가. 원고 서울대학교 산학협력단의 소를 각하한다.

나. 피고가 2016. 5. 27. 원고 2에 대하여 한 3년간의 국가연구개발사업 참여제한 처분을 취소한다.

2. 소송 총비용 중 원고 서울대학교 산학협력단과 피고 사이에 생긴 부분은 원고 서울대학교 산학협력단이 부담하고, 원고 2와 피고 사이에 생긴 부분은 피고가 부담한다.

가. 원고 서울대학교 산학협력단

피고가 2016. 9. 20. 원고 서울대학교 산학협력단에 대하여 한 정부출연금 126,356,839원의 환수처분을 취소한다(원고 서울대학교 산학협력단은 이 법원에서 청구를 교환적으로 변경하였다).

나. 원고 2

피고가 2016. 5. 27. 원고 2에 대하여 한 3년간의 국가연구개발사업 참여제한 처분을 취소한다(원고 2는 이 법원에서 위 국가연구개발사업 참여제한 처분에 관한 피고의 처분일을 2016. 5. 27.로 정정하였고, 정부출연금 환수처분 취소 부분의 소를 주1) 취하하였다).

2. 항소취지

가. 원고 서울대학교 산학협력단

제1심판결 중 원고 서울대학교 산학협력단의 청구 부분을 다음과 같이 변경한다. 위 제1의 가.항 청구취지 기재와 같은 판결

나. 피고

제1심판결 중 원고 2의 청구 부분을 취소하고, 원고 2의 청구를 기각한다.

이 법원의 판결 이유는 제1심판결 중 해당 부분을 다음 2항과 같이 수정하고 3항과 같이 판단을 보충하거나 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유(그 각 별지를 포함하되 ‘4. 결론’ 부분 제외) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 수정하는 부분

○ 2쪽 아래에서 8행 “피고의”를 다음과 같이 고친다.

【 교육과학기술부(교육과학기술부는 2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정된 정부조직법에 의해 교육부와 미래창조과학부로 변경되었고, 이 사건과 관련된 국가연구개발과제에 관한 업무는 미래창조과학부로 이관되었으며, 미래창조과학부는 2017. 7. 26. 법률 제14839호로 개정된 정부조직법이 시행됨에 따라 과학기술정보통신부로 개편되었다. 이하 교육과학기술부장관, 미래창조과학부장관 및 피고를 통틀어 ‘피고’라고만 한다)의 】

○ 3쪽 3행의 “피고”를 “원고”로 고친다.

○ 3쪽 5행 및 6행의 “서울대학교에”를 “국립대학법인 서울대학교(이하 ‘서울대학교’라 한다)에”로 고친다.

○ 3쪽 아래에서 8행부터 마지막 행까지를 다음과 같이 고친다.

【 마. 피고는 원고 2가 제출한 소명자료에 대한 검토 및 제재조치평가단의 심의를 거쳐 2016. 3. 15. 원고 2에 대하여 ‘연구비 용도 외 사용(학생인건비 공동관리, 과제기여도 없는 타 기관 소속 연구원 참여, 연구장비·재료비 허위 구매 등)’을 사유로 하는 제재조치 결과를 통보하였고, 원고 2로부터 이의신청을 받은 후 2016. 5. 27. 원고 2에게 과학기술기본법 제11조의2 제1항 제5호 , 구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(2016. 7. 22. 대통령령 제27369호로 개정되기 전의 것) 제27조 에 따라 3년간의 국가연구개발사업 참여제한 처분(이하 ‘이 사건 제1처분’이라 한다) 및 서울대학교에 126,240,172원(제재부가금 116,667원 제외)의 환수처분을 하였다. 이후 피고는 2016. 8. 31. 연구비 환수 제재조치 처분대상자를 서울대학교로 잘못 기재한 것을 취소사유로 하여 위 126,240,172원의 환수처분을 직권취소한 후, 2016. 9. 20. 원고 산학협력단에 같은 사유로 126,240,172원의 환수처분을 하였다(이하 ‘이 사건 제2처분’이라 하고, 이 사건 제1처분과 이 사건 제2처분을 통틀어 언급할 때는 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 】

○ 4쪽 3행부터 12행까지의 “2. 원고 산학협력단의 소의 적법성에 대한 판단”을 다음과 같이 고친다.

【 2. 원고 산학협력단의 소의 적법성에 대한 판단

취소소송은 처분 등이 있음을 안 날부터 90일 이내에 제기하여야 하고, 처분 등이 있은 날부터 1년을 경과하면 제기하지 못하며( 행정소송법 제20조 제1항 , 제2항 ), 청구취지를 변경하여 구소가 취하되고 새로운 소가 제기된 것으로 변경되었을 때에 새로운 소에 대한 제소기간의 준수 등은 원칙적으로 소의 변경이 있은 때를 기준으로 하여야 한다( 대법원 2004. 11. 25. 선고 2004두7023 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 을 제11, 17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, △ 피고는 이 사건 소송이 제1심에 계속 중이던 2016. 8. 31. 서울대학교에 대한 2016. 5. 27.자 126,240,172원의 환수처분을 처분의 상대방에 대한 오기를 이유로 직권취소함과 동시에 같은 문서로 원고 산학협력단에 대하여 같은 내용의 환수처분에 대한 사전통지를 하고, 2016. 9. 20. 원고 산학협력단에 대하여 이 사건 제2처분을 하였으며, 원고 산학협력단은 그 무렵 위 처분서를 수령한 사실, △ 원고 산학협력단은 자신에 대하여 2016. 3. 15.에 환수처분이 이루어졌다고 잘못 파악하여 2016. 3. 15.자 처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다가, 이 법원에 이르러서야 2018. 5. 21.자 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 제출하면서 2016. 9. 20.자 이 사건 제2처분의 취소를 구한 사실이 인정된다. 위 인정사실에 의하면, 원고 산학협력단은 이 사건 제2처분이 있음을 안 날로부터 90일, 이 사건 제2처분이 있은 날로부터 1년을 모두 경과하여 소의 교환적 변경 신청을 한 것이 역수상 명백하다.

나아가 위에서 본 바와 같이 원고 산학협력단은 2016. 9. 20.자 이 사건 제2처분서를 그 무렵 적법하게 수령하여 이 사건 제2처분이 있음을 알았던 것으로 보이고(더구나 피고가 이 사건 제2처분서를 2016. 10. 27. 제1심 법원에 증거로 제출하였으므로, 원고 산학협력단은 늦어도 그 무렵 이 사건 제2처분이 있음을 알았을 것으로 보인다), 이 사건 제2처분을 대상으로 소의 변경을 하는 데 아무런 법률상 또는 사실상 장애가 없었다 할 것이므로, 원고 산학협력단에게 처분이 있은 날로부터 1년이 지난 이후 소를 제기한 데 대하여 정당한 사유가 있다고 볼 수도 없다( 행정소송법 제20조 제2항 ).

따라서 이 법원에서 교환적으로 변경된 원고 산학협력단의 소는 제소기간을 준수하지 못하여 부적법하다[이에 대하여 원고 산학협력단은 이 법원에서 이루어진 청구취지 변경을 처분일자를 변경하는 청구취지의 정정에 불과하다고 주장하나, 당사자가 제출한 증거들만으로는 피고가 이 사건 제2처분 이전에 원고 산학협력단을 상대로 어떠한 처분을 한 사실이 인정되지 않고, 그 이전에는 원고 2 또는 서울대학교 총장을 수신인으로 2016. 3. 15.자 및 2016. 5. 27.자 각 통지서를 발송하였을 뿐이다(제1심 법원 역시 이 사건에 관한 집행정지 사건의 2016. 9. 9.자 결정문에서 2016. 3. 15.자 통지는 원고 2만을 상대방으로 할 뿐 원고 산학협력단은 그 상대방이 아니라고 판시한 바 있을 뿐만 아니라, 원고 산학협력단이 제1심 법원에 제출한 2017. 2. 9.자 준비서면에 의하면, 원고 산학협력단도 2016. 3. 15.자 통지를 처분대상으로 한 기존의 소의 취하 여부를 검토하였다가 그대로 기존의 소를 유지한 것으로 보인다). 그럼에도 원고 산학협력단은 위 2016. 3. 15.자 통보를 자신에 대한 처분으로 오인하여 이 사건 소를 제기하였는데, 이러한 사실만으로 다툼이 되는 처분대상의 변경을 청구취지의 정정으로 볼 수는 없다. 설령 원고 산학협력단에 대하여 당초 어떠한 처분이 있었던 것으로 본다고 하여도, 처분의 변경이 있음을 안 날로부터 60일이 넘은 뒤에 소의 변경 신청이 있었다고 할 것이므로 행정소송법 제22조 주2) 에 의하더라도 원고 산학협력단의 소는 부적법하다]. 】

○ 4쪽 아래에서 9행, 4쪽 아래에서 6행에서 7행, 5쪽 마지막 행, 16쪽 2행, 16쪽 4행, 16쪽 아래에서 5행, 17쪽 아래에서 5행의 “이 사건 각 처분”을 모두 “이 사건 제1처분”으로 고친다.

○ 5쪽 아래에서 8행의 “한다)”를 “하고, 제1, 2, 3처분사유를 통틀어 ‘이 사건 각 처분사유’라 한다)”로 고친다.

○ 11쪽 3행과 4행 사이에 다음 내용을 추가한다.

【 (5) 소외 2는 원고 2 및 다른 연구원들과 함께 2012. 3. 미합중국 샌디에이고에서 열린 nano학회에서 이 사건 연구과제와 관련된 나노분야에 관한 논문을 발표하였다. 그 외에도 소외 2는 2012년부터 2013년까지 2년 동안 전산역학회 학술대회, 대한약학회 등에서 원고 2 등과 함께 이 사건 연구과제와 관련한 공동연구결과를 발표하였다. 】

○ 11쪽 4행의 “(5)”를 “(6)”으로, 같은 쪽 아래에서 7행의 “(6)”을 “(7)”로, 같은 쪽 아래에서 3행의 “(7)”을 “(8)”로 각각 고친다.

○ 12쪽 10행 및 11행을 다음과 같이 고친다.

【 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제9 내지 11, 36, 37호증, 을 제14호증의 각 기재, 제1심 증인 소외 3, 소외 4의 각 증언, 변론 전체의 취지 】

3. 판단의 보충 및 추가

가. 처분사유 추가 가부

1) 피고의 추가 주장

제1처분사유와 관련하여 ① 원고들은 공동관리 규정을 위반하여 기여도 평가나 등록금 납입 영수증에 의한 정산 없이 학생연구원들에게 연구수당을 지급하였고, ② 원고 2가 이를 공동관리하면서 용도 외 목적으로 사용하였으며 실제적으로 학생연구원 개인에 대한 보상금, 장려금으로 사용된 것이 아니므로, 연구개발비의 용도 외 사용으로 보아야 한다.

제2처분사유와 관련하여 연구원 소외 2가 이 사건 연구개발비로 연구와 무관한 용도에 지출한 것은 연구개발비의 용도 외 사용으로 보아야 하고, 소외 2의 위와 같은 부당한 연구개발비 집행에 대하여 이를 허용한 원고 2에게 책임이 있다. 따라서 원고 2에 대한 이 사건 제1처분의 적법여부를 판단함에 있어 소외 2의 연구개발비 부당집행도 고려되어야 한다.

2) 판단

가) 행정처분의 취소를 구하는 항고소송에 있어서는 실질적 법치주의와 행정처분의 상대방인 국민에 대한 신뢰보호라는 견지에서 처분청은 당초 처분의 근거로 삼은 사유와 기본적 사실관계에 있어서 동일성이 있다고 인정되지 않는 별개의 사실을 들어 처분사유로 주장함은 허용되지 아니하나, 당초 처분의 근거로 삼은 사유와 기본적 사실관계에 있어서 동일성이 있다고 인정되는 한도 내에서는 다른 사유를 추가하거나 변경할 수 있고, 여기서 기본적 사실관계의 동일성 유무는 처분사유를 법률적으로 평가하기 이전의 구체적인 사실에 착안하여 그 기초가 되는 사회적 사실관계가 기본적인 점에서 동일한지 여부에 따라 결정되며( 대법원 2004. 11. 26. 선고 2004두4482 판결 등 참조), 추가 또는 변경된 사유가 당초의 처분시 그 사유를 명기하지 않았을 뿐 처분시에 이미 존재하고 있었고 당사자도 그 사실을 알고 있었다 하여 당초의 처분사유와 동일성이 있는 것이라 할 수 없는바( 대법원 1992. 2. 14. 선고 91누3895 판결 , 대법원 2003. 12. 11. 선고 2003두8395 판결 참조), 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살펴본다.

나) 제1처분사유와 관련하여 피고가 이 법원에 이르러 기존 처분사유 이외에 학생연구원들이 수령한 연구수당을 연구실 공동계좌에 이체한 사실과 그 이체 후 수령한 연구원들을 위하여 지출되지 않았으므로, 용도 외 사용에 해당한다고 다투고 있으므로, 이 부분 처분사유를 추가한 것으로 볼 수 있다. 피고가 추가한 위 처분사유를 기존 처분사유(학생인건비 공동관리)와 비교하여 보면, 학생연구원들이 자신의 계좌를 통하여 직접 수령한 연구비를 연구실 공동계좌로 이체하였다는 내용을 공통으로 하고 있을 뿐만 아니라 피고가 이 사건 제1처분 당시 문제 삼았던 학생인건비라고 평가한 연구비를 정확한 지출 항목인 연구수당으로 정정한 것에 불과하여, 각 연구원들이 수령한 연구비를 공동계좌에 이체하여 목적 외 용도로 사용하였다는 그 기초가 되는 사회적 사실관계가 기본적으로 동일하다 할 것이어서, 이 부분 처분사유의 추가는 허용된다.

다) 그러나 피고가 기여도 평가를 생략하고 등록금 납입 영수증에 의한 정산 없이 각 연구원들에게 연구수당을 지급하였다는 부분을 추가로 주장하는 것은 당초 ‘학생인건비 공동관리’라는 처분사유와 그 내용과 취지가 크게 다르고, 이 사건 규정 [별표2] 비고에 의하면 그 적용되는 호를 주3) 달리하며, 그 기초가 되는 사회적 사실관계를 놓고 보더라도 동일성을 인정하기 어려우므로, 위 사유를 추가하는 것은 허용되지 않는다(설령 이 부분 처분사유의 추가가 허용된다고 하더라도, 갑 제18, 38호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 제1처분사유에 해당하는 연구수당 지급 시 각 연구원들에 대한 기여도 평가가 이루어진 것으로 보이는바, 이러한 점에 비추어 보아도 피고의 이 부분 주장은 이유 없다).

라) 또한 피고는 제2처분사유와 관련하여 당초 소외 2의 연구과제 기여도가 없다는 점을 근거로 하여 원고 2에게 이 사건 제1처분을 하였는데, 이 법원에 이르러 소외 2 교수가 집행한 연구비 중 이 사건 연구과제와 무관하게 집행한 부분이 있다는 점을 처분사유로 추가하고 있는바, 피고가 위 처분사유를 추가하는 것은 당초의 처분사유인 소외 2의 연구과제 기여도가 없다는 것과 기본적 사실관계가 동일하다고 할 수 없는 사유를 추가하는 것이어서 허용되지 않는다(설령 이 부분 처분사유의 추가가 허용된다고 하여도, 갑 제3호증의 기재와 이 법원의 한국연구재단에 대한 사실조회 결과만으로는 소외 2가 연구비를 용도 외로 사용하였다고 단정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 오히려 갑 제36, 37호증의 각 기재에 의하면, 한국연구재단에 대한 사실조회 결과에 기재된 지출내역 중 소외 2의 미국 샌디에이고 ACS nano학회 참석 및 논문 발표 목적 출장 용도의 2012. 3. 22. 1,040,805원의 연구비 지출과 2012. 6. 5. 리우데자네이루에서 열린 WCCM 학회 항공권 구매에 사용된 것으로 보이는 3,569,700원의 지출은, 소외 2가 ACS nano학회 발표논문 초록에 이름이 등재되어 있고, WCCM 학회 프로그램 소개에 소외 2의 이름이 기재된 사실 등에 비추어 피고의 주장과 달리 연구목적에 부합하는 용도로 지출한 것으로 보이며, 그 외에도 소외 2가 연구목적에 부합하는 용도로 연구비를 지출한 것으로 보이는 사정들이 다수 존재하므로, 피고의 이 부분 주장은 이유 없다).

마) 따라서 제1처분사유 중 연구수당의 용도 외 사용 부분과 관련된 피고의 처분사유 추가는 허용되고, 제1처분사유 중 공동관리 규정을 위반하여 기여도 평가나 등록금 납입 영수증에 의한 정산 없이 학생연구원들에게 연구수당을 지급하였다는 부분과 제2처분사유 중 연구과제와 무관하게 집행한 부분에 관한 피고의 처분사유 추가는 허용되지 않으므로, 제1처분사유 중 연구수당의 용도 외 사용 부분에 관련한 피고의 주장에 관하여만 나아가 살펴본다.

나. 연구수당의 용도 외 사용 여부

앞서 본 바와 같이 연구수당은 공동관리가 금지되는 금원이 아닐 뿐만 아니라, 침익적 행정처분의 근거가 되는 행정법규는 엄격하게 해석·적용하여야 하고 행정처분의 상대방에게 불리한 방향으로 지나치게 확장해석 하거나 유추해석 하여서는 안 되며, 그 입법 취지와 목적 등을 고려한 목적론적 해석이 전적으로 배제되는 것은 아니라 하더라도 그 해석이 문언의 통상적인 의미를 벗어나서는 안 되는바( 대법원 2008. 2. 28. 선고 2007두13791, 13807 판결 참조), 당사자 사이에 다툼 없거나 갑 제3 내지 7, 12, 18, 20 내지 35, 37, 38호증, 을 제1, 4, 12, 18, 19호증의 각 기재, 제1심 증인 소외 5의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 학생연구원들이 연구수당의 일부를 공동관리 계좌에 입금하였다는 사실이 인정된다 하더라도 원고 2가 사업비를 용도 외로 사용하였다고 단정하기 어려우므로, 피고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

① 학생연구원들은 학업과 연구를 위하여 하루의 대부분을 연구실에서 보내기 때문에 생수 구입, 정수기 유지관리, 간식 구입 등의 공동 비용이 필요하였고, 학생연구원들은 공동 경비를 연구실 운영비 외에도 국제학술회 참가를 위한 항공권 구매나 현지 숙박시설 비용, 여행경비 등으로 사용하기도 하였던 것으로 보인다.

② 원고 2가 일정한 지급 기준을 정하여 그 기준에 맞게 학생연구원들에게 연구장학금이 지급되도록 하고, 학생연구원들은 그 기준을 초과하여 지급받은 돈을 행정직원이 관리하는 공동관리 계좌에 입금하여 관리한 사실은 있으나, 원고 2가 학생연구원들에게 연구수당을 공동관리할 것을 직접 지시하거나 관여하였다는 사실을 증명할 자료가 부족한 데 반하여, 연구장학금이 원고 2를 거쳐 학생연구원들의 계좌로 지급된 것이 아니라 원고 서울대학교 산학협력단에서 학생연구원들의 계좌로 직접 이체되었고, 학생연구원들이 지급받은 연구장학금을 공동계좌에 입금한 것이므로, 학생연구원들 자신의 의사에 따라 지급받은 연구수당을 공동계좌로 모은 후 사용하였을 가능성을 배제하기 어렵다.

③ 2017. 9. 13. 개정된 서울대학교 산학협력연구 연구비 산정기준에 의하면, ‘연구수당을 연구자가 회수하여 공동 관리한 경우 공동관리 해당 금액’을 국가연구개발사업 부당집행의 한 종류로 추가하여 규정하고 있으나, 제재적 처분은 원칙적으로 행위시 규정에 의하여야 하고, 행위 후 개정된 규정은 적용될 수 없으므로( 대법원 1982. 12. 28. 선고 82누1 판결 참조), 2017. 9. 13.자 개정으로 추가된 위 규정을 근거로 위 개정 이전에 연구수당을 공동 계좌로 모은 사실에 대하여 부당집행에 해당한다고 볼 수는 없다.

다. 소결론

따라서 피고의 위 주장은 모두 받아들이지 않는다.

4. 결론

그렇다면 이 법원에서 교환적으로 변경된(이에 따라 원고 산학협력단의 2016. 3. 15.자 처분의 취소를 구하는 구소에 관한 제1심판결은 실효되었다) 원고 산학협력단의 피고에 대한 소는 부적법하므로 이를 각하하고, 원고 2의 청구는 이유 있어 이를 받아들일 것인바, 이 법원에서 교환적으로 변경된 청구를 포함하여 제1심판결(원고 2의 소 취하로 실효된 원고 2의 정부출연금 환수처분 취소 청구 부분은 제외)을 위와 같은 내용으로 변경한다.

주1) 원고 2는 당초 2016. 3. 15.자 통보의 취소를 구하는 취지로 2016. 6. 10. 이 사건 소장을 제출하였으나, 이는 피고가 처분서의 기재를 불분명하게 하여 발생한 기재상의 오류로 볼 수 있고, 피고의 원고 2에 대한 2016. 5. 27.자 국가연구개발사업 참여제한 처분의 취소를 구하는 취지로 선해할 수 있으므로, 원고 2가 이 법원에 이르러 2016. 5. 27.자 국가연구개발사업 참여제한 처분의 취소를 구하는 것으로 변경한 것은 청구취지의 정정 및 정부출연금 환수처분 취소 부분의 소 취하로 볼 것이다. 설령 이를 청구의 교환적 변경으로 보더라도, 처분의 경위 및 원고 2의 소 제기 경위 등에 비추어 보면, 당초 2016. 3. 15.자 통지의 취소를 구하는 청구취지에는 2016. 5. 27.자 국가연구개발사업 참여제한 처분의 취소를 구하는 취지도 포함되었다고 볼 수 있으므로, 이 사건 청구취지를 2016. 5. 27.자 국가연구개발사업 참여제한 처분의 취소를 구하는 것으로 변경하는 경우 그 제소기간의 준수 여부는 청구취지 변경시점이 아닌 최초 소가 제기된 때를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 7. 11. 선고 2011두27544 판결, 대법원 2016. 7. 27. 2015두45953 판결 참조). 따라서 원고 2는 제소기간을 준수하였다고 할 것인바, 피고도 위와 같은 사정을 고려하여 이 법원 제2회 변론기일에서 원고 2에 대한 제소기간 도과 주장을 철회한다는 진술을 하였다.

주2) 제22조(처분변경으로 인한 소의 변경) ① 법원은 행정청이 소송의 대상인 처분을 소가 제기된 후 변경한 때에는 원고의 신청에 의하여 결정으로써 청구의 취지 또는 원인의 변경을 허가할 수 있다. ② 제1항의 규정에 의한 신청은 처분의 변경이 있음을 안 날로부터 60일 이내에 하여야 한다.

주3) [별표2] 연구개발비 비목별 계상기준(제12조 제5항 관련) 비고 3. 외부인건비 중 대학 및 특정연구기관(해당하는 기관만 해당한다)의 학생연구원에게 지급되는 인건비는 연구책임자가 공동관리해서는 안 된다. 5. 연구기관별로 연구수당과 연구개발능률성과급에 관한 합리적인 기준을 마련해야 하고, 그 기준에 따라 계상 및 지급해야 한다.