원심은 원고가 소외 미원주식회사로부터 취득한 서울 영등포구 (주소 생략)필지를 법인이 아닌 소외 한일은행직원 주택조합에 양도하고 취득가액은 실지거래가액으로 양도가액은 기준시가로 계산한 양도소득세와 방위세를 자진신고 납부한 바 있는데, 피고는 위 조합에 양도한 실지거래가액을 확인하여 취득가액과 양도가액 모두 실지거래가액에 의하여 양도차익을 결정한 후 이 사건 부과처분에 이르렀다는 사실을 인정한 후, 소득세법 제23조 제4항 , 제45조 제1항 제1호 , 동법시행령 제170조 제4항 제1호 , 제3호 의 각 규정에 의하여 원고가 법인인 위 미원회사로부터 취득한 취득가액은 실지거래가액에 의하고 법인이 아닌 위 조합에 양도한 양도가액은 위 시행령 제4항 제3호 에 따라 원고가 소득세법 제95조 , 제100조 의 규정에 의한 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 양도당시의 실지거래가액이 확인이 안되므로 기준시가에 의하여 양도차익을 결정하여야 할 것임에도 불구하고 모두 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산한 것은 잘못이라고 하여 이 사건 부과처분을 위법하다고 판시하였다.

살피건대 소득세법 제23조 제4항 , 제45조 제1항 제1호 , 같은법시행령 제170조 제1항 , 제4항 제1호 의 각 규정취지를 종합하여 보면, 양도소득을 결정하는 양도가액과 취득가액은 원칙적으로 기준시가에 의하여야 하나 국가 지방자치단체 기타 법인과의 거래에 있어서 양도 또는 취득당시의 실지거래가액이 확인될 경우 법인등과의 거래가 아닌 다른 하나도 신고 또는 실사 등의 방법에 의하여 실지거래가액이 확인되면 실지거래가액에 의하여 그 양도차익을 결정하여야 하고 그 확인이 되지 않을 경우에 한하여 법인과의 거래인 쪽은 실지거래가액 다른 한쪽은 기준시가에 의하여 그 양도차익을 결정하여야 한다 고 해석하는 것이 당원의 견해이다( 대법원 1987.2.24. 선고 86누752 판결 ; 1989.4.11. 선고 87누767 판결 참조).

원심은 양도소득에 관한 법리를 오해한 위법을 범하였으므로 원심판결 중 피고 패소부분을 파기하고, 이 부분 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.