가. 청구법인은 연결모법인으로서 ＜표1＞과 같이 연결자법인인 주식회사 OOO(이하 “대상법인①”이라 한다)과 주식회사 OOO(이하 “대상법인②”이라 하고, 대상법인①과 대상법인②를 합하여 “대상법인들”이라 한다)이 이차보전대출제도를 시행하면서 지방자치단체 및 공공기관(이하 “지자체 등”이라 한다)이 추천하는 중소기업에 일반금리보다 저리로 자금을 대출하는 대신 동 지자체 등으로부터 2012․2013년 중 지급받은 이자차액보전금(이하 “이차보전금”이라 한다) 합계 OOO원은 이자수익으로, 같은 기간 중 대상법인②가 고용노동부로부터 지급받은 육아휴직장려금 합계 OOO원은 잡수익으로 각 계상하여 법인세 신고를 하였다.

OOO

나. 청구법인은 2018.1.22. 대상법인들이 수령한 이차보전금과 대상법인②가 수령한 육아휴직장려금은 ｢법인세법｣ 제18조 제6호의 무상으로 받은 자산에 해당되므로 해당 금액을 기한경과로 사용하지 못한 이월결손금 보전에 충당하고 익금불산입하여 2012사업연도 OOO원, 2013사업연도 OOO원 합계 OOO원의 법인세를 환급해야 한다면서 처분청에 경정청구서를 제출하였으나, 처분청은 2018.4.12. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.7.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

[이차보전금 관련]

이차보전금은 무상으로 받은 자산으로 대상법인들에 귀속되는 것이므로 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다.

(1) 지자체 등은 이차보전금을 대상법인에게 무상으로 지급하였고, 이차보전금을 수령한 당사자는 은행, 즉 대상법인들이므로, 이차보전금은 대상법인들이 ‘무상으로 받은 자산의 가액’에 해당한다.

(가) ｢법인세법｣ 제18조 제6호 및 동법 시행령 제11조 제5호에서는 “무상으로 받은 자산의 가액”을 법인세 과세대상이 되는 수익의 범위 중 하나로 열거하고 있고, 이러한 “무상으로 받은 자산의 가액”을 기한경과 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 경우 해당 금액은 익금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다.

즉, 특정 금원의 무상성 여부는 지급 및 수혜당사자 간의 직접적·가시적인 대가관계의 존재 유무 또는 반대급부의 제공여부에 따라 판단하여야 하며, 양 거래당사자가 주고 받는 대가관계가 아닌 한쪽에서 일방적으로 수령한 금원인 경우에는 이는 “무상으로 받은 자산의 가액”에 해당하는 것이다.

(나) 지급자인 지자체 등 입장에서 보더라도 이차보전금은 무상으로 지급한 것이다.

이차보전금의 지급 및 수령 등 권리·의무관계를 발생시키는 직접적인 근거가 되는 이차보전협약에 따른 당사자의 법률상 권리·의무관계를 살펴보면, 협약서상 대상법인은 지자체 등이 추천한 중소기업에게 저리대출을 완료한 때에 이차보전금을 신청하고, 지자체 등은 이차보전금을 직접 대상법인들에게 지급하도록 되어 있을 뿐 협약서상 어디에도 대상법인들이 지자체 등에게 지급하는 반대급부, 즉 재산적 출연행위를 규정하고 있지 않는바, 이차보전금 지급관계는 공익 실현을 목적으로 하여 행정주체와 사인간에 형성되는 특수한 무상 계약으로 봄이 타당하다.

또한, 이차보전금 지급의 법률적인 근거에 대하여 살펴보면 지자체 등은 ｢지방자치법｣ 및 ｢지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률｣에 따라 지자체 등에 기금을 설치하고, 조례를 제정하거나 민간 금융기관과 이차보전협약을 체결하여 이차보전금을 금융기관에게 지급하고 있다.

이차보전금은 ｢중소기업 진흥에 관한 법률｣ 제62조의17 및 ｢국가재정법｣ 별표 2에 의거 ｢보조금 관리에 관한 법률｣상 지급되는 보조금이며, ｢보조금 관리에 관한 법률｣ 제2조 제1호에서 보조금은 명백히 '국가가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금, 부담금, 그밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금'이라고 정의하여 보조금의 법적 성질이 무상으로 지급하는 것임을 밝히고 있다.

(다) 무상의 이차보전금을 수령한 자는 중소기업이 아닌 대상법인들이므로 이차보전금의 실질적 귀속자가 중소기업이라는 처분청 주장은 잘못이다.

처분청은 실질과세원칙을 근거로 이차보전금의 경제적 효익의 귀속자는 저리로 대출을 받는 중소기업으로 해당 중소기업의 보조금에 해당되는 것이고, 대상법인들은 보조금의 귀속자가 아니라고 판단하였으나, 이는 이차보전금 관련 사실관계를 왜곡하고, 보조금의 성격 등을 오인한 것이다.

먼저 처분청의 주장은 조세법상 실질과세원칙을 임의적으로 적용한 것이나, 실질과세원칙은 납세자가 조세회피행위를 하는 경우 실질에 따라 과세를 하기 위하여 마련한 것이지 조세회피의도가 없는 법률행위까지 이를 적용하여 과세하려는 취지가 아닌 바, 조세회피의도가 없는 본 사안에 적용할 수 없다.

법률행위의 해석은 당사자가 표시행위에 부여한 객관적인 의미를 명백하게 확정하는 것으로, 이차보전금 지급 및 수령의 직접적인 근거가 되는 지자체 등과의 ‘이차보전협약’의 당사자는 은행으로서 이차보전금이라는 확정된 금원을 실제 수령하는 당사자이며, 중소기업은 이차보전협약의 당사자가 아닌 단순히 은행과의 유상의 대출계약에 따른 차입자로서 저리대출로 인한 간접적인 혜택을 받는 자로서, 그 혜택 또한 실제 확정된 금원을 수령하는 것이 아니라 미확정된 기회수익을 얻는 자에 해당한다.

나아가 이차보전 협약서와 대출계약서상 어디에도 지자체 등이 중소기업 등을 대신하여 이자 일부를 지급한다고 규정하고 있지 않음에도 단지 보조금 지급금액이 시중 대출 금리와의 차액인 점만을 들어 마치 이차보전금 지급이 지자체 등이 중소기업의 채무를 인수한 것과 같이 보아 이차보전금 지급행위와 저리대출 행위간에 대가관계가 있다고 보는 것은 법률행위 해석의 한계를 벗어난 주장이다.

(라) 한편, 국가 등이 행정상 목적으로 보조금을 지급하는 형태는 ① 보조금을 최종 수혜자에게 직접 지급하는 경우와 ② 재화 또는 용역을 공급하는 사업자에게 보조금을 지급하여 재화 또는 용역을 공급받는 자가 간접적으로 수혜를 받는 경우로 나누어 볼 수 있으며, 이차보전금의 경우 중소기업육성이라는 공익목적을 달성하기 위하여 대출 용역을 공급하는 대상법인에게 보조금을 지급하여 간접적으로 중소기업에게 대출 용역을 저가에 공급받을 수 있도록 하기 위한 것으로, 보조금의 지급 형태는 ②에 해당함은 명백하다.

즉, 사업자를 통한 보조금 지급 형태의 경우 모두 최종적으로는 재화 또는 용역을 공급받는 자가 간접적으로 수혜를 받는 것이고, 그렇다고 하여 처분청의 주장과 같이 보조금 지원 사업을 수행하는 사업자가 보조금의 귀속자가 아니라고 할 수는 없는 것이며, 오히려 사업자는 보조금을 수령하는 주체로서 직접적인 보조금 귀속자라고 보는 것이 타당하다(대법원 2010.10.14. 선고 2010두12699 판결).

(2) 설령, 처분청의 주장대로 이차보전금의 실질적인 귀속자는 중소기업이며 은행은 단순 업무대행자 역할만을 수행하는 것으로 인정한다 하더라도, 은행 입장에서 이차보전금은 “무상으로 받은 자산의 가액”에 해당한다.

(가) 과세관청의 기존 해석사례를 고려할 경우 대상법인들이 단순 업무대행자에 불과하더라도 이차보전금은 '무상으로 받은 자산의 가액'에 해당한다.

국가 등으로부터 수령하는 보조금 등의 최종 수혜자가 별도로 존재하고, 단지 그 지급의 편의성 등을 감안하여 중간 전달자로서의 특정한 법인이 존재하는 상황에서 보조금 등을 국가 등으로부터 특정 법인이 수령하는 경우 이러한 보조금 수령액이 특정 법인의 익금에 해당하는지 여부 및 그 익금의 성격에 대해서 의문이 들 수 있다.

이와 관련 과세관청의 유권해석(서면1팀-664, 2004.6.17, 재소득-225, 2004.6.9.)에서는 최종적으로는 제3자가 혜택을 입는 보상금을 특정법인이 수령하여 전달하는 경우, 그 보상금 수령시 ｢법인세법｣ 제15조 및 동법 시행령 제11조 제5호의 규정에 따라 당해 법인의 “무상으로 받은 자산”에 해당하는 것으로 해석한 바 있다.

최근 과세관청의 유권해석 및 조세심판례에 의하면 갑법인이 일부 주주들의 손해배상청구 소송 결과에 따라 손해배상금을 배상한 후 사전약정에 따라 을법인으로부터 손해배상금을 전액 보전받은 경우, 보전받은 손해배상액을 무상으로 받은 자산가액으로 보아 이월결손금보전에 충당하였으며, 일부 주주에게 지급한 손해배상금은 법인의 업무수행과 관련되어 손금으로 인정한 바 있다(기준-2013-법령해석법인-16762, 2015.3.10, 조심2015서2798, 2015.12.30.).

(나) 이러한 해석사례에 의하면 실질적으로는 제3자에게 귀속되는 출연금 등을 중간에 위치한 특정법인이 수령하거나 이를 보전받는 경우 특정법인은 실질상 중간 업무대행자의 지위에 불과하다고 하더라도, 각 거래 당사자와의 거래관계에서 발생하는 거래를 구분하여 개별적으로 익금(유·무상대가 여부 포함) 및 손금의 성격 등을 판단하여야 하는 것이며, 이때 전체 거래의 중간에 위치한 특정법인이 거래상대방으로부터 어떠한 반대급부 없이 특정 금원을 수령하였다면 이는 “무상으로 받은 자산의 가액”에 해당한다고 과세관청도 인정하고 있는 것이다.

이러한 과세관청의 해석기준에 따라 이차보전금의 성격을 판단해 보건대, 대상법인이 지자체 등으로부터 수령한 이차보전금은 이차보전협약에 따라 대상법인이 지자체 등에 대한 어떠한 반대급부 없이 수령한 무상수익에 해당하며, 대상법인이 중소기업에게 대출시 차감하는 이차보전금은 중소기업과의 유상의 대출계약에서 정상금리에서 차감하는 일종의 에누리 성격에 해당하는 것으로, 이차보전금을 차감한 대고객금리가 유상수익에 해당하는 것이다.

(3) 국세청 스스로도 정부 또는 공공기관으로부터 수령한 보조금 성격의 금원에 대해 '무상으로 받은 자산의 가액'에 해당하는 것으로 일관되게 해석하고 있는바, 이차보전금에 대하여만 달리 취급할 이유가 없다.

(가) 최근 국세청 스스로도 내국법인이 전기수요 조정제 참여 약정에 따라 전력사용량을 절감하고 OOO 등으로부터 지급받는 절전보조금(기준법령법인-212, 2015.12.28.), 여객자동차운수사업을 영위하는 내국법인이 ｢여객자동차운수사업법｣ 제50조 제4항에 따라 지급받는 유가보조금(기준법령법인-42, 2017.5.4.), 사업주가 공단으로부터 수령하는 직업능력개발훈련 지원금(서면법인-1139, 2017.09.18.) 모두 ｢법인세법｣ 제18조 제6호에 따른 “무상으로 받은 자산 가액”에 해당하는 것으로 일관되게 해석하고 있다.

특히, 정부가 가격을 결정하는 공공요금 성격상 유류세 인상분을 버스비 및 택시비 인상에 반영하지 못함으로써 발생하는 직접적인 손실을 보상하는 유가보조금의 경우 이차보전금과 보조금의 운용 방법 및 그 경제적인 효과 등이 동일함에도 불고하고 이를 세법상 달리 취급할 이유가 없으며, 달리 취급하는 경우에는 과세형평성에 어긋나는 것이다.

(나) 최근 대법원은 이차보전금과 보상구조가 유사한 철도공사의 노인, 장애인, 국가유공자에 대한 철도운임 감면액에 대한 보상금 관련 부가가치세가 문제된 사안에서 “이 사건 공익서비스보상액은 철도이용자에 대한 용역의 공급으로 인하여 발생하는 비용을 보상받기 위하여 공익서비스 수행자인 원고가 국토해양부장관과 체결한 이 사건 보상계약에 따라 국가로부터 지급받은 것이므로, 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부된 시설ㆍ운영자금에 해당한다. 그러므로 이 사건 공익서비스보상액은 구 ｢부가가치세법｣ 제13조 제2항 제4호에 따라 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금에 해당한다고 봄이 타당하다”라고 판시하였다(대법원 2018.1.25. 선고 2017두55329판결).

상기 공익서비스보상액은 철도공사가 특정 승객에 대하여 정상 금액보다 감액된 비용으로 운영하는 데에 대한 차액을 보전 받는 것으로 그 구조가 이차보전금과 유사함을 알 수 있고, 결국 이차보전금도 저리로 대출한 행위에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 중소기업 원조를 목적으로 교부된 운영자금에 해당하며 무상인 국고보조금으로 봄이 타당하다.

(4) 이차보전금이 지급되는 대출거래를 할 것인지 여부는 금융기관의 의무사항이 아니고, 대출실시 여부 등 대출 관련 사항들은 금융기관이 직접 관리한다는 이유를 들어 이차보전금이 실질적인 보조금이 아니라는 처분청의 주장은 보조금의 지급 형태 및 성격 등을 오해하여 비롯된 것으로 부당하다.

처분청은 이차보전금과 관련하여 대상법인들은 은행의 내규상 융자금액의 회수가 곤란하다고 인정되는 경우 대출신청금액의 전부 또는 일부를 융자하지 아니할 수 있는 등 대출과 관련된 모든 사항을 직접 관리하는 통상적인 금융기관으로써 대출 업무의 일환으로 이자수익을 지자체 등으로부터 지급받는 것에 불과할 뿐이라고 주장한다.

일반적으로 보조금의 지급 형태는 ① 연구개발출연금 등과 같이 보조금을 우선 지급 후 각종 의무사항이나 반환조건 등을 부과하는 경우와 ② 유가보조금이나 육아휴직장려금 등과 같이 먼저 특정 조건 등을 충족하여야만 보조금을 지급하는 경우로 나누어 볼 수 있으며, 처분청은 보조금의 지급 형태를 ①의 경우에 국한하여 해석하여 이차보전금의 지급 형태 및 성격 등을 오해하고 있는 것으로 보인다.

예를 들어, 유가보조금 지급 대상 버스회사의 경우 유류 주입 여부를 결정하는 것은 정부시책 등에 의하여지기는 하지만 의무사항은 아니고, 유류 주입의 양은 버스회사가 자율적으로 결정하는 것이며, 버스회사 입장에서는 유류를 많이 주입할수록 비용이 많이 지출되므로 가급적 유류 주입량을 최소화 할 것이며, 이러한 유류 주입과 관련되어 정부의 어떠한 제한이나 의무부과는 없고, 단지 유류 주입이라는 조건만 충족시키면 주유 L당 보조금을 지급하고 있다.

이와 마찬가지로 이차보전대출의 경우에도 차입자인 중소기업의 지급불능(즉, 대손) 위험은 은행이 부담하므로, 은행 입장에서 무작정 이차보전대출을 해주거나 마냥 이차보전대출 계약을 늘릴 수는 없고, 중소기업의 대손위험 등을 감안하여 이차보전대출 실행 여부 등은 은행이 자율적으로 의사결정하는 것이며, 이러한 의사결정에 따라 저리대출실행이라는 조건을 충족하기만 하면 이차보전금을 수령할 수 있는 것으로 상기의 유가보조금과 그 형태가 다를 바가 없다.

결국, 보조금의 지급 형태가 어떠하든 간에 보조금으로 수령하는 금원이 무상으로 받은 대가에 해당하는지 여부는 보조금 수령과 이에 대한 반대급부 행위의 유·무관계에서 살펴보아야 하는 것이며, 처분청의 주장은 보조금의 지급 형태 및 성격 등을 오해하여 비롯된 것으로 부당하다.

[육아휴직장려금 관련]

｢법인세법｣ 제18조 제6호 및 같은 법 시행령 제11조 제5호에서 ‘무상으로 받은 자산의 가액’을 법인세 과세대상이 되는 수익의 범위 중 하나로 열거하고 있고, 이러한 ‘무상으로 받은 자산의 가액’을 기한경과 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 금액은 익금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있는바, 여기서 ‘무상으로 받은 자산’이 무엇을 의미하는지에 대해서는 구체적인 기준을 제시하지는 않고 있으나, 관련 판례(대법원 1983.7.12. 선고 81누86 판결, 같은 뜻임)에 의하면 경제적 대가관계를 이루지 아니하고 재산적 이익을 취하는 것을 의미하는 것으로 보아야 할 것이고, 국고보조금 등의 사용에 있어 그 용도의 제한 및 반환 의무를 부담한다고 하더라도, 이러한 부담은 국고보조금 등의 사용방법에 관하여 공익적인 제한을 붙인 것에 불과하므로, 이를 국고보조금 등의 수령과 경제적 대가관계를 이루는 것으로 보기도 어렵다 할 것(대법원 2004.10.28. 선고 2003두384 판결, 같은 뜻임)이어서 대상법인②가 고용노동부로부터 수령한 육아휴직장려금은 ｢법인세법｣ 제18조 제6호의 ‘무상으로 받은 자산의 가액’에 해당된다.

나. 처분청 의견

[이차보전금 관련]

이차보전금은 무상이 아닌 대가관계로 지급된 것이고 그 실질적인 귀속자도 중소기업이라 할 것이므로 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

(1)이차보전금은 중소기업으로부터 지급받을 이자상당액을 지자체 등으로부터 대신 지급받는 금액으로 무상으로 받은 자산이 아니다.

대상법인들과 지자체 등, 이차보전 지원을 받는 중소기업 간의 계약서 등에 의하면 ‘지자체 등에서 보조하는 만큼의 이자율을 공제한 이자율로 대출을 실시하고, 그 보조하는 만큼의 이자를 지자체 등으로부터 수령’ 하는 것으로 협약이 체결되어 있으므로 대상법인이 지자체 등으로부터 지급받는 이차보전금은 사전 계약에 의하여 중소기업 등으로부터 지급받을 이자 상당액을 중소기업을 대신하여 유상으로 보상받는 것으로 직접적인 대가관계가 있는 것으로 무상으로 지급받는 자산이 아니다.

(2)거래의 실질을 보아도 대상법인들이 지급받은 이차보전금은 무상으로 받은 자산이 아니다.

(가) 청구법인은 대상법인들이 수령한 이차보전금이 중소기업 육성이라는 행정 목적 달성을 위한 보조금 성격의 금원으로 무상으로 받은 자산의 가액에 해당된다고 주장하나, 당해 이차보전금의 경제적 효익의 귀속자는 저리로 대출을 받는 중소기업으로 해당 중소기업의 보조금에 해당되는 것이고, 대상법인들은 지자체 등이 보조금을 지급하는 업무를 대행하는 업무대행자에 불과할 뿐 보조금의 귀속자가 아니다.

(나) ｢법인세법｣상 익금으로 산입되는 “무상으로 받은 자산의 가액”의 해당 여부에 관하여는 ｢법인세법｣ 제4조가 규정하고 있는 실질과세의 원칙에 따라 판단해야 하는 것으로(대법원 2004.10.28. 선고 2003두384 판결) 대상법인들이 받은 이차보전금은 지자체 등이 대상법인들에게 무상으로 지급한 것이 아니라 대출의 대가로 채무자를 대신하여 제3자가 지급하는 금원으로 실지 내용은 대출로 인한 이자수익으로 보아야 한다.

(3) 이차보전금은 실질적으로 보조금이 아닌 대상법인들의 이자수익에 해당되므로 무상으로 받은 것이 아니다.

(가) 이차보전금은 중소기업이 부담할 대출이자의 일부를 지자체 등이 부담하여 중소기업을 지원하는 중소기업 지원책의 일환으로 중소기업이 부담할 이자(일반금리와 대고객금리의 차액)를 사전 협약에 의하여 대상법인들에게 지급한 것이다.

(나) ｢법인세법｣ 제18조의 제6호 및 같은 법 시행령 제11조의 제5호에서 규정한 ‘무상으로 받은 자산의 가액’이라 함은 수증자산과 같이 대가를 지급하지 아니하고 취득하여 증가된 자산을 의미하는바, 대상법인들이 지급받은 이차보전금이 무상으로 받은 자산인지를 살펴보기 위하여 대상법인들과 지자체 등 사이에 체결된 협약내용을 확인하면 다음과 같다.

OOO

(다) 청구법인은 대상법인들의 저리대출이라는 행위와 지자체 등으로부터 받는 이차보전금은 서로 대가 관계가 있다고 볼 수 없으며, 저리 대출행위는 단지 이차보전금을 지급할 수 있는 선결요건 혹은 조건일 뿐이라고 주장하나,

대상법인들이 지자체 등으로부터 수령한 이차보전금이 저리대출과 무관하게 아무런 반대 급부도 이행하지 아니하고 무상으로 받은 자산이 아닌 저리대출로 인해 발생하는 이자 감소액에 대한 대가를 지자체 등으로부터 지급받는 것이다.

즉, 대상법인들은 정상적인 대출 영업으로 중소기업에 대출을 실행하고, 그 이자를 중소기업(이자)과 지방자체단체(이차보전금)로 각각 명목을 구분하여 지급 받은 것이므로 이차보전금의 실질적인 내용은 대출에 따른 이자 수익이고, 추가약정서 제3조에 의하면 대상법인들이 지방자치단체 등으로부터 이차보전금을 지급받지 못할 경우에는 대출을 받은 중소기업에 이차보전율만큼 부담금리에 합산하여 관련 이자를 지급받는다고 규정하고 있다.

(라) 청구법인에서 제출한 다음 ＜표2＞의 관련제도들의 개요를 보더라도 정부의 재정융자제도 중 직접 융자, 전대방식(대하대출, 위탁대출)과 달리 이차보전의 경우에는 자금조달 주체, 대출 취급 금융기관의 자금조달 비용, 부실채권 처리, 대출조건 결정, 대출 대상자 결정, 대출 사후관리 등 모든 업무를 민간 금융기관이 결정하는 것으로 되어 있는 만큼, 지방자체단체로부터 지급받는 이차보전금은 정부 시책 등에 의한 의무 사항이 아닌 오히려 이차보전금 상당액의 안정적인 이자 회수가 확보된, 대출과 관련한 모든 사항을 직접 관리하는 통상적인 대출 업무의 일환으로 이자수익을 지자체 등으로부터 지급받는 것에 불과할 뿐이다.

OOO

(마) 대상법인들 또한 이차보전금을 손익계산서상 통상적인 이자수익으로 계상하여 법인세 신고하였고, 대상법인들과 지자체 등의 협약내용, 중소기업 간의 추가 약정서, 대상법인들의 회계 처리 및 법인세 신고내역 등은 모두 대상법인들이 수령한 이차보전금은 실질적으로 중소기업이 지급하여야 하는 이자를 지자체 등으로부터 지급받은 것임을 나타내고 있다.

[육아휴직장려금 관련]

(1) 육아휴직장려금은 ｢고용보험법 시행령｣ 제29조 제1항 2호 및 같은 법 시행규칙 제51조에 의해 신청서를 제출한 법인에 대해 심사하여 지원요건을 충족하는 법인에 한하여 지원하는 정부 보조금으로, 이는 육아휴직 기간 동안 사업주가 부담하게 될 피고용인들의 퇴직금 적립금, 건강보험료 등의 부담을 줄여주기 위한 목적으로 지급하는 것으로서 자산수증이익 또는 채무면제이익과 같이 아무런 조건 없이 수수하는 ‘무상으로 받은 자산의 가액’에 해당되지 않으므로 육아휴직장려금 상당액을 기한경과로 사용하지 못한 이월결손금 보전에 충당하여 익금불산입해 달라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) ｢법인세법｣ 제18조 제6호 및 같은 법 시행령 제11조 제5호에서 ‘무상으로 받은 자산의 가액’을 법인세 과세대상이 되는 수익의 범위 중 하나로 열거하고 있고, 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액 중 대통령령으로 정하는 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 금액’을 익금불산입하도록 규정하고 있는바,

동 규정상 무상(無償)으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채(負債)의 감소액을 기한경과로 사용하지 못한 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 금액에 대해 익금불산입하는 취지는 결손이 누적되어 자본잠식상태에 있거나 파산상태에 있는 기업의 자본을 충실화하고자 하는 목적으로 시행하고 있는 것으로, 청구법인은 동 요건에 부합하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

지방자치단체 등으로부터 수령한 이차보전금과 정부(고용노동부)로부터 지급받은 육아휴직장려금을 ｢법인세법｣ 제18조 제6호의 “무상으로 받은 자산의 가액”으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 글

(1) 법인세법

제15조【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

제18조【평가이익 등의 익금불산입】다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

6. 무상(無償)으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채(負債)의 감소액 중 대통령령으로 정하는 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 금액

(2) 법인세법 시행령

제11조【수익의 범위】법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

5. 무상으로 받은 자산의 가액

제18조【이월결손금】① 법 제18조 제6호에서 “대통령령으로 정하는 이월결손금”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제14조 제2항에 따른 결손금(법 제44조의3 제2항 및 제46조의3 제2항에 따라 승계받은 결손금은 제외한다)으로서 법 제13조 제1호에 따라 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액

(3) 보조금 관리에 관한 법률 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "보조금"이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가(「국가재정법」 별표 2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리·운용하는 자를 포함한다)가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인·단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다), 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

(4) 여객자동차 운수사업법 제50조【재정 지원】 ① 국가는 여객자동차 운수사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 수행하는 경우에 재정적 지원이 필요하다고 인정하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 여객자동차 운수사업자에게 필요한 자금의 일부를 보조하거나 융자할 수 있다.

1. 자동차의 고급화나 터미널의 현대화

2. 수익성이 없는 노선의 운행

3. 공동시설이나 안전관리시설의 확충과 개선

4. 낡은 차량의 대체(代替)

5. 터미널의 이전이나 규모ㆍ구조ㆍ설비의 확충ㆍ개선

6. 여객자동차 운수사업의 서비스 향상을 위한 시설ㆍ장비의 확충 또는 개선

7. 여객자동차운송가맹사업을 위하여 필요한 시설ㆍ설비의 설치 및 개선

8. 경제적ㆍ환경친화적 안전운전 및 관리를 지원하는 시설ㆍ장비의 확충과 개선

9. 그 밖에 여객자동차 운수사업을 진흥하기 위한 것으로서 국토교통부령으로 정하는 사항

(5) 철도산업발전기본법 제32조【공익서비스비용의 부담】① 철도운영자의 공익서비스 제공으로 발생하는 비용(이하 "공익서비스비용"이라 한다)은 대통령령이 정하는 바에 따라 국가 또는 당해 철도서비스를 직접 요구한 자(이하 "원인제공자"라 한다)가 부담하여야 한다.

② 원인제공자가 부담하는 공익서비스비용의 범위는 다음 각 호와 같다.

1. 철도운영자가 다른 법령에 의하거나 국가정책 또는 공공목적을 위하여 철도운임ㆍ요금을 감면할 경우 그 감면액

2. 철도운영자가 경영개선을 위한 적절한 조치를 취하였음에도 불구하고 철도이용수요가 적어 수지균형의 확보가 극히 곤란하여 벽지의 노선 또는 역의 철도서비스를 제한 또는 중지하여야 되는 경우로서 공익목적을 위하여 기초적인 철도서비스를 계속함으로써 발생되는 경영손실

3. 철도운영자가 국가의 특수목적사업을 수행함으로써 발생되는 비용

(6) 고용보험법 시행령 제29조【출산육아기 고용안정장려금】① 고용노동부장관은 법 제23조에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업주에게 출산육아기 고용안정장려금을 지급한다. 다만, 임금 등을 체불하여 ｢근로기준법｣ 제43조의 2에 따라 명단이 공개 중인 사업주에 대해서는 지급하지 아니한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 피보험자인 여성 근로자의 근로계약기간이나 파견계약기간이 임신기간이나 ｢근로기준법｣ 제74조 제1항에 따른 출산전후휴가(이하 “출산전후휴가”라 한다) 기간 또는 ｢남녀고용평등과 일ㆍ가정 양립 지원에 관한 법률｣ 제19조에 따른 육아휴직 기간(자녀가 생후 15개월이 될 때까지의 기간으로 한정한다) 중에 끝나는 경우 그 근로계약기간이나 파견계약기간이 끝난 즉시 또는 출산 후 15개월 이내에 그 근로자와 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결하는 사업주(나목의 파견근로자인 경우에는 「파견근로자보호 등에 관한 법률」에 따른 사용사업주를 포함한다)

가. 근로계약이기간이 1년 이하인 자

나. ｢파견근로자보호 등에 관한 법률｣에 따른 파견근로자

2. 피보험자인 근로자에게 「남녀고용평등과 일ㆍ가정 양립 지원에 관한 법률」제19조에 따른 육아휴직 또는 같은 법 제19조의 2에 따른 육아기 근로시간 단축(이하 “육아휴직 등”이라 한다)을 30일(출산전후휴가의 기간과 중복되는 기간은 제외한다) 이상 허용한 사업주

3. 피보험자인 근로자에게 출산전후휴가, ｢근로기준법｣ 제74조 제3항에 따른 유산ㆍ사산 휴가(이하 “유산ㆍ사산 휴가”라 한다) 또는 육아휴직 등을 30일 이상 부여하거나 허용하고 대체인력을 고용한 경우로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 사업주

가. 출산전후휴가, 유산ㆍ사산 휴가 또는 육아휴직 등의 시작일 전 60일이 되는 날(출산전후휴가에 연이어 유산ㆍ사산 휴가 또는 육아휴직 등을 시작하는 경우에는 출산전후휴가 시작일 전 60일이 되는 날) 이후 새로 대체인력을 고용하여 30일 이상 계속 고용할 것

나. 출산전후휴가, 유산ㆍ사산 휴가 또는 육아휴직 등이 끝난 후 출산전후휴가, 유산ㆍ사산 휴가 또는 육아휴직 등을 사용한 근로자를 30일 이상 계속 고용할 것

다. 새로 대체인력을 고용하기 전 3개월부터 고용 후 1년까지(해당 대체인력의 고용기간이 1년 미만인 경우에는 그 고용관계 종료 시까지를 말한다) 고용조정으로 다른 근로자(새로 고용한 대체인력보다 나중에 고용된 근로자는 제외한다)를 이직시키지 아니할 것

② 제1항 제1호에 따른 출산육아기 고용안정장려금은 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액으로 하여 1년을 한도로 해당 근로자의 고용기간 동안 지급한다.

③ 제1항 제2호에 따른 출산육아기 고용안정장려금은 육아휴직 등의 허용에 따른 사업주의 노무비용부담을 고려하여 고용노동부장관이 매년 사업규모별로 고시하는 금액에 근로자가 사용한 육아휴직등의 개월(｢부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률｣ 제2조 제1호 가목에서 다목까지의 규정에 따른 기관 및 ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣ 제4조부터 제6조까지의 규정에 따라 지정ㆍ고시된 공공기관의 근로자가 육아휴직을 한 경우 그 기간은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 수를 곱하여 산정한 금액으로 한다. 이 경우 출산육아기 고용안정장려금 중 1개월분에 해당하는 금액은 육아휴직 등을 시작한 날부터 1개월 이후에 지급하고, 나머지 금액은 육아휴직등이 끝난 후 6개월 이상 그 근로자를 피보험자로 계속 고용하는 경우에 지급한다.

④ 제1항 제3호에 따른 출산육아기 고용안정장려금(이하 “대체인력지원금”이라 한다. 이하 이 조에서 같다)은 대체 인력채용에 따른 사업주의 노무비용부담을 고려하여 고용노동부장관이 사업 규모별로 고시하는 금액에 출산전후휴가, 유산ㆍ사산 휴가 또는 육아휴직 등을 사용한 기간(출산전후휴가, 유산ㆍ사산 휴가 또는 육아휴직 등을 사용하기 전 2주간의 업무 인수인계기간을 포함한다) 중 대체인력을 사용한 개월 수를 곱하여 산정한 금액으로 하되, 이 영 또는 다른 법령에 따라 국가 또는 지방자치단체가 해당 대체인력 채용에 대하여 사업주에게 지급하는 지원금 또는 장려금 등이 있는 경우에는 그 지원금 또는 장려금 등의 금액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 대체인력지원금의 금액은 사업주가 해당 대체인력에게 지급한 임금액을 초과할 수 없다.

⑤ 제1항에 따른 출산육아기 고용안정장려금의 신청 및 지급 등에 필요한 사항은 고용노동부령으로 정한다.

(7) 고용보험법 시행규칙 제51조【출산육아기 고용안정장려금의 신청】① 영 제29조에 따라 출산육아기 고용안정장려금을 지급받으려는 사업주는 고용노동부장관이 정하여 고시하는 고용안정장려금 지급 신청서에 다음 각 호의 구분에 따른 서류를 첨부하여 소재지 관할 직업안정기관의 장에게 제출하여야 한다.

1. 영 제29조 제1항 제1호에 해당하는 경우 : 다음 각 목의 서류. 다만, 가목의 서류는 최초로 신청하는 경우에만 첨부한다.

가. 최초의 근로계약서와 근로계약이 끝난 후 계속 고용에 대한 근로계약서(파견근로자인 경우에는 최초의 파견계약서와 파견기간이 끝난 후의 계속 고용에 대한 근로계약서를 말한다) 사본 각 1부

나. 월별 임금대장 사본 1부

다. 피보험자의 임신기간, 영 제29조 제1항 제1호에 따른 출산전후휴가(이하 “출산전후휴가”라 한다) 또는 육아휴직의 실시를 증명하는 서류 사본 1부

2. 영 제29조 제1항 제2호 및 제3호에 해당하는 경우 : 다음 각 목의 서류

가. 피보험자의 출산전후휴가, 영 제29조 제1항 제2호에 따른 육아휴직 등(이하 “육아휴직 등”이라 한다) 또는 같은 항 제3호에 따른 유산ㆍ사산휴가(이하 “유산ㆍ사산휴가”라 한다) 실시를 증명하는 서류 사본 1부

나. (삭제, 2012. 1. 20.)

다. 새로 고용한 대체인력의 근로계약서 사본과 월별 임금대장 사본 각 1부(영 제29조 제1항 제3호에 해당하는 경우만 해당한다)

② 제1항에 따른 출산육아기 고용안정장려금은 다음 각 호의 구분에 따라 신청한다.

1. 영 제29조 제1항 제1호에 해당하는 경우 : 계속 고용한 날이 속하는 달의 다음 달부터 3개월마다 신청하되, 근로계약을 체결하고 1년 후부터는 한꺼번에 신청할 수 있다.

2. 영 제29조 제1항 제2호에 해당하는 경우 : 1개월분에 해당하는 금액은 육아휴직 등을 시작한 날부터 30일이 되는 날 이후에 신청하고, 나머지 금액은 육아휴직 등이 끝난 날부터 6개월이 되는 날 이후에 한꺼번에 신청할 수 있다.

3. 영 제29조 제1항 제3호에 해당하는 경우 : 출산전후휴가, 육아휴직 등 또는 유산ㆍ사산휴가가 끝난 후 30일이 지난 날과 대체인력을 고용 후 6개월이 지난 날 중 늦은 날부터 신청할 수 있다.

(8) 전라남도 중소기업육성기금 조례

제1조【목적】이 조례는 「지방자치법」제142조와 「지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률」제43조, 「지방자치단체 기금관리기본법」제2조에 따라 전라남도 중소기업의 경영안정과 건전한 육성을 위하여 전라남도 중소기업육성기금 설치 및 운용 등에 필요한 사항을 정하여 지역경제 발전에 이바지하는 것을 목적으로 한다.

제11조【기금의 사용 등】① 중소기업창업 및 경쟁력강화지원자금은 다음 각 호에 해당하는 사업에 사용할 수 있다.

1. 창업중소기업의 공장 또는 사업장 건립에 소요되는 부지매입비 및 건축비 지원사업

2. 지식산업센터 등 임대공장 또는 사업장 임차보증금 지원사업

3. 기계기구등 생산(서비스)시설의 신규구매·개체 및 기존공장의 증·개축에 소요되는 자금지원사업

4. 시장·전문상가·점포시설개선 및 전문상가·공동창고 건립자금 지원사업

5. 지역특화산업 지원사업

6. 경쟁력 강화를 위한 연구개발 소요 운전자금 지원사업

7. 시설투자와 관련하여 소요되는 연계 운전자금 지원사업

8. 원부자재 구입비등 기업경영을 위해 소요되는 운전자금 지원사업

9. 그 밖에 중소기업창업 및 경쟁력강화를 위해 도지사가 필요한 사업

② 벤처기업 육성 지원자금은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지원대상의 시설 및 운전자금에 사용할 수 있다.

1. ‘벤처기업 확인’을 받은 도내 소재 중소기업

2. 중소기업청이 지정한 기술 유망 중소기업, 수출 유망 중소기업, 기술혁신형 기업, 경영 혁신형 기업

3. 그 밖에 벤처기업 육성을 위해 도지사가 지정한 기업

③ 중소유통업 구조개선 지원자금은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지원대상의 시설 및 운전자금에 사용할 수 있다.

1. 한국 표준 산업분류 중 도소매업 및 상품 중개업자

2. 「유통산업발전법」제17조 등에 따른 우수 체인 사업자

3. 프랜차이즈 본부 및 가맹점(유통업에 한한다)

4. 시장, 중소 백화점, 쇼핑 센터의 개설자 또는 관리자

5. 그 밖에 중소유통업 구조개선을 위해 도지사가 지정한 기업

④ 도지사가 필요하면 산업체·대학교·연구기관·관공서와 공동으로 신기술개발사업을 추진하거나 중소기업육성 시책사업을 추진하는 기관·단체와 사업자에게 보조금, 장려금 등을 지급할 수 있다.

제16【협조융자】① 도지사는 기금의 운용상 필요하면 기금을 예탁한 금융기관(이하 "지정금융기관"이라 한다)과의 협약에 따라 지정금융기관의 자금으로 융자(이하 "협조융자"라 한다)하게 할 수 있다.

② 협조융자할 때에는 도지사와 지정금융기관과의 협약에 따라 융자 업체에 이자지원을 할 수 있다.

③ 도지사는 이자지원을 할 수 있는 재원의 범위에서 지정금융기관에 협조융자 요청을 하고, 지정금융기관은 일반대출의 예에 따라 대출 및 상환업무를 처리한다.

④ 협조융자를 위한 대출금리, 이차보전의 방법 등 구체적인 사항은 도지사와 지정금융기관의 협약으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 대상법인들은 금융기관으로서 다음 업무흐름과 같이 지자체 등과의 협약에 따라 이차보전대출제도를 시행하고 있으며, 지자체 등이 추천하는 중소기업에게 일반금리보다 저리의 금리로 자금대출을 실행하고 이후 지자체 등과 협약한 내용에 따라 정해진 이자율을 적용한 이차보전금을 지급받아 다음 ＜표3＞과 같이 이자수익으로 신고하였다.

OOO

(나) 대상법인들은 지자체 등으로부터 수령한 이차보전금을 손익계산서 상 이자수익으로 계상하고 이를 별도의 세무조정 없이 법인세 과세표준에 포함하여 신고하였으며, 회계 처리 내역(예시)은 다음 ＜표4＞와 같다.

OOO

(다) 여객자동차운수사업자 및 철도운영자가 받는 보조금과 대상법인이 받는 이차보전금의 법적 근거 및 주요내용을 비교하면 다음 ＜표5＞와 같다.

OOO

(라) 항공운송사업자가 지방자치단체 등으로부터 지급받는 보조금과 관련한 선결정례(조심 2018서749, 2018.5.30.)와 이 사건의 이차보전금을 비교하면 다음 ＜표6＞과 같다.

OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 먼저, 청구법인은 대상법인들이 법률에 따라 지자체 등으로부터 지급받은 이차보전금은 ｢법인세법｣ 제18조 제6호의 “무상으로 받은 자산의 가액 ”이므로, 이를 기한경과로 사용하지 못한 이월결손금 보전에 충당하여 각 사업연도의 소득금액 계산시 익금에 산입하지 아니할 수 있다는 주장이나,

대상법인들은 이차보전대출 협약을 통해 지자체 등이 추천하는 중소기업에 일정 부분의 금리를 지자체 등이 부담하는 조건으로 대출을 실행하고 있는바, 이차보전금은 지자체 등의 입장에서는 대상법인들에게 지급해야할 확정된 채무에 해당하고, 대상법인들 입장에서는 사전 약정된 금리차액(이차보전금)을 지자체 등에게 요구할 수 있는 청구권의 일종이므로, 이를 대상법인들이 지자체 등으로부터 무상으로 수령한 자산수증이익으로 보기는 어려운 점,

청구법인이 이차보전금과 유사하다고 주장하는 여객자동차 운수사업자가 받는 유가보조금 및 철도사업자가 받는 철도운임 감면액에 대한 보상금 등은 공익서비스나 정부시책에 의해 필수적으로 발생할 수 밖에 없는 손실액의 일정 부분을 지자체 등이 보조금 형태로 무상으로 제공하는 것으로 볼 수 있으나, 이차보전대출은 대상법인들이 손익을 고려하여 선택할 수 있는 영업활동의 일종으로 지자체 등과의 협약서에 이차보전대출의 금리를 청구법인이 정할 수 있도록 되어 있고, 사전 약정에 따라 구체적으로 명시되어 있는 확정된 이자를 중소기업과 지자체 등으로부터 나누어 지급받는 형태로 이차보전금을 대상법인들이 지자체 등으로부터 경제적 대가관계 없이 무상으로 받는 것으로 보기 어려운 점,

유가보조금 및 철도운임 감면액에 대한 보상금 등은 관련 법률에 지급받는 대상자를 여객자동차 운수사업자 및 철도사업자로 규정하고 있는 반면, 이차보전금의 지급 근거가 되는 지자체의 조례에 의하면 이차보전금은 지자체 등이 금융기관의 자금으로 중소기업에 융자를 지원한다고 규정하고 있어 지자체가 이차보전금을 통해 지원하는 대상자가 대상법인들이 아닌 중소기업임을 알 수 있으므로 유가보조금 및 철도운임 감면액에 대한 보상금과 이차보전금을 동일하다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2018서749, 2018.5.30. 같은 뜻임).

(3) 다음으로, 청구법인은 정부로부터 ｢고용보험법｣ 등을 근거로 지급받은 육아휴직장려금이 ｢법인세법｣ 제18조 제6호의 “무상으로 받은 자산의 가액“이므로, 이를 기한경과로 사용하지 못한 이월결손금 보전에 충당하여 각 사업연도의 소득금액 계산시 익금에 산입하지 아니할 수 있다고 주장하나, ｢고용보험법 시행령｣ 제29조 제1항 제2호 및 같은 조 제2항에 따라 정부(고용노동부)에서 근로자에게 육아휴직 등을 30일 이상 허용한 사업주에게 1년을 한도로 육아휴직장려금을 지급하는 취지는 근로자의 육아휴직 기간 동안 해당 근로자에 대한 퇴직급여 적립금, 건강보험료 등 사업주가 육아휴직 근로자의 고용유지에 따라 필수적으로 수반되는 지출에 대한 부담을 경감해 주기 위한 것으로 아무런 경제적 대가관계 없이 일방적으로 무상으로 지급받는 것으로 보기는 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.