2. 원고의 항소를 기각한다.

3. 소송총비용중 보조참가로 인한 부분은 원고 보조참가인이, 나머지 비용 중 3/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 2013. 11. 11. 원고에 대하여 한 부가가치세 2008년 2기분 ○○○원, 2009년 1기분 ○○○원, 2009년 2기분 ○○○원, 2010년 1기분 부가가치세 가산세 ○○○원, 2010년 2기분 ○○○원, 2011년 2기분 ○○○원(각 가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2013. 11. 11. 원고에 대하여 한 별지 1 부과처분표의 '원 세액' 부분 기재 각 과세처분 중 본세 부분(2010년 1기분 제외)을 모두 취소한다.

나. 피고

제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소한다. 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

가. ○○시장은 2004. 11. 20. 낙후된 취락지역을 개발, 정비하여 주거환경을 개선하고 공공임대주택을 건립하여 서민주거생활 안정에 기여할 목적으로, 사업시행자를 원고 보조참가인 CC 공사(이하 'CC공사'라고 한다)로 지정하여 ○○시 ○○구 ○○동, 오류동 일대 485,076.5㎡를 DD 도시개발구역으로 지정하고 개발계획을 수립하였다.

나. CC공사는 2007. 2. 8. DD지구(이하 '이 사건 사업지구'라 한다) 전체 면적에 관하여 도시개발사업의 단지조성공사를 입찰에 부쳤는데, 원고와 주식회사 BB건설이 시공자로 선정되었다. 이에 따라 원고와 주식회사 BB건설은 2007. 4. 11. CC공사와 사이에 이 사건 사업지구 도시개발사업 단지조성공사에 관한 공사도급계약(이하 '이 사건 계약'이라 한다)을 체결하였는데, 전체 공사는 토공사, 우수공사, 오수공사, 상수도공사, 포장공사, 구조물공사 및 문화재 시굴조사(이하 '이 사건 공사'라 한다) 등으로 구성되어 있었다.

다. 이 사건 사업지구 중 CC공사가 유상으로 공급하는 주택건설용지에는 주택법 제2조 제3호에서 정한 '국민주택의 건설을 위하여 공급되는 부분이 포함되어 있는데, 당초 이 사건 계약에서는 우수공사비, 오수공사비, 상수도공사비, 포장공사비, 구조물공사비, 문화재 시굴조사비는 전부가 부가가치세 과세대상인 것으로 하고, 토공사와 그 부대공사비는 조세특례제한법 제106조에 따라 직접공사비에 전체 공사면적에서 국민주택 부지면적이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액이 국민주택 건설용역의 공급가액으로서 부가가치세가 면제되고 나머지만 부가가치세의 과세대상인 것으로 하였다. 그러나, ○○시는 CC공사가 시행하는 국민주택건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안에 대하여 검토한 결과, 한 사업지구 내에서 국민주택규모의 국민주택과 그 초과규모의 공동주택을 함께 건설하는 경우 '전체 건설용역에 대한 부가가치세 중 총유상공급 면적에서 국민주택건설용지 면적이 차지하는 비율에 상응하는 부가가치세'는 면제된다는 결론을 내리고, 2007. 9. 3.경 CC공사에게 위와 같은 결론에 따라 아직 부가가치세 상당액이 지급되지 않은 국민주택 건설사업과 관련하여서는 시공사와의 설계변경을 통해 공사대금 감액조치를 취하라고 지시하였다.

"라. CC공사는 위와 같은 ○○시의 지침에 따라 2007. 12. 17. 원고 및 주식회사 BB건설과 사이에 총 택지개발공사비에 이 사건 사업지구의 유상공급부지면적에서 국민주택부지면적이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액이 국민주택 건설용역의 공급가액으로서 부가가치세가 면제되고 나머지만 부가가치세의 과세대상인 것으로 변경계약(이하 '이 사건 변경계약'이라 한다)을 체결하였다.",마. 원고는 이 사건 변경계약에 따라 과세부분에 대해서는 세금계산서를, 면세부분에 대해서는 계산서를 각 발행하고, 그에 따라 부가가치세를 신고・납부하였다.

바. ○○지방국세청장은 CC공사에 대하여 법인정기조사를 실시한 결과 원고가 CC공사에 공급한 택지조성공사용역은 아파트 건설용역이 아닌 택지조성만을 위하여 CC공사로부터 별도로 도급받아 수행한 것으로서 국민주택단지 조성과 직접 관련이 없으므로 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제4호에 따라 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역에 해당하지 아니한다고 보고 관련 과세자료를 피고에게 통보하였다.

사. 이에 따라 피고는 원고가 이 사건 공사와 관련하여 CC공사에 교부한 계산서 금액을 부가가치세 과세분 공급대가로 보고 2013. 11. 11. 원고에게 별지 1 부과처분표의 '당초 경정' 부분 기재와 같이 부가가치세를 경정・고지하였다.

아. 원고는 이에 불복하여 2014. 2. 10. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 피고는 심판이 진행중이던 2014. 2. 25. 2008년 2기분을 제외한 나머지 부분에 관하여 원고의 당초 부가가치세 신고・납부시 면세분 매입세액으로 매출세액에서 불공제하였던 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 합계 ○○○원을 감액경정하였고, 조세심판원이 2014. 9. 17. '피고가 감액경정에서 제외하였던 2008년 2기분 부가가치세의 면세분 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 원고의 나머지 청구는 기각한다'고 결정함에 따라, 2014. 9. 29. 2008년 2기분 부가가치세에 대하여 감액경정을 하였다(별지 1 부과처분표의 '1차 감액' 부분 참조).

자. 피고는 이 사건 소가 제기된 후 1차 감액 과정에서의 오류를 발견하고 2015. 3. 30. 2차 감액경정을 하였다(별지 1 부과처분표의 '2차 감액' 부분 참조, 이하 2차 감액에 따라 최종적으로 경정된 부가가치세 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13, 16 내지 18호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 가산세 부분에 관한 직권판단

기록에 의하면, 피고는 2016. 7. 21. 제1심 판결의 취지에 따라 이 사건 처분 중 별지 1 부과처분표의 각 가산세를 모두 직권취소한 사실을 알 수 있으므로, 결국 원고의 이 부분 소는 이미 소멸하고 없는 처분에 대하여 취소를 구하는 것이 되어 그 소의 이익이 없어 부적법하게 되었다.

3. 이 사건 처분 중 본세 부분의 위법여부

가. 원고의 주장

1) 주위적으로, 이 사건 공사 중 택지 조성 공사용역은 주택이 건설되기 위하여 필수적으로 수반되어야 하는 용역으로서, 주택 건설용역의 일부를 이루고 있는 것이므로 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호가 정한 용역에 해당한다. 설령 이 사건 공사가 국민주택 건설용역 자체가 아니라고 하더라도, 통상적으로 국민주택 건설용역에 부수하여 공급되는 용역에 해당하므로, 위 규정 및 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제3항에 따라 부가가치세가 면제되어야 한다. 또한, 원고는 국세청의 공적 견해표명과 ○○시 및 그 산하 공기업인 CC공사의 견해를 신뢰하고 CC공사의 요구에 따라 과세부분과 면세부분을 나누어 각각 세금계산서 및 계산서를 발행한 후 그에 따라 부가가치세를 신고・납부한 것이므로, 이 사건 처분은 신뢰보호원칙에 반하여 위법하다.

2) 예비적으로, 피고는 원고가 수행한 공사용역 전체가 과세대상임을 전제로 이 사건 처분을 하였으나, 적어도 원고가 수행한 이 사건 공사 중 토공 및 부대공의 경우에는 공급대가 중 전체 공사 면적에서 국민주택 건설용지 면적이 차지하는 비율에 해당하는 부분에 대하여는 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 따라 부가가치세가 면제되어야 한다.

나. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 아래와 같이 일부 내용을 고쳐 쓰거나 추가하는 것 외에는 제1심 판결문 제6쪽 제3행부터 제12쪽 제11행까지의 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

<고쳐 쓰거나 추가하는 내용>

제6쪽 제17행부터 제7쪽 제6행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

① CC공사는 DD 도시개발사업의 시행자로서 사업지구내 토지를 수용 또는 사용하여 도시개발사업을 시행하는데, 그 도시개발사업에 따른 토지이용계획 및 기반시설계획에 의하면, 사업지구내 토지는 주택건설용지(단독주택용지, 공동주택용지, 근린생활시설용지)와 공공시설용지(도로, 주차장, 광장, 공원, 녹지, 학교, 공공청사, 체육시설, 교육시설, 사회복지시설, 자족시설, 종교시설 등)로 구성되고, CC공사는 주택건설용지에 공공임대주택과 분양주택을 건설하여 공급하게 된다. 그런데, 이 사건 공사는 CC공사의 개발계획 및 실시계획에 따른 일련의 사업시행과정에서 CC공사로부터 도급받아 시행하는 사업지구내 단지조성공사로서 이 사건 사업지구 전부에 대한 토공사, 우수공사, 오수공사, 상수도공사, 포장공사, 구조물공사, 문화재 시굴조사 등인바, 이러한 단지조성공사 단계에서는 국민주택단지(공공임대주택단지와 전용면적 85㎡이하의 분양주택단지)의 위치나 면적이 구체적으로 확정되었다고 볼 수 없는 것이어서 원고의 주장과 같이 주택 건설에 필요하고 수반된다는 이유로 이러한 공사 단계에서부터 국민주택 건설용역에 모두 포함된다고 볼 경우, 위와 같이 주택건설용지가 아닌 공공시설용지의 건설 공사를 포함하여 면세의 범위가 무분별하게 확대될 위험이 있다.

② 원고가 제공한 용역(공사)은 이 사건 사업지구 전부에 대한 토공사, 우수공사, 오수공사, 상수도공사, 포장공사, 구조물공사, 문화재 시굴조사 등으로서 비록 이 사건 사업계획에 의하여 이 사건 사업지구 내에 국민주택(공공임대주택과 전용면적 84㎡이하의 분양주택)의 건축이 예정되어 있다하더라도 이러한 국민주택의 건축과 공급은 원고의 용역(공사)이 종료된 이후의 사정으로 사업계획상 이 사건 사업지구 내에 국민주택용지가 포함되어 있다는 사정만으로 원고의 용역을 국민주택 건설용역에 포섭할 수는 없다. 즉 원고는 국민주택의 건축을 위하여 그에 필수적인 택지조성과 관련된 공사를 하였다기보다 전체 사업단지의 조성과 관련된 공사용역을 제공한 것 뿐이고, 그 후 그 중 일부 토지에 국민주택이 건축되어 공급된 것이다.

제7쪽 제7행 "②"를 "③"으로, 제17행 "③"을 "④"로, 제8쪽 제2행 "④"를 "⑤"로 각고친다.

제8쪽 제9행 아래에 다음의 내용을 추가한다.

다) 원고 및 원고 보조참가인은 구 조세특례제한법 시행령 제106조 제4항 제2호는 국민주택 건설용역의 범위에 관하여, "「건설산업기본법」・「전기공사업법」・「소방법」・「정보통신공사업법」・「주택법」・「하수도법」및「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것"이라고 규정하고 있는바, 이와 같이 국민주택 건설용역에는 직접 국민주택을 건축하는 용역뿐만 아니라 구 「건설산업기본법」에 의하여 토목공사업 등록을 한 자가 공급하는 토목공사용역, 「하수도법」에 따라 등록한 자가 공급하는 용역 등과 같이 직접 국민주택 그 자체를 건축하는 용역에는 해당하지 않더라도 국민주택을 건설하기 위한 필수용역을 국민주택 건설용역의 범위에 포함되는 것을 전제로 규정하고 있는바, 이 사건 공사 중 토목공사용역과 오수공사용역 등은 국민주택 건설용역이 포함된다고 주장하나, 구 조세특례제한법 시행령 제106조 제4항 제2호는 "제1호(제51조의 2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택)의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서" "「건설산업기본법」・「전기공사업법」・「소방법」・「정보통신공사업법」・「주택법」・「하수도법」및「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것"이라고 규정하고 있어, 일반적으로 "「건설산업기본법」・「전기공사업법」・「소방법」・「정보통신공사업법」・「주택법」・「하수도법」및「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것"을 모두 국민주택의 건설용역으로 본다는 취지가 아니라, 국민주택의 건설용역을 공급하는 과정에서의 위와 같은 용역을 국민주택 건설용역에 포함시킨다는 취지라 할 것이므로 위 주장은 받아들일 수 없다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 가산세 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 본세부분에 대한 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결 중 가산세 부분을 취소하고 이 부분 소를 각하하며, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.