2. 이 사건 소를 각하한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 서울 영등포구 여의도동 14-31에서 화물운송사업 등을 영위하는 법인인데, 피고는 원고가 법인세 신고를 하면서 외주운송비 등의 경비를 가공으로 계상하여 법인세를 탈세한다는 신고를 받아 2005. 8. 18.부터 2005. 11. 30.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시한 후, 원고가 2003 사업연도 가공경비 중 상대계정 외상매입금 304,529,500원과 상대계정 지급어음 120,000,000원(위 외상매입금액과 지급어음액을 합하여 이하 ‘이 사건 가공경비’라 한다)을 비롯하여 위 각 사업연도에 외주운송비 등의 경비를 허위로 계상하였다는 이유로, 2006. 3. 16. 원고에 대하여 이 사건 가공경비를 익금에 산입하여 각 사업연도의 법인세를 경정고지하는 한편, 2003 사업연도 귀속분 954,757,749원을 사외 유출된 익금으로 귀속자가 불분명한 경우에 해당한다는 이유로 대표자에 대한 상여로 소득처분하고 원고에 대하여 소득금액변동통지를 하였다.

나. 이에 원고는 이 사건 가공경비의 경우 사외로 유출된 것이 아니어서 원고 대표자에게 상여된 것으로 볼 수 없다는 이유로, 2007. 4. 20. 피고에게 2003 사업연도 귀속 원고 대표자에 대한 원천징수 근로소득세의 과세표준과 세액을 각 554,254,402원과 187,3871,580원으로 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 피고는 2007. 6. 14. 원고의 위 경정청구를 거부하였다.

다. 원고는 2007. 7. 2. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2007. 12. 31. 원고의 위 심판청구를 기각하였다.

【인정 근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4, 5호증, 을 제3, 11호증(이상 가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 을 제5호증의 3, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소의 적법 여부에 대한 판단

가. 당사자의 주장

원고가 이 사건 가공경비는 사외로 유출되지 아니하였다거나 그와 같은 취지의 국세심판원 심판결정을 받았다는 등의 이유로 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다고 주장하는 데에 대하여, 피고는 원고가 2003년 사업연도 귀속 근로소득 연말정산세액을 2004. 2. 10.까지 납부한 후 위 일자로부터 적법한 경정청구기간인 3년을 경과한 후인 2007. 4. 20.에야 비로소 피고에게 위 근로소득세의 과세표준 및 세액에 대한 경정을 청구하였으므로 이는 경정청구권이 없는 원고가 제기한 민원에 불과하고, 따라서 피고가 이를 거부한 것은 단순한 민원회신에 불과하여 원고의 이 사건 소는 부적법하다고 항변한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제4항 , 제1항 은 “연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 「소득세법」 제164조 · 제164조의2 및 「법인세법」 제120조 의 규정에 따라 지급조서를 제출기한 내에 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다”고 규정하고 있는바, 신고납세방식의 조세이든 부과과세방식의 조세이든 납세의무자의 성실하고 정확한 신고가 적정한 과세권 행사의 기초가 된다는 점을 감안하면 위 조항이 경정청구기간을 제한하고 있는 것은 납세의무자에 대하여 그 기한 내에 자신의 과세표준 및 세액에 대한 계산을 충분히 검토하도록 하여 기한 내 신고의 적정화를 기함과 함께 조세채무의 존부와 범위를 장기간 불확정한 상태에 두는 것을 방지하여 조세법률관계의 조속한 안정과 세무행정의 능률적 운용 등 제반 요청을 만족시키기 위한 것이다( 헌법재판소 2004. 12. 16. 2003헌바78 결정 참조). 이러한 경정청구기간의 입법취지를 고려할 때 위 기한을 경과하여 이루어진 경정청구는 납세의무자가 주관적 공권의 행사로서가 아니고 단순히 과세관청에 대하여 경정청구를 요망하는 사실행위에 지나지 않기 때문에 과세관청이 당해 경정청구에 기한 경정처분을 거부하더라도 항고소송의 대상이 되는 거부처분을 구성하지 않는다고 할 것이다.

(2) 또한 구 소득세법(2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제137조 는 제1항 은 “주된 근무지의 원천징수의무자가 당해 연도의 다음 연도 1월분의 근로소득을 지급하는 때에는 이를 받는 자의 당해 연도의 근로소득금액에서 그 근로소득자가 제140조 의 규정에 의하여 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 한 후 이를 종합소득과세표준으로 하여 종합소득산출세액을 계산하고 제134조 제4항 각호 의 세액 공제를 한 후 당해 연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다”고 규정하고, 같은 법 제128조 는 “원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 원천징수 관할세무서·한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 다만, 상시고용인원수 및 업종 등을 참작하여 대통령령이 정하는 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 반기의 마지막 달의 다음달 10일까지 납부할 수 있다”고 규정하고 있으며, 국세기본법 제45조의2 제4항 제1호 는 “원천징수의무자가 「소득세법」 제137조 · 제138조 · 제143조의4 · 제144조의2 의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 동법 제164조 또는 제164조의2 의 규정에 따라 지급명세서를 제출기한 내에 제출한 경우”에 위와 같이 원천징수의무자 등으로 하여금 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한 경과 후 3년 이내에 국세의 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있도록 규정하고 있으므로, 원칙으로 원천징수의무자인 법인은 근로자에게 지급한 특정 연도의 근로소득에 대하여 종합소득공제와 이미 원천징수납부된 소득세의 공제를 거쳐 원천징수한 차액을 다음 연도 2월 10일까지 납부할 의무가 있고, 위 일자로부터 3년 이내에 위 원천징수 근로소득세의 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있다.

(3) 이 사건에 대해 보건대, 원고가 대표자에게 2003년에 지급한 근로소득에 대한 원천징수 근로소득세를 2004. 2. 10.까지 신고납부하고 2004. 2. 28.까지 지급조서를 제출한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 원고가 2007. 4. 20. 피고에게 원고 대표자에 대한 위 원천징수 근로소득세의 과세표준과 세액을 경정해줄 것을 청구하였으나 피고가 2007. 6. 14. 이를 거부한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 원고가 대표자로부터 원천징수한 근로소득세의 납부기한은 구 소득세법 제128조 에서 정하는 바에 따라 2004. 2. 10.이라고 할 것이므로, 이 날로부터 경정청구기간인 3년을 경과하여 제기되었음이 명백한 원고의 위 경정청구는 단순히 과세관청에 대하여 경정청구를 요망하는 사실행위에 불과하여 피고가 이를 거부하였다고 하더라도 이는 항고소송의 대상이 되지 아니한다고 할 것이다.

이에 대하여 원고는 이 사건과 같이 법인세법에 의하여 상여로 처분된 소득에 대한 원천징수 근로소득세의 경우 일반적인 근로소득의 경우와 달리 경정청구의 기산일이 되는 법정신고기한을 소득세법 시행령 제134조 제1항 에서 정한 소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음달 말일로 보아야 한다고 주장한다.

그러므로 살피건대, 구 소득세법 제70조 제1항 은 “당해 연도의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득과세표준을 당해 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다”고 규정하고, 같은 법 시행령 제134조 제1항 은 “종합소득 과세표준확정신고기한 경과 후에 「법인세법」에 의하여 법인이 법인세 과세표준을 신고하거나 세무서장이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 배당·상여 또는 기타 소득으로 처분됨으로써 소득금액에 변동이 발생하여 종합소득 과세표준확정신고의무가 없었던 자, 세법에 의하여 과세표준확정신고를 아니하여도 되는 자 및 과세표준확정신고를 한 자가 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우에 있어서 당해 법인( 제192조 제1항 단서의 규정에 의하여 거주자가 통지를 받은 경우에는 당해 거주자)이 제192조 제1항 의 규정에 의한 소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 추가신고자진납부한 때에는 법 제70조 또는 법 제74조 의 기한 내에 신고납부한 것으로 본다”고 규정하고 있으나, 위 규정들은 법인으로부터 근로소득을 지급받은 대표자 개인이 종합소득과세표준을 신고하여야 할 기한을 정하거나 법인이 소득금액변동통지를 받은 경우 위 기간 내에 대표자가 추가 신고자진납부하면 이를 기한 내 납부로 간주하여 종합소득 과세표준확정신고기한 경과를 이유로 한 신고 및 납부불성실가산세 등의 불이익을 주지 아니하려는 취지에 불과한 것으로 보아야 할 것이다. 그리고 구 국세기본법 제45조의2 제4항 은 원천징수의무자 등이 원천징수세액 등의 과세표준 및 세액에 대한 경정청구를 할 수 있는 경우를 한정적으로 열거하고 있는데 이 사건과 같이 피고가 사후적으로 대표자 개인에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 경우까지 이에 포함된다고 보기는 어려운 점, 원고는 이 사건 가공경비가 사외유출된 익금에 해당한다고 보아 이를 소득처분한 피고의 소득금액변동통지에 대해 취소소송을 제기함으로써 위 금액 상당의 사외유출 여부를 다툴 수 있음에도 대표자 개인의 종합소득세 추가신고자진납부시기를 경정청구의 기산점으로 삼을 경우 사실상 경정청구기간이 연장됨으로써 조세채무의 존부와 범위를 장기간 불확정한 상태에 두는 것을 방지하여 조세법률관계를 조속히 안정시키고자 경정청구기간을 규정한 입법취지에 반하는 점 등에 비추어 보더라도 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 소는 항고소송의 대상이 될 수 없는 것을 대상으로 한 것이어서 부적법하므로 이를 각하할 것인데, 제1심 판결은 이와 결론이 달라 부당하므로 제1심 판결을 취소하고, 원고의 이 사건 소를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]