부가가치세법 제17조

나. 피고가 2006. 3. 1. 원고에게 한 2001년 제2기 부가가치세 000원 부과처분 중 000원을 초과하는 부분, 2002년 제1기 부가가치세 000원 부과처분 중 000원을 초과하는 부분, 2003년 제1기 부가가치세 000원 부과처분 중 000원을 초과하는 부분, 2003년 제2기 부가가치세 000원 부과처분 중 000원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고가 한 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 15%는 원고가, 나머지는 피고가 부담한다.

피고가 2005. 1. 3. 원고에게 한 2000년 제1기 부가가치세 000원 부과처분, 2000년 제2기 부가가치세 000원 부과처분, 2001년 제1기 부가가치세 000원 부과처분, 2002년 제2기 부가가치세 000원 부과처분, 2004년 제1기 부가가치세 000원 부과처분, 2000 사업연도 법인세 000원 부과처분과 2006. 3. 1. 원고에게 한 2001년 제2기 부가가치세 000원 부과처분, 2002년 제1기 부가가치세 000원 부과처분, 2003년 제1기 부가가치세 000원 부과처분, 2003년 제2기 부가가치세 000원 부과처분, 2003 사업연도 법인세 000원 부과처분을 취소한다(원고는 이 법원에서 청구를 일부 감축하였다).

2. 항소취지

가. 원고 : 제1심 판결 중 원고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고 청구를 인용한다.

나. 피고 : 제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고 청구를 기각한다.

가. 원고는 1993. 6. 23. 설립되어 금, 은 도・소매업 등을 영위하여 온 법인으로서 2000년 제1기부터 2004년 제1기까지 부가가치세 및 2000 사업연도부터 2003 사업연도까지 법인세를 신고・납부하였다.

나. 서울지방국세청장은 원고에 대한 조세범칙 조사를 하여 그 결과를 피고에게 통보하였고, 그에 따라 피고는 2005. 1. 3. 원고에게 아래 표 '부가가치세 부과처분내역'의 '2005. 1. 3.자 부과처분'란 기재와 같이 2000년 제1기부터 2004년 제1기까지 부가가치세를 부과하였다. 피고는 2006. 3. 1. 원고에게 과세기간 착오를 이유로 직권으로 2005. 1. 3.자 부과처분 중 일부를 아래 표의 '2006. 3. 1.자 경정세액'란 기재와 같이 증액 또는 감액하는 결정을 하였고, 2011. 7. 26. 원고에게 아래 표의 '2011. 7. 26.자 감액세액'란 기재 세액을 감액하는 결정을 하였는데, 그 구체적인 조정내용은 아래와 같다(이에 따라 최종적으로 남게 된 아래 표의 '최종세액'란 기재 부가가치세 부과처분 중 2000년 제1기 부가가치세 부과처분을 제외한 부가가치세 부과처분을 '이 사건 처분'이라고 한다).

[부가가치세 부과처분내역]

연도・기분

2005. 1. 3.자 부과처분

2006. 3. 1.자 경정세액

2011. 7. 26.자 감액세액

최종세액

2000. 제1기

000원

000원

2000. 제2기

000원

000원

000원

000원

2001. 제1기

000원

000원

000원

000원

2001. 제2기

000원

000원

000원

000원

2002. 제1기

000원

000원

000원

000원

2002. 제2기

000원

000원

000원

2003. 제1기

000원

000원

000원

000원

2003. 제2기

000원

000원

000원

000원

2004. 제1기

000원

000원

000원

000원

1) 원고가 2000년 제2기 ~ 2004년 제1기 부가가치세 신고를 할 때, 위 과세기간에 별지 '세금계산서 내역' 기재와 같이 XX쥬얼리 주식회사(이하에서는 회사를 표기할 때 '주식회사' 부분을 생략한다) 등 12개 업체로부터 합계 000원 상당의 지금을 매입하고 각 업체로부터 매입세금계산서 832장(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)을 수취하였다고 하면서 이 사건 세금계산서상의 공급가액을 해당 과세기분의 매입세액 공제대상으로 하고, 또 2000 ~ 2003 사업연도의 법인세 신고를 할 때 이 사건 세금계산서상의 공급가액 상당액을 해당 사업연도의 손금에 산입하였다. 피고는 이 사건 세금계산서는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 이유로, 이 사건 세금계산서상의 공급가액 상당액을 2000년 제2기 ~ 2004년 제1기 각 부가가치세의 매입세액 공제대상에서 제외하였다.

2) 원고가 2000년 제1기 ~ 2004년 제1기의 부가가치세 신고를 할 때 OO전자 등 17개 업체에 대한 청화금 매출분으로 2000년 제1기 000원, 2000년 제2기 000원, 2001년 제1기 000원, 2001년 제2기 000원, 2002년 제1기 000원, 2002년 제2기 000원, 2003년 제1기 000원, 2003년 제2기 000원, 2004년 제1기 000원을 매출세액으로 신고하였다. 피고는 원고가 2000년 제1기 ~ 2004년 제1기 부가가치세 매출세액으로 신고한 OO전자 등 17개 업체에 대한 청화금 매출금액은 가공매출이라는 이유로 해당 과세기분의 부가가치세 매출세액에서 제외하였다.

3) 원고가 2001년 제1기와 제2기 부가가치세 신고를 할 때, 태동실업에 2001년 제1기에 합계 000원, 2001년 제2기에 합계 000원 상당의 지금을 매출하였는데도 이를 매출누락하였다. 피고는 2001년 제1기 및 제2기 부가가치세를 산정할 때 그 매출누락금액을 해당 과세기분의 매출세액에 산입하였다.

4) 원고가 2000년 제1기 ~ 2004년 제1기 부가가치세 신고를 할 때, 세금계산서의 수수 없이 무자료로 2000년 제1기에 000원, 2000년 제2기에 000원, 2001년 제1기에 000원, 2001년 제2기에 000원, 2002년 제1기에 000원, 2002년 제2기에 000원, 2003년 제1기에 000원, 2003년 제2기에 000원, 2004년 제1기에 1,154,209,636원 상당의 EE을 매입하여 이를 재료로 청화은 등을 제조하여 매출하였는데도 이를 매출누락하였다. 위 매입금액에 국세청장이 고시한 비철금속 제2차 제련 및 정련업의 부가가치율(2000. 24.18%, 2001. 23.73%, 2002. 22.70%, 2003. 22.70%, 2004. 22.70%)을 적용하여 환산한 원고의 매출금액은 2000년 제1기 000원, 2000년 제2기 000원, 2001년 제1기 000원, 2001년 제2기 000원, 2002년 제1기 000원, 2002년 제2기 000원, 2003년 제1기 000원, 2003년 제2기 000원, 2004년 제1기 000원이 된다는 이유로, 피고는 2000년 제1기 ~ 2004년 제1기 부가가치세를 산정할 때 매출환산금액을 해당 과세기분의 매출세액에 산입하였다.

5) 원고가 2002년 제1기 ~ 2003년 제2기 부가가치세 신고를 할 때, 2002년 제1기에 000원, 2002년 제2기에 000원 상당의 지금을 매출하고, 2003년 제1기에 000원, 2003년 제2기에 000원 상당의 지은, 지금을 YY 등의 업체에 매출하였는데도 이를 매출누락하였다. 피고는 2002년 제1기 ~ 2003년 제2기 부가가치세를 산정할 때 그 매출금액을 해당 과세기분의 매출세액에 산입하였다.

다. 원고는 2005. 3. 3. 국세심판원에 심판청구를 하였고, 국세심판원은 2006. 9. 11. 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

라. 원고는 2000년 제1기에서 2004년 제1기 부가가치세 부과처분 중 나의 1)항 이 사건 세금계산서가 사실과 다르다고 하여 부과한 부분을 제외한 부분에 관하여도 그 처분의 위법성을 주장하였다[2000년 제1기 부가가치세 부과처분은 나의 1)항과 관계없다]. 그러나 제1심 판결에서 그 부분에 관한 원고 주장이 기각되고, 그 부분에 관하여 환송전 판결과 환송판결에서 원고의 항소와 상고가 기각되었으므로, 2000년 제1기 부가가치세 부과처분은 이 법원의 심판대상에서 제외되고, 이 사건 처분 중 나의 1)항을 제외한 부분에 해당한 세액은 아래 표의 '심판대상 제외세액'란 기재 세액과 같이 정당한 세액으로 확정되어 이 법원의 심판범위에서 제외된다. 자세한 내역은 아래 표와 같다.

(단위, 원)

과세기간

최종세액

심판대상 제외세액

2000년 제1기

000

000(처분 전체 심판대상 제외)

2000년 제2기

000

0

2001년 제1기

000

000

2001년 제2기

000

000

2002년 제1기

000

000

2002년 제2기

000

000

2003년 제1기

000

000

2003년 제2기

000

000

2004년 제1기

000

000

마. 피고는 원고에게, 2005. 1. 3. 아래 표 '2005. 1. 3.자 부과처분'란 기재와 같이 2000 사업연도와 2003 사업연도 법인세 부과처분을 하였다가, '2006. 3. 1.자 경정세액'란 기재와 같이 경정을 하였다. 원고는 제1심에서 2000, 2003 사업연도 법인세 부과처분의 취소를 구하는 청구를 하였고, 제1심은 아래 표 '최종세액'란 기재 법인세를 초과하는 부분을 취소한다는 판결을 선고하였고, 그 판결에 대하여 원고와 피고 모두 항소와 상고를 하였으나, 환송판결에서 최종적으로 양쪽에서 한 상고가 기각되었으며, 그 후 피고는 2011. 7. 26. 아래 표 '최종세액'란 기재와 같은 금액으로 법인세를 감액하였다. 따라서 아래 최종세액란 기재 법인세 부과처분 취소를 구하는 부분은 심판대상에서 제외된다.

[법인세 부과처분내역]

사업연도

2005. 1. 3.자 부과처분

2006. 3. 1.자 경정세액

최종세액

2000

000원

000원

000원

2003

000원

000원

000원

인정근거 : 갑 제1, 12, 15, 16호증, 을 제1에서 3, 59호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

원고는 이 사건 세금계산서가 사실과 같은 세금계산서이므로 이 사건 세금계산서에 근거한 매입세액 공제・환급을 거부한 이 사건 처분은 위법하다고 주장하는 반면, 피고는 금지금 유통경로에 비추어 보면 원고가 이 사건 세금계산서에 근거하여 매입세액 공제・환급을 구하는 것은 신의성실 원칙에 반하므로 허용되지 않는다고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고 대표이사 권AA은 1983. 5.경부터 종로에서 '△△'라는 상호로 지금 도매업체를 운영하다가 1993. 6. 23.경 원고를 설립하였는데, 원고는 서울 종로구 XX가 31-1에 매장을 두고 국내 최대 규모의 지금 도매업체로 성장하였으며, 원고가 고시하는 지금의 내수판매단가가 다른 업체들의 내수판매단가에 결정적인 기준이 되었다.

한편 권AA은 1999. ~ 2000.경에 영세율 매출처 WW, KK 등이 수출용 원재료로 구입한 지금을 불법으로 내수로 전환하여 과세로 매출하면서 부가가치세를 포탈한 사건과 관련하여 수사를 받았다.

2) 폭탄업체 II쥬얼리(대표이사는 우BB이고, 추CC가 운영하였다)는 CC무역으로부터 영세율로 지금을 매입한 다음 이를 수출용 원재료로 사용하지 않고 원고에게 2000. 10. 4.부터 2000. 12. 22.까지 21회에 걸쳐 매입단가보다 단가를 낮추어 합계 000원에 과세로 매출하면서 그 세금계산서를 교부하였고, 폭탄업체 MM무역(대표이사 추CC)은 CC무역으로부터 영세율로 지금을 매입한 다음 이를 수출용 원재료로 사용하지 않고 원고에게 2000. 7. 5.부터 2000. 9. 28.까지 53회에 걸쳐 매입단가보다 단가를 낮추어 합계 000원에 과세로 매출하면서 그 세금계산서를 교부하였고, 폭탄업체 DD쥬얼리(대표이사 김DD)는 원고 및 SS상사로부터 영세율로 지금을 매입한 다음 이를 수출용 원재료로 사용하지 않고 XX쥬얼리(대표이사 박EE은 바지사장이고, 김FF가 실제로 운영하였다)에게 매입단가보다 단가를 낮추어 과세로 매출하고, 과세도관업체 XX쥬얼리는 원고에게 2000. 7. 1.부터 2000. 12. 29.까지 30회에 걸쳐 위와 같이 과세로 매입한 지금을 합계 000원에 과세로 매출하면서 그 세금계산서를 교부하였고, 폭탄업체 XX쥬얼리는 LL상사 주식회사 등으로부터 영세율로 지금을 매입한 다음 이를 수출용 원재료로 사용하지 않고 AA쥬얼리(대표이사 한GG는 바지사장이고, 김FF, 김DD 등이 실제로 운영하였다)에게 매입단가보다 단가를 낮추어 과세로 매출하고, 과세도관업체 AA쥬얼리는 JJ쥬얼리(당시 대표이사 이HH은 바지사장이고, 김FF, 박II 등이 실제로 운영하였다)에게 지금을 과세로 매출하고, 과세도관업체 JJ쥬얼리는 원고에게 2000. 9. 21.부터 2000. 12. 18.까지 34회에 걸쳐 위와 같이 과세로 매입한 지금을 합계 000원에 과세로 매출하면서 그 세금계산서를 교부하였고, 폭탄업체 PP금속(대표이사 정JJ)은 영세도관업체 BB가 원고 등으로부터 영세율로 매입한 지금을 다시 영세율로 매입한 다음 이를 수출용 원재료로 사용하지 않고 원고에게 2000. 10. 17.부터 2000. 12. 29.까지 51회에 걸쳐 매입단가보다 단가를 낮추어 합계 000원에 과세로 매출하면서 그 세금계산서를 교부하였다.

폭탄업체 AA쥬얼리(김FF 등이 실제로 운영하였다)는 XX쥬얼리로부터 영세율로 지금을 매입한 다음 이를 수출용 원재료로 사용하지 않고 원고에게 2001. 1. 9.부터 2001. 3. 31.까지 65회에 걸쳐 매입단가보다 단가를 낮추어 합계 000원에 과세로 매출하면서 그 세금계산서를 교부하였고, 폭탄업체 YY무역(대표이사 김LL은 바지사장이고, 김FF, 김DD 등이 실제로 운영하였다)은 원고로부터 영세율로 매입하거나 성명불상자부터 무자료로 매입한 지금을 XX쥬얼리 및 FF골드(대표이사 정MM는 바지사장이고, 양NN 등이 실제로 운영하였다)에게 과세로 매출하고, 과세도관업체인 XX쥬얼리는 원고에게 2001. 4. 2.부터 2001. 5. 22.까지 36회에 걸쳐 위와 같이 과세로 매입한 지금을 합계 000원에, 과세도관업체인 FF골드는 2001. 5. 23.부터 2001. 6. 30.까지 원고에게 30회에 걸쳐 위와 같이 과세로 매입한 지금을 합계 000원에 각 과세로 매출하면서 그 세금계산서를 교부하였고, 폭탄업체 PP금속은 영세도관업체 BB가 원고 등으로부터 영세율로 매입한 지금을 다시 영세율로 매입한 다음 이를 수출용 원재료로 사용하지 않고 원고에게 2001. 1. 3.부터 2001. 2. 15.까지 26회에 걸쳐 매입단가보다 단가를 낮추어 합계 000원에 과세로 매출하면서 그 세금계산서를 교부하였고, 폭탄업체 RR쥬얼리(대표이사 강OO는 바지사장이고, 추CC가 실제로 운영하였다)는 CC무역으로부터 영세율로 지금을 매입한 다음 이를 수출용 원재료로 사용하지 않고 원고에게 2001. 3. 8.부터 2001. 3. 27.까지 9회에 걸쳐 매입단가보다 단가를 낮추어 합계 000원에 과세로 매출하면서 그 세금계산서를 교부하였다.

폭탄업체 ZZ무역(대표이사는 염PP이나 추CC가 실제로 운영하였다)은 영세도관업체 QQ무역이 CC무역으로부터 영세율로 매입한 지금을 QQ무역으로부터 다시 영세율로 매입한 다음 이를 수출용 원재료로 사용하지 않고 원고에게 2001. 8. 16.부터 2001. 8. 31.까지 8회에 걸쳐 매입단가보다 단가를 낮추어 합계 000원에 과세로 매출하면서 그 세금계산서를 교부하였고, 폭탄업체 TT보석(대표이사 강SS는 바지사장이고, 김FF, 김DD 등이 실제로 운영하였다)은 김FF 운영의 AAA금은 등으로부터 영세율로 매입하거나 성명불상자로부터 무자료로 매입한 지금을 수출용 원재료로 사용하지 않고 매입단가보다 단가를 낮추어 FF골드에게 과세로 매출하고, 과세도관업체인 FF골드는 원고에게 2001. 7. 2.부터 2001. 10. 24.까지 87회에 걸쳐 위와 같이 과세로 매입한 지금을 합계 000원에 과세로 매출하면서 그 세금계산서를 교부하였다.

폭탄업체 EE쥬얼리(대표이사 이UU는 바지사장이고, 김FF, 박II 등이 실제로 운영하였다)는 영세도관업체 BBB금은(허VV, 김FF, 박II 등이 실제로 운영하였다)이 원고 등으로부터 영세율로 매입한 지금을 BBB금은으로부터 다시 영세율로 매입한 다음 이를 수출용 원재료로 사용하지 않고 매입단가보다 단가를 낮추어 CCC(대표이사 강II은 바지사장이고, 김FF, 박II 등이 실제로 운영하였다)에게 과세로 매출하고, 과세도관업체인 CCC은 원고에게 2002. 4. 10.부터 2002. 6. 29.까지 67회에 걸쳐 위와 같이 과세로 매입한 지금을 합계 000원에 과세로 매출하면서 그 세금계산서를 교부하였고, 폭탄업체 UU쥬얼리(대표이사 김QQ은 바지사장이고, 김FF 등이 실제로 운영하였다)는 김FF 운영의 영세도관업체 AAA금은이 원고 등으로부터 영세율로 매입한 지금을 AAA금은으로부터 다시 영세율로 매입한 다음 이를 수출용 원재료로 사용하지 않고 매입단가보다 단가를 낮추어 FF골드에게 과세로 매출하고, 과세도관업체인 FF골드는 원고에게 2002. 1. 15.부터 2002. 4. 10.까지 63회에 걸쳐 위와 같이 과세로 매입한 지금을 합계 000원에 과세로 매출하면서 그 세금계산서를 교부하였다.

폭탄업체 EE쥬얼리는 영세도관업체 BBB금은이 원고 등으로부터 영세율로 매입한 지금을 BBB금은으로부터 다시 영세율로 매입한 다음 이를 수출용 원재료로 사용하지 않고 매입단가보다 단가를 낮추어 CCC에게 과세로 매출하고, 과세도관업체인 CCC은 원고에게 2002. 7. 2.부터 2002. 7. 19.까지 12회에 걸쳐 위와 같이 과세로 매입한 지금을 합계 000원에 과세로 매출하면서 그 세금계산서를 교부하였다.

폭탄업체 DDD쥬얼리(대표이사 김WW은 바지사장이고, 민XX 등이 실제로 운영하였다)는 성명불상자로부터 무자료로 매입한 지금을 매입단가보다 단가를 낮추어 FFF금은(대표이사 허YY은 바지사장이고, 허VV 등이 실제로 운영하였다)에 과세로 매출하고, 과세도관업체인 FFF금은은 원고에게 2003. 4. 1.부터 2003. 6. 30.까지 88회에 걸쳐 위와 같이 과세로 매입한 지금을 합계 000원에 과세로 매출하면서 그 세금계산서를 교부하였다.

폭탄업체 EEE쥬얼리(대표이사 김aa은 바지사장이고, 허VV 등이 실제로 운영하였다)는 성명불상자로부터 무자료로 매입한 지금을 매입단가보다 단가를 낮추어 FFF금은에게 과세로 매출하고, 과세도관업체인 FFF금은은 원고에게 2003. 7. 1.부터 2003. 8. 20.까지 35회에 걸쳐 위와 같이 과세로 매입한 지금을 합계 000원에 과세로 매출하면서 그 세금계산서를 교부하였다.

폭탄업체 FFF쥬얼리(대표이사 김bb)는 GGG쥬얼리(대표이사 왕cc) 등으로부터 면세로 매입한 지금을 매입단가보다 단가를 낮추어 HHH금은(대표이사 홍dd)에게 과세로 매출하고, 과세도관업체인 HHH금은은 다시 III쥬얼리(대표이사 정ee)에게 과세로 매출하였고, 또 폭탄업체 JJJ금은(대표이사 양ff)은 GGG쥬얼리로부터 면세로 매입한 지금을 매입단가보다 단가를 낮추어 KKK금은(대표이사 강gg)에게 과세로 매출하고, 과세도관업체인 KKK금은은 다시 LLL금은(대표이사 임hh)에게, 과세도관업체인 LLL금은은 MMM쥬얼리(대표이사 김ii)에게, 과세도관업체인 MMM쥬얼리는 III쥬얼리에게 과세로 매출하였으며, 이에 따라 과세도관업체인 III쥬얼리는 원고에게 2004. 1. 6.부터 2004. 6. 30.까지 117회에 걸쳐 합계 000원을 과세로 매출하면서 그 세금계산서를 교부하였다.

위와 같이 원고가 2000. 1. 1.부터 2004. 6. 30.까지 사이에 과세로 매입한 지금 약 109톤 중 90% 이상이 폭탄업체를 거쳤고, 최대 매입처가 3~6개월 단위로 계속 바뀌었으며, 거래의 상당 부분이 자전거래(대형 도매업체가 중간 도매업체에게 영세율로 매출하고 중간 도매업체가 폭탄업체에게 영세율로 매출하며 폭탄업체는 이를 과세로 전환하여 다른 중간 도매업체에게 단가를 낮추어 매출하고 그 업체는 대형 도매업체에게 과세로 매출하며 대형 도매업체는 다시 중간 도매업체에게 영세율로 매출하면서 거래징수당한 부가가치세를 국가로부터 환급받는 거래구조)로 확인되었다.

3) 원고의 대표이사 권AA은 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률 위반(조세) 등으로 기소되어, 1심{서울중앙지방법원 2006고합1298, 2006고합1399(병합), 2007고합156(병합)}에서 김FF, 추CC, 우BB, 김DD, 한GG, 정JJ, 김LL, 양NN, 염PP, 강SS, 이UU, 박II, 강II, 김QQ, 김WW, 민XX, 허VV, 김aa 등과 순차로 공모하여 이 사건 세금계산서와 관련된 지금에 관한 일련의 거래에 있어서 위와 같은 지금 변칙거래의 방식으로 부가가치세를 포탈하였다는 등의 범죄사실이 인정되어 2007. 8. 24. 징역 7년 및 벌금 2,050억 원의 유죄판결을 선고받았고, 항소심{서울고등법원 2006노2975, 2007노1924(병합)}에서도 위 범죄사실이 인정되어 2007. 12. 6. 징역 8년 및 벌금 000원의 유죄판결을 선고받았으며, 그 후 상고심(대법원 2007도11258)에서 2008. 4. 24. 상고기각판결을 선고받았다.

인정근거 : 을 제4, 5, 15, 44, 47, 49, 54, 55호증의 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전 것, 이하 '국세기본법'이라 한다) 제15조는 "납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다"고 규정하고 있다.

이러한 원칙은 부가가치세에 관한 법률관계에도 당연히 적용된다(국세기본법 제1조, 제3조 제1항 본문). 연속되는 일련의 거래 중 어느 한 단계에서 악의적 사업자가 당초부터 부가가치세를 포탈하려고 마음먹고, 오로지 부가가치세를 포탈하는 방법에 의해서만 이익이 창출되고 이를 포탈하지 않으면 오히려 손해만 보는 비정상적인 거래(이하 '부정거래'라고 한다)를 시도하여 그가 징수한 부가가치세를 납부하지 않는 경우, 수출업자 또는 구매확인서에 의한 영세율 매출업자(이하 '수출업자등'이라고 한다)가 전단계에 부정거래가 있었다는 것을 알았다면 그러한 수출업자등이 매입세액 공제ㆍ환급을 구하는 것은 국세기본법 제15조에서 정한 신의성실 원칙에 반하는 것으로 허용되지 않는다. 수출업자등이 중대한 과실로 인하여 그와 같은 부정거래가 있었다는 것을 알지 못한 경우에도 마찬가지이다(대법원 2011. 1. 20. 선고 2009두13474 전원합의체 판결 참조). 그러나 악의적 사업자와 수출업자 사이의 과세사업자는 일련의 변칙적 금지금 거래에 있어서 필수적인 존재가 아닐 뿐만 아니라 수출업자와 악의적 사업자 사이의 도관역할만 할 뿐이어서 그의 매입세액 공제를 인정하더라도 매출세액과 매입세액의 차액이 국가에 납부되므로 국고에 직접적 손실이 발생하지 않으며, 또한 전단계세액공제제도의 근간을 유지하는 데에는 최종단계에 있는 수출업자의 매입세액 공제・환급을 제한하는 것으로 충분하고 더 나아가 그 중간 과세사업자의 매입세액 공제마저 부인하는 것은 국가가 부당한 이득을 취하는 결과에 이르게 된다는 점에 비추어 보면, 위와 같은 신의성실의 원칙은 수출에 대한 영세율 적용에 의하여 매입세액을 공제・환급받는 경우에 대하여만 적용되고 국내의 과세거래에 관련된 매입세액의 공제・환급에 대하여는 적용될 수 없다(대법원 2011. 2. 24. 선고 2009두22317 판결 참조).

2) 이 사건 세금계산서 중 수출거래와 구매확인서에 의한 영세율 매출에 대응하는 세금계산서의 매입에 관하여 본다. 앞서 본 금지금 거래 행태, 유통 경로, 원고가 거래한 기간, 물량 및 가액, 원고 대표이사의 경력, 관련 형사판결 결과 등에 비추어 보면, 원고는 수출거래와 구매확인서에 의한 영세율 매출에 대응하는 이 사건 세금계산서의 매입 당시 일련의 거래과정에 매출세액 포탈을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자가 존재한다는 사정을 알았다고 보는 것이 맞다. 위와 같이 악의적 사업자가 존재하고, 금지금 거래에 관하여 악의적 사업자가 존재한다는 사정을 알았던(중대한 과실로 알지 못하였다고 하더라도 마찬가지다), 원고가 수출거래와 구매확인서에 의한 영세율 매출에 대응하는 이 사건 세금계산서의 매입세액 공제・환급을 주장하는 것은 국세기본법 제15조가 규정한 신의성실 원칙에 반하여 허용되지 않는다.

3) 피고는 이에 대하여, 원고가 과세사업자로서 한 매입세액도 악의적 사업자와 공모한 이상 공제ㆍ환급할 수 없다고 주장한다. 그러나 그 주장은 앞서 본 법리와도 맞지 않을 뿐만 아니라, 환송판결에서 명시적으로 신의성실의 원칙은 '국내의 과세거래에 관련된 매입세액의 공제ㆍ환급에 대하여는 적용할 수 없다'고 판결 이유에서 밝힌 이상, 환송판결의 기속력에 위배되는 주장으로 받아들일 수 없다. 피고는 또한, 이 사건 세금계산서 외에 2000년 2기부터 2003년 2기 사이에 신의성실의 원칙에 따라 공제ㆍ환급할 수 없는 세금계산서에 따른 매입세액 부분도 공제ㆍ환급할 수 없다는 취지로 주장한다.

그러나 그 주장은 '이 사건 세금계산서에 따른 이 사건 금지금 거래를 함에 있어서 원고가 신의성실의 원칙에 위배되었는지를 심리하라'고 한 환송판결의 기속력에 위배되는 주장일 뿐 아니라, 이 사건 세금계산서가 사실과 다르다고 하여 한 처분사유와 처분의 동일성이유지되지 않는 주장이며(대법원 1997. 2. 11. 선고 96누3272 판결 참조), 이 사건 처분 후 약 6년이 지난 파기환송심에서 한 주장으로서 실기한 공격방어방법에 해당하여 각하되어야 한다. 피고가 한 이 부분 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

4) 다툼 없는 사실, 을 제2, 55호증, 을 제61호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 2000년 2기부터 2003년 2기에 수출업자등으로서 한 매입내역은 아래'정당세액 계산표' 중 '매입가액'란 기재와 같고, '매입가액'란 기재 부가가치세액을 부인하여 고지할 정당한 부가가치세액(가산세 포함)은 아래 표의 '고지세액'란 기재와 같으며, 구체적인 산정내역은 아래 표와 같다(신의칙이 적용되는 이상 가산세 부과도 적법하다).

부가가치세

사업연도

①매입가액

(포탈과세매입)

②세액(①*0.1)

③신고불성실

④납부불성실

⑤고지세액(②+③+④)

2000. 2기

000

000

000

000

000

2001. 1기

0000

000

000

000

000

2001. 2기

0000

000

000

-

000

2002. 1기

000

000

000

000

000

2002. 2기

000

000

000

-

000

2003. 1기

000

000

000

-

000

2003. 2기

000

000

000

-

000

※ 정당세액 계산표(단위, 원)

※ 가산세는 고지일자를 2005. 1. 3.로 하여 계산함

※ 매입세액 계산은 을 제2, 55호증을 기초로 작성되었고, 자세한 내역은 피고 2012. 6. 26.자 참고서면과 같다. 참고서면 첨부 참고자료 2의 영세율 매출 관련 부가가치세 매입세액 내역(2000년 2기) 10쪽 매입처 하단 아래에서 5째 줄부터 4째 줄까지 'OOO, PPP'는 'II쥬얼리'를 잘못 적은 것이고, 같은 쪽 아래에서 3째 줄부터 2째 줄까지 'QQQ, RRR쥬얼'은 'PP금속'을 잘못 적은 것이다.

5) 따라서 이 사건 처분 중 이미 심판대상에서 제외된 세액과 앞 표에서 본 바와 같이 신의칙을 적용하여 계산한 고지세액을 합한 최종적인 정당한 부가가치세액은 아래 표 '최종세액'란 기재와 같다. 이 사건 처분 중 아래 '최종세액'란 기재 돈을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

과세기간

이 사건 처분

심판대상 제외세액

신의칙 적용 고지세액

최종세액

2000년 제2기

000

0

000

000

2001년 제1기

000

000

000

000

2001년 제2기

000

000

000

000

2002년 제1기

000

000

000

000

2002년 제2기

000

000

000

000

2003년 제1기

000

000

000

000

2003년 제2기

000

000

000

000

2004년 제1기

000

000

0

000

(단위, 원)

3. 결론

제1심 판결 중 이 사건 처분 가운데 앞에서 본 '최종세액'란 기재 세액을 초과하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소하고, 이 사건 처분 중 '최종세액'란 기재 세액을 초과하는 부분을 취소한다. 원고가 한 나머지 항소를 기각한다.