2. 원고가 한 청구를 모두 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2004. 11. 19. 원고에 대하여 한 2000사업연도 법인세 000원， 농어촌특별세 000원， 증권거래세 000원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

가. 조BB과 국내외 8개 법인(CCCC 그룹에 속하는 CCCCLtd， CCCCLtd， CCCC-II Ltd 3개사와 DDD 그룹에 속하는 DDD OOO Ltd， DDD OOO 개사 및 EE그룹에 속하는 EE제지 주식회사， EE건설 주식회사， 주식회사 FF 3개 사를 말한다，조BB과 위 8개 법인을 합하여 '양도인들'이라 한다. 이하 국내법인을 표시할 때에는 주식회사를 생략한다)은 코스닥 등록업체인 EE엠닷컴 주식회사(이하 'EE엠닷컴'이라 한다) 발행주식 중 약 47.85%인 74，993，052주를 보유하면서 EE엠닷컴에 대한 경영권을 행사해 오고 있었다.

나. 원고와 양도인들은 2000. 3.경 원고가 양도인들 소유의 EE엠닷컴 주식을 일괄 양수하는 협상을 시작하여， 2000. 6. 6. 거래조건협상이 타결되었고， 2000. 6. 15.에는 주식구매계약이， 2000. 7. 25.에는 부속계약이 각 체결되었는데 그 내용은 다음과 같다.

1) 2000. 6. 6.자 거래조건협상에서 타결된 내용은， EE엠닷컴 주식의 양도대가로 현금 30%와 GGGG텔레콤 주식 70%를 지급받는 조건을 선택한 양도인(조BB， EE ， 제지， EE건설， FF， CCCC 그룹)은 EE엠닷컴 주식을 1주당 000원으로， GGGG 텔레콤 주식은 1주당 000원으로 평가하여 주식교환비율을 1 : 9.75로 하고， EE엠닷컴 주식의 양도대가로 현금 20%와 약속어음 80%를 지급받는 조건을 선택한 양도인 (DDD 그룹)은 EE엠닷컴 주식을 1주당 000원으로 평가하여 양도한다는 것이다.

2) 그 후 2000. 6. 8. 양도인들 내부에서 경영권 행사비중을 감안하여 원고와 EE 그룹 측이 CCCC 그룹과 DDD 그룹으로부터 경영권보상 명목으로 000원에 해당하는 GGGG텔레콤 주식 76，923주(000원 -7 76，923.0769주 = 000원)를 넘겨받기로 하는 내용의 합의가 이루어졌고， CCCC 그룹과 DDD 그룹은 양 그룹에 배정된 양도대가(현금， 약속어음 및 GGGG텔레콤 주식)를 지급수단별로 각각 합산하여 양도 주식의 비율대로 양 그룹간에 재배분하기로 하였다. 당시 양도인들 측에서 작성한 계약서 초안 부록 2.1에는，각 양도인이 지급받는 대가 의 총평가액이 기재되어 있었는데， 이는 GGGG텔레콤 주식의 1주당 가액을 000 원으로 계산한 금액에 현금 및 약속어음금을 합한 금액이다.

3) 원고와 양도인들 사이에 2000. 6. 15. 체결된 주식구매계약의 내용은， 기존에 합의된 내용 중 양도인들이 지급받을 GGGG텔레콤 주식 중 1주 미만의 주식 합계 4.9795주를 1주당 000원으로 계산한 합계 000원을 양도인들에 배정된 현금에 추가하는 것 이외에 변동된 내용은 없었다. 위 계약에 의하면， 양도인들은 원고에게 EE엠닷컴 주식을 양도하는 대가로 현금 합계 000원(25%)， 약속어음 합계 000，801원(35%)， GGG텔레콤 주식 합계 3，024，397주(40%)를 지급받도록 되어 있었다. 계약당사자들은 2000. 6. 15.자 계약서를 작성하면서 본문 중 GGGG텔레콤 주식의 평 가금액 부분 및 부록 2.1 중 EE엠닷컴 주식의 양도대가의 총 현금평가금액 부분을 삭제 하였다.

4) 2000.7.25.자 부속계약의 내용은 EE엠닷컴 주식의 양도대금 중 GGGG텔레콤 주식이 차지하는 비율(40%)과 현금 등이 차지하는 비율(60%)은 그대로 유지하되 현금 중 원화， 달러화， 약속어음의 비율과 국내법인 주주에게 지급할 GGGG텔레콤 주식 수를 일부 조정한 것인데， 그 세부 내용은 EE엠닷컴의 OOO 가입자 수 등에 관한 자산실사결과에 따른 원고의 손해배상요구에 대하여 협상한 결과 양도인틀이 부담할 총 손해배상액을 000원으로 정하고， 그 중 000원은 DDD 와 CCCC에 지급할 약속어음금에서 각 차감하고， 000원은 내국인 주주에게 지급할 현금(원화)에서， 나머지 000원은 내국인 주주가 지급받기로 한 GGGG텔레콤 주식 수에서 80，770주(1주당 000원으로 계산됨， 2000. 6. 15.자 계약에 따라 내국인 주주가 취득할 GGGG텔레콤 주식 수는 총 1，528，181주였으나 2000. 7. 25.자 부속계약에 따라 위 80，770주를 뺀 나머지 1，447，411주를 내국인 주주가 취득함) 를 차감하는 것이다. 위 부속계약에 의하여 정해진 양도인별 EE엠닷컴 주식， 원고로부터 지급받는 원화， 달러화， 약속어음금 및 GGGG텔레콤 주식 수의 내역은 아래 [표] 기재와 같다. 한편 양도인들을 위 표와 같이 CCCC 그룹， DDD 그룹 및 내국인 주주로 분류하여 그 대금지급방식을 살펴보면， 원화， 달러화， 약속어음으로 지급된 금액 비율과 GGGG텔 레콤 주식으로 지급된 금액 비율 및 EE엠닷컴 주식 1주당 양도가액은 아래 표와 같다(다만， 환율은 2000. 7. 26.자 매매기준율인 0000원/달러로 하고， GGGG텔레콤 주식의 1주당 가액은 2000. 7. 25. 종가인 000원으로 한다). 그리고 GGGG텔레콤 주식의 1주당 가액 000원을 기준으로 한 EE엠닷컴 주식 주당 양도가액 변화내역은 아래 표와 같다(단위 원， 다만 환율은 2000. 7. 25.자 매매 기준율인 1，112.40원/달러로 한다).

다. 2000. 7. 26. 조BB을 제외한 양도인들은 일괄적으로 원고에게 그들 소유의 EE엠닷컴 주식을 양도하고 그 양도대금을 지급받았으나，조BB은 EE엠닷컴 주식의 단기보유로 인한 양도소득세 중과세를 피하기 위하여 2000. 10. 5. EE엠닷컴 주식을 양도하고，그 양도대금을 지급받았다.

라. GGGG텔레콤(GGGG) 주식과 EE엠닷컴 주식의 당시 증권거래소와 협회중개시 장에서 형성된 1주당 종가 변동 내역을 보면 다음 표와 같다(단위 원).

마. 원고는 GGGG텔레콤 주식 거래와 관련하여 2000사업연도 법인세 및 농어촌특별세와 증권거래세를 신고・납부하였는데， 법인세와 농어촌특별세는 조BB 이외의 양도인들에게 양도한 GGGG텔레콤 주식의 양도가액을 2000. 7. 25.자 증권거래소 종가인 1주당 000원으로， 조BB에게 양도한 GGGG텔레콤 주식의 양도가액을 2000. 10. 4.자 증권거래소 종가인 1주당 000원으로 하여 산출한 과세표준에 따른 세액을，증권거래세는 위 각 일자의 증권거래소의 GGGG텔레콤 주식 종가에서 각 15%를 차감한 금액을 1주당 양도가액으로 하여 계산한 과세표준에 따른 세액을 각 산정하였다.

바. 서울지방국세청장은 세무조사 과정에서 원고와 양도인들이 위와 같이 주식교환 거래를 함에 있어 GGGG텔레콤 주식의 1주당 가액을 000원으로 정하여 거래한 것으로 보고， 1주당 000원으로 하여 산정되는 GGGG텔레콤 주식의 가액을 양도 가액으로 하여 법인세 및 증권거래세의 각 과세표준과 세액을 산정하도록 피고에게 통보하였다.

피고는 위 통보에 따라 2004. 11. 19. 원고에게 GGGG텔레콤 주식의 양도에 관하여 2000사업 연도 법인세 000원， 농어촌특별세 000원 및 증권거래세 2000. 7.분 000원， 2000. 10.분 000원을 경정 ・ 부과하였다(이하 위 각 부과처분을 '당초 처분'이라 한다).

사. 원고는 당초 처분에 불복하여 2005. 2. 4. 국세심판원에 심판청구를 하였고， 국세 심판원은 2006. 11. 2.경 위 심판청구를 일부 인용하는 결정을 하였는데， 그 취지는 아래와 같다.

- 원고와 양도인들 사이의 주식거래과정에서 단계별로 EE엠닷컴 주식의 양도가액， 대금지급방법， 대금지급비율， GGGG텔레콤 주식 수 등이 계속 변경되어 오다가 2000. 7. 25. 최종적으로 확정되었으므로 당초부터 GGGG텔레콤 주식의 1주당 가액 이 000원으로 고정되어 있었다고 볼 수는 없고， 위 주식거래과정에서 거래금액， 주 식수， 대금지급방법이 확정된 2000. 7. 25.을 양도시기로 보아야 하며， GGGG텔레콤 주식의 양도가액은 2000. 7. 25. 당시 증권거래소의 종가인 1주당 000원을 기초로 하여 산정하여야 하므로 위와 같이 산정된 양도가액을 기준으로 하여 법인세， 농어촌 특별세， 증권거래세 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

아. 피고는 위 심판결정에 따라 2006. 11. 16. 당초 처분에 의하여 부과된 세액 중 법인세 000원， 농어촌특별세 000원， 증권거래세 2000. 7.분 000원， 2000. 10.분 000원 등을 각 감액경정하였다가 농어촌특별세에 관하여 000원을 다시 추정하였다. 피고는 그 후 2006. 12. 12. 증권거래세 2000. 7.분에 관하여 000원을 증액경정하였다가 2006. 12. 28. 그 중 000원을 재감액경정하였다(결국 2000. 7.분 증권 거래세는 602，302，252원이 감액경정되었다). 수차례의 위와 같은 처분을 거쳐 당초 처분 중 청구취지 기재 각 세액 부분이 잔존 하게 되었다(이하 당초 처분 중 감액되고 남은 청구취지 기재 각 세액의 부과처분을 각 세목별로 '이 사건 법인세 처분， 이 사건 농어촌특별세 처분，이 사건 증권거래세 처분'이라 하고，모두 합쳐서 '이 사건 각 처분'이라 한다).

[인정 근거] 갑 제1 내지 10호증(가지번호 포함， 이하 같다)， 을 제1 내지 15호증의 각 기재， 제1심 증인 권HH의 증언， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자주장

1) 원고 주장

가) 국세심판원은 GGGG텔레콤 주식의 양도 당시에 실지거래가액이 존재하지 않는다고 보아 과세표준과 세액을 경정하라고 재결하였고， 피고는 이에 따라 감액경정을 하였으므로 이 사건 각 처분의 처분 사유는 실지거래가액이 부존재함을 전제로 하는 것으로 변경되었다고 보아야 한다. 그럼에도 불구하고 피고가 또 다시 실지거래가액이 존재한다고 주장하는 것은 재결의 기속력에 반하는 것일 뿐만 아니라 이 사건 소송의 대상이 되는 처분 사유를 넘어서는 것으로 실체법상으로나 소송법상으로 허용될 수 없

다.

나) 아래와 같은 점에 비추어 볼 때， 조BB에 대한 원고의 GGGG텔레콤 주식의 양도가액은 양도일인 2000. 10. 5. 당시의 GGGG텔레콤 주식의 시가를 기준으로 산정하여야 함에도， 이와 달리 2000. 7. 25. 당시의 시가를 기준으로 한 이 사건 법인세 처분 및 농어촌특별세 처분은 위법하다.

① 구 법인세법 시행령(2000.12.29.대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제68조 제1항 제3호에 의하면， 법인의 자산의 양도시기는 대금청산일이므로，조BB에 대한 GGGG텔레콤 주식의 양도가액은 그 대금청산일인 2000. 10. 5.을 기준으로 산정하여야 한다.

② 구 법인세법(2000.12.29.법률 제6293호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제41조에 의하면，이 사건과 같은 주식 상호간의 교환거래의 경우 양도하는 주식의 양도가액은 취득하는 주식의 취득 당시의 시가로 계산하여야 한다.

③ 원고와 조BB은 GGGG텔레콤 주식과 EE엠닷컴 주식을 교환함에 있어 GGGG텔레콤 주식의 가격을 1주당 000원으로 정한 사실이 없을 뿐만 아니라，설령 원고와 조BB 사이에 교환할 주식의 가격을 정하였다고 하더라도，구 법인세법령의 규정이 자산 상호간의 교환거래에 있어서는 취득하는 자산의 가치를 임의로 평가할 수 없도록 한 취지에 비추어 볼 때，원고와 조BB 사이에 합의에 의하여 정한 가격을 기초로 GGGG텔레콤 주식의 양도가액을 산정할 수는 없다. 따라서 조BB에 대한 GGGG텔레콤 주식의 양도가액은 원칙적으로 원고가 조BB 으로부터 양수한 EE엠닷컴 주식 중 GGGG텔레콤 주식에 대응되는 부분의 객관적 가치(시가)에 의하여 계산되어야 하나， EE엠닷컴 주식은 경영권 프리미엄이 포함되어 있는 등의 사정으로 그 객관적 가치를 산정하는 것이 어려우므로，EE엠닷컴 주식과 등가관계에 있는 GGGG텔레콤 주식의 시가를 그 양도가액으로 볼 수 있다.

④ 원고가 조BB으로부터 취득한 EE엠닷컴 주식의 시가를 피고의 예비적 주장과 같이 000원으로 본다면 원고가 조BB을 제외한 양도인들에게 양도한 GGGG 텔레콤의 양도가액도 위 EE엠닷컴 주식의 시가를 기준으로 산정하여야 되고， 그리하면 원고가 부담할 2000사업연도 법인세 및 농어촌특별세의 정당한 세액이 원고가 신고 ・ 납부한 세액보다 적으므로 이 사건 법인세 및 농어촌특별세 처분은 취소되어야 한다.

다) 원고의 GGGG텔레콤 주식의 양도가액은 알 수 없는 경우에 해당하고，그 양도일은 2000. 7. 26. 및 2000. 10. 5. 이므로 각 그 직전 거래일의 증권거래소 종가에 서 가격제한폭인 15% 해당금액을 차감한 금액이 증권거래세 과세표준인데，이와 달리 위 주식의 2000. 7. 25.자 증권거래소 종가를 1주당 양도가액으로 하여 산정한 이 사건 증권거래세 처분은 위법하다.

2) 피고 주장

원고와 양도인들 사이의 주식거래계약에서 당사자들은 원고가 양도하는 GGGG 텔레콤 주식의 양도가액을 1주당 390，000원으로 정하였으므로，이를 전제로 한 당초 처분은 적법하다(이 사건 각 처분은 당초 처분 범위 내이므로 적법하다는 취지로 보인다). 설령 주식거래 당사자들이 GGGG텔레콤 주식의 1주당 양도가액을 000원으로 합의한 사실이 없다고 하더라도，원고로부터 EE엠닷컴 주식의 양도대가를 전액 현금으로 지급받은 DDD Korea의 EE엠닷컴 주식의 1주당 양도가액인 000원을 기준으로 평가한 GGGG텔레콤 주식의 가액을 원고의 GGGG텔레콤 주식 양도가액으로 보아 이 사건 법인세 및 농어촌특별세를 산정하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 재결의 기속력 관련 주장에 관한 판단

가) 구 행정심판법(2010.1. 25.법률 제9968호로 전부 개정되기 전의 것) 제37조 및 국세기본법 제80조가 정하고 있는 재결은 당해 처분에 관하여 재결주문 및 그 전제 가 된 요건사실의 인정과 판단에 대하여 처분청과 관계 행정청을 기속하므로 당해 처분에 관하여 위법한 것으로 재결에서 판단된 사유와 기본적 사실관계에 있어서 동일성 이 인정되는 사유를 내세워 다시 동일한 내용의 처분을 하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2003. 4. 25. 선고 2002두3201 판결 참조). 이와 같은 재결의 기속력에 따라 피고 는 당초 처분에 대하여 감액경정을 한 것인데， 재결의 기속력이 마치는 범위는 처분청 과 관계 행정청에 한정되고 법원이나 제3자에까지 기속력이 미치는 것은 아니다. 이 사건에서 피고가 실지거래가액이 존재한다고 주장하는 것은 이마 재결에 따라 감액경 정된 부분이 잘못되었으므로 다시 동일한 내용의 처분을 하여야 한다는 것이 아니라 재결에 의해 감액경정되지 않은 부분마저도 위법하다는 이유로 취소를 구하는 데 대하 여 실지거래가액이 존재하므로 감액경정되지 않은 부분은 적어도 적법하다고 주장하는 것에 불과하고， 그 경우 법원으로서는 정당한 세액을 산정함에 있어 실지거래가액이 존재하는지 여부에 대하여 재결에서 판단한 것과 다른 판단을 할 수 있다고 할 것이다.

나) 그리고 국세심판원의 결정 취지는 "처분청은 쟁점주식의 양도가액인 시가를 정함에 있어서 GGGG텔레콤 주식의 1주당 가액을 390，000원으로 계산하였는데， 양도인들과 원고가 주식구매계약의 체결과정에서 단계별로 EE엠닷컴 주식의 양도가액， 대금지급방법， 대금지급비율， 현금 대신 지급할 GGGG텔레콤 주식의 수 등을 계속 변경하여 오다가 2000. 7. 25.에야 최종적으로 확정하였으므로， 당초 산정한 GGGG 텔레콤 주식의 1주당 가액 000원이 아닌 2000. 7. 25. 당시의 GGGG텔레콤 주식의 시가를 기준으로 양도가액을 산정하여야 한다 는 것일 뿐 주식양도와 관련하여 실지거래가액이 존재하지 않는다는 취지는 아닌 것으로 보인다[갑 제3호증 참조，더욱이 국세심판원은 주식양도와 관련하여 실지거래가액이 존재하지 않는다는 원고 주장을 명시적으로 배척하고 있음을 알 수 있다(결정문 17쪽의 "청구 주장과 같이 당초 계약사 점부터 쟁점주식과 쟁점외 주식의 실지거래가액이 확인되지 아니한 것으로 보기는 어렵고" 부분 참조)]. 따라서 국세심판원의 결정과 피고의 감액경정에 의하여 처분사유가 변경되었다고 볼 수도 없다. 이와 다른 전제에 션 이 부분 원고 주장은 받아들일 수 없다.

2) 양도시기 주장에 관한 판단

구 법인세법(2010.12.30.법률 제10423호로 개정되기 전의 것)은 교환으로 취득하는 자산의 취득시기에 관하여 별도의 규정을 두고 있지 아니하고， 조세법률주의 원칙상 소득세법 등 다른 세법의 취득시기에 관한 규정이나 구 법인세법상 익금 및 손금 의 귀속 사업연도에 관한 규정을 그대로 적용할 수는 없으나， 기업회계상 자산의 인식 시점을 당해 자산에 내재된 미래의 경제적 효익이 회사에 유입할 가능성이 매우 높고 원가 또는 가치가 신뢰성 있게 측정될 수 있을 때로 보고 있는 점， 교환으로 인한 자 산의 취득 및 양도시기는 특별한 사정이 없는 한 동일한 기준에 의하여 판단하는 것이 합리적인데， 교환으로 인한 자산의 양도시기는 교환으로 취득하는 자산에 대한 실질적 인 처분권을 취득한 때로 보는 것이 타당한 점 등을 종합하면， 교환으로 취득하는 자 산의 취득시기는 특별한 사정이 없는 한 자산에 대한 실질적인 처분권을 취득한 때로 보아야 한다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2008두5650 판결 참조). 위 인정사실에서 본 바와 같이 2000. 7. 26. 조BB을 제외한 양도인들은 원고에게 그들 소유의 EE엠닷컴 주식을 양도하고 그 양도대금으로 GGGG텔레콤 주식 등을 교부받았고，조BB은 2000. 10. 5. 원고에게 EE엠닷컴 주식을 양도하고 그 양도대금 으로 GGGG텔레콤 주식 등을 교부받은 점에 비추어 GGGG텔레콤 주식의 양도시 기는 2000. 7. 25.이 아니라 2000. 7. 26.과 2000. 10. 5.로 보아야 할 것이다.

3) 이 사건 법인세 및 농어촌특별세 처분의 적법 여부에 관한 판단

가) 관련 규정 및 법리

구 법인세법 제15조 제3항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제11조는 수익의 하나로 제2호에서 '자산의 양도금액'을 규정하고 있고， 구 법인세법 제41조 제1항 제3호의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제72조 제1항은 매입한 자산， 자기가 제조 ・ 생 산 ・ 건설한 자산， 현물출자 등에 의하여 취득한 자산 ・ 주식 등의 취득가액 산정방법을 그 제1호 내지 제4호에서 규정한 다음， 제5호에서 "제1호 내지 제4호 외의 방법으로 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시의 시가로 한다 고 규정하고 있다. 위 각 규정 내용과 그 입법취지를 종합하면， 자산의 교환으로 발생하는 수익으로서 익금에 산입하여야 할 금액은 특별한 사정이 없는 한 교환으로 취득하는 자산의 취득 당시 시가에 의하여야 하고，여기서 '시가'라 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치를 의미하므로 교환에 의하여 경영권 프리미엄이 수반되는 대량의 주식을 취득하는 경우에도 그것이 일반적이고 정상적인 방법에 의하여 이루 어지고 그 주식의 약정가격이 당시의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다면 이를 그 주식의 시가로 볼 수 있다고 할 것이다(대법원 1987. 5. 26. 선고 86누408 판결 참조).

나) EE엠닷컴 주식의 거래가격을 그 주식의 시가로 볼 수 있는지 여부

앞서 든 증거들과 인정사실에 의하면， 원고와 양도인들은 거래조건 협상 과정에 서 GGGG텔레콤 주식과 EE엠닷컴 주식에 관하여 증권거래소 등에서 시가를 조사하여 이를 바탕으로 EE엠닷컴 주식에 수반된 경영권 프리미염과 지급수단 등을 감안하여 그 주식의 적정가격을 1주당 000원 내지 000원으로 산정한 점，원고와 양도인들은 특수관계에 있지도 아니하고 여러 차례의 가격 협상과 원고의 EE엠닷컴에 대한 자산실사 결과를 바탕으로 최종 거래금액을 확정하였던 점 등을 종합하면，원고와 양도인들 사이의 거래는 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어졌다고 할 수 있다. 나아가 이러한 과정에서 약정된 EE엠닷컴 주식의 거래가격이 당시의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있는지 여부가 문제되는데，이는 '교환거래에 있어서 실지거래가격 확인 가능 여부' 등의 문제와 관련되어 있다. 아래 4)항에서 보는 여러 사정 이외에도 앞서 든 증거들과 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정，즉 양도인들과 원고 사이에 결정된 EE엠닷컴 주식의 1주당 가격은 평균 000원(GGGG텔레콤 주식 1주당 가격을 000원으로 보고，환율을 000원으로 볼 경우) 내지 평균 000원(GGGG텔레콤 주식 1주당 가격을 000원으로 보고，환율을 0000원으로 볼 경우)에 해당하고，협회중개시장에서 형성된 EE엠닷컴 주식의 1주 당 가격은 2000. 7. 25.에는 000원， 2000. 10. 5.에는 000원인데， 위 가격과 양도인들의 거래가격의 차이가 경영권 프리미엄을 반영하는 것으로 보이는 점， 또한 양도인들 내부에서 각자가 양도하는 EE엠닷컴 주식 1주당 가격에 약간의 차이를 보이고 있지만，이는 거래 상대방과의 교섭 조건，지급수단 차이 등에 따라 달라진 것으로 합리적 근거가 있어 보이는 점 등을 종합하여 보면，EE엠닷컴 주식에 관하여 약정된 거래 가격은 경영권 프리미엄이 포함된 그 주식의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 할 수 있다. 따라서 양도인들 각자가 원고와 거래한 당해 거래가격인 실지 양도가액 자체를 시가로 볼 수 있을 것이다.

다) 실지양도가액과 정당한 세액 등

위와 같이 실지양도가액 자체를 시가로 볼 수 있다면 이는 교환의 법리에 따라 아래 증권거래세에서 볼 실지양도가액과 동일하게 산정할 수 있을 것이다. 결국 이 사건 법인세 및 농어촌특별세의 정당한 세액을 산정하는 문제는 증권거래세와 마찬가지로 '교환거래에 있어서 실지거래가격 확인 가능 여부' 등의 문제와 연결되어 있다. 이에 관하여는 아래 4)항에서 보듯이 원고와 양도인들이 GGGG텔레콤 주식 1주당 가액을 000원으로 합의한 후 이를 기초로 EE엠닷컴 주식의 양도대가를 정한 것임을 알 수 있다. 그렇다면 앞서 처분 경위 등에서 보았듯이 그보다 낮은 GGGG 텔레콤 주식 1주당 가액 000원을 기준으로 세액을 산정한 이 사건 법인세 및 농어 촌특별세의 경우 모두 정당한 세액 범위 내에 있다고 봄이 옳다. 이 사건 법인세 및 농어촌특별세 처분은 적법하다. 이와 달리 본 원고 주장은 받아들일 수 없다.

4) 이 사건 증권거래세 처분의 적법 여부에 관한 판단

가) 관련 법리

구 증권거래세법(2000.12.29.법률 제6302호로 개정되기 전의 것) 제7조 제3호，구 증권거래세법 시행령(2000.12.29.대통령령 제17040호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1호에 의하면， 증권거래소에 상장된 주식을 증권거래소를 통하지 아니하고 양도한 경우에는 당해 주식의 양도가액을 과세표준으로 하되， 양도가액을 알 수 없거나 그 가액이 양도일 직전 거래일에 증권거래소가 공표한 당해 주식의 최종시세가액에서 증권 거래소가 정한 가격제한폭의 금액을 차감한 가액에 양도된 당해 주권 등의 거래수량을 곱하여 계산하는 방법(이하 '양도가액 평가방법'이라 한다)에 의하여 평가한 가액보다 낮은 경우에는 그 방법에 의한 가액을 과세표준으로 한다. 증권거래세 산정의 기초가 되는 '주권의 양도가액'이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 거래 당시 그 대가로 실지 약정된 금액을 말하므로 단순한 교환거래인 경우에는 그 실지양도가액을 확인할 수 없다고 할 것이지만， 그 거래가 교환목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환으로서 등가교환이 아니라고 볼 특별한 사정이 없는 한 교환목적물 중 어느 하나의 가액을 감정가액이나 시장가격 등 객관적 금전가치에 의하여 정하고 이를 기준으로 다른 하나의 가액과의 차액에 대한 정산절차를 수반한다면 그 양도가액을 확인할 수 있는 경우에 해당한다고 할 것이므로 (대법원 1999. 11. 26. 선고 98두19841 판결， 대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두19465 판결 등 참조)，교환으로 양수하는 물건의 가액을 객관적 금전가치에 의하여 정하고 이 를 기준으로한 정산금을 지급하였다면 그 가액에서 정산금을 차감한 가액이 그 양도 가액이 된다.

나) 가치적 교환에 해당하는지 여부

원고와 양도인들 사이의 위 주식교환 거래가 위와 같은 가치적 교환에 해당하는지 여부를 본다.

(1) 합의된 거래가액이 있는지 여부

앞서 본 증거들과 인정사실 등을 종합하면， 최초 교환비울의 결정에 사용한 GGGG텔레콤 주식의 가격， 외국인 주주들이 내국인 주주들에게 지급할 000원을 GGGG텔레콤 주식 76，923주로 환산하면서 사용한 가격 GGGG텔레콤 주식의 단주 4.9795주를 현금 000원으로 환산하면서 사용한 가격 및 원고의 자산실사결과 양도대가에서 차감할 000원을 GGGG텔레콤 주식으로 환산하면서 사용한 가격이 모두 1주당 000원으로 일치하고，이러한 내용에 대하여 원고와 양도인들 사이에 합의가 이루어졌음을 알 수 있다. 그리고 원고와 양도인들이 2000. 7. 25. 원고 의 EE엠닷컴에 대한 자산실사결과를 반영하여 원고가 양도대가로 교부하여야 할 에 스케이텔레콤의 주식 수를 조정함에 있어서도 GGGG텔레콤 주식의 1주당 가액이 000원임을 기준으로 하였다[또한 ① 이러한 양도협상과 관련하여 EE그룹측의 실 권자인 조BB과 그에 대한 2004. 1. 6. 조세범칙 조사 당시 원고 부사장이었던 성II 모두 GGGG텔레콤 주식의 1주당 가액이000원으로 동일하게 기재되어 있는 EEE닷컴 주식 양도자별 실지거래가액과 합의된 실지거래가액이 일치한다고 진술한 점，② 양도인들 소유 주식의 양도협상과 관련하여 조BB은 양도협상 과정에서 2000. 6. 6.부터 2000. 6. 8. 사이에 있은 거래조건 협상에만 직접 참여하였고， 그 협상에서 거래조건이 최종적으로 합의되었으며， 그 당시 합의된 내용은 EE엠닷컴 주식의 1주당 가액을 000원， GGGG텔레콤 주식의 1주당 가액을 000원， 교환비율을 (EEE닷컴 주식) : 9.75(GGGG텔레콤 주식)로 하는 것인 점 등을 보더라도 이러한 합의된 가액을 인정할 수 있고， 이는 2000. 7. 25. 이후로도 마찬가지라 할 것이다]，그렇다면 주식양도와 관련하여 원고와 양도인들 사이에 GGGG텔레콤 주식의 1주당 가액 000원을 기준으로 양도대가를 정하기로 한 합의가 있었다고 판단된다.

(2) 합의된 거래가액이 객관적 금전가치에 의하여 뒷받침되는지 여부

앞서 본 증거들과 인정사실에 의하면， GGGG텔레콤 주식의 증권거래소에서의 1주당 거래가액은 2000. 6. 5.에는 000원， 2000. 6. 15.에는 000원， 2000. 7. 25.에는 000원， 2000. 7. 26.에는 000원인 점， 상장주식과 같이 시가 파악이 용이한 경우에는 교환당사자가 증권거래소 거래가액과 같은 객관적인 시장가격을 반영하여 교환계약을 체결하는 것이 경험칙이나 사회통념에 부합하는 점， GGGG텔레콤 주식 1주에 대하여 합의된 390，000원은 거래조건 협상타결 전일인 2000. 6. 5. 증권거래소 종가인 394，000원에 근접한 것인 점 등에 비추어 보면， 위와 같이 합의된 거래가액은 객관적 금전가치에 의하여 뒷받침되는 것이라고 봄이 옳다.

(3) 소결론

이 사건 주식교환 거래는 교환 당사자들 사이에 교환으로 양수하는 물건의 가액을 객관적 금전가치에 의하여 정하고 이를 기준으로 한 정산금을 지급한 것으로서 가치적 교환이 이루어진 경우에 해당한다. 원고와 양도인들은 위와 같이 합의된 GGGG텔레콤 주식의 1주당 가액 000원을 기초로 산정한 GGGG텔레콤 주식의 가액에 현금 등을 더한 금액을 EE엠닷컴 주식의 양도대가로 정한 것으로 볼 수 있다.

다) 정당한 세액

이와 같이 등가교환이 이루어지는 가치적 교환에 있어서는 교환당사자 사이에 합의된 금액 그 자체가 양도가액이라 할 것이므로， GGGG텔레콤 주식 2，943，627주의 합의된 거래가액 000원( =2，943，627주 x 00원)을 실지양도가액으로 볼 수 있다. 이는 양도가액 평가방법에 따른 가액[양도일 직전 거래일인 2000. 7. 25. 및 2000. 10. 4.의 GGGG텔레콤 주식의 증권거래소 종가(000원과 000원)에서 15%를 차감한 금액에 양도주식 수를 곱한 금액]보다 더 크므로，그 실지양도가액에 따라 증권거래세 과세표준을 산정하여야 할 것이다. 그런데 피고는 그보다 낮은 GGGG텔레콤 주식의 1주당 가액 346，000원을 기준으로 하여 이 사건 증권거래세를 산정한 것이므로，이 사건 증권거래세는 정당한 세액 범위 내에 있다. 이 사건 증권거래세 처분은 적법하다. 이와 달리 본 원고 주장은 받아 들일 수 없다.

5) 소결론

이 사건 각 처분은 모두 적법하다.

3. 결론

피고가 한 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소한다. 원고가 한 청구를 모두 기각한 다.