원고의 나머지 상고를 기각한다.

1. 법인세 부과처분에 관하여

가. 현금 지급분 부분에 관하여

(1) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제2항은 원칙적으로 '손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다'고 규정하고 있다. 여기에서 말하는 '일반적으로 용인되는 통상적'인 비용은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황이라면 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 하는데, 특별한 사정이 없는 한 건전한 사회질서를 위반하여 지출한 비용은 여기에서 제외된다(대법원2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 참조).

(2) 원심은 그 채택 증거에 의하여, 의약품 제조 ‧ 판매회사인 원고는 2006 내지 2008 사업연도에 의약품 판매촉진 등을 위하여 의사와 약사 등에게 합계 OOOO원의 현금(이하 '이 사건 현금 지급분'이라 한다)과 합계 OOOO원 상당의 상품권 (이하 '상품권 지급분'이라 한다)을 지급하고 합계 OOOO원의 식사비(이하 '식사비 대납분'이라 한다)를 대납하였음을 전제로, 이를 영업활동비, 접대비, 판매촉진비, 홍보비 등의 항목으로 손금에 산입하여 법인세를 신고한 사실, 피고는 이 사건 현금 지급분과 상품권 지급분은 가공비용으로 보고 식사비대납분은 접대비로 보아 2010. 3. 2. 원고에게 2006 내지 2008 사업연도 법인세를 부과하였다가 상품권 지급분도 접대비로 보아 위 각 사업연도의 법인세를 감액경정하고, 2008 사업연도 법인세 가산세 부과처분을 직권 취소하였다가 2013. 9. 2. 이를 다시 부과한 사실(이하 감액되거나 취소되고 남은 부분과 2013. 9. 2.자 2008 사업연도 법인세 가산세 부과처분을 통틀어 '이 사건 법인세 부과처분'이라 한다) 등을 인정하였다.

그런 다음 원심은, 원고가 이 사건 현금 지급분을 법인세 신고내역과 달리 이른바 '리베이트'의 명목으로 의사나 약사 등에게 지출한 사실을 시인하고 있는 이상, 이 사건 현금지급분이 실제로 의사나 약사 등에게 지출된 사실은 원고가 이를 증명하여야 한다고 전제한 다음, ① 원고가 제출한 리베이트의 산출 및 집행에 관한 자료 등은 원고의 영업정책에 관한 내부문서에 불과하거나 원고의 영업정책에 따라 의사나 약사 등에게 지급하여야 할 금원을 계산한 자료일 뿐 그 비용이 실제로 의사나 약사 등에게 지출되었는지를 확인할 수 있는 자료에 해당하지 아니하는 점, ② 원고의 영업사원들 일부 및 원고와 거래한 의사나 약사들 중 일부가 리베이트의 제공 및 수수사실을 시인한 내용이 담긴 서류나 사실확인서에도 이 사건 현금지급분의 지급상대방, 지급일시 ‧ 장소, 지급금액 및 지급수단 등이 기재되어 있지 아니한 점, ③ 원고의 영업사원들이 실제로 리베이트를 지급하였는지를 검증할 수 있는 원고의 내부시스템이 마련되지 아니한 것으로 보이는 점, ④ 원고가 거래처별 리베이트의 액수를 정리한 자료는 거래처별 처방액이나 수금액에 관한 자료를 기초로 하여 사후에 작성한 자료일 뿐 리베이트를 제공할 당시에 작성한 것이 아닌 점 등에 비추어보면, 원고가 제출한 자료만으로는 이 사건 현금지급분이 실제로 의사와 약사 등에게 지출되었음을 인정하기 어렵고, 설령 그 지출사실이 인정된다 하더라도 이 사건 현금 지급분 중 의사 등에게 지급한 부분(이하 '의사 지급분'이라 한다)은 그 지출이 건전한 사회질서에 반하는 등 구 법인세법 제19조 제2항에서 정한 손비의 요건을 충족하지 못하고, 약사 등에게 지급한 부분(이하 '약사 지급분'이라 한다)은 접대비에 해당하나 이미 원고의 2006 내지 2008 사업연도의 접대비 한도 상당액이 손금에 산입되어 약사 지급분을 추가로 손금에 산입할 수 없으므로, 피고가 이 사건 현금 지급분 전부를 손금불산입 한 것은 적법하다고 판단하였다.

(3) (가) 먼저 이 사건 현금 지급분이 의사와 약사 등에 대한 리베이트로 지출되었는지에 관하여 본다.

적법하게 채택된 증거에 의하면, ① 제약회사가 의약품의 판매를 촉진하기 위하여 의사와 약사 등에게 리베이트를 제공하는 관행은 의약품의 유통체계와 판매질서를 저해하고 건강보험 재정의 부실을 야기하여 그 부담이 국민에게 전가되는 주요한 원인으로 계속 지적되었고, 이에 따라 이를 근절하기 위하여 의약품 도매상 등이 의료인, 의료기관 개설자 또는 약국 등의 개설자에게 의약품 판매촉진의 목적으로 금전, 물품, 편익, 노무, 향응, 그 밖의 경제적 이익을 제공하는 행위를 금지하는 내용의 관련 규정이 약사법 시행규칙에 마련되기도 한 사실(2008. 12. 1. 보건복지부령 제77호로 개정된 약사법 시행규칙 제62조 제1항 제5호 등 참조), ② 보건복지부 등 관련 행정기관이 이러한 리베이트의 실태를 조사한 후 그 규모를 의약품 처방액이나 매출액의 최저 20%의 수준으로 추정한 사실, ③ 원고가 이와 같은 리베이트로 지출하였다고 주장하는 이 사건 현금 지급분, 상품권 지급분 및 식사비 대납분의 합계액은 각 사업연도별 매출액의 약 18.3~20.6%에 해당하는 사실, ④ 원고는 매사업연도 말에 '영업정책'이라는 내부 문서로 이듬해 리베이트의 지급기준을 마련한 다음, 영업사원이 의약품 처방내역이나 수금액 등에 관한 전산자료를 본점에 제출하면 이를 기초로 거래처별 리베이트율을 산출하여 각 지점에 통보하였고, 그에 따라 각 지점에서 영업사원으로 하여금 의사나 약사 등에게 현금, 상품권을 지급하거나 식사비를 대납하는 방식으로 리베이트를 제공하여 온 사실, ⑤ 원고의 영업사원들 일부 및 원고와 거래한 의사나 약사들 중 일부는 리베이트의 제공 및 수수 사실을 시인하고 있고, 이러한 리베이트의 지급기준은 원고의 거래처에 알려지므로 만일 영업사원이 약정된 리베이트를 지급하지 아니하는 경우 그 즉시 의약품의 매출에 영향을 주게 되는 사실 등을 알 수 있다.

이와 같은 의약품 관련 리베이트의 관행과 일반적인 규모, 원고의 리베이트 지급기준 ‧ 방법과 규모 등을 종합하여 보면, 비록 이 사건 현금 지급분의 지급 상대방, 지급 일시 ‧ 장소 및 지급액 등이 개별적으로 특정되지는 아니하였지만, 이 사건 현금 지급 분이 상품권 지급분, 식사비 대납분과 함께 원고의 거래처인 의사나 약사 등에 대한 리베이트로 지출되었을 가능성이 매우 높다고 할 것이다. 나아가 위와 같은 지급의 경위와 방법 및 원고의 회계처리내역 등에 비추어 보면 이처럼 리베이트로 지출된 금액은 통상적인 매출할인금액으로 보기 어렵다고 할 것이다.

(나) 다음으로 이 사건 현금 지급분이 법인세법상 손금에 해당하는지에 관하여 본다.

의약품 도매상이 의료인이나 의료기관 개설자 또는 약국 등의 개설자 등에게 의약품 판매촉진의 목적으로 경제적 이익을 제공하는 행위는 소비자에게 불필요한 의약품의 판매로 이어져 의약품의 오 ‧ 남용을 초래할 가능성이 크고, 궁극적으로 국민 건강에 악영향을 미칠 우려가 있다. 그리고 이러한 경제적 이익제공행위는 의약품 유통체계와 판매질서를 해치고 의약품의 가격 상승으로 연결될 뿐만 아니라 결국 건강보험 재정의 악화를 가져와 그 부담은 현실적으로 의약품에 대하여 제한된 선택권밖에 없는 국민에게 전가된다.

구 약사법(2010. 1. 18. 법률 제9932호로 개정되기 전의 것》제47조의 위임에 따른 구 약사법 시행규칙(2008. 12. 1. 보건복지가족부령 제77호로 개정되기 전의 것) 제62조 제1항 제5호는 의약품의 품목허가를 받은 자 ‧ 수입자 및 도매상이 '의약품의 유통체계를 확립하기 위하여 준수하여야 할 사항'의 하나로 '의료기관 ‧ 약국 등의 개설자에게 의약품 판매촉진의 목적으로 현상품 ‧ 사은품 등 경품류를 제공하지 아니할 것'을 정하고 있었다. 그런데 2008. 12. 1. 보건복지가족부령 제77호로 개정된 약사법 시행규칙은 제62조 제1항 제5호를 '의료인, 의료기관 개설자 또는 약국 등의 개설자에게 의약품 판매촉진의 목적으로 금전, 물품, 편익, 노무, 향응, 그 밖의 경제적 이익을 제공하지 아니할 것'으로 개정함과 아울러, 제6조 제1항 제7호에서 '약사 또는 한약사가 의약품 구매 등의 업무와 관련하여 부당하게 금품 또는 향응을 수수하는 행위'를 금지하는 규정을 마련하기에 이르렀다. 이는 의약품 도매상 등이 의료인이나 의료기관 개설자 또는 약국 등의 개설자에게 의약품 판매촉진의 목적으로 경제적 이익을 제공하는 행위의 사회적 폐해가 지속된다고 여겨 약사법 등 관계 법령에서 현상품 ‧ 사은품 등 경품류 제공행위 뿐만 아니라 일체적 경제적 이익제공행위까지도 금지하고자 한 것이지, 위 개정에 즈음하여 비로소 이러한 행위를 규제할 필요성이 생겼기 때문에 위와 같은 규정을 마련한 것이 아니다.

그러므로 의약품 도매상이 의료인이나 의료기관 개설자 또는 약국 등의 개설자에게 의약품 판매촉진의 목적으로 지급한 리베이트는 약사법 등 관계 법령에서 이를 명시적으로 금지하고 있지 않더라도 건전한 사회질서를 위반하여 지출한 것으로서 구 법인세법 제19조 제2항에서 말하는 '일반적으로 용인되는 통상적인 비용이나 수익과 직접 관련된 비용에 해당한다고 볼 수 없고, 따라서 이를 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2012두7608 판결 참조).

(4) 이러한 법리에 비추어 살펴보면 원심판단에는 이 사건 현금 지급분이 의사나 약사 등에게 지급되지 아니하였다고 보는 등 적절하지 아니한 부분이 있으나, 이 사건 현금 지0급분은 전부 손금에 산입할 수 없다고 본 원심의 결론은 정당하고, 거기에 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 없다.

나. 상품권 지급분과 식사비 대납분에 관하여 상고법원은 상고이유에 의하여 불복신청한 한도 내에서만 조사 ‧ 판단할 수 있으므로, 상고이유서에는 상고이유를 특정하여 원심판결의 어떤 점이 법령에 어떻게 위배되었는지에 관하여 구체적이고도 명시적인 이유를 설시하여야 하고, 상고이유서에 위와 같은 구체적이고도 명시적인 이유를 설시하지 아니한 때에는 상고이유서를 제출하지 않은 것으로 취급할 수밖에 없다(대법원 2006. 3. 9. 선고 2004다25185 판결, 대법원 2009. 11. 26. 선고 2009두11607 판결 등 참조).

그런데 이 사건 상고장에는 이 사건 법인세 부과처분 중 상품권 지급분과 식사비 대납분에 관한 상고이유의 기재가 없고, 상고이유서에도 이 부분이 어떻게 법령에 위배 되었는지에 관하여 아무런 언급이 없다. 따라서 이 부분에 관하여는 적법한 상고이유서가 제출되지 아니한 것으로 볼 수밖에 없다. 나아가 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 상품권 지급분과 식사비 대납분이 이 사건 현금 지급분과 달리 구 법인세법 제19조 제2항에서 정한 손비의 요건을 갖추었다고 볼 자료도 부족하다.

2. 소득금액변동통지에 관하여

가. 원심은 그 채택 증거에 의하여, 피고가 '이 사건 현금 지급분이 사외로 유출되었으나 그 귀속이 불분명하다'고 보아 이를 2006 내지 2008 사업연도 당시 원고의 대표이사이던 홍BB, 조CC에 대한 상여로 처분하는 내용의 이 사건 소득금액변동통지를 한 사실 등을 인정한 다음, 앞서 본 바와 같은 이유로 원고가 제출한 자료만으로는 이 사건 현금 지급분이 실제로 의사나 약사 등에게 리베이트로 지출되었다고 보기 어려운 반면, 원고는 이를 의사나 약사 등에게 지출하였다고 주장함으로써 이 사건 현금 지급 분이 사외로 유출된 것을 자인하고 있고 그 귀속이 불분명한 경우에 해당하므로, 이를 원고 대표자들에 대한 상여로 처분한 이 사건 소득금액변동통지가 적법하다고 판단하였다.

나. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 그대로 수긍하기 어렵다.

이 사건 현금 지급분은 앞서 본 바와 같이 실제로 의사나 약사 등에게 리베이트로 지출되었을 가능성이 높으나, 영업활동비, 접대비, 판매촉진비, 홍보비 등 다양한 항목으로 나누어 계상되었을 뿐만 아니라 그 지급 상대방, 지급 일시 ‧ 장소 및 지급액 등을 확인할 수 있는 거래별 증빙서류가 제대로 비치 ‧ 보존되어 있지 아니하는 등 그 용도와 지급 상대방이 불분명하므로, 그 지출 금액별 귀속자가 누구인지는 구체적인 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 원고가 이를 증명할 필요가 있다.

그런데 원심에서 적법하게 채택된 증거에 의하면, 원고가 대구지점을 비롯한 일부 지점에 관하여 그 거래처별 처방액이나 매출대금의 회수액 등의 거래내역에 원고의 리베이트 지급기준을 대입하는 방법으로 거래처별 리베이트 지급내역을 특정하고 있음을 알 수 있으므로, 원심으로서는 이 사건 현금 지급분 중 원고가 지급 상대방, 지급일시 및 지급액을 특정한 부분에 대하여는 그 내용이 원고의 리베이트 지급기준에 부합하는지, 지점별 리베이트 지급액의 범위 내에 있는지 등에 관하여 심리한 후 그 귀속 불분명 여부를 가렸어야 한다.

다. 그런데도 원심은 이에 관하여 심리 ‧ 판단하지 아니한 채 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 현금 지급분 전부가 귀속이 불분명한 경우에 해당한다고 단정하고 말았는바, 이는 사외유출된 금액의 귀속에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니한 것이다.

3. 결론

그러므로 원심판결의 원고 패소 부분 중 소득금액변동통지에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리 ‧ 판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 나머지 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.