[2] 국세청장의 심사결정에 따라 과세관청이 감액경정처분을 한 경우, 당초 처분 중 감액경정처분에 의하여 취소되고 남은 부분에 대하여 납세의무자가 심사결정서를 수령한 날로부터 90일이 지난 후에 취소소송을 제기한 것은 부적법하다고 한 사례

1. 과세표준과 세액을 감액하는 경정처분은 당초의 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로, 그 경정처분으로도 아직 취소되지 아니하고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우, 항고소송의 대상은 당초의 부과처분 중 경정처분에 의하여 아직 취소되지 않고 남은 부분이고, 그 경정처분이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니며, 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부도 당초 처분을 기준으로 판단하여야 하고 ( 대법원 1997. 10. 24. 선고 96누10768 판결 , 대법원 1999. 5. 28. 선고 99두1021 판결 등 참조), 한편 국세기본법 제56조 제2항 및 제3항 본문에 의하면, 과세처분에 대한 항고소송은 심판청구 또는 심사청구에 대한 결정의 통지를 받은 날로부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

이러한 법리는 국세청장이 심사청구를 일부 인용하면서 정당한 세액을 명시하여 취소하지 아니하고 경정기준을 제시하여 당해 행정청으로 하여금 구체적인 과세표준과 세액을 결정하도록 함에 따라 이루어진 감액경정처분의 경우에 있어서도 그에 대하여 별도의 쟁송수단을 인정하여야 할 특별한 사정이 없는 한 마찬가지로 적용된다고 할 것이다 ( 대법원 1996. 7. 30. 선고 95누6328 판결 , 대법원 1998. 5. 26. 선고 98두3211 판결 등 참조).

2. 기록에 의하면, 피고는 2002. 11. 1. 원고에게 1997년 종합소득세를 부과하는 처분(이하 ‘당초 처분’이라 한다)을 하였고, 이에 대하여 원고가 2003. 4. 18. 국세심사청구를 하자, 국세청장은 2004. 6. 8. 원고가 소외 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)의 사실상 대표자 역할을 하였는지 여부와 상여처분액의 실제 귀속 여부를 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하라는 내용의 심사결정을 하였고, 2004. 6. 15. 원고가 위 심사결정서를 수령하였으며, 피고는 위 심사결정의 취지에 따라 재조사절차를 거쳐 2004. 9. 8. 이 사건 감액경정처분을 한 사실을 알 수 있다.

3. 앞서 본 법리와 위 인정 사실에 의하면, 이 사건 소 중 이 사건 처분(당초 처분 중 위 감액경정처분에 의하여 취소되고 남은 부분)의 취소를 구하는 부분은 원고가 국세청장의 위 심사결정서를 수령한 2004. 6. 15.부터 90일을 훨씬 지난 2005. 3. 7.에야 제기된 것으로서 부적법하다고 할 것이고, 또한 위 감액경정처분에 대하여 별도의 쟁송수단을 인정하여야 할 특별한 사유가 있다고 볼 만한 사정도 보이지 아니한다.

그럼에도 불구하고, 이와 다른 전제하에 이 사건과 같은 재조사경정을 명하는 심사결정의 경우에는, 그에 따른 후속 경정처분이 있을 때까지 소를 제기할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 보아 제소기간이 진행되지 않고, 후속 경정처분일로부터 제소기간이 기산된다고 하여 이 사건 소 중 이 사건 처분의 취소를 구하는 부분이 적법하다고 판단한 원심판결에는 제소기간 등 소의 적법 여부에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 이 사건은 이 법원이 직접 재판하기에 충분하므로 자판하기로 하여, 제1심판결 중 이 사건 처분에 관한 부분을 취소하여 이 부분 소를 각하하고, 소송총비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.