2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

주문 제1항 및 피고가 2012. 11. 10. 원고에 대하여 한 소득자 GGG, 소득종류 상여, 귀속연도 2010년, 소득금액 000,000,000원으로 된 소득금액변동통지처분을 취소한다.

가. 원고는 1996. 5.경 설립되어 석회석을 원재료로 생석회 등을 제조・판매하는 회사로, SS 주식회사(원고의 총 매출액 중 약 27.6%를 차지하였다, 이하 'SS'이라 한다)에 2008년도 생석회 26,615.86톤, 2009년도 23,527.26톤, 2010년도33,167.16톤을 공급한 것으로 하여 매출세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 교부하였고, 이를 근거로 부가가치세를 신고・납부하였으며, 2008사업연도 소득금액은 (-)000,000,000원으로, 2009사업연도 소득금액은 00,000,000원으로, 2010사업연도 소득금액은 (-)000,000,000원으로 하여 각 사업연도 소득금액에 대한 법인세를 신고하였다.

나. 피고는 2012. 4. 19.부터 2012. 7. 6.까지 원고에 대하여 법인세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 2008년 제1기부터 2010년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 SS이 아닌 주식회사 DD(이하 'DD'라 한다)에 직접 납품하였다고 판단하여, 이 사건 세금계산서를 허위의 세금계산서로 보고, DD에 매출세금계산서를 교부한 FF공업 주식회사(이하 'FF'이라 한다)의 생석회 매출단가를 기준으로 산정한 누락 매출액을 원고의 익금으로 산입하여, 2012. 11. 1. 원고에게 법인세 2008사업연도 000,000,000원, 2009사업연도 000,000,000원, 2010사업연도 000,000,000원 및 부가가치세 2008년 제1기 000,000,000원, 2008년 제2기 000,000,000원, 2009년 제1기 000,000,000원, 2009년 제2기 000,000,000원, 2010년 제1기 000,000,000원, 2010년 제2기 000,000,000원을 각 경정・고지하였다(이하 '이 사건 제1처분'이라 한다).

다. 한편 피고는 법인세법 제87조 제1항의 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금은 특수관계가 소멸한 날이 속하는 사업연도에 특수관계자에게 귀속된 것으로 보아, 2012. 11. 10. 원고에게, 원고의 전 대표이사 GGG이 대표이사직에서 사임하고 보유주식을 모두 처분한 2010. 12. 28. 당시 원고의 GGG에 대한 가지급금 채권 000,000,000원을 GGG에 대한 상여로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지를 하였다(이하 '이 사건 제2처분'이라 한다).

라. 원고는 이 사건 제1, 2처분에 불복하여 2012. 11. 30. 조세심판원장에 대하여 심판청구를 하였으나, 위 심판청구는 2014. 2. 3. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 4호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 제1처분과 관련하여

원고는 SS이 지정한 운송차량에 생석회를 적재함으로써 SS에 대한 생석회 공급의무를 완료하는바, SS이 이후 그 운송차량을 SS 영월공장이 아닌 DD에 바로 가도록 지시함으로써 외관상 원고 공장에서 DD로 생석회가 직접 운반되었다고 하더라도, 이로써 원고가 DD와 직접 거래를 하였다고 볼 수는 없고, 피고의 주장에 의하더라도 원고가 납품한 생석회 중 SS으로 직접 운반된 부분에 대하여는 거래의 상대방을 SS으로 보아야 함에도 피고는 SS으로 직접 운반된 부분과 DD로 직접 운반된 부분을 구분하지 않고 모두 원고가 SS이 아닌 DD와 직접 거래를 하였다고 보고 있으며, 나아가 피고의 고발에 따라 진행된 원고에 대한 검찰의 수사 결과, 원고와 SS이 실제 생석회 거래를 한 사실이 확인되어 2013. 12. 30. 무혐의처분이 이루어지기까지 하였는바, 원고가 SS이 아닌 DD와 직접 생석회 거래를 하였음을 전제로 한 이 사건 제1처분은 위법하다.

나아가 원고는 SS과 사이에서 정한 단가에 따라 생석회를 공급하였고, SS으로부터 생석회를 공급받은 FF은 DD와 사이에서 정한 단가에 따라 생석회를 공급하였는바, FF이 DD에 공급한 생석회 공급단가를 기준으로 하여 산정된 이 사건 제1처분의 법인세 및 부가가치세액은 원고가 취득하지도 않은 이익을 기준으로 한 것이어서 위법하다.

2) 이 사건 제2처분과 관련하여

특수관계가 소멸할 당시 회사가 그 특수관계자에 대한 채권을 포기하거나 면제한 것으로 볼 수 없는 경우에는 그 채권액 상당이 원고 회사 외부로 유출된 것으로 볼 수 없어 그 채권액 상당이 특수관계자에게 귀속된 것으로 볼 수 없는바, 원고는 GGG이 보유주식을 모두 양도하고 대표이사직에서 사임할 당시인 2010. 12. 28.경 GGG으로부터 가지급금 000,000,000원의 변제를 확인하는 각서를 받았고, 이후 2011년경 GGG으로부터 합계 00,000,000원을 변제받았으며, 2011. 12. 31. 그 잔액의 변제를 확인하는 각서를 재차 받았고, 2012년경 합계 00,000,000원을 변제받는 등 GGG에 대한 가지급금 채권을 포기하거나 채무를 면제한 사실이 없으므로, GGG에 대한 가지급금 채권 상당액이 원고 회사의 외부로 유출되어 GGG에게 귀속되었다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 제2처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 제1처분에 대하여

가) 구 부가가치세법 (2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하'부가가치세법'이라 한다) 제17조 제2항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법에 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적・구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법제17조 제2항 제2호가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446판결 등 참조).

나) 갑 제4 내지 17, 19 내지 21호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고가 제출한 증거만으로는 원고가 2008년 제1기부터 2010년 제2기 부가가치세 과세기간에 SS이 아닌 DD와 직접 거래를 하면서 DD에 생석회를 납품하였다고 단정하기 어렵다. 따라서 원고가 SS이 아닌 DD에 직접 생석회를 공급하였음을 전제로 하여 이루어진 이 사건 제1처분은 위법하다.

(1) 원고의 2008년부터 2010년까지의 거래처 원장에 의하면, 원고는 위 기간 동안 SS과 사이에서 매달 정기적으로 생석회 납품에 따른 정산을 하였고, 약속어음으로 그 대금을 결제 받았다.

(2) 화물운송차량 기사가 운반할 물건을 인수하면서 작성하는 인수증(출고증)은 첫 번째 장 뒤에 먹지 형태로 2장이 붙어 있어 첫 번째 장을 작성하면 나머지 2장이 자동으로 작성되는데, 통상적으로 그 중 1장은 공급자가, 1장은 공급을 받는 자가, 1장은 운반차량 회사가 보관한다. 그런데 피고의 세무조사 과정에서 SS에서 원고가 발송한 생석회의 인수증(출고증)이 발견되었고, 위 인수증(출고증) 중 대부분은 납품처가 'SS 영월공장'으로 기재되어 있다(2009년분 총 577매의 출고증 중 95매, 2010년분 총 482매의 출고증 중 4매, 2011년분 총 966매의 출고증 중 146매, 2012년분 총 147매의 출고증 중 33매만이 그 납품처가 'DD 광양공장'으로 기재되어 있다). 또한 원고가 생산한 생석회를 운반한 운송회사가 운송비 청구를 위하여 SS에게 제시한 운송현황자료(갑 제15호증의1)에 의하면 출발지가 'ZZZ', 도착지가 'SS'이라고 기재되어 있는바, 위 생석회가 SS을 거치지 않고 DD에 바로 납품이 되었다면 운송회사가 SS에게 운송비를 청구할 아무런 이유가 없다.

(3) 피고는 원고가 SS이 아닌 DD에게 직접 생석회를 공급하였음에도 SS을 매출처로 하여 허위의 세금계산서를 발급하였다는 혐의로 원고를 고발하였으나, 검찰은 2013. 12. 30. 원고가 SS에게 생석회를 공급한 사실이 없다고 단정하기 어렵다고 보아 원고에 대하여 무혐의 처분을 하였고, 이에 대하여 서울지방국세청이 항고를 제기하였으나, 2014. 6. 23. 항고가 기각되었다.

(4) 서울지방국세청은 SS에 대한 세무조사 결과 SS이 2008년부터 2012년까지 실제로는 JJ내외장 주식회사(이하 'JJ'이라 한다)가 아닌 FF에게 생석회를 공급하였음에도 JJ을 매출처로 하여 허위의 세금계산서를 발급하였다고 보고, SS이 JJ에 발급한 세금계산서상 매출액과 FF에게 실제 공급한 가액의 차액 상당의 매출이 SS의 매출에서 누락되었다고 판단하였는바, 위 판단은 원고가 SS이 아닌 DD에게 직접 생석회를 공급하였다는 이 사건 처분 사유와 모순된다.

(5) 한편 이HH의 자녀 등 친인척들이 2008년부터 2010년경까지 SS, JJ, FF, DD의 과점주주인 사실을 인정할 수 있기는 하나, 원고의 사내이사인 이HH의 자녀 등 친인척들은 2008년부터 2010년까지의 기간 동안 원고의 주식 중 21.28%만을 보유하고 있었고, 그 이후에서야 원고의 전 대표이사이자 과점주주이었던 GGG 등으로부터 주식을 취득하여 원고의 과점주주가 되었는바, 이HH 일가가 2008년부터 2010년까지 원고의 경영권을 실질적으로 행사하였다고 보기 어렵고(원고의 전 대표이사인 GGG은 당시 원고가 금융기관으로부터 대출을 받는데 대한 담보로 자신이 소유하던 부동산을 제공하기도 하였다), 설령 이HH 일가가 위 기간동안 실질적으로 원고의 경영권을 행사하였다고 하더라도 원고가 SS에게 공급한 생석회의 단가는 원고의 나머지 주요 매출처인 ZZ 주식회사, XX 주식회사, CC 주식회사에게 공급한 생석회 단가와 별다른 차이가 없는바, 이HH 일가가 SS을 매출처로 하여 허위의 세금계산서를 작성함으로써 얻는 이익이 있다고 보기 어렵다.

(6) 원고는 저품위 생석회(품위 90% 미만)를 생산하였기 때문에 품위 94±2% 이상의 고품위 생석회만을 납품받았던 DD에 생석회를 그대로 납품할 수 없었는바, 원고가 생산한 생석회의 운송을 의뢰받은 운송차량 기사들 중 일부는 원고의 공장에서 SS 영월공장으로 생석회를 운반하였고, 그 곳에서 선별・혼합 작업을 거쳐 DD에 생석회를 납품한 사실을 확인하였다(서울지방국세청도 SS에 대한 세무조사 결과 SS이 KK로부터 생석회 선별작업 용역을 제공받았다는 사실을 확인한 바 있다).

(7) 원고 회사 내부의 문서 일부에 생석회를 납품한 직접 거래 상대방이 DD로 볼 수 있는 기재가 있기는 하나, 원고의 납품내역서(을 제8호증)상 수신처가 'SS 귀하'라고 되어있고 구체적인 내역은 'DD 출하현황'이라고 기재되어 있는 점, 원고의 월별 납품량 자료(갑 제14호증)상 매출처에 'DD(DD)'이라고 SS과 DD가 함께 기재되어 있는 점 등에 비추어 볼 때, 원고는 내부 서류상 매출처를 기재함에 있어 최종 납품처인 DD와 직접 거래 상대방인 SS을 혼용한 것으로 볼 수 있는바, 위와 같은 사정만으로 원고가 SS에 생석회를 공급한 사실이 없다고 단정할 수 없다.

2) 이 사건 제2처분에 대하여

가) 구 법인세 기본통칙(2001. 11. 1. 개정되기 전의 것) 1-2-7…3은 특수관계자와의 자금거래에서 발생한 가지급금 등과 이자 상당액이 특수관계가 소멸할 때까지 회수되지 아니한 때에는 법인세법 시행령에 의하여 소득처분한 것으로 본다고 규정하고 있었던 반면, 2010. 2. 18. 개정되기 전의 구 법인세법 시행령에는 그러한 취지의 규정이 존재하지 아니하였다.

한편 구 법인세 기본통칙이 위와 같이 소득처분하도록 하는 것은 특수관계가 소멸할 때 채권의 포기나 채무 면제 등에 의하여 가지급금 관련 채권채무관계가 소멸하여 가지급금 및 그 이자 상당액이 특수관계에 있던 가지급금 수령인에게 분여된 것으로 보는 것이고, 또한 '소득처분'한 것으로 본다는 것은 소득처분이 법인세법상의 익금 산입을 전제로 하는 규정임을 감안하여 볼 때 위와 같은 채무 면제 등을 경제적 합리성을 결한 부당행위계산에 해당한다고 보아 이를 부인한 다음 그 금액 상당을 가지급금 지급자인 법인의 법인세를 산출함에 있어 특수관계가 소멸한 사업연도의 익금에 산입하도록 하고, 위와 같은 경위로 사외유출된 금액에 대하여 가지급금 수령인에게 소득처분을 하도록 규정하고 있는 것이다. 그러나 특수관계가 소멸할 때까지 채권이 미회수 상태에 있다는 사정만으로 채권이 포기되거나 채무가 면제되어 소멸하였다고 보기는 어렵다 할 것이고, 다른 한편 이와 같은 의제를 정당화하는 법령상의 규정은 존재하지 않는바, 국세청의 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 것으로서 행정청 내부를 규율하는 행정규칙에 불과할 뿐 국가와 국민 사이에 효력을 가지는 법규가 아니어서 법원이나 일반 개인에 대한 법적 구속력은 없으므로, 기본통칙 그 자체가 과세처분의 적법한 근거가 될 수 없음은 조세법률주의의 원칙상 당연하다(대법원 1995. 5. 23. 선고 94누9283 판결, 대법원 2007. 2.8. 선고 2005두5611 판결 등 참조).

그런데 2010. 2. 18. 개정된 법인세법 시행령은 제11조 제9의2호 가목에서 '특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금 등은 법인세법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익으로 본다'고 규정하면서, 단서에서 '다만 채권・채무에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우 등 기획재정부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우는 제외한다'고 규정하고 있고, 2010. 3. 31. 개정된 법인세법 시행규칙 제6조의2는 '채권・채무에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우'(제1호), '특수관계자가 회수할 채권에상당하는 재산을 담보로 제공하였거나 특수관계자의 소유재산에 대한 강제집행으로 채권을 확보하고 있는 경우'(제2호), '해당 채권과 상계할 수 있는 채무를 보유하고 있는 경우'(제3호), '그 밖에 제1호부터 제3호까지와 비슷한 사유로서 회수하지 아니하는 것이 정당하다고 인정되는 경우'(제4호)를 정당한 사유로 규정하고 있다.

이처럼 개정된 법인세법 시행령은 특수관계가 소멸할 때까지 가지급금채권이 회수되지 아니한 경우 정당한 사유가 없는 이상 그 채권이 포기되거나 채무가 면제되어 소멸하였음을 의제하는 취지의 규정을 신설하였는바, 신설된 법인세법 제11조 제9의2호에 의하면, 동조 단서 및 동법 시행규칙 제6조의2에서 정하는 정당한 사유가 없는 이상 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금 등은 법인의 수익으로 의제되어 익금에 산입되는바, 위 가지급금 등은 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호에 따라 사외에 유출된 것이 분명한 경우로서 가지급금을 수령한 특수관계인의 지위에 따라 배당, 상여 등 소득처분의 대상이 된다고 봄이 상당하다.

나) 이 사건을 위 법리에 비추어 보건대, 갑 제8, 18호증, 을 제18호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 원고의 전 대표이사이자 주주인 GGG이 2010. 12. 28. 대표이사직을 사임하고 보유주식을 양도함으로써 GGG과 원고의 특수관계가 소멸할 당시 GGG에 대한 가지급금채권 000,000,000원을 보유하고 있었던 점, ② 원고는 GGG으로부터 위 가지급금 채권의 변제를 확인하는 각서를 작성받은 것 외에 GGG의 재산에 위 가지급금 채권에 상당한 담보를 설정받거나 GGG의 재산에 대한 강제집행으로 채권을 확보하지 아니하였고, 달리 위 가지급금 채권과 상계할 수 있는 채무를 보유하고 있었다거나 위 가지급금 채권에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우도 아니었던 점, ③ 원고는 그로부터 1년 후 GGG으로부터 위 가지급금 채권의 변제를 확인하는 각서를 재차 받은 것 외에 추가로 채권의 회수를 위한 시도를 하지 아니하였던 점 등을 종합하면, 원고는 GGG과의 특수관계가 소멸되던 당시 GGG에 대한 가지급금 채권을 회수할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없음에도 위 가지급금 채권을 회수하지 아니한 사실을 인정할 수 있다. 따라서 원고의 GGG에 대한 가지급금 채권은 원고의 수익으로 의제되어 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 나목에 따라 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우로서 GGG에 대한 상여로 소득처분의 대상이 된다고 봄이 상당하므로, 이 사건 제2처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구 중 피고의 원고에 대한 법인세 및 부가가치세 부과처분 취소 청구는 이유 있으므로 이를 인용하고, 피고의 원고에 대한 소득금액변동통지처분 취소 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.