가. 청구법인은 철도를 이용하여 여객 및 화물 등의 운송을 주업무로 하는 법인으로 2004.12.31. 「OOO법」에 따라 설립된 공기업이다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대하여 2014.1.17.부터 2014.5.16.까지 법인세 통합조사를 실시하여 다음 (1)～(4)와 같이 과세자료를 통보하였다.

(1) 청구법인은 OOO역세권 개발사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 추진하면서, 사업자로 선정된 OOO(이하 “OOO”라 한다)과 2007.12.13. 쟁점사업에 대한 사업협약(이하 “쟁점사업협약”이라 한다)을 체결하고, OOO의 구성원과 함께 2007.12.13. 쟁점사업의 시행자로 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)를 설립하였다.

청구법인은 쟁점사업협약에 따라 OOO토지 등(이하 “쟁점토지”라 한다)을 쟁점사업부지로 사용하기 위하여 2007.12.27.부터 2011.9.30.까지 5차례에 걸쳐 쟁점토지에 대한 매매계약을 OOO와 체결하였다.

그 후 OOO가 자금조달에 어려움을 겪자 청구법인은 쟁점사업의 정상화를 위해 OOO를 지원하려는 목적으로 3차례(2009.10.28., 2010.12.29., 2011.8.1.)에 걸쳐 OOO가 쟁점사업부지에 건설할 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 매입하는 내용이 포함된 쟁점사업협약에 대한 추가합의를 체결하였고, 2011.8.1. 체결된 최종 3차 추가합의(이하 “쟁점3차추가합의”라 한다)에 따라 2011.9.30. 쟁점건물을 선매입하는 OOO OOO 매매계약(이하 “쟁점매매계약”이라 한다)을 체결하고 해당하는 계약금 OOO원(이하 “쟁점계약금”이라 한다)과 건물분 부가가치세 OOO원을 OOO에 지급하였다.

청구법인은 쟁점계약금에 대한 매입세액 OOO원을 공제하여 2011년 제2기 부가가치세 신고를 하였으나, 조사청은 쟁점매매계약의 실질을 OOO에 대한 자금대여계약으로 보아 쟁점계약금에 대한 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세(부정과소신고가산세 포함)하도록 처분청에 과세자료를 통보하였다.

(2) 청구법인은 OOO와 OOO(이하 “OOO”라 한다)에 대한 운행 협약(이하 “쟁점열차협약”이라 한다)을 체결하고, 그에 따라 OOO가 지역관광활성화 등의 목적을 위하여 비용을 부담하여 개조한 청구법인 소유 열차로 여행객 등 승객을 운송하는 용역을 제공하였다.

쟁점열차협약에 따라 청구법인은 승객들로부터 운임(이하 “쟁점관광열차운임”이라 한다)을 받고 이 중 OOO를 OOO에 지급하는 대신 OOO로부터 전세운임으로 OOO 1회 운행당 OOO원(이하 “쟁점지원금”이라 한다)을 지급받았다.

청구법인은 쟁점관광열차운임과 쟁점지원금을 부가가치세 면세대상으로 신고하였으나, 조사청은 쟁점관광열차운임과 쟁점지원금은 전세열차에 대한 임대용역 수익에 해당한다고 보고 이를 부가가치세 과세대상으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다.

(3) 청구법인은 OOO OOO(이하 “OOO”라 한다)의 위탁운영에 관한 협약서(이하 “OOO”라 한다)를 OOO관광개발 주식회사(이하 “관광개발”이라 한다)와 매년 체결하였고, 그에 따라 청구법인은 자신소유의 새마을호 열차를 개조하여 OOO, OOO, OOO 등을 운행하고 관광개발은 여행상품을 판매․홍보 및 운영하는 업무 등을 위탁받아 수행하였다.

관광개발은 OOO를 이용한 여행상품(이하 “OOO”이라 한다)을 고객에게 판매하고 그 대가(이하 “쟁점OOO”이라 한다)를 지급받았으며, 이 금액 중 일부(판매수수료, 행사비용, 운영비용, 운영수수료 등)를 제외한 금액(이하 “쟁점OOO”이라 한다)을 청구법인에 지급하였으며, 청구법인은 쟁점OOO을 관광개발에 제공한 여객운송용역의 대가로 보아 면세로 부가가치세 신고를 하였다.

이에 대하여 조사청은 OOO의 판매주체가 청구법인이고 쟁점OOO은 여행관광용역인 OOO에 대한 판매대금으로서 부가가치세 과세대상인 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다.

(4)「OOO발전기본법」(이하 “OOO”이라 한다) 제32조 제1항은 OOO자가 같은 법 제3조 제11호에서 규정한 공익서비스(이하 “공익서비스”라 한다)를 제공하여 발생하는 비용{PSO(Public Service Obligation), 이하 “공익서비스비용”이라 한다}은 국가나 당해 서비스를 직접 요구한 원인제공자가 부담하도록 하면서, 같은 조 제2항에서 공익서비스비용의 범위를 규정하고, 같은 법 제33조 제1항은 원인제공자가 OOO자와 공익서비스비용의 보상에 관한 계약을 체결하도록 규정하고 있다.

청구법인은 OOO 제32조에 따라 같은 조 제2항의 요건을 갖춘 공익서비스비용에 대하여 국가와 “공익서비스비용 보상계약”(이하 “쟁점보상계약”이라 한다)을 체결하고, 공익서비스의 제공을 조건으로 국가로부터 공익서비스비용 상당의 국고보조금(이하 “쟁점국고보조금”이라 한다)을 아래 ＜표1＞과 같이 2009년부터 2013년까지 받았다.

＜표1＞ 2009년～2013년 쟁점국고보조금 내역

청구법인은 면세사업인 여객운송업과 과세사업인 화물운송업 등을 겸영하는 사업자로서 쟁점국고보조금을 총공급가액과 면세공급가액에 포함하지 않고 공통매입세액을 안분계산하여 부가가치세 신고를 하였으나, 조사청은 쟁점국고보조금은 비과세 수익금액으로 면세공급가액에 포함하여 공통매입세액을 안분계산하여야 한다고 보아 관련 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 이에 처분청이 2014.6.1. 청구법인에게 이 건 부가가치세를 경정․고지하자 청구법인은 이에 불복하여 2014.8.27. 심판청구를 제기하였고, 그 후 OOO 판결(OOO 2016.5.12 선고 2016두30187) 및 조정권고(OOO 2018.6.18. 조정권고 2017누35105, OOO 2018.6.15. 조정권고 2018누34727)에 따라 일부 감액경정되었으며, 그 내역은 ＜별지1＞과 같다.

2. 청구법인 주장과 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점매매계약에 대한 매입세액을 불공제한 과세처분 관련

(가) 쟁점건물을 청구법인이 선매입하기로 하고 OOO에 지급한 대금은 청구법인의 사업과 관련하여 유효하게 체결된 계약에 따라 지급한 것으로 쟁점계약금 중 건물분에 대한 매입세액은 공제되어야 한다.

1) OOO은 가장행위에 해당하지 않는 한 과세관청은 납세의무자가 선택한 법률관계를 존중하여야 하고, 조세회피행위로 그 효력을 부인하려면 법률에 개별․구체적 부인 규정이 있어야 한다(OOO 2011.5.13. 선고 2010두5004 판결 등 다수)는 입장이며, 같은 취지로 법원은 부동산매매계약서의 실질이 매도담보계약이라는 것을 입증하지 못하면 매매계약은 중간지급조건부 공급으로 그에 따라 공급시기를 결정하여야 하고(OOO 2009.5.22. 선고 2008누20231 판결, OOO 2009.10.15. 선고 2009두9949 판결, 심리불속행 기각), 관련법상 규제를 피하려고 제3자를 끼워 넣어 대출을 받는 경우, 이 거래가 가장행위나 제3자의 명의만 대여한 거래라고 할 수 없으므로(OOO 2005.1.27. 선고 2004두2332 판결), 거래형식과 다른 경제적 효과를 의도하여도 가장행위로 보아 그 효력을 부인하는 것은 허용될 수 없다.

2) 쟁점매매계약의 체결 경위를 보면, 청구법인은 쟁점사업의 진행상황, 중요성 및 사업정상화로 얻게 될 이익 등을 고려하여 매입할 시설물의 규모와 계약조건 등을 구체화하는 과정을 거쳐 쟁점매매계약을 체결한 것으로 선매입은 선분양이 보편화된 주택시장 등에서는 일반적이며, 프로젝트 파이낸싱(Project Financing) 사업에서 투자자가 부동산을 선매입하는 것은 흔한 것이므로, 이 계약은 일반적으로 인정되는 거래관행에 따른 정당한 계약이다.

또한, 쟁점매매계약의 체결과정도 국토해양부 주도로 언론 등에 공개하여 진행되었고, 청구법인의 이사회와 감정평가 등을 통하여 주요 의사결정을 합리적으로 적법하고 투명하게 진행하였으며, 쟁점매매계약의 내용도 i) 매매목적물을 구체적으로 특정하고 ii) 소유권 이전에 대한 내용을 명시적으로 기재하였으며 iii) 준공기한과 지체상금에 관한 세부적 규정까지 정하여서 일반적인 상관행이 허용하는 범위 내에서 정상적인 절차를 거쳐 쟁점건물을 매수할 의사로 사법상 유효한 계약을 체결하였음이 확인된다.

3) 가장행위에 해당하지 않는 한 납세의무자의 거래행위 효력이 조세회피행위로서 부인되려면 법률에 개별․구체적인 부인 규정이 있어야 하므로(OOO 2011.5.13. 선고 2010두5004 판결 등 다수), 쟁점매매계약의 조세회피행위로 보기 어렵고 그 효력을 부인할 법률상 개별․구체적인 규정도 없어 이 계약의 사법상 효력을 부인할 근거가 없다.

4) OOO가 청구법인을 상대로 제기한 쟁점사업협약에 기한 채무의 존재 여부 등을 다투는 소송(OOO 2014.10.10. 선고 2103가합50881 판결, 이하 “관련 민사소송”이라 한다)에서 법원은 OOO와 청구법인이 쟁점매매계약을 체결한 것과 그에 따라 청구법인이 쟁점계약금(부가가치세 포함)을 지급한 사실을 인정하였고, 청구법인이 2013.4.23., 2013.4.29. OOO에게 쟁점매매계약을 포함한 관련 계약과 쟁점사업협약을 해제하는 의사표시가 OOO 등에 도달되었음을 인정 하였다.

5) 쟁점매매계약이 체결된 2011년은 부동산시장 침체로 쟁점건물의 정상적 분양을 낙관할 수 없어서, 청구법인은 쟁점건물 취득으로 분양 활성화의 계기를 마련하고 미분양 위험을 부담함으로써 쟁점사업을 정상화하려는 동기로 쟁점매매계약을 체결하였으므로 이를 자금대여거래로 볼 근거는 없다.

한편 처분청은 쟁점매매계약상 ‘제3자 재매각 조항’을 근거로 자금대여거래라고 주장하나, 청구법인은 쟁점사업을 지속하는 것이 더 이익이라고 보아 쟁점건물을 매입하기로 하였으나 제3자에게 재매각하는 가능성도 고려할 필요가 있어, ‘제3자 재매각 조항’을 포함하였을 뿐 재매각 실패 시 청구법인이 쟁점매매계약에 따라 소유권을 취득하므로 쟁점매매계약을 자금대여거래라고 할 수 없다.

(나) 쟁점계약금은 구 「부가가치세법」(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제3호가 규정하는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출’에도 해당되지 않는다.

1) 사업관련성은 지출의 목적․경위 및 사업의 내용 등에 비추어 사업수행에 필요한 것인지를 살펴 개별적으로 판단하여야 하고(OOO 2012.7.26. 선고 2010두12552 판결), 회사가 시장정비사업 추진을 위하여 꼭 필요한 사업구역 내 토지의 대부분을 다른 회사가 소유한 경우, 컨설팅 회사의 자문 등을 거쳐 그 회사의 주식을 인수하였을 때 해당 컨설팅 대금은 사업의 수행에 필요한 지출로서 사업관련성을 인정한 판례(OOO 2017.7.26. 선고 2010두12552 판결) 등을 볼 때 쟁점매매계약은 사업관련성이 인정되는 것이다.

2) 청구법인은 OOO로부터 쟁점토지 매매대금을 받지 못한 상황으로 쟁점사업의 정상화가 실패하면 손실이 커질 수밖에 없어서, 쟁점사업협약 해제와 쟁점건물을 매입하는 방안 등을 비교해 본 결과 쟁점건물을 매입하는 것이 유리하다고 판단하였으므로, 쟁점건물 매입은 쟁점사업 정상화에 필수적이다.

3) 「OOO법」 제9조 제1항 제5호 및 제10호는 청구법인의 사업에 ‘역세권 및 공사의 자산을 활용한 개발․운영 사업(제5호)’, ‘제1호부터 제9호까지의 사업에 딸린 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업(제10호)’을 규정하고, 2014.11.28. 대통령령 제25786호로 개정되기 전의 「OOO법」 시행령 제7조의2 제5항은 위 제5호에서 ‘다른 법령의 규정에 따라 공사가 시행할 수 있는 사업’을 규정하고 있다.

한편, 「도시개발법」 제11조 제1항 제2호, 같은 법 시행령 제18조 제6호는 청구법인이 도시개발사업을 시행할 수 있다고 명시하고 있으며, 「도시개발법」 제11조 제1항 제11호에 따라 청구법인은 공동으로 제3자에 출자하여 도시개발사업을 추진하는 것도 가능하다.

또한 「OOO법」 제9조 제3항은 “공사는 이사회의 의결을 거쳐 예산의 범위에서 공사의 업무와 관련된 사업에 투자․융자․보조 또는 출연할 수 있다”고 규정하여, 다른 사업과의 관련성이 인정되는 투자활동을 적법한 사업활동으로 인정하고 있으므로, 쟁점매매계약은 청구법인의 사업과 관련성이 인정된다.

(다) 다음으로 쟁점매매계약이 자금대여거래에 해당하지 않거나 사업관련성이 있어도, 쟁점매매계약은 해제되었으므로 재화의 공급은 처음부터 없었던 것으로 공제받을 매입세액이 없는 것과 마찬가지라서 이 부분 부과처분은 적법하다는 처분청의 주장은 처분사유의 추가․변경이 허용되는 처분의 동일성이 유지되는 동일한 과세단위는 인적요소로서의 납세의무자와 물적요소로 세목, 과세기간, 과세대상에 따라 다른 것과 구분되는 기본적인 단위를 의미하므로, 과세기간이 다른 과세처분은 독립한 별개의 것으로 처분의 동일성이 인정될 수 없다(OOO 1996.2.23. 선고 95누12057 판결). 「부가가치세법」 제32조 제7항, 같은 법 시행령 제70조 제1항 제2호에 따라 매매계약이 해제된 때 공급자는 수정세금계산서를 발급하고, 매입자는 환급받은 매입세액을 당해 계약해제가 발생한 때{계약해제에 대한 다툼이 있는 경우, 법원의 확정판결일(조심 2008서2953, 2009.3.12.)}가 속하는 과세기간의 부가가치세로 신고․납부하여야 한다{서울행정법원 2011.6.24. 선고 2010구합42683 판결(확정) 등}.

따라서 청구인이 쟁점매매계약이 해제되어 2011년 제2기에 공제받은 매입세액을 납부하여도, 이는 해제일(2013.4.29.)이 속하는 2013년 제1기분 부가가치세 또는 쟁점매매계약의 해제 여부에 관한 법원의 판결이 확정된 때, 관련 민사소송사건(항소심이 현재 OOO에 계류 중)의 판결에 따라 해제가 확정될 때에 납부하여야 하는 것으로 이 건 취소를 청구할 실익은 있다.

(라) 예비적 청구로 쟁점계약금에 대한 매입세액이 불공제 대상이라고 하여도 부정과소신고가산세 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 부정과소신고의 대상인 부정행위의 의미를 살펴보면, 구 「국세기본법」(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의2 제2항 제1호는 제1항(일반과소신고가산세)에도 불구하고 부정행위로 법정신고기한내 무신고시 산출세액의 OOO 상당하는 금액을 가산하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제26조의2 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제12조의2 제1항에 따라 ‘부정행위’는 「조세범처벌법」제3조 제6항 각 호(2010.1.1. 법률 제9919호로 전부 개정된 것)의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.

2) ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’는 조세의 부과․징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위로서, 어떤 다른 행위를 수반하지 않는 단순 무신고나 허위신고는 이에 해당하지 않는데(OOO 2016.2.18. 선고 2014도3411 판결 등 다수), 쟁점매매계약의 체결 경위․과정 및 내용을 보면 실제 쟁점건물 소유권을 이전하려는 의사에 따라 정당한 절차를 거쳐 적법․유효하게 체결된 것으로, 쟁점매매계약은 가장행위라거나 부가가치세 포탈을 위한 행위로 볼 수 없다.

쟁점매매계약이 적법․유효하게 체결되었다가 이후 OOO의 채무불이행으로 해제된 사실은 관련 민사소송의 1심 판결서에서 확인되므로 쟁점매매계약은 가장행위에 해당하지 않고, 쟁점매매계약 체결 절차상 청구법인은 OOO 및 국토해양부장관과 협의를 거쳤고 그 내용상 매매목적물의 구체적인 부지면적․용도가 상세히 기재되어 있으므로 쟁점매매계약을 자금대여계약으로 볼 수도 없으며, 그 외에 청구법인이 가공거래․명의위장과 같은 적극적인 은닉행위도 없고, 쟁점계약금 지급 내용과 세금계산서의 기재내용도 일치하므로, 이를 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 볼 수 없다.

3) 나아가, 사실과 다른 세금계산서로 부당하게 매입세액을 공제․환급받는 것이 부정행위에 해당하려면, 납세자의 부당한 거래사실의 인식 외에, 그 세금계산서 발급자가 부정한 신고․납부나 경정청구를 통하여 부가가치세 납부의무를 면탈하여 매입세액 공제가 결과적으로 조세수입 감소를 가져올 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다는 것이 OOO(2015.1.15. 선고 2014두11618 판결)의 입장으로, 청구법인은 쟁점계약금과 부가가치세액도 지급하기로 약정하였고, 실제 OOO에게 이를 모두 지급하였으며, OOO에서도 이 금액을 매출세액으로 적법하게 신고․납부하여 면탈의 의도나 그 결과 조세수입 감소의 사실도 없었다.

(2) OOO 운행에 대한 부가가치세 과세처분 관련

(가) 쟁점관광열차운임은 「부가가치세법」상 면세대상인 여객운송 용역에 대한 대가에 해당한다.

1) 구 「부가가치세법」 제12조 제1항과 같은 법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제31조 제4호에 따라 「OOO」 제2조 제2호에 따른 OOO만 과세되는 철도여객운송용역에 해당되는데, 이는 여객운송 용역이 일반 국민의 기초생활에 필수적으로 관련되는 것으로 최종 수요자인 일반 국민의 세부담을 줄여준다는 데 그 면세의 취지가 있으므로(OOO 2003.4.8. 선고 2001두10011 판결), 쟁점관광열차운임은 면세대상에 해당한다.

2) OOO는 일반정기노선에 편성되어 정해진 시간․노선을 운행하므로 불특정 다수가 승차권을 구매한 후 이를 이용하는 것이고, 승객은 청구법인의 철도승차권 발매시스템 등에서 다른 열차와 동일하게 OOO 승차권을 구매하며, 운임체계도 일반적인 OOO의 운임체계에 따르므로 일반 열차의 여객운송 용역과 같다.

3) 처분청은 OOO가 법원(OOO 2010.6.4. 선고 2009누39256 판결)에서 과세대상으로 본 OOO와 유사하다는 점을 들어 과세대상으로 보았으나, ① OOO는 특수목적 관광전용 열차로서 관광개발이 운영하고 요금을 수취하는 대신 청구법인은 인건비, 연료비 등만 관광개발로부터 전세운임 명목으로 지급받으나, OOO는 승차권을 청구법인이 판매하고 그 운임도 승객으로부터 직접 수취하고 있으며, ② OOO는 OOO부터 OOO까지 관광목적으로 운행하면서 구간별 거리와 상관없이 동일요금을 수취하지만 OOO는 동대구-김천-점촌-영주-안동-동대구 간을 운행하는 정기열차로 각 역에 정차하여 불특정 다수의 승객을 운송하고 이용 구간별로 OOO의 운임체계에 따라 운임을 수취하고 있다.

4) OOO는 열차운행 취약지역의 주민들에게 대중교통 수단을 제공하는 것을 목적으로 하고 있으므로 과세하는 경우 열차운행 취약지역의 주민들에게 부가가치세 부담이 전가되는 문제가 발생하게 되므로 쟁점관광열차운임을 면세로 보아야 한다.

(나) 쟁점지원금은 공급가액에서 제외되는 공공보조금이다.

1) 공공보조금은 공공단체가 사인에게 산업육성, 사회공공사업의 조성 등 행정상 목적에 따라 교부하는 금전으로 재화․용역을 공급받는 자로부터 직접 받는 것이 아니어서 당해 보조금에 대한 부가가치세를 국가나 공공단체가 부담하지 않아야 하므로 과세표준에서 제외된다.

2) 쟁점지원금은 공급자를 통해 매입자에게 간접지원하는 것으로 이는 재화․용역의 공급과 간접적․추상적 대가관계만 인정되어 개별거래관계에 근거한 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니한다.

(3) OOO 운행에 대한 부가가치세 과세처분 관련

(가) 관광개발은 청구법인과 쟁점OOO을 체결하여 OOO, OOO 등을 운행하는 철도 여행상품인 OOO을 판매ㆍ운영하고 있으며, 청구법인은 관광개발로부터 지급받는 금액을 매출로 인식하되, 청구법인의 홈페이지 등을 통해 판매된 OOO에 대한 판매수수료는 과세로, 나머지 쟁점OOO은 면세로 부가가치세를 신고․납부하였다.

(나) 관광개발은 직접 자신의 명의로 고객과 OOO계약을 체결하고(운송약관 제1조), OOO의 핵심적인 용역 등을 직접 제공하며(OOO 제3조, 제9조 제1항), 청구법인에게 별도의 판매수수료를 지급하고 있으므로(OOO 제12조 제4항 참조) 관광개발이 OOO을 공급하는 자이다.

또한, 관광개발은 OOO을 판매하고 현지행사비 및 운영비용에 충당한 다음 판매금액의 OOO를 수수료 명목의 매출로 인식하며, OOO 판매금액에서 현지행사비 등을 공제한 나머지 금액을 청구법인에게 지급하고 있으나, 청구법인은 열차의 검수, 차량설비의 보수, 차량외부 청소 등 열차운행에 관한 업무를 수행하는바(OOO 제4조), 그 업무가 고객에 대한 운송과 관련된 업무로 한정되어 있다.

따라서 처분청이 OOO에서 청구법인이 관광개발에게 업무를 위탁한다는 표현을 근거로, 청구법인이 고객에게 OOO을 공급한 것으로 보고, 이에 대한 부가가치세를 부과한 것으로 보이나 그 실질은 관광개발이 사업주체로서 고객에게 OOO를 통한 관광용역을 공급한 것이다.

(4) 쟁점국고보조금을 공급가액에 포함하여 공통매입세액 안분계산한 과세처분 관련

(가) 구 「부가가치세법」제13조 제1항과 같은 법 시행령 제48조 제1항에 따라 공급가액은 재화․용역의 제공에 대한 대가로 거래상대방으로부터 받은 것이고, 따라서 같은 법 제13조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제48조 제10항은 재화나 용역의 공급과 직접 관련되지 않은 국고(공공)보조금을 공급가액에서 제외하고 있다.

따라서 공통매입세액 안분계산에 관한 같은 법 시행령 제61조 제1항, 제5항이 규정하는 면세공급가액과 총공급가액도 “재화․용역 제공에 대한 대가로서 거래상대방으로부터 받은 것”만을 포함하는 것이다.

(나) 또한, 쟁점국고보조금은 OOO 제32조 제2항의 공익서비스비용에 대한 보상으로, 그 법적 성질은 “영업손실에 대한 보상금”이며, 「보조금 관리에 관한 법률」(이하 “보조금법”이라 한다) 제2조 제1호에 따라 「공공기관의 운영에 관한 법률」(이하 “공공기관법”이라 한다)상 공공기관인 청구법인에 국가가 공익서비스비용에 대하여 재정원조를 위해 보상하는 쟁점국고보조금은 보조금법상 국고보조금의 성질도 있다.

(다) 쟁점보상계약에 따르면, 쟁점국고보조금은 원칙적으로 공익서비스 중 ① 운임감면은 감면금액, ② 벽지노선손실은 운영비용과 일정 보상율의 곱으로 산정한 금액과 수입의 차액, ③ 특수사업비는 특수목적 차량의 유지를 위해 지출된 비용만큼 지급된다.

위 ②의 벽지노선손실은 국가가 OOO서비스용역을 공급받는 자가 아니고, 승객들이 지급하는 운임은 일반노선과 같이 「철도사업법」제9조 및 같은 법 시행령 제4조에 따라 국가가 지정․고시한 범위 내에서 청구법인의 신고로 결정되는 것으로 다른 일반노선과 차별이 없는바 승객들로부터 받은 운임이 용역제공에 대한 대가에 해당할 뿐 쟁점국고보조금은 용역공급의 기간․단위와 무관하게 산정되어 영업손실을 보전하기 위해 지급되는 것으로 용역과 대가관계가 없다.

또한, 위 ①의 노인․장애인 등에 대한 운임감면도 청구법인이 국가에게 철도서비스를 제공한 사실이 없고, 위 ③의 특수사업비도 청구법인이 “특별동차운영단”을 두고 국가의 요청으로 국내외 귀빈(VIP)에게 철도운송서비스를 제공하는 과정에서 지출한 비용만을 보조금으로 보상받고 있을 뿐 일반 철도용역서비스 공급에 따른 운임을 받고 있는 것이 아니므로, 이 역시 용역제공에 대한 대가로 볼 수 없다.

OOO은 방송수신료는 공익사업의 비용을 충당하기 위하여 특정 집단에게 부과되는 특별부담금으로 한국방송공사의 방송서비스와 대가관계를 인정할 수 없어서 일반 시청자에게 방송서비스를 무상으로 공급하는 것으로 부가가치세 비과세대상이고, 그 공급가액을 확정할 수 없으므로 위 구 「부가가치세법」 제61조 제1항 본문의 산식을 유추 적용할 수도 없다고 판결(OOO 2000.2.25. 선고 98다47184 판결, OOO 2011.9.8. 선고 2009두16268 판결도 같은 취지)하였으며, 조세심판원(국심 2007서2230, 2008.1.22.)과 기획재정부(재부가-23, 2012.1.17.)도 같은 입장의 심판결정과 유권해석을 하였고, 2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정된 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항은 공통매입세액 안분계산에서 면세사업에 ‘비과세사업’을 포함시키는 규정을 신설하였으나, 이 규정은 그 시행 후 재화․용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용되므로(부칙 제2조), 그 이전의 과세연도를 대상으로 한 본건 부과처분에는 원칙적으로 적용되지 않는다.

위와 같이 쟁점국고보조금은 청구법인이 독립적인 비과세사업을 영위하면서 그 대가로 수수한 것이 아니므로, 공통매입세액 안분계산에 관한 규정이 유추적용될 여지도 없다.

(라) 「부가가치세법 시행령」제61조는 과․면세 겸업자는 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 원칙적으로 실지귀속에 따르되, 이를 구분할 수 없는 경우 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분하도록 규정하고 있으며, 실지귀속에 따른다는 것은 공통비용을 발생시키지 않은 부분에 대해서는 공통매입세액을 배분하지 않는다는 것도 포함하는 의미이다.

따라서 ① 청구법인의 특별동차운영 관련 사업은 OOO에 따라 국가의 특수목적을 위한 것으로 공익성이 크고, ② 청구법인의 전체비용에서 차지하는 그 비용의 비율이 적으며, ③ 비용 내역도 개별적으로 확인되는 것으로 대부분 승무원 인건비라서 매입세액이 거의 없고, ④ 쟁점국고보조금으로 비용을 지급받아 용역제공과 대가관계가 없어 부가가치세 비과세대상으로 처리하고 있어 특별동차운영단의 사업비 지출로 발생된 매입세액을 모두 불공제로 처리하고 있으며, ⑤ 그럼에도 특별동차 관련 보조금을 면세운송사업과 동일한 것으로 보아 공통매입세액 안분계산에 포함시킬 경우, 부당하게 불공제 대상인 매입세액을 증가시키게 되어 청구법인에게 불합리한 결과가 발생한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점매매계약에 대한 매입세액을 불공제한 과세처분 관련

(가) 쟁점건물을 선매입하기로 하는 내용이 포함된 쟁점매매계약은 자금을 대여하려는 당사자의 의사를 건물매매라는 형식에 감춘 가장행위로 실질은 자금대여계약이다.

1) 청구법인의 쟁점건물 선매입 과정을 보면, 처음에는 대물변제로 추가 자금지출 없이 쟁점건물을 취득하려 하였으나, 이후 자금난에 처한 OOO를 지원할 목적으로 취득시기를 앞당기고 현금지급으로 매매방법을 변경하였으므로 쟁점매매계약의 실질은 자금대여계약에 해당한다.

2) 청구법인의 정관 및 OOO에 따르면 쟁점건물 매입은 청구법인의 사업범위에 포함되지 않아 업무무관자산의 취득에 따른 세무문제가 발생할 것임에 대하여 청구법인도 인지하였으며, 그에 따라 청구법인은 쟁점건물의 실매입 없이 자금이 지원되도록 쟁점매매계약 시 일반적인 부동산 매매계약에 없는 준공 이전 제3자 재매각과 자산 유동화 등을 지원하기 위한 특약사항을 두었다.

또한, 제3자 매각 실패로 청구법인이 쟁점건물을 취득하여도, 제3자에 매각될 때까지 청구법인 부담의 금융비용은 OOO가 배상하는 내용이 쟁점매매계약에 있는데, 이는 대여금에 대한 연체이자 성격의 손해배상 의무를 부과하고 있으므로, 쟁점매매계약을 양도담보거래계약으로 볼 수 있다.

3) 또한, 통상 분양신고․허가 또는 건축허가 이후 분양(매매)이 이루어지는 상가건물 등에 대한 매매계약과 달리 쟁점매매계약은 설계도조차 없는 사회 통념상 비정상적인 시기에 체결되었고 쟁점매매계약의 계약금이 부동산 건축에 사용되었다는 증거도 없으며, 쟁점사업의 추진과정에서 건축허가․설계 등 실질적 부동산 건축과 관련된 행위가 없어 쟁점매매계약은 자금지원을 위한 허위 계약으로 판단되므로 쟁점매매계약 체결은 세법상 가장행위이다.

4) OOO(2012.1.19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결)에서 「국세기본법」 제14조의 실질과세원칙은 경제생활관계에 예측가능성과 법적 안정성의 허용범위 내에서 조세법규를 합목적적이고 탄력적으로 해석하여 조세법률주의의 형해화를 막고 그 실효성을 확보하는 것으로 지방세에 관한 법률관계에도 준용되므로 명의와 실질의 괴리가 「지방세법」적용을 회피하려는 경우, 당해 주식이나 지분은 실질적인 지배·관리자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 할 것이라고 하여 경제적 실질을 중요시하는 판결을 하였고, 이후 경제적 실질을 중시하는 판결이 늘어나는 추세인바 이 건의 쟁점매매계약의 경제적 실질은 자금대여계약이므로 이에 따라 과세하여야 한다.

법원도 명의신탁 부동산의 양도소득이 명의신탁자에 귀속되었다면 명의신탁자가 양도소득세 납세의무자이고(OOO 2016.11.24. 선고 2016누11191 판결), 교차증여로 직계비속에게 직접 증여하는 효과를 얻는 대신 합산과세로 인한 누진세율 적용을 회피한 것이라면 실질과세원칙상 직접 증여한 것으로 보아 과세한 것은 적법하다고 보았으며(OOO 2017.2.15. 선고 2015두46963 판결), 상속세․증여세는 그 예금의 실질 귀속자가 누구인지를 밝혀 그에 따라 과세하여야 한다(OOO 2014.4.25. 선고 2012누3200 판결)고 하였다.

따라서, ① 청구법인은 OOO의 자문으로 세무문제 발생가능성을 미리 알았고, ② 제3자 재매각이나 자산유동화 지원과 같은 특이한 조항을 두었으며, ③ 쟁점건물에 대한 지체상금 약정을 두면서도 실제로는 건축허가․설계 등 건축과 관련된 행위는 전혀 이루어지지 않았고, ④ 제3자 재매각조항 등에 따라 결국 청구법인이 쟁점건물의 소유권을 취득할 의사가 없었던 것으로 보이는바 쟁점매매계약의 실질은 자금대여계약이다.

5) 쟁점3차추가합의 제5조 제7항에서 OOO는 쟁점건물의 재매각 추진계획을 수립하고 제반활동을 성실히 수행하여야 하며, 준공시점까지 재매각을 하지 못할 경우 준공시점부터 재매각이 완료될 시점까지 청구법인이 부담하는 쟁점건물 매입대금의 금융조달비용에 상당하는 금액을 손해로 배상하여야 한다고 명시하고 있는데, 일반적인 부동산 매매계약이 대금을 지급하고 소유권을 취득함으로써 종료되지만 쟁점3차추가합의 내용은 청구법인이 부동산을 취득하여도 재매각될 때까지 OOO에 청구법인의 금융조달비용 상당액에 대하여 배상할 책임을 지고 있어, 청구법인은 처음부터 쟁점건물을 취득할 의사가 없었다고 볼 수 있다.

6) 쟁점3차추가합의와 쟁점매매계약에는 “자금조달에 지장을 초래하지 않는”, “금융조달에 영향을 주지 않는”과 같은 내용이 있어, 선매입이 쟁점사업에 필요한 자금을 조달하기 위한 자금대여행위의 실질이 있음을 나타내고 있으며, 쟁점3차추가합의와 쟁점매매계약의 내용에는 대여원금, 이자율과 변제기간에 대하여 ① 매매대금을 제1․2차 계약금과 잔금으로 구분하여 대여원금을 정하였고, ② 제3자에 재매각하는 최종시한을 쟁점건물의 준공시점이나 잔금지급시기까지로 정하여 변제기간을 규정하였으며, ③ 제3자에게 재매각된 때 원상회복으로 계약금을 반환하며 이때 계약금 수령일부터 반환일까지 연 OOO의 복리를 가산하도록 되어 있어 이는 이자율에 해당하는바 쟁점매매계약은 실질적으로 자금대여계약과 동일한 것으로 볼 수 있다.

7) 청구법인은 OOO의 자문을 받아 쟁점건물을 선매입하면서 청구법인이 제3의 매수인에게 소유권을 이전하는 일반적인 방식대신 ‘합의해제’라는 생소한 방식을 채택하여 취득세․부가가치세 및 법인세를 회피하는 의도가 있어 조세회피 목적도 인정된다.

8) 법원이 확정된 판결의 이유와 더불어 인정된 사실과 다른 사실을 인정하는 것은 법률상 불허되는 것이 아니며, 그러한 사실 인정이 자유심증주의의 한계를 벗어나지 않고, 그 설시된 이유에 합리성이 인정되는 한 위법하다 할 수 없으므로(OOO 2010.5.13. 선고 2009다38612 판결 참조), 청구법인이 제시한 관련 민사소송(OOO 2014.10.10. 선고 2103가합50881 판결)의 당사자가 OOO와 청구법인이었으나 이 건은 처분청과 청구법인이 당사자이고, 관련 민사소송의 주된 쟁점은 사업협약의 해제의 귀책사유가 속하는 자를 정하는 것이었으나 이 건은 과세처분의 적법여부로 그 당사자와 쟁점이 다르다.

또한, 이 건에서 쟁점매매계약의 실질이 자금대여계약이라는 처분청의 의견은 관련 민사사건에서 다루지 아니한 것이어서 처분청이 관련 민사소송의 판결에도 불구하고 쟁점매매계약을 자금대여계약으로 보고 과세한 처분은 정당하다.

(나) 청구법인의 정관, 「OOO법」과 같은 법 시행령에서 규정하는 청구법인의 사업범위에는 OOO과 관련한 사업만 열거하고 있을 뿐, 일반적인 부동산 매매․임대는 없으므로 사업이 정상화되어 실제 건물이 신축되더라도 쟁점건물은 사업과 무관한 자산에 해당하여 부가가치세 매입세액 불공제 대상이다.

1) 「OOO법」과 같은 법 시행령의 제․개정 취지를 보면 2007년 「OOO법」의 개정취지는 정관에 규정하던 사업범위를 대통령령에 규정하여 입법부통제를 강화하여 사업의 공공성을 확보하려는 것으로 사업범위에 대한 해석도 제한적으로 하여야 할 것이므로 쟁점건물의 선매입은 사업관련성이 없다고 보아야 한다.

2) 또한, 청구법인은 쟁점사업으로 얻은 수익을 OOO발전에 사용하려는 것이므로 사업관련성이 있다는 입장이나, 철도사업 목적에 활용하려는 예정만으로 사업관련성을 인정하면 사업관련성이 무분별하게 확장되어 사업범위를 제한하여 공공성을 강화하려는 입법자의 의도에 배치되는 것이다.

3) 청구법인은 쟁점건물의 선매입함으로써 쟁점사업의 활성화를 통한 수익창출을 주장하나 이는 추상적인 기대에 불과하고 실제 선매입으로 쟁점사업이 원활하게 추진되지도 못하였고, 또한, 쟁점건물의 선매입에 대하여 청구법인의 이사회가 제한없이 쟁점사업을 통해 시공되는 건물을 매입하기로 한 결정에 대하여 OOO의 주주들이 동의하지 않았다는 것도 쟁점건물의 선매입이 반드시 필요했다는 청구법인의 주장에 의문을 갖게 한다.

(다) 설령 쟁점건물 선매입이 가장행위가 아니라도, 쟁점매매계약의 해제로 그 효력이 소급적으로 소멸하여 재화의 공급이 처음부터 없었던 것이므로 이 부분 과세처분은 적법하다.

1) 관련 민사소송의 1심 판결문에서 “OOO의 채무불이행을 이유로 청구법인이 청구법인과 OOO 사이의 제3, 4-1, 4-2차 토지 매매계약 및 쟁점사업협약을 해제한 것은 적법·유효하고, 위 협약이 해제됨에 따라 제1, 2차 토지 매매계약 또한 토지 매매계약 제12조 제3항에 따라 적법하게 해제되었다”라고 하였는데, 이는 각 토지의 매매계약 및 협약이 해제되어 쟁점사업부지 소유권은 청구법인에게 원상회복되어, OOO의 청구법인에 대한 쟁점매매계약에 따른 의무는 이행불능 상태가 되었고, 청구인은 2013.4.29. 쟁점매매계약을 해제하는 의사표시를 OOO에 하였으므로 쟁점매매계약은 해제되었다는 것이다.

2) 이와 관련하여 OOO은 건물분양계약이 합의해제되고 수령한 분양대금까지 반환되었다면 재화의 공급은 처음부터 없었던 것으로, 부가가치세 부과처분은 위법하다(1998.3.10. 선고 96누13941 판결, 2002.9.27. 선고 2001두5989 판결 등)고 하였고, 건축업자가 1983년도에 용역을 공급하고 그 대가를 받아 매출신고까지 마쳤다면, 설사 그 공사계약이 해제되어 처음부터 용역의 공급과 매출자체가 처음부터 없다고 하여도 이는 1983년도에 신고납부한 부가가치세의 환급 등에 관한 문제일 뿐 과세기간이 다른 1984년도 매출세액에서 공제할 성질의 것은 아니라고 할 것(1990.10.12. 선고 90누2383 판결)이라고 하여, 부가가치세의 경우 계약해제의 소급효에 따라 당초부터 재화나 용역의 공급이 없어 매출세액의 납부나 매입세액의 공제도 인정되지 않는다고 보아야 하므로, 2013.4.29. 쟁점매매계약이 해제되어 그 효력이 소급하여 소멸하였으므로, 청구법인이 2011년 제2기분 매입세액을 공제한 근거로 삼았던 재화의 공급은 처음부터 없었던 것이다.

3) 또한, 과세기간이 변경되려면, 「부가가치세법」 제37조 제7항 같은 법 시행령 제70조 제1항 제2호에 따라 청구법인은 해제 후 수정세금계산서를 발급하고 OOO는 환급세액을 계약해제시기의 과세기간에 신고․납부하여야 하나 이 과정이 없었고, 설령 요건을 갖추어도, 2013년 제1기분 부가가치세 처분이 달라지는 것이지 2011년 제2기분의 부가가치세 처분이 달라지는 것이 아니며, 청구법인이 주장하는 것은 「부가가치세법」 제32조 제7항에 규정된 것으로 이 규정은 2013.7.1. 「부가가치세법」 전면개정으로 처음 시행된 것인데 이 건은 그 시행 전의 사안이므로 해당 부칙에 따라 종전의 규정에 따라야 하는 것으로 청구주장처럼 적용되는 것은 아니다.

(라) 청구법인의 예비적 청구와 관련하여 쟁점계약금에 대한 매입세액을 불공제하고 부정과소신고 가산세를 부과한 처분은 정당하다.

1) 청구법인은 OOO으로부터 세무자문을 받고 세무문제가 발생할 것임을 미리 인지하였음에도 제3자 재매각이나 매출채권의 자산유동화와 같은 조항을 포함한 그 실질은 자금대여임에도 조세부담을 부당하게 경감하기 위하여 쟁점건물을 매매하는 형식의 가장행위인 쟁점매매계약을 체결하는 “위장거래”를 하였다.

2) 쟁점매매계약은 자금대여계약을 위장한 것으로 이는 매입세액을 공제받을 수 없는 자가 임의로 외관을 작출하여 매입세액을 공제 받은 것으로 사기 기타 부정한 행위이며, OOO에 대한 자금대여는 청구법인의 업무와 무관하고, 제3자 재매각 조항은 취득세․법인세 등을 회피하려는 의도가 있고, 자산유동화는 자금대여 편의를 위해 고안된 것으로 보여, OOO 2005도9546 전원합의체 판결에서 보듯이 청구인의 신고는 부당한 매입세액을 환급받기 위한 하나의 형식절차에 불과하므로 그 사기 기타 부정한 행위에 해당한다는 결과에는 영향을 미치지 못한다.

3) 쟁점매매계약은 위장거래로서 OOO가 세금계산서를 발행하고 청구인에게 교부한 행위는 위장거래에 의한 허위세금계산서 제출행위로 사기 기타 부정한 행위에 해당한다.

4) OOO은 단순한 무신고나 허위신고를 부정행위로 보지 않으나, 그와 아울러 장부에 고의적으로 매출을 누락하는 등 적극적 소득은닉의도가 있다면 조세의 부과․징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 인정된다(OOO 2014.2.21. 선고 2013도13829 판결)고 보았으며, 납세자가 무신고․과소신고의 앞․뒤로 적극적 소득은닉을 하였다면 사기 기타 부정한 행위에 해당한다(OOO 1999.4.9. 선고 98도667 판결)고 보았으므로, 쟁점매매계약과 관련하여 청구법인은 OOO와 통모하여 매입세액 공제의 구실을 만드는 등 부가가치세 신고 전에 적극적 소득은닉을 하였으므로 이는 부정한 행위에 해당한다.

5) 구 「국세기본법」 제47조의2 제2항은 “부정행위로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준을 신고하지 아니하는 경우”를 부정과소신고가산세 부과요건으로 하고 있어 조세수입 감소의 결과를 그 요건으로 하지 않아, 조세수입 감소가 없어서 부정과소신고가산세를 부과한 처분이 잘못되었다는 청구법인 주장은 부당하며, 그럼에도 불구하고 쟁점계약금에 대한 부가가치세는 사업관련성이 없는 쟁점건물 매입에 대한 부가가치세로서 공제받을 수 없는 매입세액이므로, 청구인이 공제 신고한 것은 그 상당액의 조세수입을 부당하게 감소시킨 것으로 부정행위에 해당한다.

(2) OOO 운행에 대한 부가가치세 과세처분 관련

(가) OOO는 OOO가 임차하여 관광목적으로 운행하는 전세열차로서 부가가치세 과세대상 용역에 해당한다.

(나) OOO는 쟁점열차협약서 제5조에 따라 열차 1회 운행 시 승객수와 관계없이 좌석당 운임을 산출하여 매달 전세운임을 청구법인에게 지급하고 있는바 OOO는 관광목적으로 운행하는 전세열차 운행용역의 대가로서 임대용역이지 부가가치세가 면세되는 여객운송용역이 아니므로, 청구법인이 도에 열차임대용역을 제공하고 그 대가로 받은 여객운송운임과 전세운임을 부가가치세 과세 대상으로 보는 것이 타당하다.

(3) OOO 운행에 대한 부가가치세 과세처분 관련

(가) OOO 운행은 부가가치세가 과세되는 용역이다. OOO는 청구법인이 철도차량을 개조한 특수기차로서, OOO은 관광객들이 운행 중 차내에서 숙식 및 공연관람 등을 이용하고, 정차역에서 승무원의 인솔 하에 지역관광 및 식사를 하는 「관광진흥법」 제2조 제1호에 규정된 관광사업에 해당하는 관광상품일 뿐 부가가치세 면세대상인 여객운송용역이 아니다.

(나) 청구법인은 관광개발에게 OOO를 통해 OOO 운영을 위탁하여 열차운행에 관한 위탁업무의 범위를 부여하고, 열차운행조정․원가변동․판매가격변동 등이 발생할 경우 그 승인권은 청구법인에게 있으며, OOO 판매금액을 1개월 단위로 정산 보고받고, 위탁업무 수행실적을 평가하여 위탁업무를 해지할 권한을 가지고 있음이 OOO에 나타나는바 OOO의 운영에 관한 모든 권한은 청구법인에게 있고 그 운영을 관광개발에게 위탁을 한 것으로서 OOO 운행 주체는 청구법인이다.

(다) 따라서 위탁계약에 따라 수탁자가 수행한 용역은 위탁자를 대신하여 행한 것으로 결국은 위탁자가 수행한 것인바, 수탁자인 관광개발이 일부 업무를 수행했더라도 위탁자인 청구법인이 이를 수행한 것이어서 OOO의 대금 전부가 청구법인의 매출이 되며 관광개발의 매출은 모집 수수료 등이라고 보는 것이 타당하다.

(4) 쟁점국고보조금을 공급가액에 포함하여 공통매입세액 공제를 적용한 과세처분 관련

(가) 청구법인이 공공서비스비용을 보전받기 위해 받은 쟁점국고보조금은 비과세수익금액에 해당하여 매입세액의 안분계산시 포함되어야 한다. 쟁점국고보조금은 OOO 제32조 및 제33조에 의하여 청구법인이 공익서비스의 제공을 지원조건으로 하여 국가와 비용보상 계약을 체결하여 지원받는 보조금이므로, 쟁점국고보조금은 국가로부터 지원 받은 청구법인의 비과세 사업수익으로 공통매입세액이 있다면 쟁점국고보조금을 총공급가액 및 면세(비과세)공급가액에 포함하여야 한다.

(나) 청구법인은 쟁점보상계약 제3조에 의하여 관련 법령과 이 계약에 따라 공익서비스를 성실하게 제공하여야 하고, 제8조 제1항에 의거 벽지노선의 열차종별 운행회수, 운행시각 등의 서비스 내용을 국토교통부에게 제출하여야 하며, 제2항에 의해 제출된 서비스 내용을 변경하는 경우 국토교통부와 사전 협의하여야 한다고 규정하고 있으므로, 쟁점국고보조금은 용역의 제공에 대한 대가로 보아야 한다.

(다) 조세심판원(조심 2014전2425, 2014.11.19.)은 이 건과 동일한 취지의 심판청구에 대해 청구법인의 청구를 기각하였다.

조세심판원은 앞서 살펴본 청구법인의 주장과 같은 항변에 대하여 쟁점국고보조금은 비과세사업과 관련된 수입에 해당하는 것으로 쟁점국고보조금을 반영하여 공통매입세액을 안분 계산함으로써 과세사업 해당분에 한하여 매입세액을 공제하여야 할 것이라고 설시한 바 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점매매계약에 따라 청구법인이 지급한 쟁점계약금에 대한 부가가치세 매입세액을 불공제하고, 부정과소신고가산세를 적용하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

② 청구법인이 수취한 쟁점관광열차운임과 쟁점지원금에 대하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

③ 청구법인이 OOO을 공급하는 자에 해당하는지 여부

④ 쟁점국고보조금을 면세공급가액에 포함하여 공통매입세액을 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점① 관련 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인이 쟁점사업을 추진하다 중단한 과정은 아래 ＜표2＞와 같고, 쟁점사업을 추진하는 과정에서 OOO가 자금조달의 어려움에 처하자 청구법인이 쟁점건물을 선매입하는 쟁점매매계약을 체결하였다가 쟁점사업협약을 해제하게 된 것으로 나타난다.

＜표2＞ 청구법인의 쟁점사업 추진 과정

(나) 2007.12.13. 청구법인과 OOO는 OOO역세권 국제업무지구를 개발하는 쟁점사업협약을 체결하였으며, 청구법인과 OOO의 구성원 등이 참여하여 2007.12.15. 「법인세법」 제51조의2 제1항 제9호에 근거한 쟁점사업의 시행자인 프로젝트 금융회사로서 OOO를 설립하였다.

쟁점사업협약서에는 청구법인에게 OOO에게 쟁점토지 등 사업부지를 제공하여야 하는 의무(쟁점사업협약서 제5조)를 부여하였으나 OOO 구성원과는 달리 OOO 자금조달에 협조할 의무를 부여하지는 않았고, 쟁점사업의 시행이 불가능한 경우 청구법인은 쟁점사업협약을 해제 또는 해지할 수 있으며(쟁점사업협약서 제35조), 이 경우 원래의 쟁점사업부지의 토지소유권은 다시 청구법인에게 귀속되도록 되어 있다(쟁점사업협약서 제38조).

(다) OOO가 자금조달에 어려움을 겪자 청구법인은 2009.10.28. OOO와 쟁점사업협약에 대한 1차 추가합의(이하 “쟁점1차추가합의”라 한다)를 체결하여 쟁점토지의 매매대금에 대한 지급기한을 연기하고 청구법인이 쟁점건물을 매입하기로 합의하였으나(쟁점1차추가합의 제3조 제1항), 구체적인 매입규모․시기․금액 등은 정하지 않았다.

(라) 2010.12.29. 청구법인은 OOO와 쟁점사업협약에 대한 2차 추가합의(이하 “쟁점2차추가합의”라 한다)를 체결하여 2010년 12월 OOO가 수립한 마스터플랜의 B-1블록에 건축될 쟁점건물을 선매입하기로 하였으나(쟁점2차추가합의 제4조 제1항), 구체적인 매입가격 등은 합의되지 않았으며, OOO에 OOO원 규모의 유상증자 등의 선결조건에 합의하였으나(쟁점2차추가합의 제4조 제1항 가목) OOO는 이 합의에 따른 자금조달에 실패하였다.

(마) 2011.8.1. 청구법인과 OOO는 쟁점3차추가합의를 체결하여 청구법인이 쟁점건물을 선매입하기로 합의(쟁점3차추가합의 제5조 제2항)하고, 구체적인 위치 외에 매입가격․대금지급방식과 선결조건으로 시공계획 및 확약서제출, 유상증자 등 자금조달 등을 구체화하였으며(쟁점3차추가합의 제5조), 2011.9.1. OOO는 OOO원 규모의 전환사채 발행에 성공하여 선결조건(쟁점3차추가합의 제5조 제3항 라목)을 일부 충족하였다.

쟁점3차추가합의에는 청구법인이 쟁점건물을 매입하고 지급할 예정인 잔금(매매대금의 OOO)에 대한 OOO의 매출채권을 기초자산으로 하여 자산유동화방식으로 OOO가 자금을 조달한다는 내용(쟁점3차추가합의 제5조 제6항)이 있다.

또한, 쟁점3차추가합의에는 OOO가 쟁점건물을 청구법인이 제3자에게 재매각하도록 계획을 수립하고 이를 성실히 추진하여야 하며, 준공시까지 재매각에 실패할 경우 OOO 준공시부터 재매각에 성공할 때까지 청구법인이 쟁점건물의 매입을 위해 조달한 자금의 금융비용을 배상하도록 약정(쟁점3차추가합의 제5조 제7항)하고 있다.

(바) OOO가 2011.9.1. OOO원 규모의 전환사채 발행에 성공하자 청구법인은 2011.9.30. 쟁점건물을 선매입하는 쟁점매매계약을 OOO와 체결하였다.

쟁점매매계약의 전문 “나”에는 청구법인이 지급하는 쟁점건물 매입대금(계약금, 잔금)은 쟁점사업의 사업비로 활용하도록 하여 쟁점사업의 성공적 완수를 촉진하는 것을 목적으로 하고 있으며, 전문 “라”에는 잔금지급시기 전에 쟁점건물을 대체매수하는 제3자가 나타나는 경우, 쟁점건물의 소유권은 청구법인을 거치지 아니하고 OOO에서 제3자로 직접 이전되고 쟁점매매계약은 그와 동시에 합의해제되는 것으로 되어 있다.

쟁점매매계약상 청구법인은 OOO에게 아래 ＜표3＞과 같은 일정으로 감정평가법인을 통해 실시한 감정가액OOO 및 OOO의 자금계획 등을 감안하여 결정한 매매대금을 지급(부가가치세는 별도 지급)하기로 약정하였다.

＜표3＞ 쟁점매매계약 상 매매대금 지급기일

쟁점매매계약에는 자산유동화를 지원하기 위해 세부사항을 규정하였고, 제3자에 재매각되어 쟁점매매계약이 합의해제되는 경우(쟁점매매계약 제10조)에 OOO는 청구법인에 계약금을 반환하고 반환시 청구법인이 계약금을 지급하는 날부터 반환하는 날까지 연 OOO의 이율에 따른 이자를 추가로 지급(쟁점매매계약 제10조 제3항 제1호)하도록 하였으며, 준공시까지 재매각에 실패하면 준공시부터 재매각 시까지 청구법인이 부담하는 금융비용을 OOO가 부담하도록 약정(쟁점매매계약 제10조 제4항)하고 있다.

쟁점매매계약에 따르면, OOO는 2016.12.31.까지 쟁점건물에 대한 준공을 완료하여야 한다고 규정하면서 그 기한을 초과할 경우에는 아래 ＜표4＞와 같이 지체상금을 부담하도록 약정하고 있다.

＜표4＞ 준공기한 경과시 OOO가 부담하는 지체상금

쟁점매매계약은 청구법인이 쟁점건물의 신축공사를 완공하고 허가관청으로부터 사용승인서를 교부받은 날로부터 일정기간 내에 잔금을 지급함과 동시에 랜드마크 빌딩의 소유권을 이전받는다고 약정(쟁점매매계약 제5조 제2항)하고 있다.

쟁점매매계약서에는 청구법인이 쟁점건물에 대한 설계에 반영되어야 하는 사항인 건축스펙을 첨부(쟁점매매계약 제2조 제4항, 제6조 제2항 제3호)하고, 청구법인이 쟁점건물에 대한 하자보수이행 청구권을 갖는 내용(쟁점매매계약 제6조 제2항 제4호)도 포함되어 있으며, 그 외 시공사로 OOO 주식회사를 선정한다는 내용 등 쟁점건물의 건축과 관련한 구체적인 내용이 포함되어 있고, 쟁점매매계약서에 부록으로 포함된 건축스펙에는 쟁점건물내 공간 배치, 건축재료, 인테리어 등 설계시 포함되어야 할 사항에 대한 세부내역이 기재되어 있다.

청구법인과 OOO는 쟁점매매계약의 체결 이전에 시공사로 선정된 OOO 주식회사로부터 책임준공확약서를 받기로 하였고(쟁점매매계약 제8조), 청구법인은 쟁점건물에 대한 세부적 품질수준을 정하며, 준공 전에 실사를 하기로 하였다(쟁점매매계약 제6조).

(사) 2011.10.29. OOO이 청구법인에게 제출한 검토보고서(OOO 제1110-AC-05호)에 의하면, 청구법인은 다음과 같이 쟁점건물을 취득하는 것이 업무용 자산 취득의 해당 여부와 같은 세무상 예상되는 문제점에 대하여 질의한 것으로 나타난다.

OOO은 청구법인에게 쟁점건물의 매입세액과 관련하여 업무무관 자산에 해당될 경우 매입세액이 불공제될 것이라고 회신하였다.

또한, 제3자에 대한 재매각조항은 쟁점건물에 대한 쟁점매매계약의 실질을 자금대여계약으로 볼 수 있는 근거가 될 수 있으나, 부득이한 부동산의 취득으로 「법인세법」상 업무무관 자산의 취득에 대한 예외기간을 인정받을 수 있다고 회신한 것으로 나타난다.

(아) 청구법인은 아래 ＜표5＞와 같이 쟁점건물의 선매입과 관련하여 2009년 이후 수차례 이사회를 열어 관련 안건을 처리하였으며, 2009.10.22. 제76차 이사회에서 쟁점건물을 매입하는 쟁점1차추가합의(안)을 의결하고, 2010.11.25. 제89차 이사회에서 쟁점건물의 선매입을 검토하였으며, 2010.12.23. 제90차 이사회에서 선매입규모의 제한을 크게 완화한 쟁점2차추가합의(안)을 의결하였고, 2011.9.22. 쟁점건물을 OOO로부터 매입하기로 의결하였다.

＜표5＞ 청구법인의 이사회 진행 내역

(자) 청구법인은 OOO가 자금조달의 어려움 등으로 청구법인으로부터 매입한 쟁점사업부지 대금을 지급하지 못하고 쟁점사업의 진행이 사실상 실패하여 장래에도 그 대금을 받을 수 없어서 쟁점사업협약 및 쟁점매매계약 등을 해제한다는 내용의 통보문(청구법인 OOO사업단-867, 2013.4.29.)을 2013.4.29. OOO, OOO 주식회사 및 OOO주식 회사 대표 등에게 발송하였다.

(차) OOO는 청구법인을 상대로 쟁점사업협약에 기한 채무가 존재하는지를 다투는 채무부존재확인을 청구하는 관련 민사소송(OOO 2014.10.10. 선고 2013가합50881 판결)을 제기하였다.

관련 민사소송은 쟁점사업이 진행되지 않고 사실상 실패한 상황에서 OOO와 OOO 구성원들이 원고가 되어 청구법인을 피고로 하여 쟁점사업협약의 해제에 대한 귀책사유가 원고측이 아닌 청구법인에게 있으므로 쟁점사업협약을 해제한 것은 무효이고 원고측이 쟁점토지 매각과 관련하여 2007.12.13. 체결된 쟁점사업협약상 OOO원의 손해배상금을 청구법인에게 지급할 의무가 없음을 확인하는 것을 청구하는 소송이다.

관련 민사소송에서 1심 법원은 쟁점사업협약에 대한 청구법인의 해제의사는 원고측에 통지되었고 쟁점사업의 진행이 지연되어 사실상 실패한 것에 대하여 청구법인에게 귀책사유가 없으므로 쟁점사업협약이 해제되어 원고측은 청구법인에게 손해배상금을 지급하여야 한다는 취지로 원고의 청구를 기각(청구법인 승소)하였으며 현재 2심(OOO 2014나2043876)이 진행 중이다.

관련 민사소송의 판결문에는 아래와 같이 OOO와 청구법인이 쟁점매매계약을 체결하고 그에 따라 청구법인이 계약금을 지급한 사실과 토지매매계약과 쟁점사업협약이 해제된 것을 기초사실로 하고 있다.

(카) 청구법인의 정관에는 아래와 같이 청구법인의 업무에 역세권 및 청구법인의 자산을 활용한 개발․운영 사업으로서 「OOO법 시행령」에 규정된 사업을 포함하고 있다.

(타) 「OOO법」(2007.4.6. 법률 제83339호로 개정된 것)의 개정당시 발의안(2006.2.16. 발의)의 개정취지를 살펴보면 아래와 같이 입법통제를 강화하려 한 것임이 나타난다.

(파) 청구법인은 쟁점3차합의서 제5조 제2항에 쟁점건물을 단위면적(1평)당 OOO원에 선매입하기로 합의한 것은 인접한 유사 건물의 투자가치 분석자료를 참조한 것이고, 쟁점건물 소유권 취득시 건물명을 ‘OOO OOO’으로 하고자 상표권 등록도 하였다고 주장하면서 이와 관련한 증거자료를 추가로 제출하였다.

(하) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점① 주위적 청구에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점건물을 선매입하기로 하는 쟁점매매계약을 체결하고 쟁점계약금을 OOO에 지급하였으므로 이와 관련한 부가가치세 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나,

1) 청구법인과 OOO 간에 작성한 합의서들 및 쟁점매매계약서상 약정내용에 의하면, OOO가 쟁점건물 준공 전 제3자에게 이를 매각하여야 하고, 재매각 계약이 체결된 경우 쟁점매매계약을 합의해제하며, 청구법인이 지급한 계약금에 연 OOO의 이자를 복리방식으로 적용하여 산정한 금액을 더하여 반환하도록 하고, 준공시점까지 재매각을 하지 못하는 경우 준공시부터 재매각이 완료되는 시점까지 청구법인이 부담할 쟁점건물 매입대금의 금융비용에 상당하는 금액을 OOO가 손해배상으로 보전하기로 하였는바, 쟁점매매계약 체결된 후뿐만 아니라 쟁점건물의 소유권이 청구법인에게 이전된 이후에도 OOO가 이에 대한 처분권을 갖도록 하였고, 쟁점건물에 대한 매매계약 및 소유에 따른 효익과 위험의 실질적으로 청구법인에게 귀속되지 않도록 이를 OOO에게 이전시키는 특별한 조건으로 계약을 체결한 사실이 확인된다.

2) 쟁점매매계약서 전문에서 OOO는 계약금을 지급받아 쟁점사업의 사업비로 활용하고, 나머지 잔금에 대해서도 매출채권 자산유동화 또는 그 밖의 금융시장에서 활용 가능한 차입 등 금융조달방법을 통하여 쟁점사업비를 조달하며, 청구법인은 이러한 OOO의 목적이 달성될 수 있도록 지원한다고 명시하고 있는바, 쟁점매매계약의 목적이 쟁점건물의 취득이 아니라 OOO에 대한 자금지원을 위한 것임이 드러난다.

3) 청구법인은 위와 같은 이유로 비정상적인 조건으로 쟁점건물에 대한 설계조차 이루어지지 않은 상태에서 쟁점매매계약을 체결하고, 매매목적물 전체에 대한 감정가액이 OOO원임에도 OOO의 자금계획을 반영하여 이를 OOO원에 매수하기로 하는 계약의 형식을 취한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점매매계약의 내용, 계약이 성립된 동기 및 경위, 계약으로 달성하려는 당사자의 목적과 진정한 의사, 거래관행 등을 종합적으로 고려할 때, 그 실질을 금전대차로 봄이 타당하다 할 것이므로 처분청이 쟁점계약금에 대한 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(쟁점①과 관련한 쟁점매매계약의 청구법인 사업 관련성 여부 등에 대한 주위적 청구주장은 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다).

4) 다음으로 쟁점① 예비적 청구에 대하여 살펴본다.

가) 사실과 다른 세금계산서로 부가가치세 매입세액을 공제․환급 받는 것이 부정과소신고가산세의 적용요건인 부정행위에 해당하려면 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 할 것(OOO 2015.1.15. 선고 2014두11618 판결 등, 참조)인데,

나) 청구법인과 OOO가 쟁점사업의 필요에 의하여 특수한 조건부로 쟁점건물에 대한 선매입 계약을 체결하면서 그 법률행위에 따라 세금계산서를 수수한 것일 뿐, 청구법인이 쟁점건물과 관련한 매입세액을 부정하게 공제받을 목적으로 고의적으로 그러한 외관을 작출하였다고 보이지는 아니하는 점,

다) 청구법인이 공제대상으로 신고한 쟁점계약금 관련 건물분 부가가치세액이 전액 거래징수되었고, 청구법인의 그 매입세액에 대응하는 매출세액에 대하여 OOO가 적시에 부가가치세를 신고․납부한 점,

라) 청구법인이 쟁점매매계약 관련 부가가치세 매입세액을 공제받는 것이 국가의 조세수입의 감소를 야기하게 될 수 있다는 인식이 없었던 것으로 보이고, 결과적으로 조세수입이 감소되지도 아니한 점 등을 종합적으로 고려할 때,

마) 처분청이 쟁점계약금 관련 건물분 부가가치세 매입세액을 불공제하면서 일반과소신고가산세(가산세율 OOO, 가산세액 OOO원)가 아니라 부정과소신고가산세(가산세율 OOO, 가산세액 OOO원)를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(2) 쟁점② 관련 내용은 다음과 같다.

(가) 쟁점관광열차협약상 청구법인 소유의 OOO 열차(쟁점관광열차협약 제3조)를 OOO가 개조하여 운행(쟁점관광열차협약 제4조 제1항)하며, OOO는 열차의 개조와 홍보를 할 의무가 있으나 청구법인은 열차의 운행에 책임이 있는 것으로 보인다.

(나) OOO의 운임과 관련하여, 청구법인은 일반열차와 동일한 승차권 발급시스템을 이용하여 고객에게 승차권을 발급하고(제7조), 열차 운행에 따른 변동비의 일부를 월별로 OOO로부터 지원받으며(쟁점관광열차협약 제5조), 승객은 일반OOO와 동일하게 운행구간의 일부 또는 전구간을 선택하여 자유롭게 이용할 수 있고, 운임 역시 이용하는 구간별로 일반철도 요금과 같이 책정된다.

(다) 쟁점관광열차협약상 OOO로부터 지원받는 쟁점지원금을 전세운임이라고 표현하고 있으나, OOO가 해당 열차를 임차하여 운행하는 것으로 보이지 않으며, 단순히 지역관광홍보를 위해 개조하여 정해진 구간을 운행하는 열차의 운행비를 보조하는 지원금으로 보인다(쟁점관광열차협약 제5조).

(라) 쟁점지원금의 계산방식을 보면 좌석당 정액을 정하여 지급(쟁점관광열차협약 제5조, 별표1)하나, 승객이 지급하는 운임의 OOO를 청구법인이 OOO에 지급하는 공석운행에 대한 지원금(쟁점관광열차협약 제7조)으로 열차를 이용하는 승객이 증가하면 그 쟁점지원금이 감소하는 구조를 가지고 있고, 쟁점관광열차협약 중 쟁점지원금 관련 부분을 발췌한 내역은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 쟁점관광열차협약 중 쟁점지원금 관련 부분

(마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점②에 대하여 살피건대,

1) OOO의 운임이 부가가치세 면세대상인 여객운송용역의 대가인지에 관하여, OOO는 청구법인이 경북지역의 관광을 목적으로 OOO가 지급하는 전세운임을 받고 운행하는 전세열차라 청구법인이 OOO를 임대하여 운행하는 것이므로, OOO 운임은 관광용역의 대가에 해당하여 여객운송용역으로 보아 부가가치세가 면세되는 용역으로 볼 수는 없다 할 것이다.

2) 쟁점지원금이 부가가치세 과세표준에서 제외되는 공공보조금에 해당하는지에 관하여, 쟁점지원금은 청구법인이 OOO에 OOO를 관광목적에 사용하도록 임대하고 받는 임대수익으로 이를 무상으로 제공하는 공공보조금으로 보기 어려운 점, 쟁점지원금은 OOO가 운행되도록 하기 위하여 지급하는 금전으로 열차의 차량수 및 좌석수를 기준으로 운행횟수에 따라 지급되므로 OOO를 운행하면서 이용객에게 제공한 용역과 대가관계가 있는 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 쟁점지원금이 과세표준에서 제외되는 공공보조금에 해당하지 않는다.

3) 따라서 처분청이 OOO의 운임과 쟁점지원금을 부가가치세 과세대상 용역에 대한 대가로 보고 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 쟁점③ 관련 내용은 다음과 같다.

(가) 쟁점해랑협약에 의하면, 청구법인이 관광개발에 관련 업무를 위탁한다는 표현(쟁점OOO 제1조, 제3조)을 사용하고 있고, 관광개발은 안내직원 등을 통해 고객에게 관광 관련 서비스를 제공하고 관련 상품을 개발하는 업무를 수행하였으며(쟁점OOO 제3조), 청구법인은 OOO를 운행하고 보수․점검하는 업무를 수행하는 것으로 나타난다(쟁점OOO 제4조).

OOO의 판매는 관광개발이 하는 것으로 보이며(쟁점OOO 제10조), 청구법인은 관광개발로부터 판매수수료, 운영비, 행사비 및 운영수수료를 제외한 일체의 금액을 수취하고(쟁점OOO 제12조), 관광개발의 관광코스 개발 및 변경, 탄력적 여행상품 운영에 따른 원가나 판매가격 변동사유에 대한 승인을 청구법인이 가지고 있으며(쟁점OOO 제9조), 판매실적을 청구법인에게 제출(쟁점OOO 제11조 제5항)하고, 청구법인은 독자적으로 할인권 또는 무료이용권을 발행(쟁점OOO 제11조 제6항)할 수 있는 것으로 나타난다.

또한 청구법인은 위탁업무의 수행실적을 평가(쟁점OOO 제14조 제1항)하여, 이를 근거로 위탁계약을 해지(쟁점OOO 제15조 제1항 제6호)할 수 있고, 지도점검도 할 수 있으며(쟁점OOO 제17조 제1항), 협약이 종료되어도 일시적으로 청구법인의 요구에 의하여 관광개발은 OOO을 운영(쟁점OOO 제15조 제3항)하여야 하고, OOO에 관한 일체의 권리는 청구법인이 소유하며(쟁점OOO 제18조 제4항), 관광개발은 해랑과 관련된 권리를 제3자에게 양도하거나 담보로 제공할 수 없다(쟁점OOO 제18조 제5항)고 규정되어 있다.

(나) 관광개발이 고객과 체결한 OOO여행약관안내를 보면 관광개발이 고객에게 OOO을 제공하고 이에 대한 책임을 지는 위치에 있는 것으로 보인다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점③에 대하여 살피건대,

OOO의 판매금액 중 관광개발은 판매수수료, 현지행사비, 운영비용, 운영수수료를 제외한 나머지 금액을 청구법인에 지급하므로(쟁점OOO 제12조), OOO 판매수익 중 관광개발이 부담한 실비와 수수료 성격의 추가 수익을 제외한 나머지 수익이 청구법인에 귀속되도록 되어 있는 점,

청구법인이 관광개발의 상품운영상 원가 변동사유 등에 대한 승인권을 가지고 있으며(쟁점OOO 제9조), 관광개발로부터 판매실적을 제출받는(쟁점OOO 제11조) 등 실제 청구법인이 OOO의 관리․운영에 최종적인 승인권을 가지고 있는 점,

협약이 종료되어도 청구법인의 요구에 의하여 관광개발은 OOO을 운영하도록 되어 있고(쟁점OOO 제15조), OOO에 대한 일체의 권리는 청구법인이 갖고 관광개발은 관련 권리를 제3자에게 양도하거나 담보로 임의제공할 수 없도록(쟁점OOO 제18조) 한 점 등을 종합적으로 고려할 때, 청구법인을 OOO의 공급자로 보고 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(4) 쟁점④ 관련 내용은 다음과 같다.

(가) 쟁점국고보조금의 공익서비스별 지급내역은 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 2009년～2012년 쟁점국고보조금 지급내역

(나) 2012년 7월 국토교통부장관과 청구법인이 2012년도 공식서비스비용에 대한 쟁점보상계약서는 2009년부터 거의 동일한 내용으로 체결되었다.

(다) 쟁점보상계약서에는 청구법인이 제공하는 공익서비스에 대하여 OOO 제32조 및 제33조에 따라 국가가 그 비용의 일부나 전부를 부담하는 것을 목적으로 하고 있다(쟁점보상계약서 제1조).

쟁점국고보조금이 지급되는 공공서비스 중 노인, 장애인, 국가유공자가 감면받은 철도운임에 대하여 보상하는 운임․요금 감면액(운임감면)은 일반 철도요금보다 낮은 가격에 노인 등이 철도를 이용하고 그 차액을 국가가 보조하는 금액이 쟁점국고보조금에 해당하며(쟁점보상계약서 제2조 제1호, 제5조, 별표1), 쟁점보상계약서상 운임감면과 관련한 부분의 내용은 아래 ＜표8＞과 같다.

＜표8＞ 쟁점보상계약서상 운임감면 관련 부분

(라) 쟁점보상계약서상의 벽지노선 경영손실보상은 벽지노선운행 OOO의 이용자에게 일반철도요금을 받으나 이용자수 부족으로 발생하는 경영손실을 국고에서 보조하는 것(쟁점보상계약서 제2조 제2호, 제6조)으로서 OOO이용자에 대한 직접 보조의 성격으로 보이는 운임감면과 달리 경영수지를 개선하여 철도운행을 가능하게 하여 벽지주민 등이 철도를 이용하게 하려는 목적으로 보인다.

쟁점보상계약서상 벽지노선손실 관련 부분은 아래 ＜표9＞와 같고, 철도운행으로 벽지주민을 위한 공공복지서비스 제공, 국토균형발전 등을 운행을 기대효과(쟁점보상계약서 별표1 제3호)로 하고 있으나, 쟁점국고보조금액이 OOO운행 횟수에 비례(쟁점보상계약서 제8조 제1항 등)하고, 영업계수가 낮을수록 보상비율이 높아(쟁점보상계약서 별표2) 철도이용자 증가로 수익이 커지면 그 보조금도 늘어 이용자 수와 국고보조금액이 비례하는 것으로 보인다.

＜표9＞ 쟁점보상계약서상 벽지노선손실 관련 부분

(마) 쟁점국고보조금 중 국가특수목적사업 비용은 외국 정상 등 VIP를 운송하기 위해 청구법인은 특별동차운영단을 만들어 운영하면서 그 운행으로 인하여 발생한 비용을 국가로부터 보조받는 것(쟁점보상계약서 제2조 제3호, 제7조)으로서 쟁점보상계약서상 특수사업비 관련 부분은 아래 ＜표10＞과 같다.

＜표10＞ 쟁점보상계약서상 특수사업비 관련 부분

(바) 청구법인은 쟁점④ 관련 부과처분 중 소송을 제기한 과세기간은 법원의 조정권고(OOO 2018.6.18. 조정권고 2017누35105, OOO 2018.6.15. 조정권고 2018누34727)를 처분청이 받아들여 대부분 감액경정되었으므로 소송을 제기하지 아니한 과세기간도 마찬가지로 감액경정되어야 한다는 취지의 서면을 추가로 제출하였다.

(사) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점④에 대하여 살펴본다.

1) 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 「부가가치세법 시행령」 규정을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 하나(OOO 2011.9.8. 선고 2009두16268 판결 등 참조), 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관하여 거래상대방으로부터 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우 구 「부가가치세법 시행령」(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항의 규정을 유추 적용할 수는 없으므로(OOO 2016.6.23. 선고 2015두45731 판결), 쟁점국고보조금이 면세용역인 공공서비스와 대가관계가 없으면 쟁점국고보조금은 공통매입세액 안분계산에 포함되는 공급가액에서 제외되나, 대가관계가 있다면 쟁점국고보조금은 면세공급가액으로 공통매입세액 안분계산에 포함된다 할 것이다.

2) 쟁점국고보조금 중 운임감면에 관하여, 용역의 공급에 대한 대가를 반드시 그 수혜자가 부담하여야 하는 것은 아니고 제3자가 이를 부담하는 경우에도 그 대가관계를 얼마든지 인정할 수 있는 점(OOO 2017.6.27. 선고 2017누35211 판결), 구 「부가가치세법 시행령」 제50조 제1항 제1호에 따라 유사한 상황에서 비특수관계자와 계속거래한 가격이나 제3자간 일반적 거래가격이 시가이므로, 철도여객운송용역의 시가는 일반승객의 운임으로 운임감면 대상 승객은 쟁점국고보조금을 포함하여야 시가를 지불한 것으로 보이는 점, 운임감면 대상 승객이 용역을 이용하는지 여부에 따라 쟁점국고보조금의 지급여부와 그 크기가 비례적으로 결정되므로 용역의 제공과 쟁점국고보조금이 결부되어 있는 점 등을 고려하면, 쟁점국고보조금은 운임감면 대상 승객이 제공받는 여객운송용역과 대가관계가 인정된다.

3) 쟁점국고보조금 중 벽지노선손실에 관하여, 용역의 공급이 반드시 특정 상대방에 대해서만 가능하다고 할 수는 없고 잠재적인 수혜자를 상정하고 일반적‧규칙적으로 이루어지는 용역의 공급도 있을 수 있으므로(OOO 2017.6.27. 선고 2017누35211 판결) 벽지노선손실에 대한 쟁점국고보조금의 지급으로 해당 벽지노선에 철도여객운송용역을 공급받는 잠재고객이 철도를 이용할 수 있게 되는 점, 쟁점국고보조금은 벽지노선운행비용을 보전하는 것으로 승객이 이용하는 철도여객운송용역의 원가에 대한 보상에 해당하는 점, 쟁점보상계약서 [별표2]의 벽지노선 보상률을 보면 영업계수{(영업비용/영업수익)×100}와 원가대비 보상율이 반비례하여, 이용승객이 많아 영업수익이 클수록 영업계수가 낮고 보상율이 높아 철도운송용역을 제공받는 승객수와 쟁점국고보조금의 크기가 비례하는 점 등을 보건대, 벽지노선손실에 대한 쟁점국고보조금은 철도여객운송용역과 대가관계가 인정된다.

4) 쟁점국고보조금 중 특수사업비에 관하여 보면, 특수사업비는 국내․외 귀빈 등 VIP를 특별동차운영단이 철도로 운송하는 등 국가의 특수목적사업을 수행함으로써 받는 것으로 해당 공공서비스는 철도여객운송용역에 해당하고 이를 국가가 공급받는 자로 그 대가를 지불하는 것으로 판단되는 점, 쟁점보상계약서 제7조 제1항에 특수목적사업비용 보상의 범위는 특별동차운영단의 운영 등 유지를 위하여 지출한 금액 중 청구법인의 원가 발생액의 OOO에 해당하는 보상원가와 차량 검수비 및 차량감가상각비를 포함한다고 되어 있어 원가보상에 해당하고, 특수목적사업을 위한 특별동차의 운행횟수 및 VIP의 철도이용횟수와 쟁점국고보조금의 크기가 비례하는 점 등을 고려하면 국가가 공급받은 철도여객운송용역과 쟁점국고보조금은 대가관계가 인정된다.

5) 또한, 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 공통매입세액 안분에 관한 구 「부가가치세법 시행령」 규정을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 하는바(OOO 2011.9.8. 선고 2009두16268 판결 등 참조), 청구법인은 특별동차운영 관련 매입세액은 독립된 비과세사업과 관련한 것으로 그 실지귀속이 구분되어 쟁점국고보조금에 해당하는 금액을 공통매입세액 안분계산에 포함시켜서는 아니된다고 주장하나, 이는 청구법인의 전체 매입세액을 공통매입세액, 과세매입세액 및 면세(비과세)매입세액으로 구분하는 것과 구분된 공통매입세액을 안분하는 것을 혼동한 주장으로 특수목적사업이 다른 사업부분과 구분된다고 하여도 그 사업에 직접 기여하는 매입세액 외에 본사운영비, 철로사용․관리비, 역사운영․관리비 등과 같이 다른 사업과 특수목적사업에 공통으로 기여하는 매입세액을 공제대상과 불공제대상으로 안분하는 것이 쟁점인 이 건과 관계 없는 주장으로 판단된다.

6) 따라서 처분청이 쟁점국고보조금을 면세공급가액에 포함하여 공통매입세액을 안분계산하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 이 건 부가가치세 부과처분 내역

＜별지2＞ 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조[실질과세] ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제26조의2[국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제받아 「법인세법」 제 67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

제47조의3[과소신고·초과환급신고가산세] ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」 및 「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액

나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

③ 제1항 및 제2항은 「부가가치세법」에 따른 사업자가 아닌 자가 환급세액을 신고한 경우에도 적용한다.

⑦ 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 계산과 그 밖에 가산세의 부과에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 국세기본법 시행령

제12조의2[부정행위의 유형 등] ① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위"란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.

(3) 조세범 처벌법

제3조 [조세 포탈 등] ⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

(4) 구 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)

제1조[과세대상] ① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

② 제1항에서 "재화"란 재산 가치가 있는 모든 유체물(有體物)과 무체물(無體物)을 말한다.

③ 제1항에서 "용역"이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무(役務) 및 그 밖의 행위를 말한다.

제12조[면세] ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

7. 여객운송 용역. 다만, 항공기, 고속버스, 전세버스, 택시, 특수자동차, 특종선박(特種船舶) 또는 고속철도에 의한 여객운송 용역으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

제13조[과세표준] ② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

4. 국고보조금과 공공보조금

제16조[세금계산서] ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

제17조[납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

(5) 구 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것)

제31조[항공기·고속버스등에 의한 여객운송용역의 범위] 법 제12조제1항제7호 단서에 규정하는 항공기·고속버스·전세버스·택시·특수자동차·특종선박 또는 고속철도에 의한 여객운송용역은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

4. 「OOO」에 규정된 고속철도에 의한 여객운송용역

제59조[수정세금계산서 발급사유 및 발급절차] ① 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 : 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

제61조 [매입세액의 안분계산] ① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.