2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한, 2011. 11. 1.자 2007년도 제1기 귀속분 OOOO원, 2008년도 제1기 귀속분 OOOO원, 2008년도 제2기 귀속분 OOOO원, 2009년도 제1기 귀속분 OOOO원, 2009년도 제2기 귀속분 OOOO원의 각 부가가치세 부과처분, 같은 해 12. 1.자 2007사업연도 귀속분 OOOO원, 2008사업연도 귀속분 OOOO원, 2009사업연도 귀속분 OOOO원의 각 법인세 부과처분을 취소한다.(원고는 소장에 위 각 법인세 부과처분일을 2011. 11. 1.로 기재하였으나 착오로 보인다).

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1 내지 10, 갑 제2호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 5, 을 제2호증의 1, 2, 3, 을 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 의료기, 이화학기기 제조업, 과학기기, 확경측정기기 등의 제조 판매업 등을 영위하기 위하여 1999. 1. 14. OO시 OO구 OO동을 본점 소재지로 하여 설립된 회사로, 2009. 2. 23. 본점 소재지를 OO시 OO동 OO과학산업단지 가-3-1 OO산업신소재센터 208호로 이전하였다.

나. 원고는 2007년도 제1기에 주식회사 BBB(이하 'BBB'라고한다)에 공급가액 OOOO원의 매출세금계산서를 발행하였고, 2008년도 제1기부터 2009년도 제2기까지 기간 중 주식회사 CCC(이하 'CCC'이라고 한다)으로부터 공급가액 합계 OOOO원 상당의 매입세금계산서를 수취하고, DDD테크 주식회사(이하 'DDD테크'라고 한다)에 공급가액 합계 OOOO원 상당의 매출세금계산서를 교부한 후 이하 CCC ( 및 DDD테크 관련 세금계산서를 '이 사건 각 세금계산서'라고 한다), 이를 근거로 각 해당 부가가치세와 법인세를 신고・납부하였다.

다. 중부지방국세청장은 2011. 7. 27.부터 같은 해 10. 4.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 원고가 2007년도 제1기에 BBB에 대한 매출 OOOO원을 누락하여 신고하고, 2008년부터 2009년까지 CCC으로부터 재화의 공급 없이 매입세금계산서를 수취하고, DDD테크에 재화를 공급하지 아니하고 매출세금계산서를 교부한 것을 확인한 후 피고에게 이를 통보하였다.

라. 이에 따라 피고는 2011. 11. 1.과 같은 해 12. 1. 원고에게 아래와 같은 부가가치세 및 법인세를 각 부과하였다(아래 2007년 제1기분 부가가치세 및 2007사업연도 법인세 부과처분에 대해서는 '이 사건 1처분', 나머지 처분에 대해서는 '이 사건 2처분'이라고 하고, 모두를 칭할 때에는 '이 사건 각 처분'이라고 한다).

세목

귀속연도/기분

처분일자

고지금액

비고

부가가치세

2007년 1기

2011. 11. 1.

OOOO원

BBB 매출 OOOO원 누락

2008년 1기

상동

OOOO원

CCC 매입 OOOO원, DDD테크 매출 OOOO원 가공

2008년 2기

상동

OOOO원

CCC 매입 OOOO원, DDD테크 매출 OOOO원 가공

2009년 1기

상동

OOOO원

CCC 매입 OOOO원, DDD테크 매출 OOOO원 가공

2009년 2기

상동

OOOO원

CCC 매입 OOOO원, DDD테크 매출 OOOO원 가공

법인세

2007사업연도

2011. 12. 1.

OOOO원

BBB 매출 OOOO원 누락

2008사업연도

상동

OOOO원

CCC 및 DDD테크에 대한 가공매입・매출 확인에 따른 경정

2009사업연도

상동

OOOO원

CCC 및 DDD테크에 대한 가공매입・매출 확인에 따른 경정

마. 원고는 이 사건 . 각 처분에 불복하여 2012. 1. 26.자 이의신청을 거쳐 같은 해 8. 6. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 같은 해 11. 13. 원고의 심판청구를 기각하였다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 중국 장위사가 제작하고 CCC이 수입한 성장로 관련 장비인 컨트롤러와 파워레귤레이터를 매수하여 이를 DDD테크에 공급하였는데, 다만 장비의 규모 등으로 인한 운반상의 문제로 원고를 거치지 않고 바로 DDD테크로 입고한 다음 원고 직원이 현장에 가서 이를 조립, 설치하고 시운전하였던 것이므로, 원고가 CCC로부터 수취하고 DDD테크에 발행한 각 세금계산서들은 허위의 세금계산서가 아니다. 또한 DDD테크가 파산절차에서 작성한 유형자산관리대장(기계장치)에는 DDD테크의 남동사업장에 원고로부터 2009. 9. 1. 매입한 결정 성장 풀러 컨트롤러 90대가 존재한다고 기재되어 있으므로 적어도 이 부분은 실물거래가 존재한다고 볼 수 있으므로 2009년도 제2기 귀속분 부가가치세 및 2009사업년도 법인세 부분은 취소되어야 한다. 그리고 가사 원고가 CCC과 DDD테크로부터 실물 거래 없이 세금계산서를 주고받았다고 하더라도, 원고는 위 거래가 DDD테크와 CCC의 자전거래 임을 알지 못하였고 그러한 사실을 알지 못한데 과실이 없는 선의의 거래당사자이므로 이 사건 처분은 위법하다.

나. 인정사실

앞서 든 증거에 갑 제4호증의 1 내지 4, 갑 제5호증의 1 내지 4, 갑 제6호증, 갑 제7호증의 1, 2, 3, 갑 제12, 13호증, 을 제4, 5호증, 을 제6호증의 1, 2, 을 제7 내지 15호증의 각 기재를 보태어 보면, 다음 각 사실을 인정할 수 있다.

(1) 2007년까지 원고와 DDD테크와의 거래

㈎ 원고는 2006. 1. 태양광반도체 사업을 하는 주식회사 EEE(이후 2009. 9. 22. DDD테크와 합병하였다. 이하 합병 전후를 불문하고 'DDD테크'라고 한다)와 사이에 원고가 DDD테크에서 추진하는 반도체 웨이퍼 생산을 위한 관련 장비를 공급하고 그 과정에서 자체 기술력을 축적하여 관련 사업을 확대 참여한다는 내용의 공동사업수행 약정을 체결하였다.

㈏ 원고는 2006. 12.경 DDD테크로부터 중국 FFF에서 생산하는 잉곳 성장용 장비인 컨트롤러와 파워레귤레이터를 수입하여 DDD테크에 성장로를 설치・공급하고 시운전하는 내용의 주문을 받아 2006. 12. 28. 위 컨트롤러와 파워레귤레이터 각 20세트를 수입한 것을 비롯하여 그 때부터 2007. 2. 14.까지 5회에 걸쳐 컨트롤러와 파워레귤레이터 각 100세트를 수입하면서, 양허관세율 0%의 물품으로 수입신고 하였다. 그런데 인천공항세관은 2007. 11. 28. 원고에게 위 컨트롤러와 파워레귤레이터에 관세율 8%를 적용하여 관세 OOOO원, 부가가치세 OOOO원, 가산세 OOOO원을 부과・고지하였다.

㈐ 원고는 위 인천공항세관의 처분에 불복하여 인천지방법원 2009구합229호로 위 관세 및 부가가치세 등의 취소를 구하는 소를 제기하여 2009. 11. 12. 승소하였으나, 그 항소심 및 상고심에서 모두 패소하였다(서울고등법원법원 2009누39201호, 대법원2011두9928호).

(2) DDD테크 및 CCC의 거래 관계

㈎ DDD테크는 주로 엘이디(LED)에 사용되는 갈륨비소 잉곳과 웨이퍼를 생산하는 업체로 시작하여 태양광 실리콘 잉곳 및 웨이퍼를 생산하던 국내 최대의 회사로서 정부로부터 신재생에너지 산업 지원을 받기도 하였으나 자전거래를 통한 분식회계 사실이 드러나 코스닥 2010. 8. 상장이 폐지되었고, 전 대표자 오GG은 홍콩에 유령회사를 세워 DDD테크와의 위장거래를 통해 OOOO원 상당의 재산을 해외로 빼돌리고 2010. 8.경 여권을 위조해 마카오로 달아났다.

㈏ CCC은 2005. 5. 16. 사업장 소재지 OO시 OO구 OO동 200-1 HHH파크 102-1009, 대표자 이II, 업종 전자부품 제조로 하여 설립된 회사인데, 위 회사는 오GG이 분식회계를 위한 자전거래 목적으로 전업주부인 이II의 명의를 빌려 인수한 것이었다.

㈐ 중부지방국세청 및 남인천세무서의 조사결과, CCC은 2007년 1기부터 2010년 2기까지 사이에 DDD테크로부터 OOOO원 상당의 세금계산서를 수취하고, DDD테크에게 OOOO원 상당의 세금계산서를 발행하였으나, 위 매입・매출로 신고한 재화는 DDD테크가 실질적으로 거래한 것이고, CCC이 DDD테크와 수수한 매입・매출 세금계산서는 전부 허위의 세금계산서임이 밝혀졌다.

(3) 원고와 CCC, DDD테크와의 거래

㈎ 원고의 위 관세 문제가 발생한 이후, 원고가 CCC이 중국 업체로부터 수입한 물품을 DDD테크에 납품하는 방식으로 거래한 것으로 되어 있으나, CCC은 2008. 2. 이후 수입통관내역이 전혀 없다.

㈏ 원고는 DDD테크와의 거래에 관하여 전용 계좌(LL은행 OOO-OOOOOO-OO-OOO)를 개설하여 거래하였는데, DDD테크에서 매출대금을 송금받으면 당일 또는 그 다음날 CCC에 매입대금을 송금한 것으로 되어 있다. 그런데 그 송금장소는 AAA 부천지점과 18.6km가 떨어진 OO시 OO구 지역의 LL은행이고, 2008. 11. 19. LL은행 OOO지점의 출금전표상 송금인은 원고의 대리인 이MM(OOOOOO-OOOOOOO)으로 되어 있으나 위 주민등록번호는 존재하지 않는다. 다만 위 주민등록번호의 뒷자리는 DDD테크의 부장으로 근무하였던 이JJ의 주민등록번호 뒷자리와 일치하고, OO지점, OO지점, OOO지점의 출금전표와 동일한 필체로 작성되어 있다.

㈐ 원고의 이의신청에 의하여 중부지방국세청은 2012. 3. 15.부터 같은 해 5. 4.까지 재조사를 실시하였는데, DDD테크의 성장팀 차장 송KK은 모든 생산시설이 완제품 또는 부품 상태로 중국 등지에서 수입된 후 자체 조립・>제작하였다고 진술하였다.

㈑ 이 사건 각 세금계산서의 세부거래 내역을 보면 대부분 일반적인 제품・부품 거래로만 되어 있다.

㈒ DDD테크의 파산절차시(서울중앙지방법원 2012하합113 사건)에 작성된 유형자산관리대장(기계장치)에는 DDD테크의 남동사업장에 원고로부터 2009. 9. 1. 매입한 결정 성장 풀러 컨트롤러 90대(취득가액 OOOO원, 장부상 잔존가액 OOOO원)가 존재한다는 내용이 있으나, 같은 파산기록의 기계장치감가상각 명세서에는 위 컨트롤러 90대가 당기 증가되었다가 바로 당기 감소되어 2009. 12. 31. 현재 미상각잔액이 OOOO원으로 되어 있다.

다. 판단

(1) 이 사건 1처분에 대하여

세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이나, 과세관청이 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 이에 관하여 합리적으로 수긍할 수 있을 정도의 상당한 증명을 한 경우라면, 이를 다투고 있고 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 세금계산서가 허위가 아니라는 점을 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 참조).

보건대, 원고는 이 사건 처분 중 이 사건 1처분도 취소를 청구하고 있으나, 이 부분 처분은 원고가 2007년 제1기분 부가가치세 및 2007사업연도 법인세 신고시 BBB에 대한 매출액 OOOO원을 누락하였기 때문에 이루어진 것으로서, 원고는 이 사건 1처분의 위법성에 관하여 어떠한 주장이 없는 바, 이 사건 1처분에 관한 원고의 청구는 이유 없다.

(2) 이 사건 2처분에 대하여

위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음 각 사정 즉, ① 원고가 컨트롤러와 파워레귤레이터에 관한 관세를 부과받은 직후 CCC과 거래하기 시작한 점, ② CCC은 오GG이 자전거래를 위하여 인수한 법인으로서 2008. 2. 이후 그 명의로 수입한 물품이 전혀 없는 점, ③ DDD테크의 직원인 송KK도 모든 생산시설은 DDD테크가 수입하여 자체 조립・제작하였다고 진술하고 있고, 원고는 DDD테크에 컨트롤러 장비를 제작・공급하였다고 주장하나 이 사건 각 세금계산서의 세부내역의 대부분은 일반적인 제품・부품거래로만 되어 있는 점, ④ DDD테크가 원고의 계좌로 송금한 매매대금은 즉시 CCC으로 송금되었고, 그 송금장소는 원고의 사업장 소재지가 아닌 DDD테크의 본점 소재지인 OO시 OO구 지역의 LL은행이며, 원고의 LL은행 계좌도 DDD테크에서 관리하고 있었던 점, ⑤ 원고가 DDD테크에 2009. 9. 1. 공급하였다는 결정성장 풀러 컨트롤러 90대에 대하여 2009. 12. 31. 기준 존재하지 아니한 것으로 되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 CCC으로부터 수취한 매입세금계산서 및 원고가 DDD테크에 교부한 매출세금계산서는 모두 재화의 공급 없이 작성된 허위의 세금계산서라고 판단된다. 이에 반하는 갑 제8호증의 1 내지 8, 갑 제13호증의 각 기재는 위와 같은 사정에 비추어 믿지 아니한다.

그리고 원고는 DDD테크와 CCC의 자전거래임을 알지 못한 선의의 거래당사자이므로 이 사건 처분은 위법하다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 세금계산서가 원고의 직접적인 실물 거래 없이 허위로 발행되고 수취된 것임이 분명하고, 원고는 오GG이 CCC을 통하여 수입하면 관세문제가 해결될 수 있다고 하여 CCC과 거래하였다고 주장하나 그 자체로 관세를 부과 받지 아니하기 위한 허위 세금계산서 발행의 고의가 있다고 보일 뿐만 아니라, 앞서 든 사정에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 각 세금계산서가 허위임을 전혀 알지 못한 채 단지 오GG에게 속아 발행 또는 수취한 것이라고 보기 어렵다.

따라서 이 사건 2처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.