청구인은OOOOO OOO OOO OOOO OOOOO OO OOOO를 1992.5.12. 취득하여 OOOOOOO OOOOO의 조합원으로 참여하여 OOOOO OOO OOO OOOOOO OOOOOOOO OOOO OOOOO(건물 114.09㎡ 대지 45.69㎡, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2002.9.4. 분양계약을 체결하고 2004.12.14. 사용승인을 받아 2005.2.4. 취득 소유권보존등기를 한 후 2006.12.7. 1,150,000,000원에 양도하고 2007.2.28. 양도소득세 예정신고하면서 양도소득세 104,010,140원을 납부하였다.

그 후 청구인은 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 의하여 양도소득세 감면대상에 해당한다고 보아 쟁점아파트에 대하여 기납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

이에처분청은자기가 건설한 신축주택의 경우 당해 거주자가 신축주택 취득기간(2001.5.23～2003.6.30)내에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에 한하여 양도소득세 감면대상이 되는 것이나 쟁점아파트의 경우 2004.12.14. 사용승인을 받아 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한다는 이유로 2007.7.20. 경정청구 거부통지 하였다.

청구인은 이에 불복하여 2007.10.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제1호는 일반 분양분에 대한 감면을 규정하고, 제2호는 조합원 취득분에 대한 감면을 규정하고 있고, 쟁점아파트와 같이 조합원 취득분과 일반 분양분이 함께 있는 경우 일반 분양분에 대하여는 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항의 규정에 의거 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.) 경과 후에 사용승인을 받아도 감면을 인정하면서 조합원 분양분에 대해서는 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인을 받았다 하여 감면을 배제하는 것은 형평에 맞지 아니하며, 쟁점아파트는 조합원의 주택으로서 2001.12.13.에 일반분양이 있고 청구인은 2002.9.4. 조합원의 자격으로 소라아파트 재건축조합으로부터 분양계약을 체결하여 2005.2.4. 준공되었으므로 신축주택 취득기한 경과 후에 사용승인을 받더라도 감면대상에 해당되는 주택이므로 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점아파트를 조합원 자격으로 취득하였으므로 쟁점아파트는 자기가 건설한 신축주택에 해당하고, 자기가 건설한 신축주택은 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조 제1항의 규정에 의하여 개정법령의 시행일인 2003.1.1. 전에 사용승인 또는 사용검사를 받아야 하나, 2004.12.14.에 사용승인을 받았으므로 양도소득세 감면요건을 충족하지 못하고 있고, 청구인은 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제1호 및 제2호와 같은 법시행령 제99조의 3 제3항 규정을 잘못 해석한 것으로 청구인 주장은 받아들이기 어려우므로 처분청이 쟁점아파트의 양도에 양도소득세의 감면을 배제하고 경정청구 거부한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

주택조합 조합원이 취득한 신축주택에 대하여 당해 조합에서 조세특례제한법시행령 제99조의 3 제3항 제2호 단서의 규정에 의한 일반분양을 한 사실이 있는 경우 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 규정을 적용하여 양도소득세 감면특례를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제99조의 3(2002.12.11. 법률 제6762 호로 개정된 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 신축주택취득기간 이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법시행령 제99조의 3(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정된 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 지역 이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정 고시된 분당 일산 평촌 산본 중동 신도시지역을 말한다.

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 대통령령이 정하는 주택 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 "주택조합 등" 이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 잔여주택 이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 신축주택취득기간 이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원( 도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

(3) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호) 부칙 제1조【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.

(4) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호) 부칙 제2조【일반적 적용례】② 이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

(5) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호) 부칙 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

(6) 조세특례제한법 제99조의 3(2002.12.11. 법률 제6762 호로 개정되기 전의 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(7) 조세제한특례법시행령 제99조의 3(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 대통령령이 정하는 주택 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 주택조합 등 이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택” 이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 신축주택취득기간 이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원( 도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

(8) 소득세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정된 것) 제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택 이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

(9) 소득세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제156조【고급주택의 범위】법 제89조 제3호에서 거주용건물의 연면적 가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면 다음의 사실이 인정된다.

(가) 청구인이 양도한 쟁점아파트는 OOOOOOO OOOOO에 의하여 재건축하여 2004.12.14. 사용승인을 받아 2005.2.4. 소유권보존 등기된 주택으로서 청구인은 조합원 자격으로 2002.9.4. 재건축조합과 쟁점아파트의 분양계약을 체결하였고, 조합원 이외의 자에 대한 일반분양분은 2001.12.13. 공개 분양하였다.

(나) 쟁점아파트는 전용면적이 114.09㎡이고 2006.12.7. 1,150백만 원에 양도한 것으로서 2002.12.30. 소득세법시행령 제156조의 개정으로 양도당시 고가주택에 해당되나 개정 이전의 규정에 의한 고급주택에는 해당되지 아니한다.

(다) 쟁점아파트는 서울특별시에 소재하고 있어 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 및 2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전 같은 법 시행령 제99조의 3 제1항에서 규정한 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 양도소득세의 감면을 배제하는 지역 내의 신축주택에 해당한다.

(2)처분청은 청구인이 재건축조합의 조합원 자격으로 취득한 쟁점주택의 경우 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 경우에 해당하므로 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.) 내에 사용승인(임시사용승인 포함)을 받아야 양도소득세 감면대상에 해당한다는 의견이고, 청구인은 주택조합 등이 조합원 이외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 있는 경우에는 조합원 분양분에 대해서도 조세특례제한법시행령 제99조의 3 제3항 제2호의 규정에 의거 일반 분양분과 같이 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제1호의 양도소득세 감면규정을 적용하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(가) 조세특례제한법 제99조의 3 제1항에서 제1호는 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택을, 같은 조 같은 항 제2호는 자기가 건설한 신축주택의 경우를 규정하고 있으며, 위 제1호와 제2호 모두 주택조합 등의 조합원이 취득하는 주택의 경우를 포함하고 있다.

(나) 자기가 건설한 신축주택은 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조 제1항의 규정에 의하여 개정법령의 시행일인 2003.1.1. 전에 사용승인 또는 사용검사를 받아야 하나, 같은 조 제2항의 규정에 의하여 2003.1.1. 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용하는 것으로 감면배제의 범위를 완화하는 규정을 두고 있는 바,

2002.12.11. 개정된 조세특례제한법에도 불구하고 종전규정에 의한 신축주택의 감면적용을 받기 위해서는 늦어도 2003.6.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받아야 하고, 그 이후에 사용승인을 받은 경우에는 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법 규정에 따라 감면여부를 결정하여야 하는 것이다.

(다) 조세특례제한법시행령 제99조의 3 제3항 제2호에서 조합원이 취득하는 주택은 상위법인 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제1호의 위임근거 내에서 해석하여야 할 것이므로 이는 조합원이 일반 분양자로 참가하여 주택을 취득하는 경우로 한정하여 해석하여야 하며, 조합원이 주택조합으로부터 취득한 것이 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제1호에 해당하는지 제2호에 해당하는지 여부는 조합원이 일반 분양자 자격으로 주택을 취득하는지 조합원의 자격으로 주택을 취득하는지에 따라 결정되는 것인 바, 청구인은 쟁점주택을 조합원 자격으로 취득하였으므로 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 자기가 건설한 신축주택에 해당됨을 알 수 있다.

(라) 이 건은 재건축조합의 조합원에 해당되는 청구인이 재건축조합으로부터 쟁점아파트를 취득하였으나 2003.1.1. 개정법 시행일 현재 사용승인 등을 받지 못하고 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.)을 경과한 2004.12.14. 사용승인을 받은 것으로 확인되므로 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조 제1항의 규정에 의한 종전법 적용대상이 아니라 개정법 적용대상이라고 보아야 하고, 그럴 경우 쟁점아파트는 감면이 배제되는 서울특별시에 소재하고 있는 등 감면대상 신축주택 대상이 아니므로 처분청이 쟁점아파트의 양도소득세 환급을 구하는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.(OO OOOOOOOOO, 2006.5.24. 합동회의 같은 뜻)

4. 결 론

이 건 심판청구는 국세심판관회의 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.