청구인은 2006.10.27. 서울특별시 OO구 OO동 239번지에 소재한 밭 3,563㎡ 중 청구인 지분인 15분의 6(이하 “쟁점농지”라 한다)을 OOOOO(OO)OO에 공공용지의 협의취득을 원인으로 양도하면서, 조세특례제한법에 의한 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상 소득금액 계산시 주거지역 편입일을 ‘OOOO국민임대주택단지예정지구’ 실시계획 승인·고시일인 2005.12.29.로 보아 동 일자까지 발생한 양도소득금액을 감면하는 것으로 양도소득세를 신고·납부하였다.

처분청은 쟁점농지의 주거지역 편입일을 쟁점농지가 ‘OOOO국민임대주택단지예정지구’로 지정되어 관보에 고시된 2005.5.7.로 보아 감면대상 양도소득금액을 계산하여 2007.4.2. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 42,068,790원을 경정·고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2007.4.24. 이의신청을 거쳐 2007.7.25. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점농지는 2005.5.7. 건설교통부장관에 의하여 ‘OOOO국민임대주택단지예정지구’로 지정·고시되었고, 건설교통부장관은 2005.12.29. ‘OOOO국민임대주택단지조성사업’ 실시계획을 승인·고시하였는 바, 조세특례제한법 제69조제1항 단서의 규정에 의한 ‘주거지역에 편입된 날’이라 함은「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제30조제6항에 따라 도시관리계획의 결정내용을 건설교통부장관이 관보에 고시한 날을 의미하므로(OOOOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO, OOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO), 쟁점농지는「국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법」에 의하여 국민임대주택단지예정지구로 지정·고시되고 실시계획이 승인·고시된 것으로서, 같은 법 제12조제1항제6호에 의하면, “국민임대주택단지 조성사업 실시계획의 승인의 고시가 있는 때에는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제30조의 규정에 의한 도시관리계획의 결정의 고시가 있는 것으로 본다”라고 규정되어 있는 바, 쟁점농지는 2005.12.29.이 주거지역 편입일이며, 서울특벼릿 OO구청에서도 국민임대주택단지로 지정된 OO동 일대가 제2종 일반주거지역으로 확정된 날짜를 2005.12.29.로 확인하고 있으므로, 처분청이 쟁점농지의 주거지역 편입일을 ‘OOOO국민임대주택단지예정지구’로 지정·고시된 날인 2005.5.7.을 기준으로 감면 양도소득금액을 계산하여 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「택지개발촉진법」제3조에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 때는「국토의 이용 및 개발에 관한 법률」제42조에 의하여 주거지역으로결정·고시된 것으로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 제3조제4항과 같은 법 시행령 제4조에 의하여 건설교통부장관이 예정지구의 명칭, 위치, 지정일자 및 면적 등을 고시한 날을 도시지역에 편입된 날로 보도록 규정하고 있으므로, 쟁점농지의 경우 청구인이 주거지역 편입일을 예정지구 지정변경 및 실시계획 승인을 고시한 2005.12.29.을적용하여 신고하였으나, 건설교통부장관이 예정지구를 관보에 고시한날이 주거지역에 편입된 날인 2005.5.7.로 봄이 타당하고, 그에 따라 감면대상 양도소득금액을 계산하여 부과한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점농지의 주거지역 편입일이 국민임대주택단지예정지구로 지정·고시된 날인지, 국민임대주택단지조성사업 실시계획 승인·고시일인지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것)

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】③납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

(2) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 것)

제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】①농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만,당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역 등”이라 한다)에 편입되거나「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(3) 조세특례제한법시행령

제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】④법 제69조제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 지방자치법」 제3조제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

⑦법 제69조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 소득" 이라 함은 「소득세법」 제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

(주거지역 등에 편입되거나 (취득당시의

환지예정지 지정을 받은 － 기준시가)

날의 기준시가)

양도소득금액 ×───────────────────────

(양도당시의 기준시가)―(취득당시의 기준시가)

(4) 택지개발촉진법

제3조【예정지구의 지정 등】①건설교통부장관(지정하고자 하는 예정지구의 면적이 20만제곱미터 미만인 경우로서 2 이상의 특별시·광역시 또는 도에 걸치지 아니한 경우에는 특별시장·광역시장 또는 도지사를 말하며, 이하 제2항 내지 제4항, 제3조의2제1항, 제3조의3제1항, 제4조, 제7조제1항·제3항, 제8조, 제9조제1항·제3항·제4항, 제11조제1항·제2항, 제18조제1항, 제20조제4항, 제23조, 제23조의2, 제24조제1항 및 제27조에서 같다)은 주택법 제7조제1항의 규정에 의한 택지수급계획이 정하는 바에 따라 택지를 집단적으로 개발하기 위하여 필요한 지역을 예정지구로 지정할 수 있다.

④건설교통부장관이 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 예정지구를 지정, 변경 또는 해제한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 고시하여야 한다.

(5) 택지개발촉진법시행령

제4조【예정지구 지정 등의 고시】①건설교통부장관은 예정지구를 지정한 때에는 법 제3조제4항의 규정에 의하여 다음 각호의 사항을 고시하여야 한다.

1. 예정지구의 명칭

2. 예정지구의 위치

3. 예정지구의 지정일자

4. 예정지구로 지정된 면적

②제1항의 규정은 예정지구의 변경 또는 해제의 경우에 이를 준용한다.

(6) 국토의계획및이용에관한법률

제30조【도시관리계획의 결정】①시·도지사는 도시관리계획을 결정하고자 하는 때에는 관계 행정기관의 장과 미리 협의하여야 하며, 건설교통부장관(제40조에 따른 수산자원보호구역의 경우 해양수산부장관을 말한다. 이하 이 조에서 같다)은 도시관리계획을 결정하고자 하는 때에는 관계 중앙행정기관의 장과 미리 협의하여야 한다. 이 경우 협의요청을 받은 기관의 장은 특별한 사유가 없는 한 그 요청을 받은 날부터 30일 이내에 의견을 제시하여야 한다.

②시·도지사는 제24조제5항의 규정에 의하여 건설교통부장관이 입안하여 결정한 도시관리계획을 변경하거나 그 밖에 대통령령이 정하는 중요한 사항에 관한 도시관리계획을 결정하고자 하는 때에는 미리 건설교통부장관과 협의하여야 한다.

⑤제1항 내지 제4항의 규정은 결정된 도시관리계획을 변경하고자 하는 경우에 이를 준용한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥건설교통부장관 또는 시·도지사는 도시관리계획을 결정한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 고시하고, 건설교통부장관 또는 도지사는 관계 서류를 관계 특별시장·광역시장·시장 또는 군수에게 송부하여 일반이 열람할 수 있도록 하여야 하며, 특별시장·광역시장은 관계 서류를 일반이 열람할 수 있도록 하여야 한다.

제42조【다른 법률에 의하여 지정된 지역의 용도지역지정 등의 의제】①다음 각호의 1의 구역 등으로 지정·고시된 지역은 이 법에 의한 도시지역으로 결정·고시된 것으로 본다.

1. 「항만법」제2조제4호의 규정에 의한 항만구역으로서 도시지역에 연접된 공유수면

2.「어촌· 어항법」제17조제1항의 규정에 의한 어항구역으로서 도시지역에 연접된 공유수면

3. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조제5호가목 내지 다목에 따른 국가산업단지, 일반산업단지 및 도시첨단산업단지

4. 「택지개발촉진법」제3조의 규정에 의한 택지개발예정지구

5. 「전원개발촉진법」제5조 및 동법 제11조의 규정에 의한 전원개발사업구역 및 예정구역(수력발전소 또는 송·변전설비만을 설치하기 위한 전원개발사업구역 및 예정구역을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)

(7) 국토의계획및이용에관한법률시행령

제25조【도시관리계획의 결정】①법 제30조제2항에서 "대통령령이 정하는 중요한 사항에 관한 도시관리계획"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 도시관리계획을 말한다. 다만, 제3항 각호 및 제4항 각호의 사항과 관계 법령에 의하여 건설교통부장관과 미리 협의한 사항을 제외한다.

1. 광역도시계획과 관련하여 시·도지사가 입안한 도시관리계획

2. 개발제한구역이 해제되는 지역에 대하여 해제 이후 최초로 결정되는 도시관리계획

3. 2 이상의 시·도에 걸치는 기반시설의 설치·정비 또는 개량에 관한 도시관리계획중 건설교통부령이 정하는 도시관리계획

(8) 국민임대주택건설등에관한특별조치법

제5조【국민임대주택단지예정지구의 지정 등】①건설교통부장관은 단지조성사업을 추진하기 위하여 필요한 지역을 국민임대주택단지예정지구(이하 "예정지구"라 한다)로 지정하거나 지정된 예정지구를 변경 또는 해제할 수 있다.

②단지조성사업자는 건설교통부장관에게 예정지구의 지정·변경 또는 해제를 제안할 수 있다.

③건설교통부장관은 제1항의 규정에 의하여 예정지구를 지정하거나 지정된 예정지구를 변경하고자 하는 때에는 국민임대주택단지개발계획을 수립하여 미리 서울특별시장·광역시장 또는 도지사(이하 "시·도지사"라 한다) 및 관계 중앙행정기관의 장과 협의한 후 제32조의 규정에 의한 주거환경자문위원회의 자문 및 국토의계획및이용에관한법률 제106조의 규정에 의한 중앙도시계획위원회의 심의를 받아야 한다. 이 경우 동법 제8조 및 제9조의 규정은 적용하지 아니한다.

제7조【예정지구지정의 고시 등】①건설교통부장관은 예정지구를 지정하거나 지정된 예정지구를 변경 또는 해제하는 경우 예정지구의 위치·면적·단지조성사업자 등 주요사항을 대통령령이 정하는 바에 따라 고시하고, 관계 서류의 사본을 관계 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 송부하여야 한다.

②제1항의 규정에 의하여 관계 서류의 사본을 송부받은 시장·군수 또는 구청장은 이를 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다.

제11조【단지조성사업 실시계획의 승인 등】①단지조성사업자는 사업규모와 내용, 사업기간, 재원조달계획 그 밖에 대통령령이 정하는 사항 등을 포함한 단지조성사업 실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 수립하여 건설교통부장관의 승인을 얻어야 한다. 다만, 제6조제1항의 규정에 의하여 주거지역안에서 예정지구를 지정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

②단지조성사업자는 제1항의 규정에 의하여 실시계획을 수립하는 경우에는 관계 법령에 의한 환경·교통·재해·인구 등에 대한 영향평가 조사·계획 또는 대책 등의 결과를 실시계획에 반영하여야 한다.

③건설교통부장관은 제1항의 규정에 의하여 실시계획을 승인한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 고시하고, 관계 서류의 사본을 관계 시장·군수 또는 구청장에게 송부하여야 한다.

제12조【다른 법률과의 관계】①제11조의 규정에 의하여 실시계획의 승인이 있는 때에는 다음 각호의 승인·허가·인가·결정·신고·지정·면허·협의·동의·해제·심의 등(이하 "인·허가 등"이라 한다)을 받은 것으로 보며, 실시계획의 승인의 고시가 있은 때에는 다음 각호의 법률에 의한 인·허가 등의 고시 또는 공고가 있는 것으로 본다.

6. 국토의계획및이용에관한법률 제30조의 규정에 의한 도시관리계획의 결정, 동법 제50조의 규정에 의한 지구단위계획의 결정, 동법 제56조의 규정에 의한 개발행위허가, 동법 제86조의 규정에 의한 도시계획시설사업의 시행자의 지정 및 동법 제88조의 규정에 의한 실시계획의 인가, 동법 제118조의 규정에 의한 토지거래계약의 허가

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점농지의 양도와 관련하여 8년 자경농지 양도소득세 감면세액 계산시 주거지역에 편입된 날의 기준시가를 ‘OOOO국민임대주택단지예정지구’ 실시계획 승인일인 2005.12.29.의 기준시가를 적용하여 이 건 양도소득세를 신고·납부한 사실이 2005.12.29. 관보 및 예정신고서 등에 의하여 확인된다.

(2)처분청은 쟁점농지의 양도소득세 감면소득금액 계산과 관련하여주거지역에 편입된 날을 ‘OOOO국민임대주택단지예정지구’가 지정되어 관보에 고시된 날인 2005.5.7.로 보아 동 일자의 기준시가를 적용하여 계산한 사실이 2005.5.7. 관보 및 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(3) 쟁점농지가 양도 당시 8년 자경농지에 해당한다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간 다툼이 없다.

(4)청구인은 1988.10.30. 상속을 원인으로 하여 취득한 쟁점농지를공공용지의 협의 취득을 등기원인으로 하여 에스에이치(SH)공사에 2006.10.27. 양도한 사실이 토지등기부등본에 의하여 확인된다.

(5) 청구인은 쟁점농지의 주거지역 편입일을 ‘OOOO국민임대주택단지조성사업’ 실시계획 승인·고시일이 2005.12.29.이므로 동 일자까지 발생한 양도소득금액을 감면하여야 한다고 주장하고 있고, 처분청은 ‘OOOO국민임대주택단지예정지구’로 지정되어 고시된 2005.5.7.자로 보아 감면대상 양도소득금액을 계산하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(가) 쟁점농지는 2005.5.7. 건설교통부장관에 의하여 ‘OOOO국민임대주택단지예정지구’로 지정·고시(OOOOOOO OOOOOOOOOO)되었으며, 건설교통부장관은 2005.12.29. ‘OOOO국민임대주택단지조성사업’ 실시계획을 승인·고시(OOOOOOO OOOOOOOOOO)한 사실이 관련 관보에 의하여 확인된다.

(나) 조세특례제한법 제69조제1항 단서조항에 의하면, 감면대상농지라 하더라도 취득일부터「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득에 대하여만 감면하여 주도록 되어 있고, 여기서 “편입된 날”이라 함은「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제30조제6항의 규정에 따라 도시관리계획의 결정내용을 건설교통부장관이 관보에 고시한 날을 의미한다고 규정하고 있다.

(다) 쟁점농지는「국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법」에 의하여 국민임대주택단지 예정지구로 지정·고시되고 실시계획이 승인·고시된 것으로서, 「국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법」제12조(다른 법률과의 관계) 제1항제6호의 규정에 의하면, “국민임대주택단지 조성사업 실시계획의 승인의 고시가 있는 때에는「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제30조의 규정에 의한 도시관리계획의 결정의 고시가 있는 것으로 본다”고 규정되어 있는 바, 쟁점농지의 지정·고시의 근거법이「택지개발촉진법」이 아닌 「국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법」제5조이고,「택지개발촉진법」과는 달리「국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법」에 대하여는「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제42조제1항에 별도의 의제규정이 없다.

(라) 쟁점농지의 관할구청인 서울특별시 OO구청은 쟁점농지가 속한 서울특별시 OO구 OO동 일대가 국민임대주택단지로 지정되어 제2층 일반주거지역으로 확정된 날짜를 2005.12.29.로 확인한 사실이 OO구청의 정보공개 결정통지서에 의하여 확인된다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하면, 건설교통부장관이 「국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법」제5조·제7조 및 제11조의 규정에 의거 쟁점농지가 속한 서울특별시 OO구 OO지역토지에 대하여 ‘OOOO국민임대주택단지예정지구’로 지정하고 실시계획을 승인·고시하였고, 이 경우 같은 법 제12조에서「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제30조에서 규정한 도시관리계획의 결정·고시가 있는 것으로 보고 있으므로 쟁점농지는 위 실시계획 승인·고시일인 2005.12.29.에 주거지역에 편입된 것으로 보는 것이 타당하다 할 것인 바(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO OO OO), 처분청이 쟁점농지의 주거지역 편입일을 쟁점농지가 ‘OOOO국민임대주택단지예정지구’로 지정되어 관보에 고시된 2005.5.7.자로 보아 감면대상 양도소득금액을 계산하여 이 건 양도소득세를 부과한 당초 처분은 잘못이 있다고 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007년 11월 7일

주심국세심판관 박 동 식

배석국세심판관 김 홍 기

허 병 우

장 인 태