2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가. 원고는 2012. 7. 6. "원고는 ○○대학교 행정실장, 총무처 차장 등으로 근무하면서 ○○대학교의 자재 구입 등의 업무를 담당하였는데, 안○○으로부터 ○○대학교와 계속하여 거래를 유지하게 해 달라는 부정한 청탁을 받고 2006년 합계 000원, 2007년 합계 000원, 2008년 합계 000원, 2009년 4월경 000원을 교부받았다."는 배임수재의 범죄사실로 징역 1년 6월, 추징 000원의 판결을 선고받았다(○○지방법원 2012고합000 배임수재).

나. 원고는 항소심 진행 중이던 2012. 9. 4. ○○대학교에 000원을 반환하고, 같은 날 추징금 000원을 납부하였다. 항소심 법원은 2012. 11. 9. 위 1심 범죄사실을 그대로 인정하면서 양형부당을 이유로 징역 1년 6월에 집행유예 3년, 사회봉사명령 160시간, 추징 000원의 판결을 선고하였고(○○고등법원 2012노0000 배임수재), 그 판결은 2012. 11. 17. 확정되었다.

다. 피고는 원고가 교부받은 돈을 기타소득으로 보아 원고에게, 2014. 4. 21. 2006년 귀속 종합소득세 000원을, 2014. 12. 1. 2007년 귀속 종합소득세 000원을, 2008년 귀속 종합소득세 000원을, 2009년 귀속 종합소득세 000원을 결정‧고지하였다.

라. 원고는 2015. 2. 3. 2006년 귀속 종합소득세 000원의 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였고, 1심에서 2015. 7. 17. 패소판결을 선고 받았다(서울○○법원 2015구합00000 종합소득세부과처분취소). 한편 대법원은 종전까지는 범죄행위로 인한 위법소득에 대하여 형사사건에서 추징판결이 확정되어 집행된 경우에도 소득세법상 과세대상이 된다고 판시해 왔으나(대법원 2002. 5. 10. 선고 2002두431 판결 등), 2015. 7. 16. 선고 2014두5514 전원합의체 판결을 통해 "위법소득의 지배・관리라는 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다고 하더라도 그 후 몰수나 추징과 같은 위법소득에 내재되어 있던 경제적 이익의 상실가능성이 현실화되는 후발적 사유가 발생하여 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정됨으로써 당초 성립하였던 납세의무가 전제를 잃게 되었다면, 특별한 사정이 없는 한 납세자는 국세기본법 제45조의2 제2항 등이 규정한 후발적 경정청구를 하여 납세의무의 부담에서 벗어날 수 있다. 그리고 이러한 후발적 경정청구사유가 존재함에도 과세관청이 당초에 위법소득에 관한 납세의무가 성립하였던 적이 있음을 이유로 과세처분을 하였다면 이러한 과세처분은 위법하므로 납세자는 항고소송을 통해 취소를 구할 수 있다."라고 판시하면서 종전까지의 견해를 변경하였다(이하 '이 사건 전원합의체 판결'이라고 한다). 그에 따라 피고는 항소심 진행 중이던 2016. 2. 18. 위 2006년 귀속 종합소득세 부과처분을 직권취소하였고, 이에 항소심 법원은 2016. 2. 24. 각하 판결을 선고하였다(서울○○법원 2015누00000 종합소득세부과처분취소)(원고는 항소심 법원에서 2014. 12. 1.자 2007년, 2008년, 2009년 귀속 종합소득세 부과처분의 취소청구를 추가하였으나, 그 청구는 전심절차를 거치지 않았다는 이유로 역시 각하되었다).

마. 원고는 2016. 3. 11. 피고에게 이 사건 전원합의체 판결에 따라 2007년, 2008년, 2009년 귀속 종합소득세 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하면서 고충민원을 제기하였으나, 피고는 2016. 3. 22. "2008년, 2009년 귀속 종합소득세 부과처분은 직권 경정하였으나 2007년 귀속 종합소득세는 부과제척기간이 경과하여 경정에서 제외하였다."는 통보를 하였다. 이에 원고는 2016. 3. 28. 피고에게 2007년 귀속 종합소득세 부과처분은 국세기본법 제45조의2, 같은 법 시행령 제25조의2의 '후발적 사유'에 해당한다는 이유로 경정청구를 하였으나, 피고는 2016. 5. 26. 원고에게 원고가 서울고등법원 2015누00000 판결을 선고받은 것은 후발적 사유에 해당하지 않으므로 경정할 이유가 없다는 통지를 하였다(이하 '이 사건 거부처분'이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3, 6 내지 8호증의 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

3. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 이 사건 전원합의체 판결 선고 이전에 위법소득에 대하여 추징금을 납부하였음에도 소득세 부과처분을 받아 소득세를 납부한 사람들이 제소기간이 지난 후 이 사건 전원합의체 판결을 알게 되어 경정청구(후발적 경정청구)를 하는 경우 과세관청이 국세부과 제척기간 내에 있는 소득세 부과처분만을 직권 취소하고 국세부과 제척기간이 경과한 부분을 거부하는 것은 특별한 사정이 없는 한 사익과 공익(법적 안정성)의 적절한 조화를 꾀한 것으로 위법하다 보긴 어렵다(서울행정법원 2017. 5. 26. 선고 2016구합81482 판결 참조).

나. 이 사건에 관하여 보건대, 갑 6호증의 기재와 앞서 인정한 사실, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정하거나 알 수 있는 아래와 같은 사실 또는 사정을 종합하여 보면, 피고가 2006년, 2008년, 2009년 귀속 종합소득세 부과처분을 직권취소하였음에도 2007년 귀속 종합소득세 부과처분의 취소를 구하는 원고의 경정청구를 거부한 것은 그로 인하여 보호되는 공익(법적안정성)보다 침해되는 사익(원고의 신뢰)이 크다 보이는 등 비례원칙을 위반하였거나 같은 것을 다르게 취급하여 평등원칙에 위배하였다고 볼 특별한 사정이 있다. 따라서 이 사건 거부처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 원고는 2007년 귀속 종합소득세 부과처분이 취소될 것이라는 정당하고 보호가치 있는 신뢰를 가지게 되었다.

① 원고는 2012. 7. 6. 형사사건 1심에서 추징금 000원을 선고받았고, 2012. 9. 4. 그 추징금을 납부하였다. 원고는 피고로부터 2014. 4. 21. 2006년 귀속 종합소득세, 2014. 12. 1. 2007년, 2008년, 2009년 귀속 종합소득세 부과처분을 받았다(위와 같이 피고가 2006년 귀속 종합소득세 부과처분만을 먼저 한 것은 국세부과의 제척기간 때문이었던 것으로 보인다). 추징금의 선고와 납부, 종합소득세 부과처분이 형사판결의 범죄사실에 따라 이루어졌기 때문에 원고는 2006년, 2007년, 2008년, 2009년 귀속 종합소득세 부과처분의 귀속연도가 다르더라도 달리 취급될 것으로 생각하기 어려웠을 것으로 보인다.

② 원고는 2006년 귀속 종합소득세 부과처분을 받고 그 제소기간 내에 다투었다(서울○○법원 2015구합00000 종합소득세부과처분취소). 원고로서는 같은 사유로 부과된 2007년, 2008년, 2009년 귀속 종합소득세 부과처분에 대하여도 위 소송결과에 따라 처리될 것으로 신뢰하였을 수 있다. 그런데 소송 도중 이 사건 전원합의체 판결이 선고되었고, 항소심 법원은 그에 따라 2015. 12. 10. 피고에게 2006년, 2007년, 2008년, 2009년 귀속 종합소득세 부과처분을 전부 취소할 것을 조정권고 하였으나, 피고는 2016. 2. 18. 2006년 귀속 종합소득세 부과처분만을 직권취소하였다.

③ 원고는 2016. 3. 11. 피고에게 고충민원을 제기하였고, 피고는 2016. 3. 22. 2008년, 2009년 귀속 종합소득세 부과처분을 직권취소하였다. 이로써 원고가 같은 처분이라 여기는 2006년, 2007년, 2008년, 2009년 귀속 종합소득세 부과처분 중에 2007년 귀속 종합소득세 부과처분만 남게 되었다.

2) 원고가 종합소득세 부과처분을 제소기간 내에 다투지 않았다면 피고가 국세부과 제척기간이 경과하였다는 사유로 2006년, 2007년 귀속 종합소득세 경정청구를 거부하여도 법적 안정성 측면에서 정당화될 수 있다. 그러나 원고는 2006년 귀속 종합소득세 부과처분을 제소기간 내에 다투었다(피고가 2006년 귀속 종합소득세 부과처분과 2007년, 2008년, 2009년 귀속 종합소득세 부과처분을 같은 날에 하였다면 원고는 2006년 귀속 종합소득세 부과처분 뿐 아니라 2007년, 2008년, 2009년 귀속 종합소득세 부과처분도 함께 다투었을 것이다).

3) 2006년, 2007년, 2008년, 2009년 귀속 종합소득세 부과처분은 원고가 배임수재의 범죄사실로 추징을 선고받은 것을 기화로 과세처분이 이루어진 것이다. 비록 각 부과처분이 과세기간, 과세표준, 세액, 부과제척기간 등을 달리하는 별개의 처분임을 감안하더라도, 앞에서 본 여러 사정들에 부과제척기간이 납세자를 보호하기 위하여 설정된 점을 종합하여 보면, 2006년, 2008년, 2009년 종합소득세 부과처분과 달리 2007년 종합소득세 부과처분만을 유지하여야 할 합리적 이유가 있다고 보기 어렵다.

4. 결론

이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

▣ 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구)

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고・결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고・결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에

대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

▣ 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것)

제45조의2(경정 등의 청구)

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

국세기본법 부칙<제13552호, 2015. 12. 15.>

제2조(경정 등의 청구에 관한 적용례 등)

① 제45조의2 제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정 또는 경정을 청구하는 분부터 적용한다.

② 제1항에도 불구하고, 이 법 시행 전에 종전의 제45조의2 제2항에 따른 청구기간이 경과한 분에 대해서는 제45조의2 제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

▣ 국세기본법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27833호로 개정되기 전의 것)

제25조의2(후발적 사유)

법 제45조의2 제2항 제5호에서 대통령령으로 정하는 사유 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우. 끝.