피고 ○○세무서장이 2008. 2. 1. 원고에게 한 2004년 1기분 부가가치세 41,547,190원, 2004년 2기분 부가가치세 22,372,770원, 2004년 특별소비세 95,952,030원의 부과처분 및 피고 역삼세무서장이 2008. 2. 11. 원고에게 한 2004년 귀속 종합소득세 28,129,360원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 50%는 원고가 나머지는 피고들이 각 부담한다.

가. 원고는 2003. 4. 1.부터 2005. 6.경까지 원고의 지분 27%를 가지고 이AA, 장BB, 박CC, 박DD와 함께 ○○ ○○구 ○○동 1117-7 지상 건물의 지하 1층에서 '○○'라는 상호로 유흥주점(이하 '이 사건 사업장'이라 한다)을 공동으로 운영하면서, 사업자등록 명의는 2003. 4. 1.부터 2004. 11.경까지는 김EE 명의로, 2004. 11.경부터 2005. 6. 11.까지는 최FF 명의로 등록하였다.

나. 이 사건 사업장의 공동사업자들은 2004년 1기 매출액을 2,020,268,000원, 2004년 2기 매출액을 1,284,839,000원, 2005년 1이 매출액을 526,539,000원(2005년 1월부터 같은 해 5월까지는 508,463,000원)으로 하여 해당 기간의 부가가치세를 신고 ・ 납부하였다.

다. ○○지방국세청은 2007. 6. 20.부터 2007. 12. 31.까지 이 사건 사업장에 대한 세무조사를 한 결과, 누락수입에 대하여 장부 등에 의한 실지조사가 어렵게 되자 아래와 같은 근거자료를 바탕으로 2004. 1. 1.부터 2005. 5. 31.까지 사이의 누락수입금액을 990,534,000원(2004년분 477,797,000원, 2005년분 512,737,000원)으로 파악하여 피고들 에게 과세자료를 통보하였다.

(1) 2004년 477,797,000원(1기분 307,591,000원, 2기분 170,206,000원)의 산출근거

"이 사건 사업장의 명의상 사장으로 근무한 김EE 명의의 하나은행 계좌(계좌번호 0000, 이하 '김EE 명의 계좌'라 한다), 같은 최FF 명의의 우리은행 계좌(계좌번호 0000, 이하 '최FF 명의 계좌'라 한다), 이 사건 사업장의 종업원으로 근무한 하GG 명의의 하나은행계좌(계좌번호 0000, 이하 '하GG 명의 계좌'라 한다)에 해당 기간 입금된 금액과 당초 부가가치세 신고시 이 사건 사 업장의 통장이라고 밝힌 김EE 명의의 하나은행계좌(계좌번호 0000, 이하업소 통장이라 한다)에 해당 기간 입금된 금액을 합한 금액을 해당 기간의 전체 매출 금액으로 보고 위 금액에서 당초 부가가치세 신고시 해당 기간의 매출액으로 신고한 금액을 공제한 금액을 누락수입금액으로 산정하였다.",(2) 2005년 1월부터 5월까지 의 512,737,000원의 산출근거

이 사건 사업장에서 사용하던 컴퓨터의 하드디스크에서 복구한 문건 파일인 2005년 부장별 매출현황(을 제16호증)에 기재된 해당 기간의 매출액을 합한 금액을 해당 기간의 전체 매출금액으로 보고 위 금액에서 당초 부가가치세 신고시 해당 기간의 매출액으로 신고한 금액을 공제한 금액을 누락수입금액으로 산정하였다.

라. 피고 ○○세무서장은 과세자료에 따른 누락수입금액을 해당 과세기간의 부가가치세와 특별소비세의 과세표준에 산입하여 부가가치세와 특별소비세를 계산한 다음, 2008. 2. 1. 공동사업자인 원고에게 2004년 1기분 부가가치세 41,547,190원, 2004년 2 기분 부가가치세 22,372,770원, 2005년 1기분 부가가치세 64,418,420원과 2004년 1월부터 2005년 5월까지의 특별소비세(교육세 포함) 합계 141,419,370원(= 2004년도 분 95,952,030원 + 2005년도 분 45,467,340원)을 경정 ・ 고지하였다.

마. 피고 역삼세무서장은 과세자료에 따른 누락수입금액 중 원고의 지분에 해당하는 금원을 사업수익금액으로 보고 소득금액을 추계하여 해당 과세기간의 종합소득세의 과세표준에 산입하여 종합소득세를 계산한 다음, 2008. 2. 11. 원고에게 2004년 귀속 종합소득세 28,129,360원, 2005년 귀속 종합소득세 28,990,620원을 경정 ・ 고지하였다(이하 피고들이 부과한 과세처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 6 내지 11, 13, 14호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 변론 전체의 취지,

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 김EE, 최FF, 하GG 명의 각 계좌는 다음과 같은 이유로 이 사건 사업장의 매출액과 관련이 있는 계좌로 볼 수 없다.

① 김EE, 최FF 명의 각 계좌는 그들이 사채업, 자동차중개업 등을 하면서 사용하였던 것이고, 하GG 명의 계좌는 하GG의 친구인 박HH이 사용하였던 것일 뿐 달리 이 사건 사업장의 매출액과 관련된 계좌가 아니다.

② 김EE, 최FF, 하GG 명의 각 계좌의 거래 내역을 보더라도 입금액이 비교적 소액이고 동일인이 반복하여 입금하고 있는 등으로 일반적인 주류대금의 거래내역으로는 볼 수 없다.

③ 최FF이 2004년에는 부장으로, 2005년에는 명의상 사장으로 근무하였는데, 최FF 명의의 계좌에는 부장일 때와 명의상 사장일 때의 거래내역에 아무런 차이가 없는 것을 보더라도 최FF 명의 계좌는 이 사건 사업장의 매출액과는 전혀 관련이 없는 계좌이다.

④ 김EE가 2003. 5.부터 2004. 10.까지, 최FF이 2004. 1.부터 2005. 5.까지, 하GG가 2003. 6.부터 2004. 6.까지 이 사건 사업장에서 근무하였는데, 김EE, 최FF, 하GG 명의 각 계좌에는 근무기간일 때와 근무기간이 아닐 때의 거래내역에 아무런 차이가 없는 것을 보더라도 김EE, 최FF, 하GG 명의 각 계좌는 이 사건 사업장의 매출액과는 아무런 관련이 없는 계좌이다.

(2) 2005년 부장별 매출현황(을 제16호증)은 이 사건 사업장에서 사용한 컴퓨터에서 복구된 것인지 확인할 수 없을 뿐만 아니라 그 내용도 정확한 자료에 의해 작성된 것으로 볼 수 없다.

(3) 따라서, 위와 같은 과세자료를 근거로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 처분 중 2004년도 부가가치세, 특별소비세, 종합소득세 부분의 적법 여부

과세관청이 추계과세를 할 경우 그 추계의 방법과 내용은 가장 진실에 가까운 실액을 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성이 있는 것이어야 하는바, 과세관청이 납세자인 법인의 매출누락금으로 본 금액이 그 법인의 대표이사가 관리하던 여러 금융기관 계좌에 입금된 총액으로서 그 금액 중에는 다른 계좌에서 출금하여 재입금된 금액까지 계산됨으로써 중복된 것도 있고, 그 대표이사가 당해 납세법인과는 별도로 같은 지역에서 경영하던 다른 회사의 수입금도 포함되어 있을 뿐 아니라, 대표이사가 아무런 거래관계 없이 자금융통을 위하여 거래처의 어음을 할인하여 주고 금융기관에 이를 추심의뢰 하여 입금된 금액 또한 함께 계산된 사실이 있다면, 과세관청이 위의 금액을 매출누락분으로 보고 이에 기하여 추계과세의 형식으로 법인세, 부가가치세 등의 각 부과처분을 한 것은 그 추계의 방법이 합리적인 것이 아니어서 위법하다(대법원 1996. 11. 12. 선고 95누17779 판결 참조).

앞서 든 증거들 및 갑 제14호증의 1, 제15호증의 1, 2의 각 기재, 제1심 증인 최FF, 당심 증인 김EE의 각 증언에 의하여 인정되는 다음 사정들을 종합하여 보면, 김EE, 최FF, 하II 명의 각 계좌들의 입금액 중 일부는 이 사건 사업장의 수입금액이라고 볼 수 없는 사정들이 있어, 이 사건 처분 중 2004년도의 누락수입금액을 산출한 방법은 합리적이라고 볼 수 없어 이 사건 처분 중 2004년도 부가가치세, 특별소비세, 종합소득세 부분은 위법하다.

(가) ○○지방국세청은 이 사건 사업장에 장부 등에 의한 실지조사가 불가능하여 명의상 사장이거나 종업원인 김EE, 최FF, 하II 명의 각 계좌들에 입금된 금액의 대부분을 이 사건 사업장의 누락수입금액으로 파악하였는데, 위 계좌들의 입금액에 관하여 원고 또는 당시 경리부장이던 강JJ에 대하여 이를 소명할 기회를 주어 만일 입금액이 수입금액이 아니라 위 계좌 명의인들의 개인적 거래일 경우 이를 누락수입금액 에서 제외하는 과정을 거치지 않았다.

(나) ○○지방국세청이 누락수입금액으로 파악한 위 계좌들의 아래 각 거래는 이 사건 사업장의 누락수입금액으로 볼 수 없다{이하, 번호는 을 제13호증의 1(○○매출누락)의 번호이다}.

① 입금이 취소된 금액을 수입금액으로 계상

② 동일한 금액의 이중계상

하GG 명의 계좌 중 2004. 1. 10. 400,000원(입금인 유KK, 번호 28), 2004. 1. 16. 1,600,000원(입금인 박LL, 번호 43), 2004. 1. 17. 1,000,000원(입금인 우MM, 번호 51)을 누락수입금액으로 파악하고서도, 하GG 명의 계좌의 2004. 1. 17. 잔액 대부분인 2,000,000원을 김EE 명의 계좌로 송금한 것 역시 누락수입금액(번호 53)으로 파악하였다.

③ 계좌명의인이 자기 계좌에 입금한 내역

(다) 당초 ○○지방국세청의 세무조사 당시 김EE, 최FF은 자신들의 위 계좌가 손님들에 대한 외상대금을 수금하기 위한 계좌라고 진술하였으나, 제1심 및 당심 법정의 증언에서는 위 계좌들이 자신들의 사채업 또는 자동차중개업과 관련된 개인적 인 거래이고 이 사건 사업장과는 관계없다는 취지로 진술을 변경하고 있는데, 이를 전부 믿기는 어려우나, 위와 같이 위 계좌들의 입금액 중 일부가 계좌명의인의 개인적 거래라고 볼 수밖에 없는 사정들이 있어 그 정도의 범위 내에서는 위 진술에 어느 정도 신빙성이 있다고 보여진다.

(라) 게다가 세무관서가 원고 등을 조세범처벌법위반 혐의로 고발한 사건에서 검찰은 위 계좌들에 입금된 금액이 이 사건 사업장의 외상매출금액이라는 것은 추측에 불과하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다는 이유로 원고 등에 대하여 불기소처분을 하였다.

(2) 이 사건 처분 중 2005년도 부가가치세, 특별소비세, 종합소득세 부분의 적법 여부

살피건대, 을 제3, 5, 12, 15, 16, 20호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음 사정들을 종합하면, 이 사건 처분 중 2005년도분의 누락수입금액을 산출한 방법은 합리적이라고 보이므로, 위 주장은 이유 없다.

① 2005년 부장별 매출현황(을 제16호증)과 함께 세무조사 당시 이 사건 사업장 에서 사용한 컴퓨터를 확보하여 복구한 문서 파일에는 2003년 부장별 매출현황표(을 제20호증), ○○ 비상연락망(을 제15호증, 을 제20호증), 점포동업계약서 등이 있는데, 이는 원고가 이 사건 사업장을 운영하면서 작성하였던 것으로 보이고, 달리 피고들이 위 문서를 조작하였다고 볼 만한 사정이 없다.

② 원고가 이 사건 사업장을 양도하고 난 후 이 사건 사업장의 경리와 자금 관련 업무를 총괄하고 있는 장NN은 금일일보(이는 영업일이 종료되면 구좌별 장부와 일일 총매출일보를 상호 대조하여 작성되는 것임) 중에서 매월말일자의 '금월총매상'을 부장별로 집계한 표인데, 이는 부장별로 매출액을 관리하고 공동사업자 사이의 결산을 위해 매월 부장별 매출액을 집계할 필요가 있어 작성하는 것이라고 진술하였는바(을 제5호증), 원고가 이 사건 사업장을 운영할 때에도 마찬가지 이유로 같은 방법으로 2005년 부장별 매출현황을 작성하였을 것으로 보인다.

③ 이 사건 사업장에 대한 10% 지분권자이자 공동사업자로서 이 사건 사업장에 관한 부가가치세, 특별소비세에 관하여 연대납세의무를 부담하는 박DD는 세무조사 당시 2005년 부장별 매출현황에 나타난 부장명단은 2005년 상반기에 함께 근무한 부장들의 예명이 맞지만 그들의 본명을 알지 못하고, 자신의 예명은 박이사였는데 2005년 부장별 매출현황에 나타난 박이사의 매출액은 자신의 매출실적이 맞다고 진술하였다.

④ 2005년 부장별 매출현황에 기재된 김상무(김EE는 2004. 10.까지만 근무하였으나 그 이후에는 차수현이 김상무라는 예명으로 김EE 명의 계좌를 사용하여 근무함), 최실장, 하실장의 매출액과 해당 기간의 김EE, 최FF, 하GG 명의의 각 계좌에 입금된 금액이 대체로 유사하다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 2004년도 부가가치세, 특별소비세, 종합소득세 부과처분을 취소하고, 나머지 항소는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한 다.