가. 청구법인은 2006.11.29. 인터넷 정보 매개 서비스업을 영위할 목적으로 설립되어, 2010.11.29. 「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항에 따른 벤처기업으로 확인(유효기간 2010.11.29.～2013.3.31.) 받았고, 2008.3.13.부터 2013.3.28.까지 총 17회에 걸쳐 임직원에게 신주교부형 주식매수선택권을 부여하였으며, 2014.10.1. 청구법인은 상장법인인 주식회사 OOO에 흡수합병되었다.

당초 청구법인은 2014사업연도와 2015사업연도 법인세 신고시 위 신주발행형 주식매수선택권 행사이익에 대하여 손금을 산입하지 않았다가 2016.11.24. 이 행사이익은 손금에 해당하다는 취지의 경정청구OOO를 하였다.

나. 처분청은 위 신주발행형 주식매수선택권 행사이익에 대하여 청구법인을 기준으로 부여 당시 발행주식 총수의 100분의 10의 범위까지는 손비로 인정하여 2014사업연도 법인세 OOO 및 농어촌특별세 OOO, 2015사업연도 법인세 OOO 및 농어촌특별세 OOO는 환급하였으나 발행주식 총수의 100분의 10의 범위를 초과하는 주식매수청구권 행사차익 등은 손금산입 대상에 해당하지 않는다고 보아 2017.4.21. 청구법인에게 거부처분하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.6.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 발행주식 총수의 10% 한도 규정은 주식매수선택권을 부여한 법인을 기준으로 한 “총 부여한도 기준”이 아닌, 부여 받는 자를 기준으로 한 “동일 종업원에 대한 일인당 한도규정”으로 해석함이 타당하다.

(가) 개정 연혁, 일부 개정령(안) 입법예고, 개정세법 해설 자료에 의하면, 2008.12.26. 구 「조세특례제한법」제15조의 주식매수선택권 특례규정을 삭제하면서 주식매수선택권의 행사시 부당행위계산 부인의 적용을 배제하는 규정과 손비처리 인정요건을 「법인세법」으로 ‘단순 이관’하였는바, 손금산입 한도규정을 동일 종업원 기준에서 부여 법인을 기준으로 변경·개정하였다는 개정이유 등은 전혀 없었다 할 것이고, 개정제목 자체가 “주식매수선택권에 대한 과세특례의 법인세법 이관”이며, 개정 이유도 2006년 말 OOO 행사이익에 대한 소득세 비과세 폐지로 현행 조세특례의 내용은 「법인세법」상 부당행위계산부인의 적용 배제뿐임을 밝혔다.

(나) 구 「조세특례제한법」상 부여한도요건은 ‘발행주식 총수의 100분의 10의 범위 안에서’라고 하여 한도를 먼저 명시하고, 동 한도를 계산하는 단위를 ‘동일 종업원 등’으로 규정한 바, 「법인세법 시행령」개정 이후에도 해당 법령( 「법인세법 시행령」제20조 제1항 제3호) 전단에서 한도비율을 먼저 명시(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 주식매수선택권을 부여한 경우에 한정한다)한 것은 동일하며, 해당 법령 후단에서 그 한도비율을 적용받는 대상을 ‘부여받은 자’로 규정하고 있으므로, 문리해석상으로도 ‘부여받는 자’(동일 종업원)별로 발행주식 총수의 100분의 10 범위 내에서 부여받은 경우로 해석하는 것이 타당하다.

(다) 만약 발행주식 총수의 10% 한도를 주식매수선택권을 부여한 법인을 기준으로 한다면, 금융지주회사가 비상장 자회사의 임직원에게 주식매수선택권을 부여하고 자회사가 모회사에게 그 행사비용을 보전하는 경우, 금융지주회사가 자신의 임직원에게 부여한 주식매수선택권 행사차액의 손비인정한도는 발행주식 총수의 10%이나, 자회사가 모회사(금융지주회사)에 주식매수선택권 행사비용을 보전하는 경우 손금인정한도는 발행주식 총수의 15%로 모순이 발생하게 될 것인 바, 「법인세법 시행령」제20조 제1항 제3호에서 규정하는 발행주식 총수의 10% 한도 규정은 “주식매수선택권을 부여하는 법인의 총 부여한도규정”이 아니라 주식매수선택권을 부여 받는 자인 “동일 종업원에 대한 1인당 한도규정”으로 해석하여야 할 것이다.

(라) 「상법」상 일반법인(비상장법인), 상장회사 특례(주권상장법인) 및 특별법(벤처기업육성에 관한 특별조치법)에서 적용대상 회사별로 주식매수선택권의 부여한도를 달리 정하고 있는바, 벤처기업의 경우 자본금이 작아 발행주식 총수가 상대적으로 작고, 벤처기업 육성을 위한 우수인력 유치 등을 지원하기 위해 주식매수선택권의 부여한도를 발행주식 총수의 50%까지로 규정하고 있으나, 세법에서 주식매수선택권 행사이익에 대한 손비인정 한도를 일률적으로 법인의 총 발행주식 총수의 10%로 해석하게 된다면, 위「벤처기업육성에 관한 특별조치법」등의 입법 취지와도 상충되게 될 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 「법인세법 시행령」제20조 제1항 제3호에서 규정하는 발행주식 총수의 10% 한도 규정은 “주식매수선택권을 부여한 법인”을 기준으로 총 부여한도를 정하여야 할 것이다.

(가) 「법인세법 시행령」제20조 제1항 제3호에 따른 ‘ 조세특례제한법 제15조 제4호’가 삭제됨에 따라 삭제된 조문의 전반적인 내용을 시행령에 담은 사실에 대해서는 청구법인과 다툼이 없으나, 당초 근거법령인 구 「조세특례제한법」제15조 제2항 제5호에서 “창업법인 등이 발행주식총수의 100분의 10(벤처기업의 경우에는 100분의 20의 범위 안에서 대통령령이 정하는 율)의 범위 안에서 동일 종업원 등에게 주식매수선택권을 부여할 것”에서 개정된 「법인세법 시행령」제20조 제1항 제3호에서 “주식매수선택권(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 주식매수선택권을 부여한 경우에 한정한다)”라는 문구를 명확하고 구체적으로 기술하고 있다.

또한 개정세법 해설 ‘적용요건’을 기술한 부분에서도 종전 “1인당 발행주식총수의 10% 범위 내”에서 이를 개정하여 “손금산입 가능한 부여한도는 별도로 발행주식총수의 10%“로 명확하게 개정내용을 설명하고 있는바, 청구법인의 주장과 같이 ‘인별 발행주식총수의 10% 범위 내’라는 의미를 가진다면 구 「조세특례제한법」제15조에 규정된 법률 조항의 문구를 그대로 가져오면 되지 굳이 변경할 필요는 없었을 것이고, 단순히 개정세법 해설서 제목에 “이관”이라고 표현한 부분도 개정된 시행령의 전반적인 취지를 언급한 것으로 법률조항 전체에 구속력을 가진 표현이라고 볼 수는 없다.

(나) 청구법인은 「법인세법 시행령」제19조 제19호에 규정된 「금융지주회사법」에 의한 금융지주회사가 「상법」제542조의3 제2항 및 상법 시행령 제30조 제3항에 따라 발행주식총수의 100분의 15까지 자회사의 임직원에게 지급한 주식매수선택권은 손금산입 가능한 바, 「법인세법 시행령」제20조의 규정과 손금산입 한도가 달라 상호 모순이 발생한다는 주장이나,

「상법」제542조의3 규정에 따라 금융지주회사는 상장법인을 전제로 하고 있고, 상장법인인 금융지주회사가 자회사의 임직원 등에게 발행주식총수의 100분의 15까지 부여할 수 있으나, 현실적으로 금융지주회사의 임직원 및 자회사 임직원에게 발행주식총수의 100분의 15까지 주식매수선택권을 부여한 사례를 찾아보기 어려우며, 해외 모법인의 주식매수선택권의 경우도 ‘해외 모법인이 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여하거나 지급한 것’으로 한정( 법인세법 시행규칙 제10조의2 제3항 제2호)하고 있어, 추후 법 개정을 통해 금융지주회사의 경우도 주식매수선택권 부여한도를 100분의 10으로 제한하는 방향으로 법 개정이 필요한 것이지, 청구법인의 주장내용과 같이 ‘인별 10%한도 규정’으로 확대해석하는 근거로 보이지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

주식매수선택권의 부여 및 행사시 발행주식 총수의 100분의 10에 대한 손비한도 판단을 선택권을 부여한 법인을 기준으로 하는지 종업원을 기준으로 하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제20조[자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입] 다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상(計上)하는 것을 말한다. 이하 같다]한 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 성과급은 제외한다.

(2) 법인세법 시행령 제20조[성과급 등의 범위] ① 법 제20조 제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 성과급"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

3. 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 등(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여하거나 지급한 경우만 해당한다)을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각 목의 금액

가. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액

나. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액

(3) 법인세법 시행규칙 제10조의4[주식매수선택권 등의 범위] 영 제20조 제1항 제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 등"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 「중소기업창업 지원법」에 따른 창업자, 「기술신용보증기금법」에 따른 신기술사업자 및 주권상장법인이 부여하거나 지급한 주식매수선택권 등(주식매수선택권은 「상법」제340조의2에 따라 부여한 경우만 해당한다)

2. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항에 따른 벤처기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권 등(주식매수선택권은 같은 법 제16조의3에 따라 부여한 경우만 해당한다)

(4) 조세특례제한법(2008.9.26. 제9131호로 개정된 것) 제15조[주식매수선택권에 대한 과세특례] ① 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 「부품소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」제2조 제2호의 규정에 의한 부품소재전문기업(괄호 생략)으로서 대통령령이 정하는 내국법인과 「증권거래법」에 의한 주권상장법인 또는 코스닥상장법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "창업법인 등"이라 한다)이 해당법인의 종업원(벤처기업 및 부품소재전문기업의 경우 대통령령이 정하는 자를 포함한다. 이하 이 조에서 "종업원 등"이라 한다)에게 주식매수선택권을 부여하고 이를 행사하게 함에 따라 그 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우에는 「법인세법」제52조의 규정에 불구하고 해당법인에 대하여는 부당행위계산의 부인을 적용하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 주식매수선택권은 다음 각호의 요건을 갖춘 것에 한한다.

1. 창업법인 등이 당해 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량매수가액대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회 또는 이사회의 결의를 거쳐 당해 종업원 등과 약정한 것일 것

2. 제1호의 규정에 의한 주식의 매수가액이 대통령령이 정하는 가액 이상일 것

3. 제1호의 규정에 의한 주식매수선택권이 다른 사람에게 양도할 수가 없는 것일 것

4. 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년이 경과한 후에 주식매수선택권을 행사하는 것일 것. 다만, 창업법인 등의 종업원의 경우에는 사망 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 인정되는 경우를 제외하고는 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년 이상 근무한 후 행사하는 것에 한한다.

5. 창업법인 등이 발행주식총수의 100분의 10(벤처기업의 경우에는 100분의 20의 범위 안에서 대통령령이 정하는 율)의 범위 안에서 동일 종업원 등에게 주식매수선택권을 부여할 것

(5) 상법 제340조의2[주식매수선택권] ① 회사는 정관으로 정하는 바에 따라 제434조의 주주총회의 결의로 회사의 설립경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자(피용자)에게 미리 정한 가액(이하 "주식매수선택권의 행사가액"이라 한다)으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 "주식매수선택권"이라 한다)를 부여할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가액이 주식의 실질가액보다 낮은 경우에 회사는 그 차액을 금전으로 지급하거나 그 차액에 상당하는 자기의 주식을 양도할 수 있다. 이 경우 주식의 실질가액은 주식매수선택권의 행사일을 기준으로 평가한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 제1항의 주식매수선택권을 부여할 수 없다.

1. 의결권 없는 주식을 제외한 발행주식총수의 100분의 10 이상의 주식을 가진 주주

③ 제1항에 따라 발행할 신주 또는 양도할 자기의 주식은 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과할 수 없다.

(6) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3(벤처기업의 주식매수선택권) ① 주식회사인 벤처기업은 「상법」제340조의2부터 제340조의5까지의 규정에도 불구하고 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회의 결의가 있으면 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중 해당기업의 설립 또는 기술·경영의 혁신 등에 기여하였거나 기여할 능력을 갖춘 자에게 특별히 유리한 가격으로 신주를 매수할 수 있는 권리나 그 밖에 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 기업의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 이조에서 “주식매수선택권”이라 한다)를 부여할 수 있다. 이 경우 주주총회의 결의는 「상법」제434조를 준용한다.

1. 벤처기업의 임직원(대통령령으로 정하는 자는 제외한다)

2. 기술이나 경영능력을 갖춘 자로서 대통령령으로 정하는자

⑦ 주식매수선택권을 부여한 벤처기업이 주식매수선택권을 부여받은 자에게 내줄 목적으로 자기주식을 취득하는 경우에는 「상법」제341조의2 제1항 본문에도 불구하고 발행주식 총수의 100분의 10을 초과할 수 있다.

(7) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령 제11조의3(주식매수선택권의 부여방법 등) ⑥ 주식매수선택권을 부여할 수 있는 주식의 총 한도는 해당 벤처기업이 발행한 주식총수의 100분의 50으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 아래 국세청이 발행한 개정세법 비교표를 제시하면서 구 조세특례제한법 제15조 제2항 제5호 등을 근거로 주식매수선택권을 부여 받은 종업원 1인당 법인 발행주식 100분의 10을 기준으로 한 행사차액을 손금산입하여야 한다고 주장한다.

(2) 개정이유

ㅇ 2006년말 Stock Option 행사이익에 대한 소득세 비과세 폐지로 현행 조세특례의 내용은 ‘법인세법상 부당행위계산부인의 적용 배제 뿐인 점을 감안

(3) 적용시기 및 적용례

ㅇ 2009.1.1. 이후 최초로 부여받는 주식매수선택권부터 적용

ㅇ 2008.12.31. 이전에 부여받은 주식매수선택권에 대하여는 종전의 조특법 규정을 적용

OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 보면, 구 「조세특례제한법」제15조 제2항 제5호는 「상법」제340조의2 제2항 제1호를 세법에 규정한 것으로, 이 호는 주식매수선택권 부여당시 이미 법인 주식을 10% 이상 보유한 자에게는 주식매수선택권을 부여하지 못하거나 종업원 1인당 주식매수선택권을 10% 이하로 부여하라는 의미이지, 주식매수선택권 행사차익 중 종업원 1명당 법인의 총 발행주식의 10%를 부여하는 경우 그 만큼 손금으로 인정해 주겠다는 것으로 해석되지 않는 점, 당초 구 조세특례제한법 제15조를 적용할 때부터 법인이 발행한 총 주식의 10% 이내에서 부여된 주식매수선택권이 향후 행사되었을 때 행사가액과 시가의 차액을 법인의 손금에 산입하여 주겠다는 것이고, 「법인세법」으로 이관된 이후에도 동일한 내용으로 판단되는 점,

또한 이 건 주식매수선택권이 부여될 당시의 법령은 「법인세법」 제20조 및 같은 법 시행령 제20조로, 법상 ‘해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여한 경우만’ 손비의 금액으로 한다고 명시되어 있고, 「상법」 제340조의2 제3항에서도 주식매수선택권 부여에 따라 발행할 ‘신주 주식은 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과할 수 없다’라고 규정되어 있는 점 등에 비추어, 발행주식 총수의 10% 한도를 주식매수선택권을 부여한 법인 기준이 아닌 부여받는 자를 기준으로 하여 발행주식 총수의 100분의 10 범위 내에서 손금을 산입하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.