2. 피고가 2001. 12. 11. 원고에 대하여 한 등록세 190,944,550원, 지방교육세 35,006,490원의 부과처분을 각 취소하고, 피고가 2002. 1. 12. 원고에 대하여 한 등록세 84,151,490원, 지방교육세 15,427,770원의 부과처분 중 등록세에 관하여는 52,032,824원, 지방교육세에 관하여는 8,479,424원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송총비용은 이를 10분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑1호증의 1, 2, 3, 갑2호증의 1～6, 갑4～28호증, 갑29호증의 1～4, 갑30～56호증, 갑57호증의 1, 2, 갑58～7-호증, 갑71호증의 1, 2, 갑72, 73, 74호증, 갑75호증의 1～6, 을1호증, 을2호증의 1, 2, 을3호증의 1, 2, 3, 을4호증의 1～4, 을5호증의 1～5, 을6호증의 1, 2, 3, 을7호증의 1～4, 을8호증의 1, 2, 3, 을9호증의 1～4, 을10호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 관계법령

별지 기재와 같다.

나. 경기지점의 설치

⑴ 원고 회사는 서울 강서구 염창동 281에 본점을 둔 회사로서 도시가스업법에 따른 도시가스시설을 갖추고 일반도시가스업허가를 받아 도시가스의 제조·공급 및 설비업을 영위하는 회사이다.

⑵ 원고 회사는 1995. 9.경 고양시 토당동 887-5 지상 우일프라자 빌딩 4층을 임차하여 경기지점을 설치하였다.

다. 토지 등의 취득과 경기지점의 이전

⑴ 원고 회사는 1996. 5. 22. 오창현으로부터 고양시 일산구 덕이동 236-1 전 4,888㎡(이하 이 사건 토지라 한다)를 매수하고 1996. 5. 28. 그 소유권이전등기를 경료받았다.

⑵ 원고 회사는 1997. 2. 3.경 이 사건 토지 상에 철근콘크리트조 평슬래브지붕 4층 업무시설 및 방송통신시설, 연면적 합계 9,818㎡(이하 이 사건 건물이라 한다)의 신축공사에 착수하여 1998. 4. 8. 사용승인을 받은 다음 1998. 5. 8. 그 소유권보존등기를 경료하고 1998. 5. 18.경 원고 회사 경기지점을 이 사건 건물로 이전하여 이 사건 토지 및 건물 중 70.67%를 도시가스판매 등 도시가스사업을 영위하기 위한 경기지점의 사무실로 사용하고 있다.

라. 등록세, 지방교육세의 신고·납부

⑴ 원고 회사는 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 경료받을 당시인 1996. 5. 28. 및 1996. 6. 27. 이 사건 토지에 관하여 등록세과세표준(토지가액) 3,285,271,480원, 일반등록세율 1%를 기준으로 하여 산출한 등록세 32,852,710원과 등록세액의 20%에 해당하는 지방교육세 6,750,540원을 신고·납부하였다가 구경기도도세감면조례(이하 감면조례라 한다)에 따라 납부한 세액의 50%를 환급받음으로써 실제로 납부한 세액은 등록세가 16,426,250원(15,875,000 + 551,250), 지방교육세가 3,285,270원(3,175,000 + 110,270)이다.

⑵ 또한 원고 회사는 이 사건 건물에 관한 소유권보존등기를 경료받을 당시인 1998. 5. 8. 이 사건 건물의 등록세과세표준 14,145,046,754원으로 신고함과 아울러 그 중 원고 회사가 직접 사용하는 부분(이하 직접 사용분이라 한다)을 72.12%(원래는 70.67%임)로 보아 이에 관하여 일반등록세율 0.8%, 경기도도세감면조례상의 등록세 감면분 100분의 50을 기준으로 산출한 등록세 40,805,630원과 지방교육세 8,161,120원을 신고·납부하였다{또한, 당시 원고 회사는 이 사건 건물 중 원고 회사가 타인에게 임대한 부분(이하 임대분이라 한다)에 관하여 일반등록세율 0.8%을 기준으로 산출한 등록세 31,549,110원과 지방교육세 6,309,820원을 신고·납부하였다}.

마. 이 사건 처분

⑴ 피고는 원고 회사가 경기지점을 이 사건 건물로 이전한 것은 수도권정비계획법상의 과밀억제권역(이하 대도시라 한다) 안에 지점을 설치한 것으로서 이 사건 토지 및 건물의 소유권이전등기나 소유권보존등기는 구 지방세법상 등록세의 중과세대상으로서 일반세율의 5배에 해당하는 세율이 적용되고(그 중 직접 사용분에 대하여는 감면조례에 따라 50%를 감면), 이 사건 토지 및 건물 중 직접 사용분이 70.67%에 불과하다는 이유로 이 사건 건물 중 직접 사용분에 관하여는 2001. 12. 11., 이 사건 토지 전체에 관하여는 2002. 1. 12. 각 가산세를 포함하여 청구취지 기재와 같은 금액의 등록세와 지방교육세를 추가로 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

⑵ 당시 피고는 이 사건 토지의 과세표준을 위에서 본 3,285,271,480원이 아니라 3,185,000,000원으로 잘못 계산하였고, 이 사건 토지에 관한 환급세액을 간과하여 원래의 납부금액을 기납부세액으로 공제하였다(또한, 피고는 2001. 12. 11. 이 사건 건물 중 임대분 29.33%에 관하여 중과세율 4%를 적용하여 등록세 161,280,680원, 지방교육세 29,568,120원을 추가로 부과하는 처분을 하였다).

2. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

가. 구 지방세법 및 그 시행령상 도시가스사업자가 그 사업을 위하여 부동산을 취득하면서 소유권이전등기 또는 보존등기를 경료하는 경우에는 등록세의 중과세대상에서 제외하도록 되어 있다.

나. 1998년 당시 시행되던 경기도 도세감면조례에 따르면 도시가스사업에 사용되는 부동산에 대하여는 등록세를 감면한다고 규정되어 있는데, 여기에는 지방세법상 등록세 중과세규정도 적용하지 않는다는 뜻까지 포함되어 있다.

다. 원고 회사가 경기지점을 설치한 것은 원고 회사 자신의 판단에 의한 것이 아니라 관계 행정관청 내지는 지방자치단체의 행정명령에 따른 것이므로 이런 경우까지 등록세 중과세규정을 적용하는 것은 부당할 뿐만 아니라 경기지점의 설치는 사실상 본점의 일부이전에 해당하여 등록세 중과세대상이 될 수 없다.

3. 지방세법상 중과세대상인지 여부에 대한 판단

가. 지방세법의 규정

구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제3호 에 의하면, 고양시를 포함한 대도시 지역 내에 지점 또는 분사무소를 설치하는데 따른 부동산등기와 그 설치 이후의 부동산등기에 관하여는 일반 등록세율의 5배에 해당하는 세율을 적용하되, 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 않도록 되어 있고(이하에서는 위 법조 중 중과세하도록 한 본문부분을 중과세규정, 그 예외규정인 단서부분을 중과세면제규정이라 한다), 구 지방세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15982호로 개정되기 전의 것) 제101조 제2항 에 의하면, 제1항 의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우와 다른 업종을 겸용하는 경우의 그 겸용부분에 대하여는 법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용하도록 되어 있다.

나. 지방세법 시행령의 규정

구 지방세법 시행령 제101조 제1항 은 중과세면제규정의 위임에 따라 중과세면제규정이 적용되는 업종을 열거하고 있는데, 그 중 이 사건에 관련된 규정의 개정과정은 아래와 같다.

⑴ 원래 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제1 , 2호 의 내용은 가스를 생산하여 도관에 의하여 공급하는 것을 목적으로 하는 가스업( 제1호 )과 식용수나 공업용수를 도관에 의하여 공급하는 것을 목적으로 하는 상수도업( 제2호 )이었다( 제1 , 2호 는 중과세규정 및 중과세면제규정이 신설될 무렵부터 같은 내용이었던 것으로 보인다).

⑵ 한편, 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제3호 는 공란으로 있다가 1996. 12. 31. 대통령령 제15211호로 구 지방세법 시행령이 개정될 당시 추가되었는데 그 내용은 ‘ 사회간접자본시설에대한민간자본유치촉진법 제2조 의 규정에 의한 사회간접자본시설사업(부대사업을 포함한다)’이었다.

⑶ 1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 구 지방세법 시행령이 개정될 당시 제101조 제1항 제1 , 2호 가 삭제되고 제3호 의 내용이 변경되었는데 변경 후의 제3호 는 ‘ 사회간접자본시설에대한민간자본유치촉진법 제2조 의 규정에 의한 사회간접사본시설사업( 동법 제2조 제2호 및 제3호 의 규정에 의한 시설사업에 한하되, 그 부대사업을 포함한다)’이었다.

⑷ 2001. 12. 31. 대통령령 제17447호로 구 지방세법 시행령이 개정될 당시 제101조 제1항 제3호 의 내용이 현재와 같이 변경되었는데 그 내용은 ‘ 사회간접자본시설에대한민간투자법 제2조 제2호 의 규정에 의한 사회간접자본시설사업( 동법 제2조 제8호 의 규정에 의한 부대사업을 포함한다)’이다(아래와 같이 구사회간접자본시설에대한민간투자유치법은 1998. 12. 31.에 전문개정되었음에도 불구하고 이를 인용한 지방세법 시행령은 뒤늦게 정비되었다).

다. 사회간접자본시설법의 규정

⑴ 1998. 12. 31. 법률 제5624호로 전문개정되기 전의 구 사회간접자본시설에대한민간자본유치촉진법(이하에서는 구 사회간접자본시설법이라 하고, 전문개정된 후의 것은 사회간접자본시설법이라 한다) 제2조 제1호 , 제2호 , 제3호 에 의하면, 사회간접자본시설은 수도법 제3조 제5호 의 규정에 의한 수도 등 제1종 시설과 도시가스사업법 제2조 제5호 의 규정에 의한 가스공급시설 등 제2종 시설을 말하고, 같은 법 제2조 제4호 에 의하면 ‘사회간접자본시설사업’은 사회간접자본시설의 신설·증설 또는 개량에 관한 사업을 말하는 것으로 규정되어 있었다.

⑵ 위와 같이 전문개정된 후의 사회간접자본시설법 제2조 제2호 에 의하면, ‘사회간접자본시설사업’은 사회간접자본시설의 신설·증설·개량 또는 운영에 관한 사업을 말하는 것으로 되어 있다.

⑶ 그러나, 구 사회간접자본시설법상으로도 사회간접자본시설의 신설·증설 또는 개량에 관한 법조항 뿐만 아니라 그 운영에 관한 법조항(구 사회간접자본시설법 제3절 제22조 ～ 제28조 등)이 포함되어 있었다.

라. 지방세법 시행령 제101조 제1항 제3호 의 해석

⑴ 중과세면제규정은 지방세법 제101조 제1항 에 해당하는 업종을 영위하는 자가 취득한 부동산에서 그 업종을 직접 영위하는 경우에 적용되고, 부동산에서 그 업종을 직접 영위하는 경우라 함은 예컨대 도시가스사업자가 취득한 부동산을 도시가스저장시설부지로 사용하는 경우 뿐만 아니라 도시가스사업을 위한 사무실로 사용하는 경우도 포함된다 할 것이다. 그런데 이 사건의 경우 원고 회사가 도시가스사업을 영위하면서 이 사건 토지 및 건물 중 직접 사용분을 경기지점의 사무실, 즉 도시가스사업을 영위하기 위한 사무실로 사용하고 있는 사실은 앞서 인정한 바와 같으므로 원고 회사가 영위하는 도시가스사업이 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제3호 (1996. 12. 31. 신설된 것)에서 말하는 사회간접자본시설사업에 해당하는 이상 이 사건 토지 및 건물 중 직접 사용분에 대하여는 중과세면제규정이 적용되어야 한다 할 것이다.

⑵ 그런데, 구 사회간접자본시설법 제2조 제4호 에 의하면, 사회간접자본시설사업이란 사회간접자본시설의 신설·증설 또는 개량에 관한 사업을 말하는 것으로 규정되어 있고, 같은 법 제2조 제3호 , 도시가스사업법 제2조 제5호 , 같은 법 시행규칙 제2조 제3항 에 의하면 사회간접자본시설 중 하나인 도시가스시설이란 도시가스제조사업소, 인수기지 및 배관설비 등을 말하는 것으로 되어 있으므로 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제3호 에서 말하는 사회간접자본시설사업이 구 사회간접자본시설법 제2조 제4호 에서 정의하는 사회간접자본시설사업을 말한다고 볼 경우 도시가스시설 자체를 ‘신설·증설 또는 개량’하는 사업에 사용하는 부동산에 한하여서만 중과세면제규정이 적용되고 이 사건 직접 사용분과 같이 주로 도시가스의 판매 등을 위한 사무실로 사용되는 부동산에 대하여는 중과세면제규정이 적용되지 않는 것으로 해석할 여지가 없는 것은 아니다.

⑶ 그러나, ① 현행 지방세법 시행령 제101조 제1항 제3호 가 사회간접자본시설법상의 사회간접자본시설업에 관한 정의규정을 직접 원용하고 있는 것과는 달리 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제3호 는 ‘ 구 사회간접자본시설법 제2조 에 의한 사회간접자본시설사업’ 또는 ‘ 구 사회간접자본시설법 제2조 의 규정에 의한 사회간접자본시설사업( 동법 제2조 제2호 및 제3호 의 규정에 의한 시설사업에 한하되)’이라고 규정하고 있으므로 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제3호 에서 말하는 사회간접자본시설사업을 해석함에 있어 반드시 구 사회간접자본시설법 제2조 제4호 의 정의규정을 따라야 하는 것은 아니고, 구 지방세법상의 중과세규정 및 그 면제규정이나 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 각호 의 입법취지를 감안하여 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제3호 의 사회간접자본시설사업을 독자적으로 해석하여야 하는 점, ② 도시가스사업 및 상수도사업을 중과세면제규정의 적용대상으로 규정한 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제1 , 2호 가 계속 존속하고 있다가 1996. 12. 31. 제3호 가 신설됨을 계기로 1997. 10. 1. 삭제되었는데, 이는 도시가스사업이나 상수도사업의 경우 제3호 에 의하여 규율될 수 있다는 사정에 기인한 것으로 보아야 하므로 특별한 사정이 없는 한 도시가스사업 등의 경우 제1 , 2호 의 삭제 전후를 막론하고 동일하게 중과세면제규정에 해당하는지 여부를 판단하여야 하는 점, ③ 현행 지방세법 시행령 제101조 제1항 제3호 , 사회간접자본시설법 제2조 제2호 의 규정 및 삭제되기 전의 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제1 , 2호 의 규정에 의하면, 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제1 , 2호 가 삭제된 1997. 10. 1. 이전 및 사회간접자본시설법이 전문개정된 1998. 12. 31. 이후에는 도시가스시설의 신설, 증설, 개량은 물론 그 운영에 관한 사업, 즉 도시가스판매업을 위하여 사용하는 부동산의 소유권이전등기 또는 보존등기에도 중과세면제규정의 적용대상이 되는데 의문의 여지가 없는 바, 입법자가 특별히 1997. 10. 1.부터 1998. 12. 31.까지의 기간에 대하여만 도시가스사업 중 도시가스시설의 신설, 증설, 개량 등에 관한 사업에 한하여 중과세면제규정을 적용할 의도로 위와 같은 입법을 하였다고는 볼 수 없는 점, 더구나 ④ 도시가스판매사업 등 사회간접자본시설에 관한 사업의 성격상 그 시설의 신설, 증설, 개량이 필연적으로 수반되고, 비록 구 사회간접자본시설법 제2조 제4호 가 사회간접자본시설사업의 개념을 사회간접자본시설의 신설·증설 또는 개량으로 한정하고 있으나 같은 법 자체에도 사회간접자본시설의 운영에 관한 다수의 규정을 두는 등 구 사회간접자본시설법도 사회간접자본의 신설, 증설, 개량 뿐만 아니라 운영에 관하여도 규율하고 있으므로 구 사회간접자본시설법상의 사회간접자본시설사업 자체도 사회간접자본시설의 운영까지 포함되는 것으로 해석할 여지가 있는 점, ⑤ 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제3호 의 사회간접자본시설사업을 사회간접자본시설의 신설, 증설, 개량에 관한 사업으로 한정하여 해석할 경우 어떤 사회간접자본시설에 관한 사업자가 사회간접자본시설을 운영하는 과정에서 그 시설을 신설, 증설, 개량하는 경우 그 사업자가 취득하는 부동산이 사회간접자본시설의 신설, 증설, 개량에만 사용되는 것인지, 아니면 그 운영에도 사용하는 것인지, 아니면 운영에 한하여 사용하는 것인지 구분하여 중과세여부를 결정하여야 할 것인데 그와 같은 구분은 사실상 불가능할 뿐만 아니라 관계법령상 그 구분에 관한 아무런 규정도 없는 점 등에 비추어 볼 때 구 지방세법 제101조 제1항 제3호 에서 말하는 ‘사회간접자본시설사업’이란 사회간접자본시설에 관한 사업 즉, 이 사건의 경우 도시가스시설의 신설·증설 또는 개량은 물론 도시가스판매 등 도시가스시설의 운영에 관한 사업까지 포함하는 넓은 개념으로 보아야 할 것이다.

⑷ 따라서 이 사건 건물 중 직접 사용분 및 이 사건 토지 중 직접 사용분에 해당하는 부분은 사회간접자본시설인 도시가스시설의 신설·증설 또는 개량, 운영에 관한 업종을 영위하는 원고 회사가 그 사업을 위하여 직접 사용하는 부분으로서 그 소유권이전등기 또는 보존등기에 대하여는 중과세면제규정이 적용되어야 할 것이므로 이와는 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

⑸ 나아가 원고 회사가 추가로 납부할 정당한 세액에 관하여 살피건대, 이 사건 건물 및 이 사건 토지 중 직접 사용분에 관하여는 원고 회사가 신고·납부한 세액이 정당한 세액이므로 추가로 납부할 세액이 없고, 이 사건 건물 중 임대분에 관하여는 원고가 소송을 제기한 바 없으므로 이 사건 토지 중 임대분에 대하여만 정당한 세액을 산출하면 될 것인바, 그 세액을 산출하면 별지 세액계산서 기재와 같으므로 토지에 관한 이 사건 처분 중 등록세액 52,032,824원, 지방교육세액 8,479,424원을 초과하는 부분은 취소되어야 하고, 이 사건 건물 중 직접 사용분에 관한 부분은 전부 취소되어야 할 것이다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유있어 인용하고, 나머지 청구는 이유없어 기각할 것인바, 제1심 판결 중 이와 일부 결론을 달리한 원고 패소부분은 부당하므로 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.