2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. (1) 원고는 2009. 12. 15. 피고에게 2009년 귀속 종합부동산세 7,589,881,360원 및 농어촌특별세 1,517,976,260원을 신고·납부하였다.

(2) 피고는 2010. 11. 16. 원고에게 2010년 귀속 종합부동산세 8,639,012,020원 및 농어촌특별세 1,727,802,400원을 부과하였다.

(3) 피고는 2012. 11. 21.경 원고에게 2012년 귀속 종합부동산세 10,099,014,028원 및 농어촌특별세 2,019,802,805원을 부과하였고 원고는 그 무렵 위 각 세금을 납부하였다.

(4) 피고는 2013. 11. 26.경 원고에게 2013년 귀속 종합부동산세 10,489,860,910원 및 농어촌특별세 2,097,972,162원을 부과하였고 원고는 그 무렵 위 각 세금을 납부하였다(종합부동산세와 농어촌특별세를 합하여 이하 ‘종부세등’이라 한다)

나. 원고 및 피고는 종합부동산세법[2009년, 2010년 귀속 종부세등에 관하여는 구 종합부동산세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것), 2009년, 2010년 귀속 종부세등에 적용된 구 종부세법을 이하 '종부세법①', 2012년, 2013년 귀속 종부세등에 적용된 종부세법을 이하 '종부세법②'라 한다]제9조 , 제14조 및 구 종합부동산세법 시행령[2009년, 2010년 귀속 종부세등에 관하여는 2011. 3. 31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것(이하 '종부세법 시행령①'이라 한다), 2012년, 2013년 귀속 종부세등에 관하여는 2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것(이하 '종부세법 시행령②'라 한다] 제4조의2 , 제5조의3 등에 의하여 위 가항과 같이 종합부동산세액을 계산함에 있어, 종합부동산세법 시행규칙[2009년, 2010년 귀속 종부세등에 관하여는 구 종합부동산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정되어 2011. 9. 7. 기획재정부령 제235호로 개정되기 전의 것), 2009년, 2010년 귀속 종부세등에 적용된 구 종부세법 시행규칙을 이하 '종부세법 시행규칙①', 2012년, 2013년 귀속 종부세등에 적용된 종부세법 시행규칙을 ‘종부세법 시행규칙②’라 한다] 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표 (2)] 중 작성방법 7항에서 정한 산식(이하 ‘이 사건 시행규칙 산식’이라 한다)에 따라 ‘과세기준금액 초과분 공시지가 × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율’의 방법으로 공제되는 재산세액을 산정하였다.

다. 원고는 2009년 귀속 종부세등에 있어 재산세액 공제방식이 잘못되었음을 주장하며 2010. 2. 26. 감액경정청구를 하였으나 피고가 2010. 4. 14. 경정청구를 거부하는 처분을 하자 경정거부처분취소 소송( 서울행정법원 2010구합47091 )을 제기하였고, 2012. 1. 19. 원고 청구 기각 판결 및 2012. 9. 27. 원고 항소 기각 판결(서울고등법원 2012누5949) 이 선고되었으나, 그 상고심( 대법원 2012두23563 )에서 2015. 7. 9. ‘종부세법 시행령①의 산식에 따라 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율’이 되어야 하고, 종부세법①과 종부세법 시행령①이 종부세 신고를 위한 절차적인 사항을 정하도록 종부세법 시행규칙①에 위임하였을 뿐 종부세액에서 공제되는 재산세액의 산정과 관련한 실체적인 내용을 정하도록 위임한 것이 아니므로, 종부세법 시행규칙① 제5조 제2항 이 종합부동산세 신고를 위한 서식을 마련하면서 그 별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령에서 잘못된 산식인 이 사건 시행규칙 산식을 기재하고 있다 하더라도, 이는 일반국민이나 법원을 구속하는 효력이 없다‘고 판단하여 원심 판결( 서울고등법원 2012누5949 )을 파기환송하는 판결이 선고되었다. 이에 따라 2015. 11. 25. 그 환송심(서울고등법원 2015누1436) 에서 2009년 귀속 종부세등에 관한 피고의 2010. 4. 14.자 경정거부처분을 취소하는 판결이 선고되었고 대법원에서 2015. 11. 25. 상고기각(대법원 2015두4112) 됨으로서 위 환송심 판결이 확정되었다.

라. 또한 원고는 2010년 귀속 종부세등에 있어 재산세액 공제방식이 잘못되었음을 주장하며 2010년 귀속 종부세등부과처분 중 정당세액을 초과하는 부분의 취소 소송( 서울행정법원 2011구합37824 )을 제기하여 2012. 4. 13. 원고 청구 기각 판결이 선고되었으나, 항소심( 서울고등법원 2012누13032 )에서 2015. 10. 27. 위 대법원 판결의 취지를 반영하여 피고의 2010년 귀속 종부세등부과처분 중 정당세액을 초과하는 부분을 취소하는 판결이 선고되었고 대법원(대법원 2015두3942)에서 2016. 3. 10. 상고기각 됨으로써 위 판결이 확정되었다.

마. 원고는 2012년 귀속 및 2013년 귀속 종부세등에도 위 다항과 같은 재산세액 공제방식의 위법이 있음을 주장하며 피고에게 2015. 11. 2. 2012년 종부세 1,606,210,870원, 농특세 321,242,170원 및 2013년 종부세 1,670,250,470원, 농특세 334,050,100원의 감액경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였으나, 피고는 이 사건 경정청구가 2012년 귀속 및 2013년 귀속 종부세등 결정처분이 있음을 안 날로부터 90일이 지난 이후 제기되었다는 이유로 2015. 12. 21. 이 사건 경정청구를 각하한다는 통지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제3호증의 1 내지 3, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

피고는, 원고가 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 의하여 2012년 귀속 및 2013년 귀속 종부세등의 부과처분의 통지를 받은 날로부터 각 90일 이내에 경정청구를 하였어야 하는데 원고가 그 처분이 있음을 안 날로부터 90일이 지난 2015. 11. 2.에야 이 사건 경정청구를 하였으므로, 경정청구기한이 이미 경과하였다는 이유로 이 사건 경정청구를 각하한다는 피고의 통지는 항고소송의 대상이 되는 거부처분이라고 볼 수 없어 그 취소를 구하는 이 사건 소는 부적법하여 각하되어야 한다고 주장한다.

살피건대, 피고도 원고에게 경정청구권이 있음을 전제하고 있고, 각하한다는 피고의 통지가 경정청구를 받아들이지 않는다는 경정청구 거부처분에 해당하는 이상 경정청구기간을 지켰는지는 경정청구 거부가 항고소송의 대상인 처분에 해당하는지에 어떠한 영향을 미친다고 볼 수 없으므로, 피고의 위 항변은 받아들이지 않는다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 국세기본법 제45조의2 제1항 본문은 '과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다‘고 정하고, 위 조항 단서는 ’결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다‘고 정하고 있다. 위 조항은 당초 신고한 과세표준 및 세액에 대하여 5년간 경정청구할 수 있음을 원칙으로 하고 있고, 당초의 신고 등에 관한 경정청구기간이 남아 있는 도중에 과세관청의 결정이나 결정이 있다고 하여 납세자가 당초의 신고 등에 관하여 가지는 권리인 경정청구권 행사가 90일로 제한된다고 보는 것은 불합리하며, 조세법률관계의 조속한 안정을 도모하고자 하는 위 규정 단서의 입법목적은 새로이 증가된 과세표준과 세액에 관한 경정청구권의 행사만을 제한하는 것으로 충분히 달성할 수 있으므로, 위 규정 단서에서 말하는 “결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액”이라 함은 과세관청의 결정 또는 경정으로 인하여 ’증가된‘ 과세표준 및 세액 부분만을 뜻한다고 봄이 타당하다. 이 사건에서 피고가 2012년 귀속 및 2013년 귀속 종부세등에 관하여 결정 또는 경정으로 과세표준 및 세액을 증가시킨 바는 없으므로, 원고의 이 사건 경정청구는 위 조항 본문에 근거한 경정청구라고 보아야 한다(따라서, 원고의 이 사건 경정청구가 위 조항 단서에 근거하였음을 전제로 한 피고의 주장은 받아들일 수 없다).

한편, 국세기본법 제45조의2 제1항 본문은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자”는 위 조문에 따라 경정청구를 할 수 있다고 규정하고 있어 위 경정청구제도가 신고납부방식의 조세에 한정된다는 제한을 두고 있지 않으므로, 부과과세방식의 조세의 경우에도 관련 규정이 납세의무자에게 과세표준신고서를 제출할 협력의무를 정하고 있는 경우라면 위 조문에 따른 경정청구를 할 수 있다고 보아야 한다.

나. 국세기본법 시행령 제10조의2 제3호 , 제4호 , 종합부동산세법 제16조 제1항 , 제3항 은 종합부동산세에 관하여 부과과세방식을 원칙으로 하되, 신고납부도 허용하는 이른바 선택적 신고납부방식을 택하고 있다. 종합부동산세법 제8조 제3항 , 같은 시행령 제3조 제8항 , 제4조 제4항 , 같은 시행규칙 제2조 제1항 은 납세의무자가 종합부동산세의 과세표준 합산 대상에서 배제되는 임대주택 등의 내역을 기재한 합산배제신고서를 작성하여 당해 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 신고할 것을 정하고 있고, 종합부동산세법 제16조 제3항 , 동 시행령 제8조 제2항 은 종합부동산세를 신고납부방식으로 납부하고자 하는 납세의무자는 당해연도 12월 1일부터 12월 15일까지 납세의무자의 인적사항, 과세표준, 공제세액 및 가산세액, 납부세액, 분납 등에 관한 사항을 기재한 종합부동산세 신고서, 과세대상 물건명세서, 세부담 상한을 신청하는 경우 세부담 상한 초과세액계산명세서를 제출함으로써 종합부동산세의 과세표준과 세액을 신고할 것을 정하고 있다.

갑 제4, 5, 6호증, 을 제3, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2012년 귀속 종부세등과 관련하여 2012. 9. 28.경, 2013년 귀속 종부세등과 관련하여 2013. 9. 30.경 각 국세청 종합부동산세 신고서 작성 프로그램(CRTAX-C)(이하 ‘이 사건 프로그램’이라 한다)을 통하여 종합부동산세법 제8조 제3항 에서 정한 신고(이하 ‘이 사건 신고’라 한다)를 한 사실이 인정된다. 이와 같이 당해연도 9. 30.까지 이 사건 프로그램을 통하여 이 사건 신고를 한 원고를 국세기본법 제45조의2 제1항 본문에서 말하는 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출”하여 경정청구를 할 수 있는 자로 볼 것인지 문제되는바, 위 각 증거를 종합하여 인정되거나 알 수 있는 다음의 각 사실 또는 사정을 종합하면 이 사건 프로그램을 통하여 이 사건 신고를 한 원고는 국세기본법 제45조의2 제1항 본문에서 정한 경정청구를 할 수 있는 자에 해당한다고 봄이 타당하다.

① 이 사건 프로그램을 시작하면 ‘종합부동산세 신고서 작성 시스템’이라는 화면이 실행되고, 납세의무자는 자신의 인적사항을 등록한 다음, 주택분 과세대상 물건명세서, 임대주택 합산배제 신고서, 사원용주택등 합산배제 신고서, 종합합산토지분 과세대상 물건명세서, 주택신축용 토지 합산배제 신고서, 별도합산토지 과세대상 물건명세서, 종합부동산세 신고서를 순서대로 작성하게 되어 있다. 주택분 과세대상 물건명세서를 작성하면서 주택을 등록하면 취득일, 총면적, 과세면적, 지분율, 전용면적, 주택구분, 취득일자 기산일, 취득일 변경유형, 해당연도 및 직전연도의 시가표준액, 주택공시가격, 감면후 주택공시가격, 표준세율 재산세액, 부과된 재산세액 등의 정보가 함께 등록된다. 종합합산토지분 과세대상 물건명세서와 별도합산토지 과세대상 물건명세서를 작성하면서 토지를 등록하면 지목, 총면적, 과세면적, 해당연도 및 직전연도의 개별공시지가, 감면후공시가격, 직전연도의 표준세율 재산세액 등의 정보가 함께 등록된다. 납세의무자는 위 각 과세대상 물건명세서와 각 합산배제 신고서를 기초로 하여 최종적으로 종합부동산세 신고서를 작성하는데, 그 신고서에는 납세의무자의 성명, 납세자번호, 주택분 감면후 공시가격 합계, 종합합산토지분 감면후 공시가격 합계, 별도합산토지분 감면후 공시가격 합계, 종합부동산세 결정세액이 기재된다.

② 원고가 이 사건 프로그램을 통하여 이 사건 신고를 하면서 피고에게 제출한 위 ①항 기재 각 정보는 종합부동산세의 과세표준 및 세액을 산정하는데 필요한 정보로서(종합부동산세의 과세표준은 기본적으로 부동산의 ‘공시가격’을 기준으로 공정시장가액비율을 곱하여 산정한다. 종합부동산세법 제8 , 13조 참조), 신고납부방식으로 종합부동산세를 납부하고자 하는 납세의무자가 종합부동산세법 제16조 제3항 , 같은 시행령 제8조 제2항 에 따라 제출하여야 할 “납세의무자의 인적사항, 과세표준, 공제세액 및 가산세액, 납부세액, 분납 등에 관한 사항을 기재한 종합부동산세 신고서, 과세대상 물건명세서, 세부담 상한을 신청하는 경우 세부담 상한 초과세액계산명세서”과 비교할 때 분납에 관한 사항, 세부담 상한에 관한 사항을 제외하고는 사실상 동일한 정보라고 보인다. 나아가 원고가 이 사건 신고 과정에서 최종적으로 작성한 ‘종합부동산세 신고서’는, 신고납부방식으로 종합부동산세를 납부하고자 하는 납세의무자가 제출하여야 할 종합부동산세법 시행령 제8조 제2항 의 ‘종합부동산세 신고서’와 명칭까지 동일하다.

③ 납세의무자들이 종합부동산세법 제8조 제3항 , 같은 시행령 제3조 제8항 , 제4조 제4항 , 동 시행규칙 제2조 제1항 에 따라 당해 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 이 사건 프로그램 등을 이용하여 신고를 하면, 피고는 이를 기초로 하여 당해 연도 납기개시일 5일전(11. 26.)까지 종합부동산세 납부세액을 결정·고지하고(부과과세방식) 그 납부기간은 당해 연도 12. 1.부터 12. 15.까지이다. 다만, 신고납부방식으로 납부하고자 하는 납세의무자는 위 납부기간과 동일한 기간인 당해 연도 12. 1.부터 12. 15.까지 종합부동산세법 제16조 제3항 , 동 시행령 제8조 제2항 에 따라 종합부동산세 신고서, 과세대상 물건명세서 등을 제출함으로써 종합부동산세의 과세표준과 세액을 신고하고 같은 기간인 당해 연도 12. 1.부터 12. 15.까지 종합부동산세를 납부하여야 한다. 이러한 일련의 과정에 비추어 보면, 과세관청이 고지한 종합부동산세 세액에 대하여 특별한 이의가 없는 납세의무자라면 별도로 신고납부절차를 거칠 필요 없이 과세관청이 고지한 납부세액을 위 납부기간 내에 납부하는 것이 일반적일 것이고, 당해 연도 9월 30일까지 합산배제 신고를 이행하지 못하는 등의 사유로 인해 과세관청이 고지한 종합부동산세 세액에 대하여 이의가 있는 납세의무자가 신고납부방식을 택하게 될 것이다.

원고는 피고가 결정·고지한 과세표준 및 세액이 원고가 이 사건 프로그램을 이용하여 한 이 사건 신고 결과를 기초로 하여 기계적으로 산출된 것으로서 그 세액에 특별히 다툼이 없었기 때문에 신고납부절차를 거칠 필요 없이 위 결정·고지 세액을 납부하였다고 주장하고 있다. 원고가 이 사건 신고를 통해 당해 연도 9. 30.까지 과세관청에 종합부동산세의 과세표준 및 세액을 산정하는데 필요한 정보를 제공하여 이를 기초로 피고가 세액을 결정·고지하는 것과, 당해 연도 9월 30일까지 합산배제 신고를 이행하지 못하여 신고납부기간인 당해 연도 12. 1.부터 12. 15.까지 종합부동산세의 과세표준과 세액을 신고하는 것은 원고가 과세관청에게 과세표준과 세액에 필요한 정보를 제공하였다는 점에서 그 본질이 동일함에도, 당해 연도 9월 30일까지 이 사건 신고를 한 원고는 신고납부절차를 거치지 않고 부과과세방식으로 종합부동산세를 납부하였으므로 국세기본법 제45조의2 제1항 본문에서 정한 경정청구를 할 수 없고, 당해 연도 12. 1.부터 12. 15.까지 신고납부방식을 택한 납세의무자만이 국세기본법 제45조의2 제1항 본문에서 정한 경정청구를 할 수 있다고 보는 것은, 납세자의 편의를 도모하기 위해 종래의 신고납부방식에서 현재의 선택적 신고납부방식을 도입한 종합부동산세법의 개정 취지에 부합하지 않고, 과세관청이 결정·고지한 세액에 대하여 아무런 이의가 없는 원고에게 경정청구를 위하여 무용한 신고납부절차를 거칠 것을 강요하는 것이 된다.

④ 이러한 점을 종합할 때, 원고가 이 사건 프로그램을 이용하여 이 사건 신고를 한 것은 부과과세방식의 조세인 종합부동산세의 과세표준과 세액의 확정을 위한 납세의무자의 과세관청에 대한 협력의무를 이행한 것으로서 과세표준을 신고하는 것과 동일한 의미를 갖는다 할 것이므로, 원고는 실질적으로 국세기본법 제45조의2 제1항 본문에서 말하는 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자”에 해당한다고 보아야 한다.

다. 따라서, 원고는 국세기본법 제45조의2 제1항 본문에 따라 2012년 귀속 종부세등에 대하여는 그 법정신고기한인 2012. 9. 30.부터 5년 이내인 2017. 9. 30. 이전에, 2013년 귀속 종부세등에 대하여는 그 법정신고기한인 2013. 9. 30.부터 5년 이내인 2018. 9. 30. 이전에 경정청구를 할 수 있으므로, 이 사건 경정청구가 경정청구기간을 도과하였음을 이유로 이를 각하한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

5. 결론

따라서, 원고의 청구는 이유 있으므로 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 김국현(재판장) 김춘화 이광열

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