상고비용은 원고가 부담한다.

1. 상고이유 제1점에 관하여

가. 부가가치세법 제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서 '재화의 공급'을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 "재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다"고 규정하고 있다. 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항 소정의 '인도 또는 양도'는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고, 재화를 사용・소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하나(대법원 1985. 9. 24. 선고 85누286 판결, 대법원 2001. 3. 13. 선고 99두9247 판결 등 참조), 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적・구체적으로 판단하여야 한다(2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조).

나. 원심은 그 채택증거에 의하여 다음과 같은 사실 등을 인정하였다.

"1) 원고는 2002. 5. 22. 주식회사 BBBB(이하 'BBBB'라 한다)로부터 정보통신부의 우체국보험이미지 구축시스템 사업 중 관련 하드웨어 및 소프트웨어(이하 '이 사건 물품'이라 한다) 공급부분을 도급받은 후 2002. 6. 14. CCC데이타 주식회사(이하 'CCC데이타'라 한다)와 사이에 위 하드웨어 및 소프트웨어 등 전산장비 중 일부 품목을 대금 000원(공급가액 000원, 부가가치세 000원)에 2002. 7. 22.까지 공급받기로 하는 물품공급계약을 체결하였다.",2) CCC데이타는 다시 2002. 7. 8. DD정보통신 주식회사(이하 'DD정보통신'이라 한다)와 사이에 원고에게 공급하기로 한 전산장비 중 스캐너를 대금 950,000,000원(부가가치세 별도)에 2002. 7. 22.까지 공급받기로 하는 물품공급계약을, 현대정보기술 주식회사(이하 '현대정보기술'이라 한다)와 사이에 위 스캐너 부분을 제외한 나머지 물품을 대금 4,792,858,182원(부가가치세 별도)에 2002. 7. 22.까지 공급받기로 하는 물품공급계약을 각 체결하였다.

3) 원고는 2002. 8. 9. CCC데이타로부터 이 사건 물품을 공급받았다는 내용의 이 사건 세금계산서(공급가액 5,762,858,182원, 부가가치세 576,285,818원)를 교부받았다.

4) 이 사건 물품의 공급에 관하여, 원고는 CCC데이타에게, CCC데이타는 현대정보기술 및 DD정보통신에게, 현대정보기술은 다시 DD정보통신에게 순차로 하도급을 주는 형식을 취하면서 각 거래단계별로 000원 내지 000원 정도의 미미한 이익만 남겼으며, CCC데이타가 원고에게 이 사건 물품을 공급하기 위하여 현대정보기술 및 DD정보통신과 이 사건 물품의 공급계약을 체결한 일자보다 앞서서 정보통신부에 이 사건 물품이 공급된 경우가 많았다.

5) 이 사건 물품의 공급대금을 지급하면서, 같은 일시에 원고의 사무실에서 CCC데이타, 현대정보기술 및 DD정보통신을 포함한 하위 업체들이 모두 모여, CCC데이타는 원고로부터 금액 합계 약 63억 원의 약속어음 40장을 교부받아, 그 중 CCC데이타에 귀속되는 이익(부가가치세 포함)에 상당하는 금액 합계 2,200만 원의 약속어음 2장을 제외한 나머지 38장에 배서한 후 현대정보기술에게 36장을, DD정보통신에게 2장을 각 교부하고, 현대정보기술과 DD정보통신도 같은 방식으로 CCC데이타로부터 각 교부받은 약속어음에 배서하여 이를 그들의 하위업체들에게 교부하였다.

6) 이러한 일련의 거래에 관하여 CCC데이타와 DD정보통신을 포함한 다수의 하위업체들은 그것이 형식적인 가공거래임을 인정하면서 부가가치세 수정신고를 한 후 해당 가산세 등을 납부하였다.

7) 그러자 피고는 2007. 10. 3. 이 사건 세금계산서의 공급가액 중 기술인력지원 대가인 0원을 제외한 나머지 부분(이하 '이 사건 쟁점부분'라 한다)에 관하여는 원고와 CCC데이타 사이에 실제 공급거래가 없었고 원고와 제3의 하도급업자들 사이에 그 거래가 있었다고 보아 그 부분에 관한 이 사건 세금계산서는 공급하는 자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다는 이유로 그에 관한 원고의 매입세액 공제를 불허하는 등의 이 사건 각 처분을 하였다.

다. 원심은 이러한 사실관계에 나타난 이 사건 물품의 공급경위, 그 대금의 지급방법, 하위업체들의 수정신고행위 등을 종합적으로 고려하여, 이 사건 쟁점부분에 관하여는 원고와 CCC데이타 사이에 정상적인 실물거래가 있었다고 할 수 없고, CCC데이타의 전 대표이사 김EE가 실물거래 없이 원고에게 이 사건 쟁점부분에 대한 세금계산서를 발행하였다는 중부지방국세청장의 고발에 대하여 수사기관이 무혐의처분을 내렸다고 하여 달리 볼 수 없다는 이유로, 같은 취지의 이 사건 각 처분이 적법하다고 판단하였다.

라. 위와 같은 원심의 판단을 앞에서 본 법리와 아울러 적법하게 채택된 증거들에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 사실인정과 판단에 상고이유에서 주장하는 바와 같이 '사실과 다른 세금계산서'에 관한 법리를 오해하거나 자유심증주의의 한계를 벗어난 위법이 없다.

2. 상고이유 제2점에 관하여

구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항은 '세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다'고 규정하고 있다. 여기서 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'는 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우를 말한다(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결, 대법원 2011. 5. 26. 선고 2008두1146 판결 등 참조). 원심판결 이유에 의하면, 피고는 2005. 2.경 이 사건 물품의 공급에 관하여 원고에 대한 세무조사(이하 '이 사건 최초 조사'라 한다)를 실시하여 중부지방국세청 과세쟁점심의위원회의 결정에 따라 종결하였으나, 그 후 2006. 7.경 중부지방국세청의 CCC데이타에 대한 세무조사 과정에서 CCC데이타의 대표이사 유병창이 '이 사건 세금계산서의 공급가액 중 인력기술지원 대가인 2,000만 원 부분은 원고와 CCC데이타 사이에 실제 거래가 있었으나 이 사건 쟁점부분은 제조사나 협력사에서 직접 수행하였으며 원고와 CCC데이타 사이에 실제 거래는 없었다'는 취지의 진술을 하여 중부지방국세청장이 이를 피고에게 통보하고, CCC데이타가 이 사건 쟁점부분이 가공거래임을 인정하는 취지의 수정신고까지 함에 따라, 피고가 2007. 5. 30.부터 다시 원고에 대한 세무조사(이하 '이 사건 재조사'라 한다)를 하여 이 사건 각 처분을 한 사실을 알 수 있다. 이러한 사실관계를 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 재조사가 이루어진 것은 이 사건 최초 조사 종결 후 이 사건 쟁점부분이 가공거래라는 취지의 CCC데이타의 수정신고와 그 대표이사인 유병창의 진술 등 원고가 가공거래에 의하여 부가가치세 등을 탈루한 혐의를 인정할 만한 상당한 정도의 객관성과 합리성을 갖춘 명백한 자료가 드러났기 때문이므로, 이 사건 재조사는 중복세무조사 금지 원칙에 위반되지 않는다고 할 것이다. 원심은, 이와 같은 취지에서, 이 사건 각 처분이 위법한 중복세무조사에 기초하여 이루어져 위법하다는 원고의 주장을 배척하였으므로, 거기에 상고이유에서 주장하는 중복세무조사금지의 원칙에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.