1. 청구법인이 OOO 및 OOO공장에 투자한 아래 <표3>·<표4> 기재 설비가 임시투자세액공제 대상인지 여부를 재조사하여 그 세액을 경정하고,

2. OOO아파트 신축공사의 면세사업 관련 매입세액OOO을 해당 사업연도(2008～2012사업연도)의 각 손금으로 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

가. 청구법인은 1972.1.22. 설립되어 OOO에 전자회로개폐기 제조업을 영위하는 본점을 두고, 같은 구 OOO에 태양열집열기기 및 전열기기 제조업을 영위하는 지점(1994.11.4. 지점등록, 이하 OOO이라 한다)을, OOO 전기회로개폐기 제조업을 영위하는 지점(2005.6.20. 지점등록, 이하 “OOO”이라 한다) 등을 두고 있는 상장법인(1989.11.30. 한국거래소에 상장됨)으로, 2009·2010사업연도에 OOO과 관련하여 투자한 시설 등의 취득가액에 대하여 「조세특례제한법」제26조의 임시투자세액공제 및 같은 법 제11조의 연구·인력개발설비 투자세액공제를 적용하여 해당 사업연도에 법인세 신고를 하는 한편, 2008년 제2기～2010년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 OOO의 전기공사와 관련하여 원재료비·복리후생비·임차료·소모공구비 등 공급가액 OOO에 대한 매입세금계산서를 수취하여 전액 매입세액공제를 받고, 2012년 제2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 OOO로부터 교부받은 OOO 정보통신공사 관련 외주가공비 공급가액 OOO에 대한 매입세액을 공제하여 해당 과세기간의 부가가치세를 신고·납부하였다.

나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2013년 7월부터 9월까지의 기간 동안 청구법인에 대한 법인제세 통합조사를 실시하여, 청구법인이 신고한 세액공제액 중 아래 <표1> 기재와 같이 ① 임시투자세액공제액OOO은 임시투자세액공제 대상이 아닌 연구설비에 대한 지출OOO 및 OOO라는 이유로, ② 연구·인력개발설비 투자세액공제액OOO은 연구소로 등록되지 아니한 장소에 설치되었다는 이유로 각 부인하고, 아래 <표2> 기재와 같이 ③ OOO의 전기공사(국민주택규모 이상 과세분 53.7%, 면세분 46.3%)와 관련하여 국민주택규모 이하의 공사매출에 대한 매입세액을 면세비율(46.3%)에 따라 안분계산하여 산정한 면세분 매입세액 OOO 및 ④ OOO의 통신공사 관련 외주가공비에 대한 매입세액 OOO(위 OOO아파트 관련 면세분 매입세액 OOO과 합하여 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 각 불공제하는 등의 조사내용을 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2013.10.10. 청구법인에게 법인세 2009사업연도분 OOO, 2010사업연도분 OOO 및 관련 부가가치세를 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.1.2. 심판청구를 제기하였다.

<표1> 이 건 쟁점 관련 세액공제 부인 내역

OOO

<표2> 이 건 쟁점 관련 매입세액 불공제 내역

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 조사청은 OOO의 2009사업연도 및 2010사업연도 생산설비 구입액에 대하여 OOO에 해당하거나 연구소로 등록되지 아니한 장소에 설치되었다는 이유로 임시투자세액공제 및 연구·인력개발 설비 투자세액공제를 부인하였으나 2010년경 생산설비를 구입 후 시제품 생산 등 품질 확보를 위한 기간을 거쳐 2012년 12월경 OOO에서 매출이 발생하였으므로 위 <표1> 기재 OOO의 생산설비 구입금액 OOO을 임시투자세액공제 대상으로 인정하여야 한다.

(2) 세액공제를 부인당한 OOO의 설비는 OOO의 공급자격을 얻기 위한 필수 제조설비 및 필수 검사설비로서 청구법인이 이를 갖추지 못하면 OOO에서 공급자격을 얻지 못하여 결과적으로 생산·납품을 할 수 없다. 생산설비와 함께 유기적으로 결합되어 생산라인에 고정설치되고 제품생산에 필수적인 역할을 하는 설비는 사업용 자산에 해당되므로 위 <표1> 기재 OOO의 생산설비 구입대금 OOO에 대하여 임시투자세액공제를 적용하여야 한다.

(3) 쟁점매입세액은 면세사업 관련 매입세액이므로 해당 사업연도인 2008～2012사업연도의 손금으로 산입하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) OOO에 설치된 설비에 대하여 임시투자세액공제를 배제한 이유는 2010년 이후 매출이 발생하지 않았기 때문에 OOO로 본 것이다. 만약 동 설비가 사용되었다면 제품개발에 사용되었을 것이고 이 경우 동 설비는 연구시험용 설비로서 임시투자세액공제 대상이 아니라 연구·인력개발설비 투자세액공제 대상이나 OOO은 OOO에 연구전담부서로 등록되지 아니하여 연구·인력개발설비 투자세액공제 대상도 아니다.

(2) 청구법인이 제출한 OOO에서 취득한 설비에 대한 설명자료를 보면, 제조공정에서 제품에 대한 성능과 오차범위를 시험하고 연구개발시 신뢰성 시험에 사용되는 시험기기로, 국세청 해석(법규과-1531-2, 2005.12.13.)에서 제조업 영위 법인의 OOO에서 연구개발 목적으로 사용되는 시험기기, 측정기기 등 제품의 불량 여부를 확인하기 위한 검사기기는 임시투자세액공제 대상이 아닌 것으로 보고 있다. 또한, OOO 관련 임시투자세액공제 및 연구인력개발설비 투자세액공제를 부인당한 설비는 당초 청구법인이 OOO 내 연구소 또는 연구전담부서라고 주장하였던 장소에 설치된 기계장치로 조사 당시 청구법인은 연구시험용 설비라고 주장하였고, 심판청구시 청구법인이 추가 제시한 자료는 조사당시 제출한 자료가 아니다.

(3) 쟁점매입세액을 청구법인의 손금으로 인정하여야 한다는 주장은 타당하나, 그 손금 산입시기는 면세사업 관련 매입세액이 발생한 사업연도가 아니라 면세사업 관련 매입세액을 추징한 사업연도(법인 46012-10565, 2011.11.19.)인 2013사업연도이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점금액이 임시투자세액공제 대상인지 여부

② 면세사업과 관련한 매입세액으로서 공제받지 못하여 부가가치세를 추징당한 경우 그 세액의 손금산입시기

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 관하여 살펴본다.

(가) 세무조사 당시 작성된 청구법인의 확인서(2013년 9월)에 의하면 임시투자세액공제 대상이 아닌 아래 <표3> 기재 연구설비 취득금액 OOO을 세액공제 대상에 포함하여 과다하게 세액공제한 사실이 있음을 확인한 것으로 나타난다.

<표3> 쟁점① 관련 임시투자세액공제 부인액 명세

OOO

(나) 세무조사 당시 작성된 청구법인의 확인서(2013년 9월)에 의하면, 청구법인은 연구소로 등록되지 아니한 장소에 설치하여 연구·인력개발설비 투자세액공제 대상이 아닌 아래 <표4> 기재 연구설비 취득금액 OOO(위 <표3> 기재 임시투자세액공제 부인 설비취득금액 OOO을 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 세액공제 대상에 포함하여 과다하게 세액공제한 사실이 있음을 확인한 것으로 나타난다.

<표4> 쟁점① 관련 연구·인력개발설비 투자세액공제 부인액 명세

OOO

(다) 청구법인은 <표3> 및 <표4> 기재 연구설비가 생산설비로서 연구인력개발설비 투자세액공제 대상이라고 주장하면서 제출한 심리자료에 관하여 본다.

1) OOO의 각 설비내역 및 (E-타입 저압 전자식전력량계) 기자재 공급유 자격자 등록기준 등에 의하면 OOO에 설치된 액상성형기, 에폭시 주입기 등은 제조 필수설비이고, OOO에 설치된 PCB기능검사장치는 필수제조설비이며, 오차설비시스템, 외부자계시험장치, 기준전력량계, 염수분무시험기 등은 OOO 기자재 공급자 관리지침 및 KS표시 인증 심사기준의 적용을 받는 필수 시험검사 설비라는 취지로 기재되어 있으며,

2) OOO의 작업공정도에 의하면 OOO 작업공정시 전동임펠라 및 열화상 카메라, 에폭시 주입기, 액상 성형기, 항온항습챔버, 삼차원 측정기, X-RAY, 만능재료 시험기, 파렛트 포장간지를 거치고, OOO 작업공정도에 의하면 E-TYPE 작업공정시 PCB기능검사설비, 항온항습조, 오차실험설비, 기능검사시험기 등을 거치는 것으로 되어 있다.

3) 그 외 청구법인은 OOO의 설비 관리카드, OOO 기자재 공급유자격자 등록안내 공고문(2010.12.3.), OOO 기자재 공급자 관리지침(2009.12.10.), 기술표준원 KS표시 인증 심사기준(2007.6.1.) 등을 심리자료로 제출하였다.

(라) 또한, 청구법인은 <표3> 및 <표4> 기재 OOO의 설비가 OOO가 아니고, 설비투자 및 생산품 양산에 소요된 기간이 일반적이지 않은 특수한 사정으로 인하여 장기간 소요되었고 시운전 및 샘플, 시제품 생산을 위한 가동을 계속해 왔다고 주장하면서, OOO 주식회사로부터 2010.9.3.～2011.8.31. 기간 동안 원자재인 OOO 상당액을 구입한 내역, 청구법인의 품질경영팀에서 작성한 OOO 절연 부하개폐기에서 발생한 불만(흠집 발생, 기포현상 발견 등)에 대한 내부보고서(2011.3.8., 2011.6.16.), OOO 주식회사로부터 수주한 OOO을 OOO에서 보관하고 있음을 확인하는 OOO 주식회사가 청구법인에 OOO 660개를 발주한 발주서(2012.6.22.), 2012.12.3. 청구법인 본점에서 OOO 주식회사에 지하철용애자 20개를 공급하고 교부한 세금계산서(공급가액 OOO) 등을 입증자료로 제출하였다.

(마) 처분청이 제출한 OOO의 부가가치세 요약신고서상 2010년 제1기부터 2012년 제2기까지의 과세기간 중 OOO에서 신고된 매출액(공급가액)은 없고, 매입액은 OOO으로 나타난다.

(바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ① 처분청은 <표4> 기재 OOO 설비 및 <표3>·<표4> 기재 OOO의 설비에 관하여 그 명칭이 시험기기 등으로 분류되어 있는 이유 등으로 이를 연구설비로서 연구소로 등록되지 않은 곳에서 사용된다는 의견이나, 청구법인이 제출한 작업공정도 및 설비 설명카드 등에서 동 설비들은 제품 생산공정에 사용되거나 주요 거래처인 OOO에 납품할 물품 생산에 필수적인 검사설비 내지 제조설비로 보이는 점, ② 처분청은 <표3> 기재 OOO의 설비에 대하여 OOO라는 의견이나, 「조세특례제한법 시행규칙」 제3조에서 말하는 OOO란 취득 후 사용하지 아니하고 보관중인 기계 및 장치 또는 사용 중 철거하여 사업에 사용하지 아니하는 기계 및 장치 등을 말하는 것으로, 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 샘플 제작 등 공장가동을 위한 준비작업이 이루어진 것으로 볼 수 있어 이를 두고서 설비를 운휴한다고 보기 어려우나 반면, 청구법인이 제출한 세금계산서(2012.12.3.)는 OOO이 아니라 본점에서 교부된 것인 점, ③ 당초 세무조사시 동 설비들이 연구인력개발설비 투자세액공제 대상인지에 대한 조사만 이루어지거나, 처분청의 의견에 따르면 이 건 심판청구시 제출된 자료들의 대부분이 세무조사 당시 제출되지 아니한 자료들인 점 등에 비추어 동 설비들이 OOO에서 제품생산과 관련하여 사용되는 것인지, OOO에서 실제 제품생산이 이루어졌는지 등에 관하여 재조사하여 순수한 연구시험 목적의 설비가 아니라 해당 공장의 제품 생산공정에서 필수적으로 사용되는 설비 등으로 확인되는 경우에는 임시투자세액공제를 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

(2) 다음으로, 쟁점②에 관하여 살펴본다.

(가) 처분청은 쟁점매입세액을 면세 관련 매입세액으로 보아 관련 매입세액을 불공제하면서 그 손금 귀속시기를 추징한 사업연도(2013)라는 의견이고, 청구법인은 쟁점매입세액의 손금 산입시기는 해당 사업연도인 2008～2012사업연도라고 주장한다.

(나) 「법인세법」제40조 제1항에서 내국법인의 각 사업연도 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제21조 제1호에서 각 사업연도에 납부할 법인세 또는 소득할주민세와 각 세법에 규정된 의무불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액 및 부가가치세의 매입세액은 손금불산입하되, 부가가치세가 면제되는 경우 등의 세액은 손금산입하는 것으로 규정하고 있다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 면세사업 관련 매입세액은 신고조정 사항으로 손금산입 대상인 점, 부가가치세 면세사업 관련 매입세액은 매출세액에서 공제받지 못하기 때문에 손금에 산입되는 것이며, 그 손금의 귀속시기는 당해 손금 관련 매입채무가 확정된 사업연도가 되는 것인 점 등에 비추어 쟁점매입세액 중 2008년 제2기분은 2008사업연도, 2009년 제1기 및 제2기분은 2009사업연도, 2010년 제1기 및 제2기분은 2010사업연도, 2012년 제2기분은 2012사업연도의 손금에 산입하여 각 법인세 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다(조심 2008서3380, 2009.6.4., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1)조세특례제한법

제11조【연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제】① 내국인이 2012년 12월 31일까지 연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항에서 "연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 연구시험용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

2. 직업훈련용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

3. 대통령령으로 정하는 신기술을 기업화하기 위한 사업용자산

⑤ 제1항이나 제3항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

제26조【임시투자세액공제】① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정할 때에는 대통령령으로 정하는 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제10조【연구시험용시설의 범위 등】① 법 제11조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 시설"이라 함은 연구개발을 위한 연구·시험용시설로서 기획재정부령이 정하는 것을 말한다.

제23조【임시투자세액공제】① 법 제26조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 투자"란 농업, 축산업, 어업, 광업, 제조업, 하수·폐기물처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터프로그래밍·시스템통합 및 관리업, 뉴스제공업, 그 밖의 과학기술서비스업, 연구개발업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 창작 및 예술관련 서비스업, 수리업, 광고업, 기타 개인서비스업, 엔지니어링사업, 물류산업, 교육서비스업(컴퓨터학원에 한정한다), 「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따라 등록한 관광숙박업·국제회의기획업·전문휴양업·종합휴양업 및 유원시설업, 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업을 영위하는 내국인이 2009년 12월 31일까지 기획재정부령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자를 말한다.

② 법 제26조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 과세연도"란 제1항에 따른 투자가 이루어지는 각 과세연도를 말한다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제8조 제1항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 "전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "일반연구인력개발 전담부서"라 한다)를 말한다.

1. 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조에 따라 인정받은 OOO와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서

제8조【연구시험용시설등의 범위】① 영 제10조 제1항에서 "기획재정부령이 정하는 것"이란 전담부서, 「국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법」에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업 및 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합에서 직접 사용하기 위한 연구시험용시설로서 다음 각 호의 것을 한다. 다만, 운휴 중에 있는 것은 제외한다.

1. 공구 또는 사무기기 및 통신기기, 시계·시험기기 및 계측기기, 광학기기 및 사진제작기기

2. 「법인세법 시행규칙」 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산

제14조【임시투자세액공제 대상 사업용자산의 범위】영 제23조제1항에서 "기획재정부령으로 정하는 사업용자산"이란 제3조에 따른 사업용자산과 다음 각 호의 자산을 말한다. 다만, 「관광진흥법」에 따라 등록한 전문휴양업 또는 종합휴양업을 영위하는 자의 경우에는 제5호의 자산에 한정한다.

제3조【사업용자산의 범위】① 영 제4조 제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 말한다.

1. 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산(토지와 별표 1의 건축물 등 사업용 유형자산은 제외한다)

② 제1항의 규정에 의한 사업용자산에는운휴중에 있는 것을 제외한다.

(4) 법인세법

제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제21조【제세공과금의 손금불산입】다음 각 호의 제세공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 규정하는 외국법인세액을 포함한다) 또는 소득할주민세와 각 세법에 규정된 의무불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 기타 대통령령이 정하는 경우의 세액을 제외한다)

제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

(5) 법인세법 시행규칙

제22조【부가가치세 매입세액의 손금산입 등】① 법 제21조 제1호에서 "기타 대통령령이 정하는 경우의 세액"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 「부가가치세법」 제17조 제2항 제3호의 규정에 의한 비영업용 소형승용자동차의 유지에 관한 매입세액(제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출에 해당하는 것을 제외한다)

2. 「부가가치세법」 제17조 제2항 제3호의2의 규정에 의한 매입세액

3. 기타 당해 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 기획재정부령이 정하는 것

② 「부가가치세법」 제17조 제3항의 규정에 의하여 공제받은 의제매입세액과 「조세특례제한법」 제108조의 규정에 의하여 공제받은 매입세액은 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 원재료의 매입가액에서 이를 공제한다.