2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 7. 5. 원고에게 한 2009년 제2기분 부가가치세 1,012,679,753원의 환급거부처분을 취소한다.

가. 원고는 조선블럭을 가공ㆍ조립하는 회사인데, 2007. 2.경 ××남도지사로부터 조선시설용지조성 등을 위하여 거제시 ××면 ××리 1번지 선 공유수면매립지 96,308㎡(이하 '이 사건 매립지'라 한다)에 대한 공유수면매립허가를 받아 공사를 하다 2009. 6.경 공정율 46.83% 정도에서 공사를 중단하였다.

나. 원고는 2009. 11. 13.경 주식회사 □□□□(후에 '주식회사 ☆☆☆☆'로 상호가 변경되었다, 이하 '□□□□'라 한다)와 사이에 원고는 이 사건 매립지를 출자금액 9,440,476,000원으로 현물출자하기로 합의한 후 2009. 11. 18. 현물출자를 실행하고 그 대가로 □□□□로부터 보통주 1,888,095주(이하 '이 사건 신주'라 한다)를 발행받았다.

다. 원고는 2010. 3.경 □□□□로부터 이 사건 매립지의 부가가치세를 부담할 테니 세금계산서를 발급하여 달라는 부탁을 받고 □□□□에게 공급가액 9,440,475,000원의 수정세금계산서를 발급하였고, 같은 달 26. 피고에게 이 사건 매립지를 현물출자한 것에 관하여 매출세액 944,047,500원, 세금계산서합계표 불성실가산세 4,720,238원, 신고불성실가산세 47,202,375원, 납부불성실가산세 16,709,640원 합계 1,012,679,753원을 납부세액으로 하여 2009년 제2기 부가가치세 수정신고를 하였다.

피고는 원고에게 위 수정신고 내용에 납부불성실가산세 등을 추가하여 산정한 부가가 치세 1,152,415,505원을 2010. 4. 30. 납부기한으로 하여 무납부 고지를 하였고, 원고는 그 납부를 연체하다가 2011. 7. 21. 위 금액을 모두 납부하였다.

라. □□□□의 최대 주주이던 주식회사 ◎◎◎(이하 '◎◎◎'라 한다)는 2010. 2. 22. 서울남부지방법원 2010가합3538호로 □□□□를 피고로 하여 2009. 11. 18. 원고에게 발행한 이 사건 신주의 발행은 무효라고 주장하면서 신주발행무효의 소를 제기하였다. 위 법원은 2010. 11. 26. □□□□가 경영권 방어를 위하여 우호적인 원고에게 이 사건 신주를 발행하여 배정하면서 상법 제418조 제2항을 위반하여 기존 주주인 ◎◎◎의 신주인수권을 침해하였다는 이유로 이 사건 신주 발행은 무효이라는 내용의 판결을 선고하였다. 이에 □□□□가 항소하였으나, 그 항소심(서울고등법원2011나17030호)은 □□□□의 대표이사가 소를 취하하였다는 이유로 소송종료선언을 하였으며, 이에 원고가 상고하였으나, 대법원은 2011. 12. 22. □□□□의 상고를 기각하여 제1심 판결이 확정되었다.

마. 원고는 2011. 8.경 □□□□를 상대로 서울남부지방법원 2011차13401호로 이 사건 매립지를 현물출자한 것을 부가가치세 신고를 하여 납부한 부가가치세액 944,047,600원을 약속대로 지급하여 줄 것을 청구하는 지급명령을 청구하였고, 위 법원은 2011. 9. 8. □□□□는 원고에게 944,047,600원과 그 지연손해금을 지급하라는 취지의 지급명령을 발령하였으며, 위 지급명령은 □□□□의 이의신청 없이 그 무렵 확정되었다(이하 '이 사건 지급명령'이라 한다).

바. 원고가 이 사건 지급명령에 기하여 강제집행을 신청하자, □□□□는 2013. 12. 6. 원고를 상대로 서울남부지방법원 2013가합107936호로 □□□□가 원고에게 한 이 사건 신주의 발행이 무효가 되어 이에 따라 이 사건 매립지의 현물출자의 효력도 부인되었기 때문에, □□□□가 원고에게 이 사건 매립지에 대한 부가가치세액을 지급하기로 약정한 것도 무효이므로, 이 사건 지급명령에 기한 강제집행은 불허되어야 한다는 취지의 청구이의의 소를 제기하였다. 위 법원은 2015. 7. 7. □□□□의 주장을 받아들여 이 사건 지급명령에 기한 강제집행을 불허하는 판결을 하였다. 이에 원고가 항소한 서울고등법원 2015나2054538사건에서 위 법원은 2016. 3. 30. 원고의 항소를 기각하면서, 원고가 □□□□에 이 사건 현물출자를 할 당시에는 공유수면매립면허를 제외한 채 이 사건 매립지만 양도를 하였는데, 구 공유수면매립법(2010. 3. 26. 법률 제9552호로 일부 개정되기 전의 것) 제9조 제1항, 제23조 제1항, 제26조 제1항, 제35조, 제41조 등의 관계 법령에 의하면 공유수면매립면허를 양도하는 경우에는 공유수면매립지만을 그 면허와 분리하여 양도할 수 없는데, 원고는 이 사건 매립지만을 □□□□에게 양도하였으므로 이는 무효의 거래이고, 따라서 이 사건 매립지를 현물출자한 것은 부가가치세법에서 정한 '재화의 공급'에 해당하지 않는다고 판시하였고, 위 판결은 쌍방의 상고 없이 2016. 4. 23. 확정되었다.

사. 원고는 2016. 5. 25.경 국민권익위원회에 2011. 7. 21. 납부한 944,047,550원과 관련 과오납금을 환급하여 달라는 고충민원을 제기하였는데, 국민권익위원회는 2016. 6. 20.경 원고에게 국세환급금 소멸시효가 경과하기 전에 과오납금 환급신청서를 제출하고, 거부시에는 불복 또는 법원을 통한 부당이득반환청구를 이용하라는 취지로 회신하였다.

아. 원고는 2016. 6. 1. 피고에게 944,047,550원과 관련 과오납금(이하 '이 사건 부가가치세액'이라 한다)을 반환하여 달라는 부가가치세환급신청을 하였는데(이하 '이 사건 신청'이라 한다), 피고는 원고가 이 사건 부가가치세액을 과오납하였다거나, 국가가 부당이득을 한 것이라고 볼 수 없다는 이유로 이를 기각하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

자. 원고는 이에 불복하여 2016. 7. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2016. 12. 7. 심판청구를 기각하였다(한편, □□□□는 이미 2010년경 ◇◇세무서장에게 매입세액 944,047,500원을 매출세액에서 감액하여 달라는 경정청구를 하였는데, ◇◇세무서장은 2010. 5. 18. 경정청구를 기각하였고, 그에 대한 행정심판도 모두 기각되었다).

차. 원고는 2016. 7. 19. 서울지방법원 2016가합542654호로 국가를 상대로 하여 이 사건 부가가치세액은 국세과오납금으로 국가가 이를 부당이득하였다고 주장하면서 그 반환을 구하는 소를 제기하였는데, 위 법원은 2017. 4. 11. 원고가 이 사거 매립지를 현물출자하여 부가가치세를 신고납부한 행위에 존재하는 하자가 중대하거나 명백하지 않다는 이유로 원고의 청구를 기각하는 판결을 하였고, 원고가 이에 항소하여 현재 항소심이 진행 중이다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제 1 내지 18호증, 을 제1호증 내지 제4호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지와 같다.

3. 본안전항변에 대한 판단

가. 본안전항변의 요지

피고는, 원고가 이 사건 부가가치세액을 환급하여 달라는 것을 거부한 이 사건 처 분은 항고소송의 대상이 되지 않으므로 그 취소를 구하는 이 사건 소는 부적법하다고 주장한다.

나. 판단

구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제51조의 오납액과 초과납부액은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸되었음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하고, 그 국세환급금결정에 관한 규정은 이미 납세의무자의 환급청구권이 확정된 국세환급금에 대하여 내부적 사무처리절차로서 과세관청의 환급절차를 규정한 것에 지나지 않고 위 규정에 의한 국세환급금결정에 의하여 비로소 환급청구권이 확정되는 것은 아니므로, 위 국세환급금결정이나 이 결정을 구하는 신청에 대한 환급거부결정은 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니어서 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없다(대법원 2009. 11. 26. 선고 2007두4018 판결 등 참조).

을 제1호증의 기재에 의하면, 원고의 세무대리인은 2016. 6. 1. 피고에게 원고가 2011. 7. 21. 납부한 이 사건 부가가치세액이 과오납금에 해당하므로 즉시 환급하여 달라는『과오납금에 대한 환급청구서 제출』이라는 제목의 신청서를 제출하였고, 그 신청서 제4면에는『상기의 사실관계를 종합해 볼 때 청구법인이 납부한 쟁점 부가가치세 1,012,679,750원과 가산금 등은 국세기본법 제51조의 의한 과오납금에 해당하는 것입니다.., ..상기와 같은 연유로 청구법인이 2011. 7. 21. 과오납한 부가가치세 등 1,012,679,753원과 기산금 등은 국세기본법 제51조와 제54조에 의해 즉시 환급되어야 할 것입니다..고 기재된 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면 원고가 2016. 6. 1. 피고에게 신청한 것은 구 국세기본법 제51조에 의한 과오납금반환청구가 명백하므로, 이 사건 처분이 원고의 과오납금반환청구를 거부하였다고 하더라도, 납세의무자인 원고가 가지는 국세 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니라고 할 것이므로 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 할 수 없다.

따라서 원고의 이 사건 소는 취소할 처분이 없으므로, 부적법하여 각하되어야 하 므로, 피고의 본안전항변은 이유 있다.

4. 원고의 가정 주장에 대한 판단

가. 피고의 본안전항변에 대한 원고의 재주장

1) 원고는, 이 사건 신청은 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 따른 후발적인 경정청구이고, 피고의 거부처분은 후발적 경정청구거부처분으로서 항고소송의 대상이라고 주장하는데, 원고 주장의 취지는 이 사건 신청서가 비록 문언상은 과오납금 환급청구로 작성되었다고 할지라도 그 문언에도 불구하고 이 법원이 이 사건 신청을 후발적인 경정청구로 선해하여 판단하여 달라는 주장이다.

2) 원고의 주장에 따르면, 앞서 본 원고와 □□□□간의 청구이의의 소의 항소심 법원(서울고등법원 2015나2054538호)은 원고와 □□□□ 간의 이 사건 현물출자 약정은 공유수면매립허가와 분할하여 이 사건 매립지를 양도할 수 없음에도 불구하고, 이 사건 매립지만을 양도하여 무효인 거래이어서 부가가치세법에서 정한 재화의 공급에 해당하지 않는다고 판결하였고 위 판결은 2016. 4. 23. 확정되었다.

3) 따라서, 위 판결은 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한『최초의신고......에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때』에 해당한다.

4) 원고는 위 판결이 확정된 때로부터 제척기간인 3개월 이내에 이 사건 신청을 하였는데, 이는 이 사건 부가가치세액을 환급하여 달라는 취지의 후발적 경정청구에 해당하고, 이 사건 신청은 국세 과오납금 환급청구가 아니다.

나. 판단

1) 우선, 앞서 본 바와 같이 이 사건 신청은 조세소송의 전문가인 원고의 세무대리인(법인)이 구 국세기본법 제51조에 따른 국세 환급청구임을 명확히 하여 신청한 것이 명백하므로, 이를 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 따른 후발적 경정청구로 선해할 여지가 없다{조세심판(갑 제15호증)에서는 원고의 주장에 대하여 본안판단을 하였으나 법원이 조세심판의 결정에 기속되지 않는다}.

2) 게다가, 위 서울고등법원 2015나2054538호 판결은 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 후발적 경정청구의 근거가 되는 판결에 해당되지도 않는다.

구 국세기본법 제45조의2 제2항에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는데, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 구 국세기본법법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 '거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때'란 최초 신고・결정 또는 경정이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 것으로 확정됨으로써 최초 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조).

앞서 본 바와 같이 위 판결이 적시한 것은 원고가 공유수면법 등 관련 법령들의 규정상 원고가 공유수면매립면허와 분리하여 이 사건 매립지를 양도할 수 없음에도 불구하고 이를 분리하여 □□□□에 양도한 것은 처음부터 강행법규를 위반하여 무효이고, 따라서 이를 부가가치세의 징수 대상이 되는 '재화의 공급'이 아니라는 것이다.

따라서, 위 판결의 취지는 처음부터 무효인 거래를 확인하는 내용에 불과하고, 최초의 거래 이후에 거래 당사자 사이에 그 효력 등에 관한 분쟁이 발생하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 처음과 다른 것으로 확정한 것이 아니므로, 위 판결을 후발적 경정청구의 근거가 되는 판결이라고도 볼 수 없다.

위와 같이 이 사건 신청을 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 후발적 경정청구라고 볼 수 없고, 다만 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항에 의한 통상적인 경정청구로 선해하여 볼 수는 있다. 위 규정은 법정신고기간으로부터 3년1) 이내에 경정을 청구할 수 있도록 제척기간을 규정하고 있다. 이 사건 현물출자로 인한 거래일은 2009. 11. 8.이고 부가가치세법 제5조 제1항 제1호, 제49조 제1항에 따르면 2009년 제2기 부가가치세 과세기간(2009. 7. 1. - 2009. 12. 31.)이 끝난 날로부터 25일이 되는 2010. 1. 25.이 법정신고기간의 종료일인데 이 사건 신청은 그로부터 3년을 도과하여 경정을 신청하여 제척기간을 도과한 것으로 부적법하다.

3) 한편, 원고는 부가가치세를 납부할 필요가 없는데 부가가치세를 납부한 후에 이 를 환급받지 못한 것은 심히 부당하므로 이 사건 처분을 원고의 후발적 경정청구를 거부한 것으로 보아야 한다는 취지로도 주장하나, 다음과 같은 사정들에 의하면, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

가) 갑 제18호증의 기재에 의하면, 당시 원고의 직원이던(전략본부 사장) 정AA 은 원래 이 사건 매립지는 부가가치세 부과 대상이 아님을 알고 있었는데 □□□□에서 부가가치세를 부담하겠다고 하면서 부탁을 하여 세금계산서를 발급한 것이라고 진술하고 있으므로, 부가가치세를 스스로 납부한 것은 원고의 책임이다.

나) 앞서 본 바와 같이 □□□□는 경영권 유지를 위하여 우호적인 원고에게 이 사건 매립지를 현물출자받고 신주를 배정하여 준 것인데, 그 과정에서 기존 주주의 신주인수권을 침해하는 등의 행위를 하였고, 원고는 결과적으로 이에 동조하는 행동을 하였다.

다) 앞서 본 바와 같이 □□□□는 2010년에 이미 이 사건 부가가치세액을 취소하기 위한 경정청구를 ◇◇세무서장에게 신청하였다가 기각당하였고, 행정심판도 기각을 당하였다.

위와 같은 사정들을 감안하면, 원고가 이 사건 부가가치세액의 경정청구를 하지 않은 것은 원고의 잘못된 판단과 적극적인 권리 불행사에 기인한 것이기 때문에 이러한 상황 아래에서 이 법원이 굳이 국세의 과오납환급청구가 명백한 신청을 후발적인 경정청구로 선해하여 줄 필요성도 없어 보인다.

5. 결론

그렇다면 이 사건 소는 부적법하여 이를 각하하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.