1. 소득세법 제97조 제1항 제1호 (나)목 은 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제하는 필요경비의 하나인 취득가액을 ‘취득에 든 실지거래가액’으로 하여야 하는 경우에 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액으로 하도록 규정하고 있고, 그 위임에 따라 구 소득세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24356호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제12항 은 “ 법 제97조 제1항 제1호 나목 에서 ‘대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액’이란 제176조의2 제2항 부터 제4항 까지의 규정에 따른 가액을 말한다.”라고 규정하고 있으며, 제176조의2 제3항 본문은 “ 법 제114조 제7항 에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다.”라고 규정하면서 제2호 에서 “양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액”을 규정하고 있다.

양도차익을 계산할 때에 기준이 되는 실지거래가액이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미한다 ( 대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두19465 판결 등 참조). 이와 같은 법리와 위 규정들의 문언 내용 및 취지 등에 비추어 보면, 본래의 실지거래가액이 아닌 매매사례가액, 감정가액, 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 대체하도록 한 소득세법 제97조 제1항 제1호 (나)목 , 구 소득세법 시행령 제163조 제12항 등은 그 적용 순서뿐만 아니라 실지거래가액을 대체할 수 있는 가액의 유형도 그 요건을 정하여 제한적으로 규정한 것으로 해석된다. 따라서 1개의 감정평가법인이 평가한 감정가액은 소득세법 제97조 제1항 제1호 (나)목 에서 ‘취득 당시의 실지거래가액’을 대체할 수 있도록 정한 감정가액에 해당하지 아니한다고 봄이 타당하다.

2. 가. 원심판결 이유와 기록에 의하면, ① 원고는 2001. 7. 28. 이후 김포시 (주소 1 생략), (주소 2 생략), (주소 3 생략) 토지와 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)의 소유자인데, 김포시가 2011. 12. 30. 원고로부터 이 사건 부동산을 수용한 사실, ② 원고는 2012. 2. 28. 이 사건 부동산에 관한 매매계약서 등 관련 증빙자료가 남아 있지 않아 취득 당시 금융기관으로부터 150,000,000원의 대출을 받으면서 시행한 감정평가기관의 감정평가액(이하 ‘이 사건 감정가액’이라 한다)에 감정 제외된 일부 건물에 대하여 이 사건 감정가액을 적용하여 산출한 금액을 더하여 산정한 총 291,650,230원을 취득가액으로, 김포시의 수용가액 1,097,607,000원을 양도가액으로 각 적용하여 산출한 양도소득세를 신고한 사실 등을 알 수 있다.

이러한 사실관계를 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 감정가액은 구 소득세법 시행령 제163조 제12항 및 제176조의2 제3항 제2호 에서 정한 ‘2 이상의 감정평가법인이 평가한 것’에 해당하지 아니하여 소득세법 제97조 제1항 제1호 (나)목 에서 ‘취득 당시의 실지거래가액’을 대체할 수 있도록 정한 감정가액에 해당할 수 없다고 할 것이다.

다. 그럼에도 원심은 이와 달리 이 사건 감정가액이 소득세법 제97조 제1항 제1호 (나)목 에서 정한 ‘감정가액’에 해당한다고 잘못 전제한 다음, 피고가 구 소득세법 시행령상의 환산방법에 따른 환산가액을 이 사건 부동산의 취득가액으로 보아 원고에게 양도소득세를 부과한 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 소득세법 제97조 제1항 제1호 (나)목 에서 정한 ‘감정가액’에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.

3. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.