2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2003. 6. 5.경부터 ○○시 ○○면 ○○리 772-2에서 석유류 소매업을 영 위 하고 있는 법인이다.

나. 원고는 ① 2006년 2기 및 2007년 1기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 △△에 너지(이하 '△△에너지'라고만 한다)로부터 공급가액 합계 321,145,454원의 세금계산서를, ② 2007년 2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 ◇◇에너지(이하 '◇◇에너지'라고만 한다)로부터 공급가액 합계 917,010,089원의 세금계산서를, ③ 2008년 1기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 □□에너지(이하 '□□에너지'라고만 한다)로부터 공급가액 합계 487,509,091원의 세금계산서를 각 교부받아(이하 원고가 위와 같이 각 교부받은 세금계산서를 '이 사건 세금계산서'라 한다), 그 공급가액을 공제대상 매입세액에 포함하여 부가가치세 신고를 하였다.

다. 피고는 원고와 유류거래를 한 위 △△에너지, ◇◇에너지, □□에너지가 실물거래 없이 허위의 매출 ・ 매입세금계산서를 발행한 자료상에 해당하고, 원고가 위 각 회사로부터 교부받은 이 사건 세금계산서 역시 사실과 다른 세금계산서라는 이유로, 원고에게 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액 공제를 부인하고 청구취지 기재의 각 부가가치세를 부과(이하 위 각 부가가치세 부과처분을 '이 사건 부가가치세 부과처분'이라 한다)하는 한편, 원고가 거래에 관한 증빙서류인 세금계산서를 보관하지 않았음을 이유로 청구취지 기재의 각 법인세를 부과(이하 위 각 법인세 부과처분을 '이 사건 법 인세부과처분'이라 한다)하였다.

라. 원고는 이 사건 각 처분에 대하여 불복하여, 2009. 5. 1. 및 2010. 5. 12. 각 조세심판원에 심판청구를 제기하여 각 기각결정1)을 받아 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 4, 35, 36호증, 을 l 내지 4호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 및 판단

가. 원고의 주장

원고는 △△에너지, ◇◇에너지, □□에너지로부터 실제 유류를 구입하고 세금계산서를 교부받았으므로 원고가 수취한 위 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 할 수 없고, 또한 위와 같은 점에서 원고는 위 각 회사가 위장사업자라는 사실을 알지 못하였고 그 사실을 알지 못한 데에 과실이 없으므로 이 사건 부가가치세 및 법인세 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부

가) 이 사건 세금계산서가 위장거래 또는 가공거래에 의한 세금계산서인지 여부

부가가치세법상 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득 ・ 수익 ・ 계산 ・ 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

을 6 내지 23호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 천AA의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래의 각 사실을 종합하면, 원고가 △△에너지, □□에너지, ◇◇에너지로부터 교부받은 각 세금계산서는 실물 거래 없이 위장거래에 의하여 그 유류를 실제로 공급하는 주체가 다르게 작성된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 봄이 상당하다.

① △△에너지는 2004. 9.경부터 △△ △△ 소재 □□터미널 주식회사 △△사업소로부터 유류보관탱크(1,000㎘)를 임차하여 사용하였으나, 2006.경 이후에는 유류를 입 ・ 출고한 사실이 전혀 없었다.

중부지방국세청의 △△에너지에 대한 세무조사결과, △△에너지는 2006. 7.경부터 2006. 10.경 사이에 10여 개의 은행에 차명계좌를 개설하고, 매출처로부터 거래대금이 입금되면 즉시 현금으로 인출하거나 가공매입처인 주식회사 ☆☆에너지 등에 송금한 후 다시 여러 차명계좌로 송금하여 자금의 추적을 어렵게 하였으며, 2006년 이후 허위의 출하전표를 발행하여 △△에너지의 2006년 2기에서 2007년 1기 사이의 부가가치세 과세기간 중 매출세금계산서 발행금액 약 71,300,000,000원 중 99.5%에 해당하는 약 71,000,000,000원이 가공매출이고, 매입세금계산서 수취금액 약 712억 원 중 99.5%인 709억 원이 가공매입으로 밝혀졌다.

② 강서세무서장의 □□에너지에 대한 세무조사결과, □□에너지는 석유판매업등록증에 기재된 저장시설 및 수송장비를 한 번도 사용한 사실이 없고, □□에너지의 2008년 1기 부가가치세 과세기간 중 유류 매출세금계산서 발행금액 약 96,992,000,000원 중 대부분인 약96,925,000,000원이 가공매출이고, 매입세금계산서 수취금액 약 96,881,000,000원 중 대부분인 약 96,828,000,000원이 가공매입으로 밝혀졌다.

□□에너지의 예금계좌로 입금된 유류 매입대금은 즉시 자료상인 ▽▽에너지 계좌로 입금되어 즉시 인출되거나, ▽▽에너지의 매입처인 ●●석유의 한BB 명의 계좌로 입금되어 당일 인출되었고, 자료상인 ▽▽에너지는 2008. 3. 31. 직권폐업 되었고, 같은 해 4. 3. 석유판매업등록이 취소되었다.

③ 중부지방국세청장의 ◇◇에너지에 대한 세무조사결과, ◇◇에너지는 2006. 9. 4. 주식회사 ◆◆에너지로부터 ♧♧시 ♧♧구 ♧♧동 683-5 소재 유류저장탱크를 보증금 20,000,000원, 월 임료 250,000원에 임차하여 석유류 도매업 허가를 받았으나, 실제 위 저장탱크로부터 유류가 출하된 사실은 없고 ◇◇에너지가 유류 운송에 따른 수송장비를 보유하거나 수송장비를 임차한 사실도 없으며 실제로 유류를 운송한 사실도 없는 것으로 밝혀졌다. 또한, ◇◇에너지는 2007년 2기 부가가치세 과세기간 중 35,779,842,000원의 유류를 매입하였다고 신고하였으나, 그 중 99.8%인 35,711,715,000원은 ◇◇에너지와 같은 사무실을 사용하던 자료상인 주식회사 ♤♤에너지로부터 실물 거래 없이 매입세금계산서를 교부받은 것으로 밝혀졌다.

한편, ◇◇에너지가 2007. 7.경부터 2007. 12.경까지 사이에 원고에게 발행한 출하전표에는 정유회사의 고유상호가 인쇄되어 있지 않고, 출하시간, 차량 카드번호 등이 기재되어 있지 않으나, 유류의 온도는 10.50°C로, 밀도는 828.5로 일정하게 기재 되어 있다.

나) 원고의 선의 ・ 무과실에 대한 판단

실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 등 참조).

그러므로 살피건대, 갑 5 내지 34, 37 내지 65호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재 증인 양동화의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 위 △△에너지, □□에너지, ◇◇에너지로부터 세금계산서를 교부받은 후 그에 해당하는 금액을 위 각 회사에 송금한 사실, 원고가 위와 같은 세금계산서를 교부받으면서 그에 해당하는 유류를 공급받아 이를 재고자산 등 목록에 기재한 사실을 인정할 수 있으나, 위 인정사실만으로 원고가 위 각 회사의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못한데 과실이 없다고 할 수는 없다.

오히려, 을 23호증의 기재, 증인 천AA의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 위 △△에너지, □□에너지, ◇◇에너지로의 유류 저장소와 출하전표상의 유류 출하장소가 다르게 기재되어 있었음에도 이를 확인하지 않은 사실에 앞서 인정한 위 각 회사들이유류 저장소에 유류를 저장한 사실이 없고 이를 운송한 사실도 없으며, 위 각 회사들이 교부받거나 발행한 각 세금계산서가 모두 허위로 밝혀진 점, 원고가 2006년 2기분부터 2008년 1기분 부가가치세 과세기간 동안의 짧은 기간 내에 위와 같이 3개의 유류회사와 돌아가며 거래를 해온 점 등에 제반사정에 비추어 보면, 원고는 유류 거래의 직접 상대방이 위 △△에너지, □□에너지, ◇◇에너지가 아님을 알고 있었다거나 또는 원고에게 위 거래의 실질적인 상대방이 누구인지에 대하여 의심을 품고 이를 조사할 필요성이 있었음에도 이를 조사하지 않은 과실이 있다고 봄이 상당하다.

2) 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부

이 사건 법인세 부과처분이 원고가 거래에 관한 증빙서류인 세금계산서를 보관하지 않았음을 이유로 부과된 사실은 앞서 본 것과 같고, 변론 전체의 취지를 종합하면 원고가 위와 같은 자료를 보관하지 않은 사실을 인정할 수 있으므로 이 사건 법인세 부과처분은 적법하다(원고는 이 사건 소송에서 위 법인세 부과처분이 위법하다는 취지의 주장을 한 사실은 없다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 각 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.