상고비용은 피고의 부담으로 한다.

부가가치세법 제17조 제 1 항 , 제 2 항 제 4 호 의 각 규정에 의하면 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하며, 이 경우 부가가치세가 면세되는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 되어 있고, 같은법조 제 5 항 의 위임에 근거를 둔 같은법시행령 제61조 제 1 항 및 같은 법시행규칙(1981.1.31 재무부령 제1468호로 개정되기 전의 것) 제18조의 2 제 1 항 의 각 규정에 의하면사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 매입세액 중 공제되지 아니하는 세액(면세사업에 관련된 매입세액)의 계산은 실지귀속에 따라 하되 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액이라고 한다)은 " 공제되지 아니하는 매입세액=공통매입세액X면세공급가액/총공급가액" 의 산식에 의하여 안분 계산하며 위 산식의 총 공급가액 또는 면세공급가액이라 함은 당해 과세기간의 총 공급가액 또는 면세공급가액의 합계액을 말한다고 되어 있는바, 위 각 규정의 취지를 종합하여 보면 사업자가 부가가치세가 과세되는 수종의 사업과 면세되는 수종의 사업을겸영하는 경우에 있어서는 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하여야 하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분 계산함에 있어서도 어느 과세사업과 면세사업에만 관련된 공통매입세액으로의 세분이 가능한 경우에는 그 공통매입세액만에 관련된 사업단위(부분)별로 구분하여 앞서본 시행령 소정의 산식에 의거 이를 안분 계산하여야할 것으로 해석되며, 따라서 사업주체(과세주체)별로 수종의 과세사업과 면세사업에 관련된 전체의 공통매입세액을 전체사업의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 총 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 방법에 의할 것이 아니고 어느 과세사업과 면세사업만에 관련된 공통매입세액으로 구분하여 이를 그 공통매입세액에 관련된 사업부문만의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 방법에 의하여야 할 것으로 풀이함이 타당하고 이와 같이 해석하는 것이보다 실지귀속에 가까운 안분 계산방법으로서 위 각규정의 취의에도 합당한 것이라고 볼 것이다.

돌이켜 본건에 관하여 보건대, 원심이 이 사건에 있어서 원고 조합은 면세사업인 사료구매사업, 원유판매사업, 원유가공판매(시유)사업과 과세사업인 원유가공판매(유산균음료, 쵸코우유 등) 사업을 겸영하고 있는 사업자인데, 위 각 사업 중 전면적인 면세사업인 사료구매사업과 원유판매사업은 그 성질상 일종의 도, 소매업의 부류에 속하고 과세사업인 식품가공 사업부문은 제조업에 속하여 그 기장상의 구분도 확연하나, 다만 위 가공사업부문 중 과세식품제조사업과 면세식품 제조사업간의 공통매입세액의 실지귀속만이 구분이 분명하지 아니하다 하여 이러한 경우 면세사업에 관련된 매입세액은 원고 경영의 위 각 사업중 실지귀속이 불명한 공통매입세액에 관련된 가공사업 부문의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분 계산해야 한다고 판시한 다음 그렇다면 피고의 본건 각 부과처분중 위의 계산방법에 의하여 산정한 세액을 초과하는 부분의 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다고 판단하고 있는바, 이는 앞서 설시한 법리에 따른 것으로 정당하고 이와 다른 견해에서 원심판결을 탓하는 논지는 받아들일 수 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.