2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 이를 10분하여 그 1은 원고, 나머지는 피고가 각 부담한다.

[인정근거: 갑 1의 1~3, 갑 2의 1, 2, 갑 3의 3, 4, 갑 5의 1, 을 1의 1, 2, 을 2의 1, 2, 을 3의 1, 2, 을 5의 1, 2, 을 6, 을 7의 7, 변론의 전취지]

가. 주식회사 테라(이하 소외 회사라고 한다)는 컴퓨터 및 주변기기 제조도매업을 영위하는 회사로서 1997. 6. 26. 한국증권업협회에 등록되어 있다.

나. 2001. 11. 21.부터 2001. 12. 1.까지 서초세무서에서 실시한 소외 회사 주식 관련 양도소득세 실사결과, 원고가 1999. 9. 16. 소외 회사의 대주주인 소외 1로부터 소외 회사의 주식 290,000주를 위 협회중개시장을 통하지 않고 장외거래방식으로 양도받아 1999. 9. 21.부터 1999. 10. 27.까지 기간 중 전량 위 협회중개시장을 통해 매각하였고, 1999. 9. 16. 소외 회사가 발행한 미화 300만 달러 상당의 해외전환사채를 취득한 후 그 중 210만 달러 상당의 해외전환사채에 대하여 전환권을 행사함으로써 1999. 10. 29. 1주당 3,510원의 전환가격으로 713,581주를 취득하여 같은 날 290,000주는 소외 1에게, 14,191주는 소외 2에게 각 장외거래방식으로 양도하고 나머지 409,390주는 1999. 11. 2.부터 1999. 11. 9.까지 기간 중 전량 위 협회중개시장을 통하여 매각한 사실이 확인되었다.

다. 이에 피고는 원고가 1999. 10. 29. 소외 1, 2에게 각 양도한 주식 합계 304,191주에 대하여 양도당일 한국증권업협회가 공표한 거래기준가격(1주당 7,490원)으로 증권거래세 과세표준을 계산하고 원고가 1999. 9. 21.부터 1999. 11. 9.까지 양도한 주식 합계 1,003,581주에 대하여 각 양도일 현재 한국증권업협회가 공표한 최종시세가액을 양도가액으로 하여 2002. 6. 1. 원고에게 1999년 귀속 증권거래세 7,518,680원, 1999년 귀속 양도소득세 482,131,349원 및 주민세 48,213,130원을 각 부과하였다.

라. 그 후 원고가 위 각 부과처분에 대한 국세심판청구를 제기하여, 2003. 3. 24. 소외 1, 2에게 양도한 주식에 대한 증권거래세의 과세표준을 한국증권업협회가 공표한 양도일의 거래기준가격(1주당 7,490원)에서 같은 협회가 정한 가격제한폭(10%)의 금액을 차감한 가액(1주당 6,741원)으로 경정하고, 1999. 11. 5.부터 1999. 11. 9.까지 양도한 주식 합계 299,390주를 양도소득세 과세대상에서 제외하며, 소외 1, 2에게 양도한 주식에 대한 양도소득세를 계산함에 있어 위 증권거래세의 과세표준을 양도가액으로 하여 과세표준과 세액을 경정하라는 국세심판결정이 내려졌다.

마. 그리하여, 피고는 2003. 4. 30.경 원고에게 1999년 귀속 증권거래세를 6,835,170원으로, 1999년 귀속 양도소득세 및 주민세를 186,021,760원 및 18,602,170원으로 각 감액경정하여 고지하였다(이하 감액경정된 위 각 부과처분을 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

2. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 처분의 적법여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

(1) 원고가 1999. 10. 29. 소외 1에게 양도한 주식 290,000주는 1999. 9. 16. 소외 1로부터 차용하였다가 반환한 주식이어서 주권을 목적물로 하는 소비대차에 해당되어 증권거래세가 비과세된다고 할 것이므로 피고가 이를 포함하여 증권거래세를 부과한 것은 위법하다. 따라서 원고가 1999. 10. 29. 양도한 주식 중 증권거래세 부과대상이 되는 주식은 소외 2에게 대물변제조로 양도한 14,191주에 한정된다고 할 것인바, 이 경우 원고가 납부하여야 할 정당한 세액은 318,870원(=6,835,170원×14,191/304,191)으로 계산되므로 이를 초과하는 증권거래세액은 취소되어야 한다.

(2) 원고가 1999. 10. 29. 소외 1에게 상환한 주식 290,000주는 취득당시 실지거래가액은 확인할 수 있으나, 양도가액은 그것이 매매된 것이 아니기 때문에 그 실지거래가액이 존재할 수 없는 경우이므로 구 소득세법 제100조 단서 및 같은 법 시행령 제166조 제2항 제1호 나목 에 의하여 환산가액{취득당시의 실지거래가액×양도당시의 기준시가/취득당시의 기준시가}으로 계산하여야 한다.

그런데, 위 주식의 취득일과 양도일이 동일하여 취득당시와 양도당시의 기준시가가 동일하게 산정되고, 따라서 양도가액과 취득가액이 동일하여 양도차익이 발생하지 아니하므로 위 290,000주의 양도에 대하여 양도소득세를 부과한 것은 위법하다.

(3) 원고가 1999. 10. 29. 소외 2에게 양도한 14,191주와 1999. 11. 2.부터 11. 4.까지 양도한 110,000주에 대한 양도차익을 계산함에 있어서, 피고는 전환권을 행사한 시점의 전환가격인 1주당 3,510원으로 취득가액을 계산하였으나, 취득가액은 해외전환사채를 취득하여 주식으로 전환할 때까지 실제 소요된 금액을 전환된 주식수로 나누어 계산함이 정당하므로 환전가액 3,591,600,000원, 환전수수료 7,183,200원, 사채전환에 따른 전환수수료 120,300원 등 합계 3,598,903,500원 중 전환비율(70%) 상당액 2,519,232,450원을 전환주식수로 나눈 3,530원을 1주당 취득가액으로 보아야 한다.

따라서 1주당 3,530원을 취득가액으로 보아 양도차익을 계산할 경우의 양도소득세 75,175,690원 및 주민세 7,517,560원을 초과하는 양도소득세액 및 주민세액은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 판단

(1) 증권거래세 부과처분에 대한 판단

을 3의 1, 2, 을 4, 을 5의 1, 2, 을 6의 각 기재에 변론의 전취지를 모아보면 원고는 1999. 9. 16. 소외 1과 사이에 원고가 취득한 소외 회사 발행의 미화 300만 달러 상당의 해외전환사채를 담보로 소외 회사 발행의 보통주식 290,000주를 장외대차방식으로 차용하고 1999. 12. 27. 이전에 소외 회사 발행의 보통주식 290,000주를 상환하되 상환하는 주식은 당초의 대차주식과 동일한 주식임을 요하지 않으며, 소정의 대차수수료{대차 전일의 종가×대차주식수×연리 2.5%×(대차일부터 상환일까지의 기간에 해당하는 일수)/365}를 지급한다는 내용의 주식대차약정을 체결하고, 같은 날 소외 1로부터 소외 회사 발행의 보통주식 290,000주를 교부받아 이를 모두 한국증권업협회중개시장에서 매각한 후, 해외전환사채에 대한 전환권 행사로 취득한 소외 회사 발행의 보통주식 290,000주를 2002. 10. 29. 소외 1에게 교부한 사실을 인정할 수 있고 을 8의 1, 2, 을 9의 1, 2, 을 10의 1~11의 각 기재는 위 인정에 방해가 되지 아니하며 달리 반증 없다.

위 인정사실에 의하면 원고가 소외 1에게 소외 회사의 주식 290,000주를 양도한 것은 주권을 목적물로 하는 소비대차약정에 기한 것이므로 구 증권거래세법(2000. 12. 29. 법률 제6302호로 개정되기 전의 것) 제6조 제4호 , 같은 법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17040호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제1호 에 의하여 위 주식양도에 대하여는 증권거래세를 부과할 수 없다 할 것이고, 따라서 이를 포함하여 증권거래세를 부과한 것은 위법하다 할 것이니 원고의 위 주장은 이유 있다.

(2) 양도소득세 부과처분에 관한 판단

(가) 먼저, 원고가 1999. 10. 29. 소외 1에게 양도한 290,000주에 대한 양도소득세 부과처분에 대하여 살펴본다.

구 소득세법(1999. 12. 28. 법률 제6051호로 개정되기 전의 것) 제94조 제4호 , 제95조 제1항 , 제5항 , 제97조 , 제99조 제1항 제2호 , 제100조 제1항 , 제3항 , 같은 법 시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 것) 제157조 제5항 제1호 , 제166조 제1항 , 제2항 제1호 나목 에 의하면, 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식을 한국증권업협회중개시장을 통하지 아니하고 양도하는 경우 양도가액에서 취득가액과 대통령령이 정하는 필요경비를 공제한 양도차익이 양도소득금액이 되고, 양도차익을 계산함에 있어서 취득가액을 실지거래가액에 의하는 때에는 양도가액도 실지거래가액에 의하여야 하나, 취득가액의 실지거래가액만을 확인할 수 있고 양도가액의 실지거래가액은 확인할 수 없는 때에는 취득가액은 실지거래가액에 의하고, 양도가액은 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액 즉, 취득당시의 실지거래가액×(양도당시의 기준시가/취득당시의 기준시가)에 의하여 계산한 금액이 된다.

이 사건에 있어서 원고가 1999. 10. 29. 위 소비대차약정에 따라 한국증권업협회중개시장을 통하지 않고 소외 1에게 양도한 290,000주는 같은 날 원고가 1주당 3,510원의 전환가격으로 취득한 713,581주의 일부임은 앞서 본 바와 같으므로 취득시의 실지거래가액은 확인할 수 있으나, 양도시의 실지거래가액은 확인할 수 없는 경우에 해당하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액을 양도가액으로 보아 양도차익을 계산하여야 할 것인데, 그 취득일과 양도일이 동일하여 취득당시와 양도당시의 기준시가가 동일하게 산정되기 때문에 대통령령이 정하는 방법에 따라 환산하면 양도가액이 취득가액과 동일하게 되어 양도차익이 발생하지 아니한다 할 것이므로 이에 대하여 양도소득세를 부과한 것은 위법하다 할 것이니, 원고의 위 주장은 이유 있다.

피고는, 위와 같이 양도가액을 산정할 경우 증권거래세 부과처분에서의 양도가액과 양도소득세 부과처분에서의 양도가액이 달라지게 되어 불합리하다고 주장하나, 이는 조세부과목적과 법에서 규정한 세액산출방법이 서로 다름에서 기인하는 것이어서 불합리하다고 할 수 없을 뿐만 아니라 양도가액이 다를 경우 소득세법이 아니라 증권거래세법에서 규정한 양도가액으로 통일하여야 할 합리적 이유도 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

(나) 다음, 양도차익을 계산함에 있어서 취득가액을 1주당 3,530원으로 계산하여야 한다는 주장에 대하여 살펴본다.

구 소득세법 제95조 제1항 , 제5항 , 제97조 제1항 , 제3항 제1호 , 제5항 에서는 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제한 금액으로 하고, 이 때의 필요경비란 취득에 소요된 실지거래가액과 대통령령이 정하는 설비비와 개량비, 자본적 지출액, 양도비를 말하며, 취득에 소요된 실지거래가액의 범위와 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 이에 따라 같은 법 시행령 제163조 에서는 필요경비에 관하여 상세하게 규정하고 있다.

그런데, 원고가 주장하는 환전수수료나 전환수수료는 구 소득세법 제97조 제1항 , 제3항 제1호 , 같은 법 시행령 제163조 에서 규정한 취득에 소요된 실지거래가액이나 대통령령이 정하는 설비비와 개량비, 자본적 지출액, 양도비 중 어디에도 해당하지 아니하므로, 이를 취득가액 또는 양도차익을 산정함에 있어 참작하여야 한다는 원고의 위 주장은 이유 없다.

(3) 정당세액

소외 1에게 양도한 주식 290,000주를 과세표준에서 제외하여 원고의 증권거래세 및 양도소득세의 정당한 세액을 계산하면, 별지 증권거래세 세액계산표 및 양도소득세 세액계산표 기재와 같이 된다(주민세 소득세할의 표준세율은 소득세액의 100분의 10이다).

다. 소결론

따라서 이 사건 각 처분은 위 각 정당세액을 초과하는 범위 내에서 위법하므로 원고가 구하는 바에 따라 증권거래세 부과처분 중 318,870원을 초과하는 부분, 양도소득세 부과처분 중 75,734,757원을 초과하는 부분, 주민세 부과처분 중 7,573,475원을 초과하는 부분은 각 취소되어야 한다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유없어 이를 기각한다.

판사 유남석(재판장) 김용관 왕정옥

판사 김용관 전출로 인하여 서명날인 불능

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