용을 원고에게 보고하였고, 연구실 공동경비 등으로 집행하였다'는 사유로 원고에 대하여 5년간 국가연구개발사업의 참여제한 처분을, F대학교 산학협력단에 대하여 49,706,411원의 사업비 환수처분을 하였다.

5) 피고 교육부장관은 2017. 3. 20. 이 사건 1, 2과제와 관련하여 '원고가 2011. 2.부터 2015. 11.까지 연구개발에 참여하는 대학원생들에게 지급된 인건비 40,410,222원을 공동관리하면서 연구실 공동경비로 집행하고 공동관리 사실을 묵인하였다'는 사유로 원고에 대하여 5년간 국가연구개발사업의 참여제한처분(이하 이 사건 각 과제에 대한 피고들의 각 참여제한처분을 합하여 '최초 참여제한처분'이라 한다)을, F대학교 산학협력단에 대하여 40,410,222원의 사업비 환수처분(이하 이 사건 각 과제에 대한 피고들의 각 사업비 환수처분3)을 합하여 '이 사건 환수처분'이라 하며, 최초 참여제한처분과 합하여 편의상 '당초 처분'이라 한다)을 하였다.

다. 이 사건 처분의 경위 및 내용

1) 원고는 당초 처분 불복하여 이에 대한 취소를 구하는 소(서울행정법원 2017구합60956호4), 2017구합59956호5))를 제기하였는데, 제1심 및 항소심(서울고등법원 2017누77406호, 2017-80808호) 재판 과정을 통하여 최종적으로 '당초 처분과 관련된 처분사유가 인정되고, 그에 따라 이 사건 환수처분은 적법하나, 최초 참여제한처분은 그 참여제한기간에 대하여 피고들이 재량권을 일탈·남용한 경우에 해당하여 위법하다'는 취지의 판단이 이루어졌고, 그에 따라 당초 처분 중 최초 참여제한처분만을 취소하는 판결이 선고되어 최종 확정되었다.

2) 이에 위와 같은 판결 결과를 바탕으로, 피고 교육부장관은 2019. 8. 23. 이 사건 1, 2과제에 관하여 3년의 참여제한처분을, 피고 과학기술정보통신부장관은 2019. 7. 8. 이 사건 3과제에 관하여 3년의 참여제한 처분을 또다시 원고에게 하였다(이하 피고들의 위 각 참여제한처분을 합하여 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을나 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고가 연구개발비 중 일부를 공동관리비로 운영한 것은 단지 연구원들의 안정적인 생활을 돕기 위한 것으로서 실제 공동관리한 돈은 결과적으로 연구인원에게 모두 지급되었고, 원고가 연구와 무관하게 사용한 적은 없었다.

또한 원고는 이 사건 각 과제에 대하여 정상적으로 연구를 진행하여 다수의 논문 및 특허 등록을 하는 등 성공적으로 과제를 수행하였을 뿐만 아니라, 연구개발비 중 일부를 목적 외로 사용한 것에 대한 제재 및 향후 재발 방지는 이 사건 환수처분을 통해 충분히 그 목적을 달성할 수 있으며, 원고는 환수처분 금액을 모두 납부한 상태이다.

그럼에도 불구하고 피고들은 위와 같은 사정들에 대한 고려 없이 이 사건 처분을 하였고, 이는 원고가 향후 교수로서 연구 활동을 함에 있어 중대한 지장을 초래하는 것으로서 침해되는 원고의 이익이 이 사건 처분을 통해 달성하려는 공익에 비하여 커비례의 원칙에 위반되는 등 재량권을 일탈·남용한 경우에 해당한다.

다. 판단

1) 제재적 행정처분이 재량권의 범위를 일탈하거나 남용하였는지 여부는 처분 사유로 된 위반행위의 내용과 그 위반의 정도, 당해 처분에 의하여 달성하려는 공익상의 필요와 개인이 입게 될 불이익 및 이에 따르는 제반 사정 등을 객관적으로 심리하여 공익 침해의 정도와 그 처분으로 인하여 개인이 입게 될 불이익을 비교·교량하여 판단하여야 한다(대법원 2000. 4. 7. 선고 98두11779 판결, 대법원 2006. 4. 14. 선고 2004두3854 판결 등 참조).

한편, 구 과학기술기본법(2015. 6. 22. 법률 제13339호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제11조의2 제1항 제5호에서 중앙행정기관의 장은 소관 국가연구개발사업에 참여한 기관, 연구책임자 등이 연구개발비를 사용용도 외의 용도로 사용한 경우 5년의 범위에서 소관 국가연구개발사업의 참여를 제한할 수 있으며, 제9항에서 참여제한 사유별 참여제한기간에 대한 구체적인 기준 등 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다. 이와 관련하여 이 사건 규정 제12조 제5항 [별표 2] 비고 제2항은 '대학의 학생연구원에게 지급되는 인건비는 연구책임자가 공동관리해서는 안 된다'라고 규정하고 있으며, 이 사건 규정 제27조에서 구체적인 참여제한 사유별 참여제한기간에 관해 규정하고 있다.

2) 위와 같은 관련 법리 및 규정 내용에 비추어 이 사건에 관하여 보면, 원고가 주장하는 사정들을 모두 고려해 보더라도 아래와 같은 이유에서 이 사건 처분에 재량권을 일탈·남용한 위법이 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

① 이 사건 규정 제12조에 따라 주관연구기관에 지급되는 연구개발비는 과학기술을 혁신하고 국가경쟁력을 강화함으로써 국민경제의 발전을 도모하고 국민의 삶의 질을 높이며 인류사회의 발전에 이바지하기 위한 국가연구개발사업을 지원하기 위해 지급되는 것으로서, 그 지급 목적과 용도에 따라 적정하게 지출되도록 할 공익이 크다.

또한 국가연구개발사업을 수행하는 자가 지급된 연구개발비를 용도 외로 사용하는 것은 국가연구개발사업의 부실로 이어질 염려가 크므로 이를 엄격히 금지할 필요성도 인정된다.

특히 학생인건비 공동관리로 인한 폐단을 해결하기 위해 이 사건 규정 제12조 제5항 [별표 2] 비고 제2항 등에서 이를 명시적으로 금지하고 있음에도 관행이라는 이유로 학생인건비 공동관리가 만연히 행해지고 있는데, 이에 대해 엄격한 제재를 가하여 잘못된 관행을 바로 잡을 공익상의 필요가 존재한다.

② 그런데 원고가 이 사건 각 과제의 주관연구책임자로서 그의 지휘·감독 하에 있는 랩장과 총무 등을 통하여 이 사건 각 과제에 참여한 학생연구원들에게 지급된 인건비 중 일부를 공동관리하면서 연구실 공동경비 등으로 집행한 사실은 인정된다.

이 경우 원고의 주장대로, 원고가 위 학생연구원들에게 이 사건 각 과제의 인건비가 지급되기 전에 다른 돈으로 인건비를 매월 지급한 다음 연구비를 지급받아 미리 지급한 인건비를 정산하거나 일부 금액을 공동으로 관리하고 있다가 인건비가 지급되지 않는 달의 인건비로 지급하는 등의 방법으로 해당 학생연구원들에게 인건비 전액을 결과적으로 입금하였다고 하더라도, 이러한 방식의 인건비 집행은 연구개발비를 다른 용도로 일시 전용하여 사용한 행위로서 그 자체로 구 과학기술기본법 제11조의2 제1항 제5호에서 정한 참여제한사유인 "연구개발비를 용도 외에 사용한 경우"에 해당하고, 그 결과 이 사건 규정 등에서 정한 참여제한기간에 따라 제재가 이루어질 필요가 있음을 부정할 수는 없다.

더욱이 갑 제5호증, 올가 제1 내지 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 인건비 공동관리 금액에서 MT 지원비, 회식비, 정수기 필터 교체 등의 연구실물품대금 등의 용도로도 일부 지출된 사실 역시 인정되어 공동관리한 금액이 원고 주장처럼 전액 인건비로만 사용되었다고 보기는 어려운 측면 역시 일부 존재한다.

구체적으로 이 사건 각 과제에 대한 참여제한기간에 대하여 보면, 먼저, 이 사건 1과제와 이 사건 2과제 중 1차년도 과제와 관련된 각 협약이 2012. 7. 1. 이전에 체결되었기에 위 각 과제와 관련된 연구개발비 중 일부의 용도 외 사용에 대해서는 구 『국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」(2012. 5. 14. 대통령령 제23788호로 개정되기 전의 것) 제27조 제1항 제5호가 적용된다고 할 것이다.

그런데 위 규정 제27조 제1항 제5호 나목은 '연구개발비를 의도적으로 부정 집행한 경우'에 참여제한기간을 2년부터 3년까지로 정하고 있고, 위 규정과 관련된 [별표 5]에서는 위 나목이 적용되는 세부기준 중 하나로 '참여연구원의 인건비를 연구책임자가 회수하여 재분배한 경우'를 규정하고 하고 있으므로, 결국 위 각 과제에 대한 참여제한기간은 2년부터 3년까지가 된다.

다음으로, 이 사건 2과제 중 1차년도를 제외한 나머지 과제 및 이 사건 3과제에 대한 각 협약은 2012. 7. 1. 이후 2015. 8. 24. 이전에 체결된 것으로 보이므로, 이 사건 규정 제27조 제1항 제5호, 부칙(2015. 8. 24.) 제1조, 제5조의 적용을 받는데, 이 사건 규정 제27조 제1항 제5호는 2012.5.14. 대통령령 제23788호로 개정된 이래 용도 외 사용금액이 해당 연도 연구개발비에서 차지하는 비율에 따라 차등을 두어 참여제한기간을 규정하고 있고, 그 최하한으로 이 사건 규정 제27조 제1항 제5호 가목에서는 '용도 외 사용금액이 해당 연도 연구개발비의 20퍼센트 이하인 경우' 3년 이내를 규정하고 있다.6) 즉, 위와 같은 참여제한기간 관련 규정 내용에 따르면, 원고 주장처럼 연구개발비 용도 외 사용금액 중 대부분이 결국 시기를 달리하여 학생인건비로 사용된 것으로 보더라도, 이에 대한 제재로서 참여제한기간은 결국 3년 이내라고 봄이 타당하고, 이 사건 처분은 위 제재기준들의 범위 내에서 이루어졌으며, 위 제재기준들이 그 자체로 헌법 또는 법률에 합치되는 않는 것으로 보이지도 않는다.

) 이와 관련하여 원고는, 위와 같은 제재기준들이 적용된다 하더라도, 결국 연구개발비 용도 외 사용금액이 결과적으로 학생인건비로 사용되었기에 이는 해당 금액이 적발이전에 연구개발비 계정으로 다시 회복된 경우로 평가할 수 있고, 그 결과 이 사건 규정 제27조 제1항 제5호 단서에 따라 참여제한기간이 1년 이상 감경될 필요가 있다고도 주장한다.

그러나 앞서 살펴본 원고의 위반 정도 및 기간, 연구개발비의 용도 외 사용을 제한하려는 취지와 그 제재기준 등을 고려할 때, 피고들이 참여제한기간을 감경하지 않았다고 하여 이를 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수는 없다.

(6) 또한 원고를 3년의 기간 동안 국가연구개발사업에서 배제한다고 하여 과학기술기본법의 궁극적인 목적을 저해할 우려가 있다고 보기 어렵고, 오히려 원고에 대한 참여제한은 연구개발비를 적법 정당하게 사용하여 온 다른 연구책임자들의 연구개발과제가 선정될 수 있는 기회가 된다는 점에서 학생인건비를 공동관리하는 폐단을 근절하고, 국가연구개발사업의 부실을 방지하여 궁극적으로는 과학기술법의 기본 취지를 달성할 수 있다고 봄이 상당하다.

⑥ 이 사건 처분은 과학기술법에 따라 E이 시행하는 국가연구개발사업의 참여를 제한하는 것일 뿐, 그 이외의 다른 중앙행정기관이나 공공기관, 기업 등이 시행하는 연구 사업에의 참여를 제한하는 것은 아니라는 점에 비추어 볼 때, 이 사건 처분이 원고에게 지나치게 가혹하다고 보기도 어렵다.

4. 결론

원고의 피고들에 대한 각 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사한현희

판사박영순

2) 과제별 공동관리금액은 2011. 2. 2015. 11.까지 매달 랩실에서 공동관리한 학생인건비 157,981,900원(= 산학협력단 입금 금액 435,030,970원 - 학생인건비 실제 지급금액 277,049,070원)을 매달 주관연구기관 산학협력단으로부터 입금받은 재원별 인건비 비중으로 E 과제 지원비 지분율 등을 고려하여 합리적으로 산출하였다.

3) 참고로 이 사건 환수처분의 상대방은 F대학교 산학협력단장이나, 아래 당초 처분에 대한 취소 청구 사건(서울행정법원 2017구합59956호, 서울고등법원 2017-80808호)에서 원고는 이 사건 환수처분의 효력을 다툴 법률상 이익이 있다는 판단이 내려졌고, 그에 따라 이 사건 환수처분의 적법 여부에 대한 본안 판단이 이루어졌다.

4) 당초 처분 중 피고 과학기술정보통신부장관의 참여제한처분에 대한 취소청구 사건에 해당한다. 이에 대한 항소심은 서울고등법원 2017-77406호이다.

5) 당초 처분 중 피고 과학기술정보통신부장관의 참여제한처분을 제외한 피고들의 나머지 각 처분들에 대한 취소청구 사건에 해당한다. 이에 대한 항소심은 서울고등법원 2017-80808호이다.

6) 참고로 이 사건 3과제 관련 매년도 연구개발비 용도 외 사용액은 아래 [표]와 같다. 다만, 기록상 이 사건 1, 2과제의 매년도 정확한 연구개발비 용도 외 사용액은 확인되지 않고, 이 사건 1, 2과제의 관련 전체 용도 외 사용액만이 앞서 처분의 경위에서 본 바와 같이 확인된다.

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