다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑2호증, 갑3호증의 1・2, 갑4호증, 갑5호증의 1・2, 갑6호증의 3, 을1호증의 1 내지 10, 을2호증의 1 내지 8, 을3호증의 1 내지 8의 각 기재와 변론의 전취지에 의하여 인정할 수 있고 반증 없다.

가. 원고는 삭카린, 발포제 등 화공약품 제조업 등을 목적으로 하는 법인으로서 ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ의 ㅇ 소재 공장시설만으로는 삭카린을 포함한 그 원료인 O.T.S.A.와 발포제 등의 수요에 충당할 수 없어 1988. 10. 10. 산업기지개발공사로부터 분할전의 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ 공장용지 82,575㎡를 취득하고 원고명의의 소유권이전등기를 경료한 다음 1989. 5. 1. 그 토지상에 총면적 15,000㎡의 O.T.S.A. 관련 공장을 신축하였다.

나. 한편, 원고는 전량 수입에 의존하여 오던 발포제의 주원료인 하이드라이진 하이드레이트(이하 H-H라고 한다)를 국내에서 생산하기 위하여 일본의 ㅇㅇ화학주식회사와 합작하여 그 제조공장을 건립하기로 하여 1988. 9. 15. 재무부장관으로부터 외국인투자인가를 받아 같은 해 11. 2. 그 인가조건에 따라 ㅇㅇ화학주식회사와 합작투자한 한국ㅇㅇ주식회사(1994. 3. 18. ㅇㅇ주식회사로 상호가 변경되었다. 이하 소외회사라고 한다)를 설립하고, 그 합작투자법인이 건축할 H-H 제조공장의 부지 마련을 위하여 ㅇㅇ공업단지내에 위치한 위 공장용지 82,575㎡ 중 29,767㎡에 대하여 공업단지관리법의 규정에 따라 1989. 2. 17. 상공부장관으로부터 임대동의를 받은 다음 그해 5. 1. 위 29,767㎡를 임대보증금 450,000,000원에 소외회사에 임대하였다. 이 토지는 그해 8. 19. 위 공장용지 82.575㎡에서 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ의 ㅇ 공장용지 29,767㎡(이하 이 사건 토지라고 한다)로 분할되었고, 소외회사는 그 지상에 12개동 연면적 3,167.9㎡의 공장공장을 건축하여 1990. 12. 27. 그 소유권보존등기를 마쳤으며, 원고는 1992. 4. 23. 이 사건 토지를 소외회사에 양도하고 소유권이전등기를 하여 주었다.

다. 피고는, 원고가 1989. 5. 1.부터 1992. 3. 27.까지 이 사건 토지를 임대보증금 450,000,000원에 소외회사에 임대한 것에 대하여, 이 사건 토지는 임대에 쓰이는 부동산으로서 1년간의 임대료 수입금액이 토지가액의 일정비율에 미달하여 당시 시행되던 법인세법령에 규정된 비업무용부동산에 해당하므로 원고의 1990사업연도, 1991사업연도, 1992사업연도의 차입금에 대한 지급이자를 손금에 불산입하는 것이 타당한데도 원고가 그 지급이자 상당액(1990년 금70,855,703원, 1991년 금225,840,773원, 1992년 금62,841,381원)을 손금에 산입 계산하여 기 납부한 법인세와 방위세가 과소납부되었다고 판단하고, 그 지급이자 상당액을 손금에 불산입하는 것으로 경정 계산한 결과 추가납부할 세액으로 1990사업연도 귀속 법인세 금33,938,260원, 방위세 금4,609,750원, 1991사업연도 귀속 법인세 금114,122,330원, 1992사업연도 귀속 법인세 금 29,357,970원을 결정하여 1995. 2. 16.자로 이를 원고에게 부과 고지하였다(이하 이를 이 사건 과세처분이라 한다).

2. .당사자들의 주장

피고는 위 과세처분이 관계법령에 따른 적법한 것이라고 주장하고, 원고는, 이 사건 토지는 위 세금의 귀속년도 당시 시행되던 법인세법 시행규칙 제18조제3항제11호 소정의 법령의 규정 또는 법령에 의한 주무부장관의 승인등에 의하여 임대료가 제한된 부동산 및 정부가 인가한 외국인투자의 조건에 따라 외국인과 합작투자를 하는 자가 그 외국인투자기업에 건축물의 부속토지를 임대하는 경우에 있어서 제2호의 기준면적(공장입지기준면적) 이내의 토지 에 해당되어 법인세법 제18조의3 제1항 소정 의 차입금의 이자중 일부를 손금에 불산입할 대상에 해당되지 아니하는데도, 그 대상이 된다고 보고 한 피고의 과세처분은 위법하다고 주장한다.

3. 과세처분의 적법 여부

가. 먼저 관계 법령에 관하여 본다.

(1) 구 법인세법(1990.12.31. 법률 제4282호로 개정되기 전의 것) 제18조의3 제1항 은, 다음 각호에 1에 해당하는 자산을 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 다음 각호의 자산합계액 한도내에서 대통령령이 정하는 금액은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 하고, 그 제3호에서 당해 법인의 업무에 직접 관련없는 부동산 을 들고 있고, 같은 법(이하 시행령과 시행규칙은 법의 표시가 없으면 이 법에 따른 것을 가리킨다) 시행령(1990.12.31. 대통령령 제13195호로 개정되기 전의 것) 제43조의2 제5항 은 위 법조 소정의 당해 법인의 업무에 직접 관련없는 부동산(이를 비업무용부동산이라 한다)의 범위에 관한 일반적인 기준을 제시하고 그 구체적인 결정은 재무부령에 위임하는 한편, 그 위임을 받은 시행규칙(1990.10.22. 재무부령 제1835호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 은 비업무용부동산의 구체적인 태양에 관하여 규정하면서, 그 제11호에서, 임대에 쓰이고 있는 부동산으로서 1년간의 수입금액이 부동산가액의 100분의 5에 미달하는 부동산과 임대에 쓰이고 있는 건축물이 없는 토지(건축물의 부속토지로서 제2호에 규정하는 기준면적을 초과하는 토지를 포함한다) 를 들고 있었는데, 시행규칙의 그 조항은 1990. 10. 22. 개정되어(재무부령 제1835호) 임대(전세권 또는 지상권설정계약에 의한 부동산의 사용을 포함한다)에 쓰이고 있는 부동산( 소득세법시행령 제15조 제5항 의 규정에 의한 고급주택외의 주택 및 그 부속토지와 법령의 규정 또는 법령에 의한 주무부장관의 승인등에 의하여 임대료가 제한된 부동산을 제외한다)으로서 1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 7에 미달하는 부동산과 임대에 쓰이고 있는 건축물이 없는 토지{건축물의 부속토지로서 제2호의 규정에 의한 기준면적을 초과하는 부분을 포함하며, 정부가 인가한 외국인투자의 조건에 따라 외국인과 합작투자를 하는 자가 그 외국인투자기업에 건축물의 부속토지를 임대하는 경우에 있어서 제2호의 규정에 의한 기준면적(공장용건축물의 부속토지의 경우 공장입지기준면적) 이내의 토지를 제외한다} 로 변경되었으며, 그 개정된 시행규칙의 부칙은, 개정규칙을 공포한 날로부터 시행하되(제1항), 그 시행후 최초로 종료하는 사업연도분부터 적용한다(제2항)고 규정하고 있으므로, 원고의 1990.사업연도 법인세는 위 개정규칙의 적용을 받는다 할 것이다.

(2) 1990. 12. 31. 개정된 법인세법 제18조의3 제1항은, 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자등 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 하고, 제1호에서 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 들고, 시행령(1990.12.31. 대통령령 제13195호로 개정된 것) 제43조의2 제1항은 위 법조항 제1호에 해당하는 부동산(비업무용부동산)으로 그 제3호에서 부동산을 이용하여 얻은 수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달하는 부동산을 규정하고, 그 판정기준은 재무부령에 위임하였으며(제3항), 1991. 2. 28. 재무부령 제1844호로 개정된 시행규칙(1994.3.12. 재무부령 제1968호로 개정되기 전) 제18조 제3항 은 비업무용부동산에 해당하는 것으로서 제11호에서, 임대(전세권또는 지상권설정계약에 의한 부동산의 사용을 포함한다)에 쓰이는 부동산으로서 다음 각목의 1에 해당하는 것 이라고 규정하고, 그 가 목에서, 1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 3에 미달하는 부동산. 다만, 소득세법시행령 제15조 제5항 의 규정에 의한 고급주택외의 주택 및 그 부속토지와 법령의 규정 또는 법령에 의한 주무부장관의 승인등에 의하여 임대료가 제한된 부동산을 제외한다 , 나 목에서, 건축물이 없는 토지 또는 건축물과 그 부속토지의 소유자가 다른 경우의 당해 건축물의 부속토지. 다만, 정부가 인가한 외국인투자의 조건에 따라 외국인과 합작투자를 하는 자가 그 외국인투자기업에 건축물의 부속토지를 임대하는 경우에 있어서 제2호의 규정에 의한 기준면적 이내의 토지를 제외한다 , 그 다 목에서, 건축물의 부속토지로서 제2호의 규정에 의한 기준면적을 초과하는 부분 을 규정하였고, 동 부칙 제2조 는, 동 개정규칙은 공포한 날로부터 시행하되(제1항), 1991. 1. 1.이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용하고(제2항), 제18조 제3항 제11호 의 개정규정은 동 규칙 시행일이 속하는 사업연도분부터 적용한다(제4항)고 규정하였다.

나. 나아가 이 사건에 관하여 본다.

(1) 이 사건 토지가 공장입지기준면적 내에 해당하는 사실, 이 사건 세금의 각 귀속연도 동안 이 사건 토지에 대한 1년간의 임대수입금액이 위에서 본 시행규칙 제18조 제3항 제11호 에 규정된 법정임대가격(이 사건 토지가액의 일정비율)에 미달한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

(2) 이 사건 토지의 임대 당시 시행되던 구 공업단지관리법 제12조 제4항 은, 입주기업체 또는 지원기업체는 그 용지 공장 기타의 시설을 임대하여서는 아니되며 다만 관리기관의 동의를 얻어 그 용지의 일부나 공장 기타의 시설의 일부를 임대할 수 있다고 규정하고 있었고, 같은 법 시행규칙 제6조 제2항 은, 법 제12조 제4항 단서 의 규정에 의하여 입주기업체 또는 지원기업체가 용지의 일부나 공장 기타의 시설의 일부를 임대하기 위하여 관리기관의 동의를 얻고자 할 때에 관리기관에 제출하여야 하는 서류로서 임대사유서, 임대가계약서사본, 임대내용명세서 등을 규정하고 있었으며, 1990. 1. 13. 제정 공포되고 1991. 1. 13.부터 시행된 공업배치및공장설립에관한법률은 부칙 제2조 에서 위 공업단지관리법을 폐지하고, 제39조 제4항(1994.1.7. 개정되기 전의 것) 에서 위 공업단지관리법의 규정과 같은 임대금지를 규정하면서, 다만 대통령령에 정하는 바에 의하여 그 공단용지의 일부나 시설의 일부를 임대할 수 있다고 하고, 그 시행령(1994.7.4. 개정되기 전의 것) 제51조 제1항 은 법 제39조 제4항단서 의 규정에 의하여 임대할 수 있는 경우를 규정하고, 제2항은 제1항의 규정에 의하여 임대하고자 할 때에는 임대동의신청서에 상공부령이 정하는 서류를 첨부하여 관리기관에 제출하여야 한다고 규정하고 있었다.

한편 갑5호증의 1・2의 각 기재와 증인 오대환의 증언, 이 법원의 통상산업부장관에 대한 사실조회결과에 변론의 전취지를 보태어 보면, 원고가 이 사건 토지의 임대와 관련하여 1989. 2. 17. 상공부장관의 임대동의를 받을 당시 그 동의내역에는 면적, 임대기간, 임대가격(임대보증금액)이 모두 포함되어 있었는데, 임대기간은 1989. 2. - 1994. 2. 1., 임대가격은 금450,000,000원으로 명시되어 있었고, 그 임대동의 조건에 임대계약후 계약서사본 등을 상공부장관에게 제출하도록 되어 있었던 사실, 원고는 당초 임대보증금을 금600,000,000원으로 한 임대동의신청서를 상공부장관에게 제출하였으나 반려된 사실 등을 인정할 수 있고 반증이 없다.

위 법령과 인정사실에 의하면, 이 사건 토지의 임대는 시행규칙 제18조 제3항 제11호에 규정된, 법령에 의한 주무부장관의 승인등에 의하여 임대료가 제한된 경우에 해당한다고 할 것이니, 이 사건 토지는 이 점에서 비업무용부동산에서 제외되는 것이라 할 것이다.

(3) 이 사건 토지가 합작투자법인인 소외회사의 H-H제조공장 부지로 사용하기 위하여 임대된 사실은 앞에서 보았는바, 피고는 그 임대후 임차법인이 그 위에 공장용 건축물을 신축함으로써 이 사건 토지는 임차법인 소유의 신축건물에 부속되었을 뿐 원고의 공장건물에 부속된 토지가 아니므로 원고가 건축물의 부속토지를 임대한 경우가 아니어서 법인세법 시행규칙 제18조제3항제11호 에서 규정한 비업무용부동산의 제외사유에 해당하지 않는다고 주장한다. 그러나, 앞서 본 동 법규를 법 및 시행령의 관계조문과 대비하여 볼 때에 위 규칙 제18조제3항제11호 의 나 목(개정전의 구 규칙도 그 내용에 있어 동일한 취지임은 위에서 본 바와 같다) 단서에 규정된 「… 외국인투자기업에 건축물의 부속토지를 임대하는 경우에 …」에서 말하는 건축물이란 토지임대인이나 임차인 또는 제3자 소유의 건축물을 모두 포함하는 것으로 풀이함이 상당하다 할 것이고, 이 사건 토지가 위 규칙 제18조제3항제2호 의 규정에 의한 기준면적 이내의 토지임은 앞에서 본 바와 같으므로, 이 사건 토지는 이 점에서도 비업무용부동산에서 제외되는 것이라 할것이다.

(4) 따라서, 이 사건 토지는 1990.사업연도부터 1992.사업연도에 이르기까지 관계법규에 규정된 비업무용토지에 해당하지 아니하여 앞서본 차입금에 대한 지급이자 상당액은 손금에 산입하여야 할 것이므로, 이를 손금에 불산입하여 경정 계산한 피고의 이 사건 과세처분은 위법하다 아니할 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

1997. 5. 29.

심급 사건

참조조문