2. 소송비용은 피고가 부담한다.

"가. 원고는 2000. 7. 22. 서울 BB구 CC동 509 DDDD아파트 제102동 제1310호 (이하이 사건 아파트'라 한다)에 관하여 1997. 12. 11 매매를 원인으로 한 소유권 이전등기를 마쳤고, 2000. 7. 19. 이 사건 아파트 소재지에 주민등록 전입신고를 하고 그 무렵부터 이 사건 아파트에서 거주하였다.",나. 원고는 EEEEE 주식회사에서 근무하던 중 2002. 6. 20.자로 위 회사의 중국 현지법인의 법인장으로 파견근무하는 내용의 인사명령을 받았고, 이에 따라 2002. 6. 15.경 이 사건 아파트를 임대하고 2002. 6. 20. 처 이FF, 딸 유GG와 함께 중국으로 출국하였으며, 그 후로 중국에서 계속 거주하여 왔다.

다. 원고는 중국에서 거주하던 중인 2008. 1. 16. 당시 국내에 소유하고 있던 유일한 주택인 이 사건 아파트에 관하여 노HH 앞으로 2007. 11. 23. 매매를 원인으로 한 소 유권이전등기를 하여 주었는데, 이 사건 아파트의 매매가 소득세법상의 양도소득세 비 과세대상인 1세대 1주택의 양도에 해당한다고 보아 양도소득세 과세표준 및 세액을 신고하지 않았다.

라 피고는 원고의 이 사건 아파트의 매매가 소득세법상의 양도소득세 비과세대상인 1세대 1주택의 양도에 해당하지 않는 것으로 보아 2010. 1. 4. 원고에 대하여 이 사건 아파트의 매 매 에 관한 2008년 귀속 양도소득세(가산세 포함) 55,216,330원을 부과하는 내용의 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 갑 제1호증, 을 제1, 2, 3호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 아파트를 취득하여 1년 이상 거주하다가 해외파견근무로 세대전원이 중국으로 주거를 이전하게 된 부득이한 사유로 1세대 1주택인 이 사건 아파트를 양도 하였으므로, 원고의 이 사건 아파트의 양도는 구 소득세법시행령(2008. 2. 22. 대통령 령 제20618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제154조 제1항 단서 제3호에 해당하여 1세대 1주택 보유기간 및 거주기간 요건의 제한 없이 양도소득세 비과세대상에 해당하고, 이와 달리 보아 이루어진 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호는 대통령령이 정하는 1세대 1주택과 이에 부수되는 일정 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니한다고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 소득세법시행령 제154조 제1항은 1세대 1주택이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시 등에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다고 규정하면서, 비과세요건인 1세대 1주택 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않은 경우로 단서 제3호에서 '1년 이상 거주한 주택을 재정경제부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 기타 부득이한 사유로 양도하는 경우'를 규정하고 있으며, 그 위임에 따른 구 소득세법시행규칙(2008. 4. 29. 기획재정부령 15호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조 제3항은 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 기타 부득이한 사유라 함은 세대 전원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시・군으로 주거를 이전하는 경우를 말한다고 규정하면서, 제2호에서 '직장의 변경이나 전근 등 근무상의 형편'을 규정하고 있다.

이 사건의 경우, 구 소득세법시행령 제154조 제1항 단서 제3호는 '거주자가 구성하는 1세대'가 양도일 현재 국내에 보유하고 있던 '1년 이상 거주한 1주택'을 '재정경제부령이 정하는 부득이한 사유로 양도'하는 경우에는 양도소득세 비과세요건인 1세대 1주택의 보유기간 및 거주기간 요건을 충족하지 못하였더라도 양도소득세 비과세대상이 되도록 규정하고 있는 점, 원고는 이 사건 아파트의 양도 당시 비록 중국에서 거주하고 있었지만 내국법인인 EEEEE 주식회사 소속으로 그 회사의 중국 현지법인에 파견되어 근무하고 있었던 만큼 구 소득세법시행령 제3조의 '내국법인의 국외사업장 등에 파견된 임원 또는 직원'으로서 소득세법상 양도소득세 비과세의 적용대상인 거주자에 해당하고, 원고의 이 사건 아파트 양도 당시 이 사건 아파트는 거주자인 원고가 구성하는 1세대가 국내에 보유하고 있던 '1년 이상 거주한 1주택'에 해당하는 점, 구 소득세법시행령 제154조 제1항 단서 제3호의 취지는 주택이 국민의 주거생활의 기초가 되는 것인 만큼 1세대가 국내에 보유하는 1년 이상 거주한 1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 거주하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하여 주려는 것이므로, 구 소득세법시행령 제154조 제1항 단서 제3호에서 '부득이한 사유'를 재정경제부령으로 정하도록 하는 취지로 보이고, 원고가 해외파견근무라는 근무상의 형편으로 국외로 주거를 이전하였음에도 그 주거이전의 장소가 국내의 다른 시・군이 아닌 국외라는 이유로 구 소득세법시행규칙 제71조 제3항 제2호에 해당하지 않는다고 보는 것은 위와 같은 구 소득세법시행령 제154조 제1항 단서 제3호의 위임 취지 및 내용에 부합하지 않을 뿐 아니라 이미 구 소득세법시행령 제154조 제1항 단서 제3호에 의하여 확정된 '거주자가 구성하는 1세대'의 범위를 구 소득세법시행규칙 제71조 제3항 제2호에 의하여 실질적으로 축소시키는 것과 같은 결과를 초래할 수도 있는 점, 구 소득세법시행령 제154조 제1항 단서 제3호와 제154조 제1항 단서 제2호 다목은 그 요건이 서로 다르므로 1세대 1주택의 양도인이 양도 당시 근무상의 형편 등으로 국외에 거주하는 경우에 구 소득세법시행령 제154조 제1항 단서 제2호 다목만이 적용될 수 있고 구 소득세법시행령 제154조 제1항 단서 제3호는 적용되지 않는다고 볼 수는 없는 점 등을 종합하여 보면, 원고의 이 사건 아파트 양도는 거주자가 구성하는 1세대가 양도 당시 국내에 보유하고 있던 1년 이상 거주한 1주택을 양도한 경우로서 그 양도 당시에 원고의 해외파견근무로 세대전원이 국외로 주거를 이전하는 사유가 있었던 것이므로, 이는 구 소득세법시행령 제154조 제1항 단서 제3호에 해당하여 이 사건 주택에서의 거주기간이 2년에 미달하더라도 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 및 구 소득세법시행령 제 154조 제1항의 1세대 1주택의 양도로서 양도소득세 비과세대상이 된다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 사건 아파트의 양도가 소득세법상의 양도소득세 비과세대상인 1 세대 1주택의 양도에 해당하지 않는 것으로 보아 이루어진 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3.결론

원고의 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.