2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 2. 26. 원고들에 대하여 한 2016년 귀속 별지 '양도소득세 거부처분 내

역' 기재의 양도소득세 경정거부처분을 모두 취소한다.

가. 원고들은 아래와 같이 2016. 1. 1. 기준으로 비상장 중소기업인 주식회사 BB(이하 '이 사건 회사'라 한다)의 발행주식을 아래와 같이 보유하다가, 2016. 12. 20.아래와 같이 주식 합계 966,500주(이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 CC 주식회사에 1주당 23,835원씩 합계 655,462,500원에 양도하였다.

나. 원고들은 2017. 2. 28. 이 사건 주식의 양도가 '대주주가 양도하는 중소기업 주식'에 해당함을 전제로, 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전것, 이하 '구 소득세법'이라 한다) 제104조 제1항 제11호 다.목에서 정한 20%의 세율을 적용하여 아래와 같이 2016년 귀속 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다.

다. 원고들은 2017. 12. 27. "구 소득세법 제104조 제1항 제11호의 나.목에 따른 10% 세율의 적용이 배제되는 '대주주'는 '주권상장법인의 대주주'를 의미하는 것인데, 원고들은 주권상장법인의 대주주가 아니므로 이 사건 주식의 양도에 관하여는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목에서 정한 10%의 세율이 적용되어야 한다"고 주장하면서, 이미 납부한 2016년 귀속 양도소득세 중 아래와 같은 금액의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 피고는 2018. 2. 26. '비상장 중소기업의 대주주가 양도한 주식에 대해서도 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목의 적용이 배제되어 같은 호 다.목에서 정한 20% 의 세율이 적용된다'는 이유로 원고들에 대하여 각 양도소득세 경정거부처분(이하 '이사건 각 처분'이라 한다)을 하였다.

마. 원고들은 이 사건 각 처분에 불복하여 2018. 5. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2018. 8. 2. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고들의 주장

아래와 같은 이유로 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목 및 구 소득세법 시행령(2017. 1. 17. 대통령령 제27793호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법 시행령'이라 한다) 제157조 제4항에서 규정하고 있는 '대통령령으로 정하는 대주주'는, "자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 '상장법인'이라 한다)의 주식 등을 보유한 주주 중에서 일정 비율 이상의 주식을 보유한 주주"를 의미하는 것으로 해석해야 한다. 따라서 상장법인이 아닌 법인(이하 '비상장법인'이라 한다)인 이 사건 회사의 주주에게는 대주주의 개념이 적용될 수 없으므로, 중소기업으로서 비상장법인의 주식(이하 '비상장주식'이라 한다)인 이 사건 주식을 양도한 원고들에게는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목에 따라 양도소득세율 10%가 적용되어야 한다. 즉, 원고들은 위 나.목의 적용 요건인 '대주주가 아닌 자'에 해당한다.

1) 구 소득세법 시행 전 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대해서는 10%의 세율이 적용되었으나, 구 소득세법은 제104조 제1항 제11호 나.목에서 중소기업 주식의 양도소득에 대해서 10%의 세율이 적용되는 경우를 '대주주가 아닌 자가 양도하는 경우'로 한정하여, 중소기업의 대주주가 주식을 양도하는 경우에는 20%의 세율이 적용되도록 개정하였다.

한편 대주주의 범위를 대통령령인 소득세법 시행령에 위임하고 있는 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목은 '주권상장법인의 주식 등으로서 총 주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주'라고 규정하고 있다. 위 규정의 문리해석상 '대주주'는 '주권상장법인의 주식 등으로서'의 수식을 받으므로, 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제157조 제4항에서 정하는 대주주는 당연히 '상장법인의 대주주'만을 의미하는 것으로 봄이 타당하고, 이와 달리 '비상장법인의 대주주'의 범위에 대하여는 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목에서 대통령령에 위임한 바가 없는 이상, 비상장법인의 대주주에 대하여는 구 소득세법 시행령 제157조 제4항이 적용된다고 볼 수 없다.

이는, 만약 구 소득세법 시행령 제157조 제4항에서 상장법인의 대주주 외에 비상장법인의 대주주 범위까지 규율할 의도가 있었다면, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목뿐 아니라 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목에서도 비상장법인의 대주주 범위를 구 소득세법 시행령에 위임하는 입법형식을 취했어야 한다는 점에서도 더욱 그러하다.

2) 구 소득세법 이전에는 상장주식의 양도에 대하여 양도소득세를 부과하지 않았으나, 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세형평을 기하기 위하여 상장주식을 거래하는 경우에 대하여도 양도소득세를 과세하도록 하는 차원에서 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목이 도입되었다. 이러한 입법연혁에 비추어 보더라도, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목은 상장법인의 대주주만을 대상으로 하는 규정으로 봄이 자연스럽다.

이와 관련, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 나.목에서는 비상장주식은 모두 양도소득의 범위에 포함시킨다고 규정하고 있으므로, 비상장주식에 관하여는 대주주와 소액주주를 구별하여 양도소득세를 산출할 필요가 없는 것이다.

3) 구 소득세법이 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되면서1) 제104조 제1항 제11호 가.목에서 종전과 달리 '대주주'의 개념에 관하여 별도로 정의하는 규정을 두게되었고, 이에 따라 2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정된 소득세법 시행령 제167조의8 제1항에서 대주주를 '상장법인의 대주주'와 '비상장법인의 대주주'로 구분하여 규정하게 되었던바, 위와 같은 입법과정에 비추어 보더라도, 소득세법령의 개정에 의하여 비로소 대주주의 범위에 비상장법인의 대주주까지 포함된 것임을 알 수 있다. 따라서 이와 달리 구 소득세법 및 구 소득세법 시행령에서는 비상장법인에 대한 대주주 개념을 규정한 바 없음에도 불구하고, 상장법인의 대주주에 대한 규정을 비상장법인에도확대적용하는 것은 조세법률주의와 과세요건 명확주의에 부합하지 않는다.

4) 구 소득세법 시행령 제157조 제5항은 '코스닥 상장주식', '코넥스 상장주식', 1) 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 소득세법의 시행일은 2017. 1. 1.이다. '벤처기업 주식'에 대하여만 대주주의 범위를 규정하고 있고, '기타 법인의 주식'에 관하여는 별도로 대주주의 범위를 규정하고 있지 않는 점을 고려하더라도, 비상장법인에 대하여는 대주주 개념 자체가 존재하지 않는다고 보아야 한다. 이와 관련 구 소득세법 시행령 제157조 제6항 제2호에서 상장주식 외의 주식에 대한 시가총액 산정기준을 규정하고 있으나, 위 규정이 전제하는 같은 조 제4항 제2호의 규정은 상장법인의 대주주 범위를 판정하기 위한 것이므로, 구 소득세법 시행령 제157조 제6항의 시가총액 기준은 비상장법인이 아닌 상장법인의 대주주를 판단하기 위한 규정에 불과하다.

5) 피고는, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목의 '대주주'에 비상장법인에 대한 대주주도 포함될 수 있다는 근거로 헌법재판소 2006. 2. 23. 선고 2004헌바32, 2005헌바63ㆍ02ㆍ04ㆍ05(병합) 결정을 들고 있는데, 위 헌법재판소 결정은 상장법인 주식의 양도소득 범위를 대통령령에 위임한 것이 포괄위임금지에 위배되는지 여부를 판단한 것일 뿐, 위 규정에서 비상장법인의 대주주 개념도 정의하고 있는지 여부를 다룬 것이 아니다. 따라서 위 헌법재판소 결정을 근거로 이 사건 각 처분의 적법성을 주장할 수는 없다.

나아가 위 헌법재판소 결정 및 피고가 이 사건 각 처분의 근거로 원용하는 대법원2007. 11. 29. 선고 2006두18041 판결은 구 소득세법 제94조 제1항 제3항이 도입되기 전 비상장법인의 대주주 범위를 규정하고 있던 구 소득세법(1998. 12. 28. 법률 제5580호로 개정되고, 2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 것) 및 구 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것)에 관한 결정 및 판결이므로, 2016년도에 양도된 이 사건 주식에 적용될 구 소득세법의 해석에 관한 이 사건 각 처분의 근거로 삼을 수 없다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 각 처분의 적법(適法)

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2012. 7. 5. 선고 2012두3972 판결 등 참조).

2) 위 법리를 바탕으로 아래와 같은 관련 법령의 문언, 체계, 입법취지, 개정연혁 등을 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 비상장주식을 양도한 경우에도 구 소득세법 시행령 제157조 제4항의 '대주주' 요건을 충족하면, 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목의 10% 세율 적용 대상에서 제외되는 '대주주'에 해당하여 위 나.목을 적용받을 수 없고, 같은 호 다.목에 따라 양도소득세율 20%의 적용을 받는다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 같은 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 적법하다.

가) 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목은 '주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것'의 양도로 발생하는 소득을 과세대상으로 규정하고 있다.

그런데 앞서 본 조세법률주의의 원칙 등에 비추어 보면, 위 규정 중 "주권상장법인의 주식 등으로서" 부분은 "양도하는 것"을, "주식의 비율 ・ 시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는" 부분은 "대주주"를 각 수식한다고 해석하는 것이 문리에 부합한다.

즉, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목은 "소유주식의 비율 ・ 시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주" 부분에서 양도의 주체를, "주권상장법인의 주식등" 부분에서 양도의 대상을 각 규정한 것으로서, '대통령령'에서 대주주에 관하여 상장법인의 대주주만으로 특별히 제한하지 않는 한 비상장법인의 대주주도 '대통령령으로 정하는 대주주'에 포함되고, '주권상장법인의 주식 등'이라는 문구 자체에서 상장법인의주식뿐만 아니라 비상장법인의 주식도 적용 대상이 될 수 있음을 위 규정의 문리해석상 무리 없이 알 수 있다.

나) 종래 소득세법은, ① 비상장주식 양도의 경우 원칙적으로 과세대상에 포함시키고 있었던 반면, ② 상장주식 양도의 경우에는 주식시장의 활성화를 촉진하기 위하여 양도차익이 발생하더라도 이를 소득세법상의 과세소득으로 취급하지 아니하다

가, 자본이득에 대한 과세형평 등을 고려하여 1998. 12. 28. 법률 제5580호로 개정된 소득세법 제94조 제3호에서 처음으로 '한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득'을 양도소득으로 규정한 이래, 현재까지 주주 및 그와 특수관계에 있는 자가 일정규모 이상의 주식을 소유하거나 소유주식의 시가총액이 일정규모 이상인 경우의 양도를 대상으로 그 양도차익에 대해 과세하는 방식을 취하고 있다.

즉, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목은 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세형평을 기하기 위하여 상장주식을 거래하는 경우에 대하여도 양도소득세를 과세하도록 하되, 일시에 모든 상장주식을 대상으로 하기보다는 자본시장의 충격을 완화하고 소액투자자의 이익을 어느 정도 보호해 주기 위하여, 일정 규모 이상의 주식을 소유한 자의 거래 등을 과세대상으로 하다

가 자본시장이 건전하게 발전되면 그 범위를 점진적으로 확대하고자 하는 입법자의 의도를 반영한 '과세범위'에 관한 규정이다[헌법재판소 2006. 2. 23. 선고 2004헌바32, 2005헌바63ㆍ02ㆍ04ㆍ05(병합) 결정 등 참조].

위와 같은 법 문언과 입법취지를 종합하면, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목은, 일정한 예외에 해당하지 않는 한 원칙적으로 모두 양도소득세 과세대상이 되는 비상장주식의 양도와 달리, 상장주식 양도의 경우에는 ① '소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것'과 ② '증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것'에 한하여 그 양도차익이 과세대상이 된다는 의미로 해석될 뿐이고, 이를 넘어 위 규정을 주권상장법인의 경우에만 대주주의 개념을 인정하기 위한 규정으로 해석할 수는 없다.

다) 따라서 상장법인인지 여부를 불문하고 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등 대주주의 요건에 관하여 정하고 있는 구 소득세법 시행령 제157조 제4항의 기준을 충족하면 '대주주'에 해당한다고 보아야 하고, 구 소득세법 제94조와 같은 장에 규정된 제104조 제1항 제11호 나.목의 '대주주' 개념도 위와 동일하게 해석되어야 한다.

이와 관련, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목의 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제157조에서 대주주의 범위를 정하고 있는 이상, 비상장주식에 대한 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목에서 별도로 대주주의 범위를 대통령령에 위임하는 형식을 취하여야 하는 것은 아니다. 오히려 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목은 '대통령령으로 정하는 대주주' 바로 뒤에 "(이하 이 장에서 '대주주'라 한다)"라는 규정을 덧붙임으로써 대주주의 개념을 같은 장에서 통일적으로 사용할 것임을 분명히 하였고, 구 소득세법 제94조 및 제104조가 모두 제3장에 속하는 규정인 이상, 구 소득세법이 주권 상장법인의 대주주에 한정하여 대통령령에 그 범위를 정하도록 위임한 것이라고 볼 수는 없다.

라) 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 나.목은 양도소득의 범위에 대하여 '주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등'으로 규정하고 있는바, 이를 통해 알 수 있는 것은 비상장법인의 주식에 관하여는 대주주와 대주주가 아닌 주주를 구분하지 아니하고 모두 양도소득의 대상으로 규정하고 있다는 사실뿐이고, 이를 넘어 대주주와 대주주가 아닌 주주에 대하여도 같은 양도소득'세율'을 적용할 것을 규정하였다는 결론까지 도출되는 것은 아니다.

마) 한편 구 소득세법 시행령 제157조 제4항이 상장법인과 비상장법인을 구분하여 대주주의 범위를 정하고 있는지 여부와 관련하여서도, "법인의 주식 등을 소유하고 있는 주주 및 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(직계존비속, 친족관계 등, 이하 '기타 주주'라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타 주주"(제1호) 내지 "주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 및 기타 주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 25억 원 이상인 경우의 해당 주주 및 기타 주주"(제2호)를 '대주주'로 규정하고 있을 뿐이므로, 상장법인과 비상장법인을 구분하지 아니하고 '대주주'의 범위를 정하고 있음을 분명히 알 수 있다.

바) 2005. 8. 5. 대통령령 제18988호로 개정된 소득세법 시행령에서부터 구 소득세법 시행령에 이르기까지 제157조 제4항, 제5항은 '대주주'에 해당하기 위한 요건을 '코스닥시장상장법인의 주식', '코넥스시장상장법인의 주식', '벤처기업의 주식' 및 '기타 법인의 주식'을 구분하여 달리 규정하고 있는바, 위와 같은 규정 또한 비상장법인의 주식의 경우에도 '대주주'가 존재함을 전제로 한 규정이라고 봄이 타당하다.

사) 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호는 보유하고 있는 주식 등의시가총액에 따라 '대주주'의 개념을 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제157조 제6항 제1호에서는 '상장법인의 주식 등'의 시가총액 산정기준을, 제2호에서는 '그 외의 모든 주식 등'의 시가총액 산정기준을 각 규정하고 있는바, 위와 같은 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호, 제157조 제6항 제2호는 그 내용ㆍ체계상 비상장법인의 경우에도 시가총액에 의한 '대주주' 여부를 판단하기 위한 규정이라고 봄이 타당하다.

아) 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목은 '대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주'라고 규정하여(구 소득세법에서는 '대통령령으로 정하는 대주주'라고만 규정하였다) 그 위임 범위를 명확히 규정한 것과 관련하여서도, ① 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 소득세법의 개정법률안 의안이나 개정이유에서 '비상장주식에 대해서도 대주주 기준을 새로이 도입한다'는 취지의 내용은 전혀 찾아 볼 수 없고, ② 2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정된 소득세법시행령 제167조의8 제1항의 개정이유에서는 '비상장주식 양도 시 중소기업 소액주주우대세율이 적용되지 아니하는 대주주의 지분율 기준을 100분의 1에서 100분의 4로상향 조정하고, 시가총액 기준은 상장주식 대주주와 동일하게 현행 25억 원에서 2018년 4월 1일 이후부터는 15억 원으로, 2020년 4월 1일 이후부터는 10억 원으로 각각하향 조정하기 위한 것'이라고 명시하고 있으므로, 위 각 개정 규정이 원고들이 주장하는2) 바와 같은 의미를 가진다고 볼 수는 없고, 오히려 대주주의 기준에 관하여 상장법인과 비상장법인을 구분하지 않고 일괄하여 규정하고 있던 구 소득세법령이 상장법인과 비상장법인을 구분하여 대주주 기준을 일부 달리하는 내용으로 개정된 것이라고 봄이 타당하다.

자) 2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 소득세법 시행령 제157조 제4항, 제5항은 '유가증권 시장에 상장된 주권을 발행한 법인(상장법인)의 주식'과 '한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식'의 양도를 구분하여 규정하면서, 상장법인의 대주주에 대하여만 그 범위를 규정하고 있었는데, 위 소득세법 시행령에 의하더라도 상장법인의 대주주 개념을 비상장법인의 대주주에도 동일하게 적용하여야 하는것으로 해석되었을 뿐만 아니라(대법원 2007. 11. 29. 선고 2006두18041 판결 참조), 그 후 2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정된 소득세법 시행령 제157조 제4항에서는 앞서 본 바와 같이 '상장법인'과 '비상장법인'을 구분하지 아니하고 '대주주'의 개념을 동일하게 적용하도록 규정하였다.

차) 헌법재판소 2006. 2. 23. 선고 2004헌바32, 2005헌바63ㆍ02ㆍ04ㆍ0105(병합) 결정 및 대법원 2007. 11. 29. 선고 2006두18041호 판결의 경우, 피고는 이 사건 각 처분을 하면서 위 각 결정 및 판결에 나타난 구 소득세법의 입법취지, 종전규정에 의한 해석례 등을 구 소득세법 조문을 해석하기 위한 참고자료로서 사용하였던 것일 뿐, 위 헌법재판소의 결정 및 대법원의 판결을 직접적인 근거로 하여 비상장법인 대주주의 인정 여부를 판단한 것은 아니다. 나아가 위 결정 및 판결이 구 소득세법 개정 전의 법률이 시행될 당시의 것이라고 하더라도, 이 사건의 참고법리로는 충분히 사용될 수 있다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이

판결한다.